基于3个基因16种胡椒鲷分子系统进化关系

为从分子水平分析胡椒鲷属鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,采集印度-西太平洋分布的胡椒鲷鱼类16种,利用PCR扩增及测序方法获得这16种鱼类线粒体Cyt b及核RAG2、S7标记序列,基于最大似然法与贝叶斯法构建分子系统进化关系。结果显示:16种鱼类Cyt b同源序列为657 bp,编码219个氨基酸;RAG2同源序列为726 bp,编码243个氨基酸;S7基因同源序列为729 bp,序列存在大量碱基插入与缺失。以大斑石鲈及断斑石鲈为外类群构建分子系统进化树,进化树上胡椒鲷鱼类主要分为3个分支,分支Ⅰ胡椒鲷具鲜艳的体色与斑纹,分支Ⅱ与分支Ⅲ胡椒鲷色彩单一,无鲜艳斑纹,与形态分类结果相似。少棘胡椒鲷属在进化树上并未形成独立的分支,而是位于胡椒鲷属内部。比较分析少棘胡椒鲷属、胡椒鲷属鱼类鳍棘数目与各物种在进化树上的分类关系,并未发现鳍棘数目与物种亲缘关系存在相关性。研究结果表明,在胡椒鲷类群中,背鳍鳍棘数可作为形态上区分不同胡椒鲷种类的指标,但未必能作为胡椒鲷鱼类亲缘关系远近的划分依据。结果支持目前大多数分子分类研究结果,少棘胡椒鲷鱼类应归为胡椒鲷属。

中国蓑鲉亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果显示:除盔蓑鲉(Ebosia bleekeri)和安狭蓑鲉(Pteroidichthys amboinensis)只有一个样本无法测定外,其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍,显示COⅠ基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上,蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系,其中蓑鲉属(Pterois)与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中,翱翔蓑鲉(P.volitans)与斑鳍蓑鲉(P.miles)聚为一支,两者关系较近,但COⅠ遗传距离为0.042,大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离,支持两者为两个独立物种的观点;触须蓑鲉(P.antennata)、辐蓑鲉(P.radiate)和黑颊蓑鲉(P.mombasae)聚为一支,独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外,并与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)的花斑短鳍蓑鲉(D.zebra)以及盔蓑鲉属(Ebosia)的种类聚在一起,与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似;但这3种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属,还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品研究验证。

东方蜜蜂微孢子虫RRDRP的分子特性及系统进化分析

【目的】通过对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的Rad18-like重组与DNA修复蛋白(Rad18-like recombination and DNA repair protein,RRDRP)进行系统进化分析,为进一步研究其功能提供理论依据。【方法】利用Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析RRDRP的理化性质、亲水性和三级结构。利用SignalP 4.1 Server、NetPhos 3.1 Server、TMHMM和SOPMA等软件预测RRDRP的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域及二级结构。使用PSORTⅡ软件预测RRDRP蛋白的亚细胞定位。使用MEME软件预测东方蜜蜂微孢子虫和其他物种RRDRP的保守基序。通过Mega 11.0软件对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的RRDRP进行氨基酸序列多重比对,并采用邻接法构建系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP基因含有2928个核苷酸,可编码975个氨基酸,分子质量约11.50 ku,脂溶系数93.58,等电点6.63,分子式C_(5135)H_(8253)N_(1377)O_(1545)S_(34),平均亲水系数为-0.627,可同时定位于细胞核、细胞质、过氧化物酶体和细胞骨架;RRDRP包含55个磷酸化位点、678个α-螺旋、99条延长链、22个β-转角及176个无规则卷曲;RRDRP不含信号肽与跨膜结构域。东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、颗粒病微粒子虫等11个物种的RRDRP中均含有5个相同的保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3、Motif 4和Motif 5)。东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微粒子虫在进化树上聚为一支,同源性较高。【结论】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP是潜在的亲水性蛋白和胞内蛋白,在东方蜜蜂微孢子虫以及其他微孢子虫和真菌中高度保守。【目的】通过对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的Rad18-like重组与DNA修复蛋白(Rad18-like recombination and DNA repair protein, RRDRP)进行系统进化分析,为进一步研究其功能提供理论依据。【方法】利用Protparam、ProtScale和SWISS-model等软件分析RRDRP的理化性质、亲水性和三级结构。利用SignalP 4.1 Server、NetPhos 3.1 Server、TMHMM和SOPMA等软件预测RRDRP的信号肽、磷酸化位点、跨膜结构域及二级结构。使用PSORT Ⅱ软件预测RRDRP蛋白的亚细胞定位。使用MEME软件预测东方蜜蜂微孢子虫和其他物种RRDRP的保守基序。通过Mega 11.0软件对东方蜜蜂微孢子虫和其他物种的RRDRP进行氨基酸序列多重比对,并采用邻接法构建系统进化树。【结果】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP基因含有2 928个核苷酸,可编码975个氨基酸,分子质量约11.50 ku,脂溶系数93.58,等电点6.63,分子式C5135H8253N1377O1545S34,平均亲水系数为-0.627,可同时定位于细胞核、细胞质、过氧化物酶体和细胞骨架;RRDRP包含55个磷酸化位点、678个α-螺旋、99条延长链、22个β-转角及176个无规则卷曲;RRDRP不含信号肽与跨膜结构域。东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、颗粒病微粒子虫等11个物种的RRDRP中均含有5个相同的保守基序(Motif 1、Motif 2、Motif 3、Motif 4和Motif 5)。东方蜜蜂微孢子虫与颗粒病微粒子虫在进化树上聚为一支,同源性较高。【结论】东方蜜蜂微孢子虫RRDRP是潜在的亲水性蛋白和胞内蛋白,在东方蜜蜂微孢子虫以及其他微孢子虫和真菌中高度保守。

