基因表达系列分析法(SAGE)的改进及其在植物功能基因组研究中的应用

基因表达系列分析方法(SAGE)是一种新的基因表达分析方法,与基因芯片技术一样具有高通量的特点,可测定特定组织的基因表达水平,在全基因组水平上同时定量检测数万个基因表达模式;可在未知目的基因的前提下,分析来自一个细胞的全部转录本信息;对已知或未知基因表达进行定性和定量分析。目前,虽然在疾病、发育、细胞凋亡、药物筛选等多个领域已有利用SAGE方法进行的研究,但该方法在植物功能基因组研究中的应用相对较少。本文主要综述了该方法在RNA用量、PCR循环次数、SAGE效能和可靠性、标签长度和未知标签分析等方面的改进及其在植物中构建SAGE文库、筛选新基因、基因表达图谱分析等方面的应用,从而为其在植物功能基因组研究中的进一步应用提供理论参考。

应用基因表达系列分析(SAGE)技术研究高温处理前后家蚕的基因表达差异

高温对家蚕的生理和免疫能力有明显影响。为从分子水平上探究家蚕抗高温机制,应用基因表达系列分析(SAGE)技术获得家蚕5龄雌蚕高温处理前后中肠、丝腺和脂肪体组织的基因表达谱,构建高温组(34℃)和常温组(26℃)2个家蚕SAGE文库。2个家蚕SAGE文库分别包含3555107和3580976个原始标签,其中的标签种类分别为113684和131 296个,清洁标签的种类分别为45972和49467。比较2个文库清洁标签获得65 535种差异标签,共注释4249个基因,其中有1 062个差异表达的基因(P<0.05,错误检测率FDR≤0.001并且拷贝数的差异在2倍以上)。经GO分析发现2个文库中基因的分布极其相似,表明这些基因在不同的环境温度下有类似的生物学功能并参与类似的生理代谢过程。KEGG pathway分析显示有732个基因涉及176个KEGG路径,其中有40个为差异表达基因显著富集的路径(P<0.05),超过一半的路径与代谢、生物合成和信号传导有关。上述结果有助于对家蚕抗高温基因的鉴定以及探究基因调控的网络关系。

基因表达系列分析(SAGE)技术在肿瘤研究中的应用

基因表达系列分析 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是一项高效、快捷、低成本的研究生物基因表达水平的方法 ,广泛用于各种肿瘤的分析研究。SAGE技术对于全面分析肿瘤组织基因表达谱、寻找肿瘤特异性表达新基因、发现肿瘤组织特异标志物和揭示肿瘤发病的分子机制发挥重要的作用。随着“肿瘤基因组解剖工程”(CGAP)的进行 ,CGAPSAGE可以通过网站分析和展示SAGE数据 ,并自动的将基因名称和SAGE转录物水平联系起来。因此 ,这为SAGE技术深入和广泛研究肿瘤提供了方便。

家蚕正反交组合F_1代的基因表达系列分析(SAGE)文库构建

家蚕杂交组合存在普遍的正反交遗传表型差异现象,为探讨引起正反交组合遗传差异的分子机制,构建家蚕品种75新×7532正交F1代雌雄个体和7532×75新反交F1代雌雄个体共4个基因表达系列分析(SAGE)文库。通过正反交组合同性别子代样本间的比较,显示低表达的标签在种类上占大多数,而高表达的标签在数量上占绝对优势。以错误检测率(FDR)≤0.001且拷贝数倍数差异在2倍以上作为比较样本筛选差异表达基因(DEGs)的条件,在7532×75新的雄性样本里面有298个上调基因和46个下调基因,而在雌性样本里有453个上调基因和240个下调基因。进一步对差异表达基因进行GO和KEGG路径功能分析,筛选出在显著性富集路径中的差异表达基因,其中参与新陈代谢途径、氧化磷酸化途径以及信号传导途径的差异基因在反交组合的子代中表达明显上调。

基因表达系列分析(SAGE)

１９９５年Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕ等提出了基因表达系列分析（ＳｅｒｉａｌＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓ－ｓｉｏｎ，ＳＡＧＥ）技术，能同时对上千个转录物进行研究。１．ＳＡＧＥ的原理和实验路线。１．１ＳＡＧＥ的原理ＳＡＧＥ的主要依据有两个。第一，一...

