猪源致泻大肠埃希菌系统进化分群及致病型检测

为明确长春地区某规模化猪场大肠埃希菌系统进化分群、毒力基因和致病型分布以及耐药情况。采用PCR对分离自哺乳仔猪、妊娠母猪、哺乳母猪和断奶仔猪粪便的129株大肠埃希菌进行系统进化分群的检测;采用多重荧光实时定量聚合酶链式反应检测菌株毒力基因,鉴定致泻大肠埃希菌(DEC)的致病型;并检测17种抗生素耐药情况。结果显示B1群为优势群(51.94%,67/129)。共检出DEC 47株,分离率为36.43%,其中肠道聚集性大肠埃希菌(EAEC)38株(29.46%,38/129),均携带astA基因,其中25株属于B1群,13株属于A群;肠道致病性大肠埃希菌(EPEC)6株(4.65%,6/129),均携带escV基因,其中5株属于B1群,1株属于B2群;产肠毒素大肠埃希菌(ETEC)1株(0.78%,1/129),携带stp基因,属于A群;肠道出血性大肠埃希菌(EHEC)1株(0.78%,1/129),携带stx2基因,属于B1群;EAEC-EPEC检测出1株(0.78%,1/129),毒力基因型为astA-escV,属于B1群;此次分离到的DEC未发现EIEC和DAEC这2种类型。经检测发现DEC的毒力基因主要为astA基因,以EAEC型为主,在断奶仔猪来源检测出1株EAEC-EPEC杂交型菌株,并且断奶仔猪中DEC分离率最高,应作为防控的重点。

犬源大肠埃希菌系统进化分群及相关毒力基因检测

【目的】探究腹泻犬源大肠埃希菌系统进化分群以及17种毒力因子的分布情况。【方法】采用PCR对成都地区分离的30株腹泻犬源大肠埃希菌进行菌株系统进化分群鉴定,同时对17种毒力基因进行检测。【结果】系统进化分群结果显示,30株分离株中A群系占53.33%(16/30),B1群系占23.33%(7/30),D群系占23.33%(7/30),未检出B2群系。17种毒力基因中fimC检出率最高(96.67%,29/30);其次为sitA(66.67%,20/30)、ompT(46.67%,14/30)、iss(16.67%,5/30)、fyuA(16.67%,5/30)、Irp2(16.67%,5/30)、iroN(13.33%,4/30);未检出毒力基因papA、tsh、hlyF、hlyA、cvaC、astA、estA、estB、eaeA和elt。【结论】成都地区分离的30株腹泻犬源大肠埃希菌系统进化分群多样,毒力基因检出率高且复杂。

奶牛养殖场环境大肠杆菌的ERIC-PCR分型和系统进化分群

旨在了解奶牛养殖场环境中大肠杆菌流行情况及遗传多样性,探究不同样品分离菌株的遗传关系及系统进化分群情况,收集2017—2019年新疆某大型奶牛场养殖环境中的209份样品进行大肠杆菌分离和16S rRNA鉴定,对非重复菌株进行ERIC-PCR分型和系统进化分群试验。结果显示,共分离到338株大肠杆菌,分离率为67.46%。ERIC-PCR将其分为Ⅰ~ⅩⅣ共14型。Ⅳ(196株)型为优势型;其次为Ⅰ型(59株)、Ⅴ(31株)、Ⅹ(11株);剩余41株分布于其他10种型。除2株未分群外,其他被分为6个群,B1群(75.45%)分布最多,其次是A群(18.34%)、C群(2.96%)、D或E群(1.18%)、F群(0.30%)。综上表明,奶牛养殖场环境中大肠杆菌存在广泛的DNA多样性,且不同时间及来源菌株间存在较近的亲缘关系;系统进化分群以B1群为主。