草地早熟禾胚胎发生标记基因BBM的鉴定及系统进化分析

【目的】利用生物信息学方法,鉴定草地早熟禾(Poa pratensis)胚胎发生标记基因PpBBM,并通过保守基序比对和进化树分析,推测可能具有孤雌生殖功能的PpBBM基因。【方法】基于草地早熟禾转录组数据库信息,检索PpBBM基因。通过生物信息学软件分析PpBBMs蛋白理化特性,比较不同PpBBMs蛋白的系统进化关系和保守基序差异。【结果】共获得3个具有完整开放阅读框的PpBBMs基因,其编码的蛋白均含有2个AP2结构域,其中,PpBBM1和PpBBM2具有相同的motif类型和数量。3个PpBBMs蛋白都是酸性蛋白,定位于细胞核,不存在跨膜结构和信号肽。系统进化分析表明,30个物种的BBM/BBML蛋白成员共聚为5类。其中,PpBBM1、PpBBM2聚在第2分支,分别与BdBBM和SbBBML亲缘关系最近;PpBBML位于第5分支,与ZmBBML亲缘关系最近。PpBBM1、PpBBM2和PpBBML均具有BBM基因所特有的bbm-1基序以及AP2亚家族特定的euANT2-4基序,但PpBBML蛋白的所有基序均有个别氨基酸残基存在变异。【结论】与PpBBML基因相比,PpBBM1和PpBBM2更有可能具有诱导孤雌生殖的功能。

新疆喀什地区腹泻羔羊源产ESBL大肠杆菌的耐药性和系统进化分群研究

目的了解新疆喀什地区腹泻羔羊源产ESBL大肠杆菌的流行情况及耐药性,指导临床大肠杆菌病的防治。方法采集385份喀什地区腹泻羔羊肛周粪便,分离得到371株大肠杆菌,通过双纸片协同法筛选产ESBL大肠杆菌,对筛选到的菌株进行耐药基因鉴定、耐药性分析和系统进化分群研究。结果371株大肠杆菌中204株为产ESBL菌株,bla CTX-M、bla CTX-M-1G、bla CTX-M-9G和bla TEM耐药基因携带率分别为67.65%、69.12%、30.39%和63.73%,产ESBL阳性菌株均为多重耐药,对氨苄西林、头孢噻肟、庆大霉素、恩诺沙星、阿奇霉素、四环素、氯霉素、甲氧苄啶、氨曲南8种药物的耐药率为90.69%~100%,系统进化分群主要分布于A群和D群,其中A群菌株以10重耐药为主(41.11%),D群菌株以11重耐药为主(40%)。结论产ESBL菌株大肠杆菌是引起喀什地区羔羊腹泻的主要病原菌,以A群为主,且均为多重耐药。