基因表达系列分析(SAGE)的研究进展

基因表达系列分析方法（SAGE）是一种新的基因表达分析方法,它可同时分析数千种转录子的表达情况.SAGE不仅可以定量分析已知基因,还可分析未知的基因表达情况.SAGE为从分子水平阐明疾病的发病机制找到有效的治疗靶位和诊断标志创造了条件.

基因表达系列分析(SAGE)的研究进展及其应用

基因表达系列分析(SAGE)是一种新的基因表达分析方法,它能对特定细胞或组织中的大量转录本同时进行定量分析。SAGE可以定量分析已知基因及分析未知的基因表达情况。综述了SAGE技术的基本原理和实验流程以及近年来SAGE方法上的改进和应用。

基因表达系列分析技术的新进展

作为新近建立的研究基因表达的有效工具 ,基因表达系列分析 (SAGE)技术能同时对大量的转录物进行定性和定量分析。它不仅可以显示低丰度的转录物 ,提供基因组表达的完整信息 ,而且可以通过不同状态下基因表达图谱的比较 ,深入了解基因表达的时空性和有序性 ,从而寻找和发现新基因。本文介绍了SAGE的工作原理和方法 ,并着重对其最新的应用与研究进展进行了综述。

SAGE方法分析永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞的基因表达

目的：采用基因表达系列分析（ｓｅｒｉａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ＳＡＧＥ）方法，分析永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞及α粒子诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞的基因表达。方法：细胞培养，收获永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞及α粒子诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞；提取细胞总ＲＮＡ，分离ｍＲＮＡ，合成生物素标记的双链ｃＤＮＡ；采用ＳＡＧＥ方法获取标签序列，结合ＵｎｉＧｅｎｅ文库分析标签代表的转录本，最终通过ＳＡＧＥ软件分析标签丰度，比较两组细胞基因表达差异。选取ＳＡＧＥ实验得到的在两组细胞中表达的已知基因Ｓｍａｄ７和 ＣＣＲ１１，以 ＲＴ－ＰＣＲ方法制备探针，用两组细胞等量总ＲＮＡ为样本，做 Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ杂交。结果：建立了２个独立的 ＳＡＧＥ文库。一个是１．５ Ｇｙα粒子照射诱发恶性转化ＢＥＰ２Ｄ细胞的ＳＡＧＥ文库，一个是永生化ＢＥＰ２Ｄ细胞ＳＡＧＥ文库。从２个文库中分别挑取克隆５３个、５０个，进行测序，测序一共得到总标签２３３１个，代表单一转录本 ２５２个，有 ７０％的 ＳＡＧＥ标签可找到与之一一对应的基因，有８４个核糖体蛋白基因，约占３３％；有１２个转录本（４．８％）找不到与之理想匹配的已知基因；

基因表达系列分析

基因表达系列分析 (serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是近年来发展的以测序为基础 ,全面了解特定组织或细胞类型中基因群体表达状态的一项技术 ,它的显著特点是能够大量获取基因组范围基因表达的类别与丰度。SAGE技术已成功地应用于特异组织或细胞的转录组研究和mRNA群体间差异表达基因的鉴定。本文主要回顾了SAGE技术的原理。

结肠癌实质细胞长标签基因表达系列分析文库的建立及应用

目的:应用长标签基因表达系列分析(long serialan alysis of gene expression,LongSAGE)技术定量分析结肠癌实质细胞转录组,并筛选肿瘤相关基因。方法:应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)、RNA提取和线性扩增方法得到结肠癌实质细胞及其相应正常结肠上皮细胞的反义RNA(antisense RNA,aRNA)样品,构建LongSAGE文库;然后应用SAGE2000软件对所得序列文本进行分析,筛选肿瘤相关基因;最后采用RT-PCR方法验证该差异表达基因。结果:结肠癌细胞LongSAGE文库标签体总数为50542个,识别出基因总数为16497个。正常结肠细胞LongSAGE文库标签体总数为50124个,识别出基因总数为16417个。LongSAGE文库筛选出结肠癌差异表达基因705个(P<0.05)。转化生长因子β诱导基因(transforming growth factor β-induced gene,TGFBI)为LongSAGE文库筛选出的结肠癌相关基因,RT-PCR检测验证了其在结肠癌组织标本中表达上调。结论:LCM-LongSAGE是对结肠癌实质细胞进行定量转录组研究的可行流程。

