中华穿山甲腹泻治疗前后粪便微生物群落组成的差异

腹泻是导致野生穿山甲在圈养条件下死亡的主要原因之一,为深入掌握引起腹泻的原因和致病机理,对救护收容过程中出现腹泻的2只中华穿山甲(Manis pentadactyla)进行了非抗生素治疗,并利用高通量测序技术比较了治疗前后粪便细菌和真菌群落的多样性和组成变化。结果表明:通过在饲料内添加收敛剂类药物(蒙脱石)和枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)可有效改善腹泻症状,粪便由黄色糊状转为黑色条状。治疗后粪便细菌OTU总数和丰度指数(ACE和Chao 1)均降低,而真菌OTU总数和Chao 1指数增加,但细菌和真菌Alpha多样性指数在治疗前后变化不大。然而,经Beta多样性分析表明,治疗前后的菌群出现明显偏离。细菌的优势菌门在治疗前后排序基本一致;治疗后的乳杆菌属(Lactobacillus)占比明显减少,狭义梭菌属1(Clostridium sensu stricto 1)明显增加。治疗后的真菌子囊菌门(Ascomycota)占比明显增加,担子菌门(Basidiomycota)明显减少;Condenascus占比明显增加,丝孢酵母属(Trichosporon)明显减少。综上所述,中华穿山甲在食物转换过程中肠道菌群发生了明显改变,经过非抗生素治疗后,菌群形成新的稳态,同时肠道吸收能力得到加强。

大骨鸡不同产蛋水平粪便微生物群落特征

为探讨不同产蛋水平的大骨鸡肠道微生物菌群差异,试验对高、中和低产蛋水平母鸡粪便微生物进行16S rRNA基因V3~V4区高通量测序和分析。结果显示,所有样品微生物组成具有相似性,相对丰度最高的是厚壁菌门和拟杆菌门,占群落93.1%以上。beta多样性PCoA分析显示,不同产蛋水平组间微生物群落明显不同,乳酸杆菌属(Lactobacillus)为高产水平消化道微生物特征。微生物群落功能涉及7个第一层次代谢通路,15个代谢通路在高产蛋水平组与中低产蛋水平组间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异,高产蛋水平组菌群功能主要是生物合成和糖酵解。试验为后续研发大骨鸡微生态添加剂的研究提供参考。