江苏地区一株鲤浮肿病毒的检测和系统进化分析

为及时掌握江苏省水生动物重大疫病流行趋势以便采取控制措施,应用国标或行标方法对江苏地区某养殖场的健康鲤鱼样品进行水生动物重大疫病监测,检测了锦鲤疱疹病毒(koi herpes virus, KHV)、鲤春病毒血症病毒(spring viremia of carp virus, SVCV)和鲤浮肿病毒(carp edema virus, CEV)。结果显示CEV阳性,系江苏省首次检出CEV。基于CEV P4a基因进行系统进化分析,结果显示该病毒与NCBI序列号为KY024583.1的CEV亲缘关系最近。该研究可为江苏省鲤浮肿病毒的流行传播规律探寻、疾病诊断和防控提供重要依据。

西北部分地区密点麻蜥线粒体基因系统进化分析

研究旨在探讨西北地区密点麻蜥的系统进化关系,对密点麻蜥的线粒体ND2与ND4基因进行扩增并测序,基于ND2与ND4基因与国内其他麻蜥品种构建系统进化树,分析系统进化关系。结果显示,甘肃盐池湾与内蒙古鄂前旗的密点麻蜥存在基因流。基于ND2基因建立的系统进化树显示,宁夏沙坡头的密点麻蜥M88与内蒙古乌审旗的M102也存在基因流。研究表明,为保护密点麻蜥的种质资源和维护物种多样性,在制定保护措施时应避免过度的基因交流,并适当控制与近缘物种的渗透杂交。

河八王叶绿体基因组的结构特征与系统进化分析

河八王具有分蘖力强、抗倒伏、抗病能力强等优良性状,是甘蔗杂交育种的优良亲本。为了分析河八王在禾本科中的系统进化地位,采用第二代高通量测定技术对河八王的叶绿体基因组进行测序、组装和注释,分析其结构特征和系统进化关系。结果显示,河八王叶绿体基因组全长141218 bp,NCBI注册号为ON807673;具有2个反向重复序列IRA和IRB(22794 bp)、长单拷贝区(LSC,83095 bp)和短单拷贝区(SSC,12535 bp);具有103个蛋白质编码基因、8个r RNA和38个t RNA;具有114个SSR位点,三核苷酸重复类型最多,五核苷酸重复最少;系统进化表明,河八王与甘蔗属的甘蔗和甜根子草的亲缘关系最近。本研究结果为河八王种质鉴定和谱系地理分析提供了理论依据。

裂腹鱼类系统进化及高原适应性研究进展

裂腹鱼类是分布于青藏高原及其周边地区的一群鲤科鱼类,随着青藏高原的隆升由原始的鲃亚科鱼类逐渐演化为适应于寒冷、高海拔和急流等恶劣环境的一个自然类群,其共同特征是肛门和臀鳍基部两侧各有一列特化的鳞片(臀鳞),具有生长缓慢、性成熟晚、寿命较长、繁殖力低等生活史特征。裂腹鱼类是四倍体起源,多倍体化事件在其进化过程中发挥了重要的作用。裂腹鱼类特殊的地理分布、形态特征、遗传结构和生活史对策使其成为研究多倍体鱼类和高原适应机制的重要材料,并受到科学家们的广泛关注。本文综合分类学、系统发育与生物地理学、遗传学和生物学等领域,重点从考古学和系统学等多角度对裂腹鱼类的起源与进化进行论述,基于转录组学阐述裂腹鱼类高原适应的分子机制,较为全面地总结了高原多倍体鱼类的系统进化及极端环境适应。

新疆帕米尔牦牛群体线粒体DNA的遗传多样性及系统进化分析

为了从分子水平上探究新疆帕米尔牦牛群体的遗传多样性、亲缘关系,为帕米尔牦牛种质资源的保护与利用提供参考依据,该研究以克孜勒陶牦牛、布伦口牦牛、吉根牦牛、哈拉峻牦牛、库兰萨日克牦牛、苏木塔什牦牛等6个帕米尔牦牛类群的111头牦牛为研究对象,测定牦牛mtDNAD-loop区序列,分析其多态性,构建系统进化树。结果表明:帕米尔牦牛mtD-NAD-loop区序列长度为895~916bp,共检测到111个变异位点,其中单态突变位点36个,简约信息位点75个;在111头个体中共检测出33种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.9206、0.02613;6个类群间平均遗传距离为0.027,哈拉峻牦牛与克孜勒陶牦牛间遗传距离最小(0.019)。以上结果表明,帕米尔牦牛具有丰富的遗传多样性,苏木塔什牦牛、哈拉峻牦牛是较纯的牦牛类群,其它牦牛类群在进化过程中出现相互交流的情况。