基因表达系列分析及其应用前景

基因表达系列分析 (Serialanalysisofgeneexpression ,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术 ,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。近年来此技术广泛应用于获得表达基因谱的研究 ,并且可以发现新基因信息 ,还可发现基因的靶向定位以及对其它基因的影响 ,明确表达基因的功能。本文就SAGE的原理、实验方案。

基因表达系列分析的研究进展及应用

简要概括了SAGE的基本原理和实验程序,侧重对该技术的程序修改和完善以及该方法最近在筛选候选新基因方面的应用进行综述报道。

白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库的构建和初步分析

目的构建白念珠菌酵母相细胞长片段基因表达系列分析文库并探讨其基因表达特点。方法采用长片段基因表达系列分析技术(LongSAGE)构建白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库,并从中挑取1000个阳性克隆进行测序。结果成功构建了白念珠菌酵母相细胞LongSAGE文库。1000个测序文件中,共获得标签17773个,代表单一转录本7333种,其中单一匹配标签占16·65%,多重匹配标签占6·59%,推测蛋白标签占16·27%,基因组及粘粒等标签占1·64%,新标签为58·86%。标签拷贝数超过35的33个高表达标签中有11个可能属于新的表达序列。结论LongSAGE是一种能够快速、高通量地研究细胞基因表达谱及其丰度的方法,可发现新的表达序列。

基因表达系列性分析技术及其应用

基因表达系列性分析(SAGE)是一种高通量的基因表达模式研究技术,能够对特定细胞或组织中的大量转录本同时进行定量分析。本文综述了SAGE技术的基本原理和实验流程以及近年来SAGE方法上的改进,同时介绍了该技术的一些应用研究实例和Internet上可资利用的SAGE数据库资源。

基因表达系列分析技术在植物基因表达中的研究进展

基因表达系列分析(Serial analysis of gene expression,SAGE)是一种研究真核细胞表达基因信息的高通量检测技术,它能对细胞内所有表达基因进行定性与定量分析。SAGE技术在植物方面的应用相对较少,但在植物抗病性研究中的应用近几年发展很快。综述介绍了SAGE技术的原理与操作、实施的方法与步骤、SAGE技术的主要优点及在植物基因表达分析中的应用。明确SAGE的优势与它的缺陷,在实际应用中加以完善及采取必要的辅助方案,这样就可以构建较完美的设计思想。

基因表达系列分析技术研究进展

基因表达系列分析技术是一种以测序为基础,采用数字化分析手段,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因,获得这些基因表达丰度的数量信息,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异,具有高通量、高效性的特点,并能发现新基因。论文就基因表达系列分析技术的原理、特点及其改进进行综述。

基因表达系列分析及其在心血管系统中的应用

基因表达系列分析 (SAGE)是近年发展起来的用于大规模研究基因表达的新方法 ,具有发现新基因及基因表达定量分析的功能。其主要优点是不需事先知道基因序列且能提供组织或细胞中每一个转录本的定性和定量信息 ,对低丰度转录本敏感并可发现新的转录本。同时 ,SAGE数据库的电子特性又可允许不同研究者构建的文库之间直接进行比较。本文对SAGE技术的演进及其近年来在心血管系统疾病研究中的应用作一总结。

基因表达系列分析技术在消化道肿瘤研究中的应用

基因表达系列分析技术(SAGE)是基因表达定性和定量研究的一种新的有效手段。它不需要事先知道其基因序列,能同时对数千个转录体的丰度进行定量研究。近年来人们利用此技术对正常和疾病组织细胞的基因表达信息进行了广泛的研究,作者就SAGE在消化道肿瘤研究中的应用进展作一综述。