靶向铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)粘肽合成酶PBP3的抗菌先导化合物的虚拟筛选及活性研究

【目的】开发出与铜绿假单胞菌粘肽合成酶PBP3有高亲和力,具有全新结构的先导化合物。【方法】以铜绿假单胞菌粘肽合成酶PBP3为靶点,通过分子对接软件DOCK6.5,对含有104万个小分子化合物的数据库进行了大规模虚拟筛选,选取结构相对简单的中选化合物进行合成,得到先导化合物,并验证其抑菌活性。【结果】通过grid score进行第一轮初筛,筛选出grid score分值小于–30 kcal/mol的6万个化合物,接着以amber score进行第二轮筛选,筛出amber score分值小于–20 kcal/mol的化合物约200个。最终,经过观察分析,从中挑选出4种打分高并且结构新颖的小分子化合物作为先导化合物。合成出的先导化合物及其衍生物对铜绿假单胞菌等常见微生物的最小抑菌浓度(MIC)在175–275μg/m L之间,对革兰氏阴性菌和阳性菌均有效,MIC值比作为阳性对照的磺胺嘧啶更低,说明先导化合物具有较好的抗菌活性。【结论】这些先导化合物可以进一步开发为新型抗菌药物,用于解决铜绿假单胞菌的耐药性问题。

靶向细菌细胞壁新型食品保鲜剂的虚拟筛选

食品保鲜剂种类繁多,然而很多保鲜剂仅对革兰氏阳性菌有效,对革兰氏阴性菌的抑菌效果较差。为了开发对革兰氏阴性菌和阳性菌均具有较好抗菌活性的新型食品保鲜剂,以铜绿假单胞菌的粘肽合成酶PBP3和大肠杆菌的粘肽合成酶PBP1b,PBP4和PBP5为靶点,通过分子对接软件DOCK6.5,对含有580万个小分子化合物的ZINC数据库进行大规模虚拟筛选,从中选出一种打分较高且结构新颖的先导化合物进行有机合成。以山梨酸钾为阳性对照,测定先导化合物对冷鲜肉的保鲜效果,结果表明,先导化合物处理组除了色差略逊于山梨酸钾组外,其pH值、菌落总数、挥发性盐基氮、汁液流失率等指标均优于后者。同时,二者的保鲜效果均显著优于空白对照组。研究结果证明了先导化合物对冷鲜肉具有更优异的保鲜效果,有望进一步将其开发为新型食品保鲜剂。