貂熊线粒体基因组全序列分析及其系统进化

为了更好地了解貂熊(Gulo gulo)的起源、进化等生物学信息,采用PCR方法克隆貂熊的线粒体基因组全序列,利用测序技术等常规分子生物学手段对其进行分析。结果显示:貂熊基因组序列全长为16575 bp;同其他哺乳动物相同,含13种蛋白质、22种转运RNA(tRNA)、2种核糖体RNA(rRNA)和1个非编码控制区(D-loop)。4种碱基组成分别为:A=32.18%、G=14.26%、T=26.75%、C=26.81%;AT含量(58.93%)>CG含量(41.07%),存在显著的AT富集。基于基因组全序列数据,以棕熊(Ursus arctos)为外群,采用邻接法和最大似然法构建鼬科(Mustelidae)22种动物的进化树,结果显示貂熊同貂属(Martes)动物关系较近,貂熊同7种貂属动物聚成一支后,再同猪獾(Arctonyx collaris)和狗獾(Meles meles)聚成一支组成并系群,结果证实貂熊同渔貂(Martes pennanti)和黄喉貂(M.flavigula)的亲缘关系最近。

基于系统进化树的重大工程复杂性动态演化研究

通过文献析出重大工程影响因素形成重大工程复杂系统,并移植生物进化生态理论于重大工程研究领域中,结合“情境-策略”的适应性等特征,探索了复杂程度影响因素在重大工程发展过程中的变化程度和演化过程。研究发现,随着复杂性的增强,战略、价值、文化、跨组织、信息等相关影响因素得到了强烈进化,并凸显出高度复杂性。53个影响因素中有26个因素达到了5次进化,占比达到49.06%,表明系统总体进化水平高。该研究可以丰富重大工程复杂性的理论维度与影响因素,解释重大工程复杂性的来源,预测复杂性影响因素的未来走向,了解复杂性维度与影响因素之间的相关性。

缩骨鲫Cyt b基因和控制区序列克隆及系统进化分析

研究通过Sanger测序法对天然雌核发育的缩骨鲫(Carassius auratus var. Suogu)线粒体DNA的Cyt b基因和控制区进行扩增和测序,并与已发表的其他鲫属鱼类的Cyt b基因进行系统进化分析,探讨缩骨鲫与其他鲫属鱼类的系统进化关系。结果表明:缩骨鲫线粒体DNA中Cyt b基因和控制区全序列分别长1 141和924 bp;其中,Cyt b基因的碱基含量为29.1%(T)、27.9%(C)、28.7%(A)和14.3%(G),控制区序列的碱基含量为32.6%(T)、20.7%(C)、32.6%(A)和14.1%(G);2种序列中G+C含量均明显低于A+T含量,且G含量偏低,显示了与其他脊椎动物线粒体核苷酸碱基含量相似的特征;控制区序列可以分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,均识别到了对应的保守序列;基于邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建缩骨鲫与其他鲫属鱼类Cyt b基因的系统进化树表明,缩骨鲫与红鲫和淇河鲫的亲缘关系最近,而缩骨鲫与野鲫、淇河鲫和红鲫分布在同一个姐妹支系,进一步说明缩骨鲫可能起源于野鲫,是野鲫的一个地方种群。

九叶青花椒叶绿体基因组结构及系统进化分析

[目的]揭示九叶青花椒叶绿体基因组的结构特征及其与其他物种的系统进化关系,为花椒属种质资源的鉴定、新品种的培育及品种间的遗传分析提供参考。[方法]使用改良CTAB法提取九叶青花椒叶片总DNA。利用BGISeq-500平台进行高通量测序,SPAdes v3.13.0软件组装叶绿体基因组,通过GeSeq注释九叶青花椒的全叶绿体基因组信息,对其叶绿体基因组序列的结构特征、重复序列、密码子偏好性及系统进化关系进行分析。[结果]九叶青花椒叶绿体基因组为典型的四分体组成结构,全长序列为158579 bp,编码133个基因;测到19个串联重复序列,49个长片段重复,70个简单重复序列;九叶青花椒叶绿体基因组中的蛋白编码基因共有26398个密码子(不包括终止密码子),在密码子第三位碱基上有较强的A/T碱基偏好性。[结论]本研究首次组装了九叶青花椒叶绿体基因组全序列,明确了花椒属为单系类群,九叶青花椒与野花椒(Z.simulans)关系密切,这将为花椒的遗传信息、花椒种质资源评价、分子育种、cpSSR分子标记的开发及遗传多样性等研究提供了重要参考。

