遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探

以中国牛亚科家畜6个群体12对微卫星数据为基础,采用6种遗传距离(DA、DC、DS、Dsw,(σμ)2和DTL)和2种聚类方法(UPGMA和NJ法),探索它们对系统树构建准确性的影响。结果表明:微卫星位点平均杂合度水平显著影响系统树构建的准确性,用DA和DC遗传距离构建的系统树准确性相对较高,但很难确定NJ法和UPGMA法哪一种更适合于系统树的构建,而DTL遗传距离用于系统树构建有待进一步完善;最后,对微卫星用于家畜系统树构建的有效性和局限性进行了探讨。

基于ITS序列分析的部分榕属植物系统树构建

以榕属中黄金榕、橡皮树、小叶榕3个树种为研究对象,以其叶片为试材提取基因组DNA,进行ITS-PCR扩增。对扩增产物测序结果进行分析,在NCBI上选取同源率较高的27个树种的ITS序列与其进行同源比较,并建立系统树分析它们之间的亲缘进化关系。结果表明:30种榕属植物基于ITS序列分析与传统分类学略有差异,通过结合ITS鉴定与形态分类相结合可以为以后榕属的分类提供借鉴。

牡丹江地区部分野生大型真菌分子鉴定及系统发育树建立

鉴定牡丹江地区部分野生大型真菌并建立系统发育树,确定菌株样品间的遗传亲缘关系.采集野外野生大型真菌子实体,提取子实体DNA,确定品种种属,运用MEGA11进行系统发育树构建.实验结果表明,牡丹江地区的36种野生大型真菌分别隶属于13科,21属,36种.优势科是多孔菌科,占比31%,次优势科为红菇科,占比14%;优势属为红菇属和鹅膏菌属,占比19%,其次为丝膜菌属、口蘑属、拟迷孔菌属和栓菌属,占比14%.

基于UPGMA的恶意代码系统发生树构建方法

借鉴生物信息学中的物种系统发生树构建方法,提出了基于恶意代码函数调用图和非加权组平均法(UPGMA)的恶意代码系统发生树构建方法,并利用恶意代码函数调用图的相似性距离数据对本方法进行了实验。此方法能够为恶意代码的同源及演化特性分析研究与恶意代码的检测和防范提供有力的支撑和参考。

基于分子数据的系统发生树构建

系统发生学是研究生物类群间进化关系的学科。随着测序技术、分析方法和计算能力的改进,分子数据被广泛应用,促进了系统发生学的快速发展。系统发生树已成为生态学和比较生物学等研究领域的有力工具。然而,许多研究在进行系统发生树构建时更侧重各种软件的使用,一些基本原则或注意事项有时会被弱化甚至忽视。该文详细介绍了基于分子数据进行系统发生树构建的工作流程和基本方法,包括类群取样、分子标记选择、序列比对、分区及模型选择、序列联合分析以及拓扑结构检验等关键步骤。此外,该文还为系统发生树构建常用的3种方法(最大简约法、最大似然法和贝叶斯法)提供了相应的软件操作流程和运行命令,以期为相关研究提供参考。

拟南芥HMGs家族成员全基因组分析

高迁移率族蛋白是一种非组蛋白染色体蛋白质。文中通过生物信息学的方法鉴定到17个HMGs家族基因,利用在线工具分析了HMGs家族基因的组成以及染色体定位信息,利用Clustal-W以及MEGA4.0软件构建了拟南芥HMGs家族的系统发育树,利用通过查询基因芯片结果分析了该家族基因的不同组织部位的表达情况,并推测了部分基因的功能,为进一步研究HMGs家族基因的功能提供了参考。

实用生物信息技术课程教学实例

介绍"实用生物信息技术"研究生课程的5个教学实例。以血红蛋白序列和结构为例,介绍常用生物信息技术和分析方法,包括蛋白质和核酸序列相似性比对、蛋白质和核酸序列数据库检索、Blast数据库相似性搜索、分子系统发生树构建,以及蛋白质结构比较分析等。

A型口蹄疫病毒VP1基因序列的基因分型研究

为设计A型FMDV基因分型探针建立其3个基因型的数据库,以美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库和英国口蹄疫世界参考实验室(FMDWRL)基因库中所登记的血清A型口蹄疫病毒(FMDV)VP1基因序列为研究对象,运用双序列比对和构建系统发育树的方法对未知基因型的VP1序列进行基因分型并比较两种方法的分型结果。结果表明,两种分型方法的分型率均达到92%,分型结果基本一致。运用这两种方法都可实现对A型FMDV VP1序列的基因分型。

一株兼性厌氧反硝化细菌的分离与鉴定

本项目从水产养殖的实际需求出发,尝试对具有水质净化作用的硝化细菌及其群落中其它菌种进行分离和鉴定。本实验中利用硝化细菌可氧化铵根获得能量的营养特性,采用四种简单的无机盐(包括NH₄Cl、NaHCO₃、Na₂HPO₄、NaCl)及琼脂糖配置了分离硝化细菌群落的简易培养基。在饲养热带观赏鱼采用的28℃、潮湿条件下,经过10天培养后,长出了两种不同的菌落。经16S rRNA测序和核酸序列比对,可知其中一种菌落为硝化细菌Alcaligenes faecalis,另一种为兼性厌氧菌Dysgonomonas的新种。该新种的16S rRNA序列与其系统发生树上最接近的已命名物种Dysgonomonas oryzarvi (CBA7536品系,序列号MN646999.1)有93.29%相似度。其系统发生树由TreeView X软件构建。在以上描述的生长条件下,该种经推断为反硝化细菌,通过还原Alcaligenes faecalis的硝化产物获得能量。

深圳市龙华区一起输入性登革热疫情的分子流行病学研究

目的对2017年深圳市龙华区一起输入性登革热病原体进行分子遗传学分析。方法利用C6/36细胞从病人血清中分离登革热病毒(Dengue virus,DENV),对分离得到的DENV的E基因进行测定和系统发生树构建,结合现场流行病学资料对其分子遗传学进行分析。结果成功分离得到1株DENV-1,命名为SZLH_17JB00855_2017。E基因的扩增获得两条目的产物,分别为1 010 bp和829 bp。目的产物经测序拼接后,最终得到长为1 485 bp DNA序列;NCBI数据库多序列在线比对结果显示SZLH_17JB00855_2017毒株E基因与越南2007、2008及2011年分离毒株E基因序列的覆盖率在99%~100%之间;系统发生树分析结果显示,SZLH_17JB00855_2017与VNBID-V1686/2007、VNBID-V1691/2007、VNBID-V3908/2008、VNBID-V3909/2008、VN09DX879/2011亲缘性最近,与近年来广东省各地市暴发的分离株亲缘性较远。结论现场流行病资料和实验室分子遗传学分析都提示本案例报告的登革热病例属于输入性病例,输入地极有可能是越南。

生命溯源

羊驼和美洲驼的驯化起源机制中国科学院动物研究所詹祥江团队与来自山西农业大学、英国卡迪夫大学、华大基因、智利比奥比奥大学等国内外机构的科学家合作,回答了羊驼和美洲驼的起源问题。研究论文发表于Genome Biology。研究人员广泛采集了安第斯山脉4个相关物种28个个体的血液样品,通过对全基因组序列分析和系统发生树构建,发现羊驼起源于骆马,而美洲驼则驯化自原驼。