系统发育信息学及网络资源

系统发育信息学是近年来形成的新的学科方向,是系统学研究领域的一个新兴生长点。系统发育信息学是存贮、管理、注释、开发和加工系统树及其相关生物学信息的交叉学科。它的方法是基于计算机和网络技术,包括大型系统树及其相关生物学数据库的建立,系统树数据库网络的构架,系统树的可视化显示,小系统树的联合与超树的建立、用户查询、搜索和下载等,最终目的是要建立一个囊括地球上所有生物的系统树及其相关信息的数据库,将各种生物在树上精确定位,并进一步通过对系统发育信息的查询、搜索、联合与分析,从中获取生命进化的知识和进行生物学的预测。目前可用的系统发育网络资源主要有CIPRes和系统发育软件(PhylogenyPrograms)网站,已建立的系统发育信息学数据库包括TreeBASE,TreeofLife,Species2000,NCBITaxonomy数据库等。

超级矩阵构树方法研究进展

在后基因组时代,系统发育重建领域面临许多新的挑战。新的方法正在开发以处理高通量技术产生的庞大而复杂的分子数据。系统发育大树是研究宏观进化和生物学问题的重要手段和基础,组合几百甚至几千个基因的超级矩阵是"大树"构建的主要方法之一。与通常的小规模矩阵相比,超级矩阵构树在每个步骤上都面临方法上的挑战,包括取样策略、数据库操作、多序列比对、构树计算和树信心评估等构树环节。文章围绕超级矩阵构树方法的进展、存在的问题和将来的发展进行了简要综述。