家蚕核型多角体病毒lef-8基因克隆及系统进化分析

【目的】了解云南省德宏州陇川县蚕区家蚕核型多角体病毒(BmNPV)株系的遗传地位和多样性,为厘清云南蚕区BmNPV的起源及科学防控家蚕血液型脓病提供参考依据。【方法】对分离自云南省德宏州陇川县蚕区的BmNPV进行lef-8基因克隆,通过ExPASy、SignalP 5.0、TMHMM 2.0、NetOGlyc 4.0、NetPhos 2.0及SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,并基于lef-8基因核苷酸序列相似性,采用MEGA7.0中的邻接法(NJ)构建系统发育进化树。【结果】云南省德宏州陇川县蚕区BmNPV-YNLC株的lef-8基因序列全长2631 bp,共编码876个氨基酸残基;其编码蛋白(LEF-8)无信号肽序列,也不存在跨膜结构域,蛋白分子量为101.63 kD,理论等电点(pI)为8.8;在第750~800位氨基酸残基区域具有较高的疏水性,部分氨基酸位点表现为亲水性,且具有较高抗原指数和表面可及性;存在6个潜在的N-糖基化位点,62个磷酸化位点(25个丝氨酸磷酸化位点,23个苏氨酸酸化位点,14个酪氨酸磷酸化位点),但不存在O-糖基化位点。BmNPV-YNLC株与BmNPV-T3株的lef-8基因核苷酸序列相似性为99.7%,BmNPV-YNLC株lef-8基因在第96~98位核苷酸序列上存在3个碱基(CAA)缺失;此外,还存在2个非同义突变(^(646)T→A和^(1895)C→G)和7个同义突变。基于lef-8基因核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树显示,BmNPV-YNLC株与日本和韩国地区的BmNPV亲缘关系较近,而与我国流行的BmNPV遗传关系较远。【结论】lef-8基因在不同地区来源的BmNPV株系中高度保守,BmNPV-YNLC株与日本和韩国地区的BmNPV亲缘关系较近,但其LEF-8蛋白N端存在氨基酸缺失突变,说明BmNPVYNLC株为云南蚕区的新流行株系。

重症监护病房耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药基因型及系统进化分析

目的通过分析某三甲医院重症监护病房(ICU)的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药基因及系统进化关系,为耐药菌防控的管理提供参考依据。方法收集安徽医科大学第二附属医院2018年3―7月ICU住院病人分离的19株CRKP,使用VITEK-2 Compact系统进行细菌鉴定及药敏试验,应用Illumina Hiseq 2500平台进行全基因组测序(WGS),应用MLST软件测定ST型,应用Kaptive软件检测荚膜型,应用Staramr软件筛查菌株的耐药基因,应用Ridom SeqSphere+软件进行cgMLST分型及最小生成树(MST)的构建,并应用CSI Phylogeny 1.4软件及FigTree v1.4.4软件构建最大似然树(MLT),以分析其系统进化关系。结果19株CRKP除了对替加环素敏感,对其他常用抗菌药物均呈现耐药,19株CRKP均携带blaKPC-2耐药基因,均属于ST11-KL64型,MST图中以AY7007、AY7003为中心聚集为一簇,cgMLST分型均为CT1774型,MLT图显示分为四组克隆型,组内亲缘性关系相近。结论该院ICU分离的CRKP以ST11-KL64-CT1774型为主,并具有多重耐药性,存在医院内播散的风险。

