杯果木CCR基因克隆和同源进化分析

从粗毛杯果木和软叶杯果木基因组中克隆CCR基因,经测序验证扩增片断长度均为2321bp,包含部分外显子3、4和部分5,以及内含子3和4。同源性比较分析表明:粗毛杯果木与伞房属树种CCR的同源相似性达到98%～87%,与桉属树种CCR的同源相似性达到97%～84%;而软叶杯果木与伞房属树种CCR的同源相似性达到98%～87%,与桉属树种CCR的同源相似性达到95%～84%。总体上,该2个杯果木树种与伞房属CCR同源相似性较高,而与桉属CCR同源相似性较低。3个属中最长保守序列位于Exon5的第3147～3175位点,共29个碱基。保守区域主要集中于Exon5,少数于Intron4。桉属总变异率大于杯果木属和伞房属。桉属Exon4变异率大于属内其它Exon或Intron;同样发现Exon4的简约信息位点百分数大于属内其它Exon或Intron,但杯果木属中的Intron3变异率高于属内其它Exon或Intron。伞房属以Exon5的变异率最高。Exon或Intron平均变异率均以桉属最多,其次是杯果木属,最少的是伞房属。使用MEGA3.1软件构建的CCR进化树表明,桉属、伞房属和杯果木属分别形成单系,其亲缘关系可以明显区分开来。杯果木属最早产生分歧,并形成单独一个分枝;其次是伞房属,也形成单独一个分枝,进化较杯果木属迟;最迟进化的是桉属,也形成单独一个分枝。这种结果与形态学比较接近,易为人们所接受。