帚状江蓠质体UPA和线粒体COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析

为研究海南省帚状江蓠(Gracilaria edulis)野生群体的种质资源、遗传多样性状况及红藻门物种间亲缘关系,采集海南省文昌和莺歌海潮间带的野生帚状江蓠,采用PCR扩增获得帚状江蓠质体UPA基因片段(质体23S rRNA V区域)和线粒体COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。结果表明,UPA基因片段T、C、A、G的含量分别为26.2%、16.2%、30.3%、27.3%;COⅠ基因片段T、C、A、G的含量分别为39.2%、15.1%、27.6%、18.1%;UPA和COⅠ基因片段的A+T的平均含量分别为56.5%和66.8%。UPA基因片段长度为370bp,共检测出1种单倍型,无多态性位点;COⅠ基因片段长度为664bp,共检测出2种单倍型,3个多态性位点,均为简约信息位点。与UPA基因相比,COⅠ基因具有更高的变异度,更适合用于帚状江蓠遗传多样性的分析。基于UPA和COⅠ基因片段对帚状江蓠进行系统进化分析,两者结果一致,结合形态学分析表明,帚状江蓠应是江蓠属内独立的分支。

国内外5个典型鹅品种线粒体DNA遗传多样性与系统进化分析

为探讨国内外典型鹅品种资源的遗传多样性与系统进化关系,本文利用Sanger测序,测定了5个大、中、小型鹅品种,共100个样本的线粒体DNA细胞色素b(mtDNA Cytb)基因部分序列,并使用MEGA、DNASP等软件进行分析。结果显示:在矫正后的mtDNA Cytb基因606 bp序列中发现了23个多态性位点,占总碱基数的3.79%,其中简约信息位点21个,占多态性位点的91.30%;5个品种共具有31个单倍型,其中共享单倍型2个。5个鹅品种按种间遗传距离的远近,大致可分成2大类族群,霍尔多巴吉鹅为一类,其他4个鹅品种为一类。狮头鹅、浙东白鹅、扬州鹅、太湖鹅的核苷酸多样性和单倍型多样性高;其Fu s Fs值和Tajima s D值均为正值且符合中性检验,同时碱基错配分布曲线呈多峰分布,表明群体趋于稳定。霍尔多巴吉鹅群体内未发现多态位点,且与上述4个鹅品种遗传距离较远,可作为父本或母本与上述4个大、中、小型鹅品种杂交,利用杂交优势培育专用品系或生产商品代霍杂鹅。

北京油鸡线粒体D-loop区遗传多样性及系统进化研究

为了从母系遗传的角度探讨北京油鸡的遗传多样性和系统进化,研究测定了165只北京油鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列,分析其遗传多样性并结合NCBI下载的43个其他鸡种序列构建了系统发育树。结果显示,北京油鸡mtDNA D-loop区全序列长度1231~1232 bp,存在一处碱基缺失;共发现26处单核苷酸变异位点,组成了13种单倍型;核苷酸多样性为0.00427±0.00074,单倍型多样性为0.563±0.047,核苷酸平均差异数为5.258;北京油鸡13种单倍型可划分为A、B、C、E四个分支,其中C分支为优势分支,占检测个体的73.3%。结果表明,北京油鸡线粒体遗传多样性呈中等水平,保种效果较好。

宁夏野生岩羊PPRV全基因组测定与系统进化分析

为探究宁夏野生岩羊(Pseudois nayaur)小反刍兽疫病毒(Peste des petits rumi-nants virus,PPRV)的分子遗传特征,根据Gen Bank公布的PPRV基因组序列设计并合成13对全基因组扩增引物,通过RT-PCR和DNA测序及拼接获取毒株(wild-bharal/China-NXYH/2021株)全基因组序列,借助DNASTAR和MEGA 7.0软件进行序列分析。结果显示:该毒株属于基因Ⅳ系,基因组全长为15954 nt;在系统进化上,与2013年以来中国流行株和2016—2017年蒙古流行株亲缘关系较近,共同组成一个小的进化分支;在全基因组一致性分析中,与国内新疆流行株goat/China-XJYL/2013一致性最高(99.4%),与国内其他野生动物PPRV株wild-bharal/China-Tibet/2008、Ibex/China-XJBZ/2015和Procapra-przewalskii/China-GS/2018的一致性分别为96.8%、98.8%和99.0%。在H和F蛋白氨基酸多态性分析中,发现该毒株H和F蛋白中均出现了独特的氨基酸突变,分别为H蛋白的R285Q、S421R和F蛋白的R/K/T3W、Q305R。结果表明,小反刍兽疫病毒已传入宁夏野生动物种群,为我国小反刍兽疫根除工作带来新的困难和挑战,需加强对宁夏野生动物PPRV感染情况的追踪和监测,以便及时从传染源和传播途径方面阻断PPRV的传播。