华东部分地区禽致病性大肠杆菌系统进化分群及毒力相关基因的检测

采用PCR方法,对华东地区分离的66株禽致病性大肠杆菌(APEC)进行系统进化分群和9个毒力相关基因的检测。APEC分离株在各系统进化群中均有一定比例的分布,其中A群为33.4%(22/66),B1群为31.8%(21/66),B2群为13.6%(9/66),D群为21.2%(14/66)。毒力基因分布检测结果表明:编码自分泌黏附素的aatA和aatB、侵袭素ibeA、空泡形成毒素基因vat、温度敏感性血凝素tsh、摄铁系统的ybtX、耶尔森毒力岛内的ireA、VI型分泌系统的clpV1和vgrG等基因的分布率分别为59.1%、13.6%,7.58%、37.9%、36.4%、25.8%、6.06%、21.2%和42.4%,其中aatA、tsh、vat、ybtX、ireA、clpV1 6个基因在各进化群中分布较为广泛,而个别基因如ibeA仅在B2群中检出,在其他进化群没用检出。本研究有助于进一步了解禽大肠杆菌病的分子流行病学特点,并为该病的防控提供了基础。

大型奶牛养殖环境源大肠埃希菌毒力基因与系统进化分群

对甘肃2个大型奶牛养殖环境的大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)分离株进行系统进化分群和毒力基因分布情况研究,分析系统群与E.coli主要毒力基因之间的潜在关联,以期为E.coli的研究和防治提供参考。利用PCR方法对281株E.coli分离株进行系统进化分群鉴定和毒力基因检测。281株E.coli分离株被分为8个系统进化群,B1、A、E、F、D、C、B2群和隐支Ⅰ或Ⅱ的占比分别为51.96%,28.47%,11.39%,2.85%,1.78%,1.07%,0.71%,0.36%,有4株为未知系统群。毒力基因检测结果显示,ompA、ibeB、ompT、iroN、traT、iucD、fyuA和irp2的阳性率分别为100%,98.58%,76.16%,71.53%,68.33%,64.06%,30.96%,30.25%。不同年份和养殖环境的部分毒力基因的分布存在明显差异,携带8个所鉴定的毒力基因的菌株在B1、B2群和粪土源中的分布较多;traT在2017年的分布明显低于2018和2019年;traT和iroN在粪土源分离株中的分布高于污水源。系统群与毒力基因的关联性分析结果显示,A群与ompT和traT存在负相关性;B1群与ompT、irp2、fyuA和iucD存在正相关性;E群与irp2、fyuA和iucD存在负相关性,与iroN存在正相关性。系统进化分群以B1群为主,不同年份和养殖环境的部分毒力基因的分布有明显的差异;部分毒力基因的分布与系统群存在联系。

新疆犊牛源大肠杆菌系统进化及其耐药特性

本研究利用三重PCR的方法对新疆犊牛源大肠杆菌临床分离株进行系统进化分群,对不同进化群的菌株进行致病性和16种药物的敏感性试验。结果：粪便样品中分离出的127株大肠杆菌中非致病群A（37.8%）和高致病群D（30.7%）菌株分布相对较多,其次是低致病群B1（18.1%）和高致病群B2（13.4%）;其中腹泻犊牛源（B2＋D）群大肠杆菌明显多于健康犊牛。药敏结果显示,犊牛源大肠杆菌多重耐药表型的菌株占85.0%,主要分布在3耐~7耐,其中腹泻犊牛携带的大肠杆菌耐药率高于健康犊牛,D群大肠杆菌耐药率最高,B2群耐药率最低,A群和B1群居中。结论：新疆犊牛源大肠杆菌耐药性比较严重,应受到重视。

奶牛乳房炎大肠杆菌新疆分离株系统分群及其耐药特性与毒力因子分布研究

本研究利用PCR技术对奶牛乳房炎大肠杆菌新疆临床分离株进行种系分群、耐药基因和毒力基因检测,并测定大肠杆菌对16种抗菌药物的敏感性。从1 068份奶牛乳房炎样品中分离出124株大肠杆菌,分离率为11.6%,其中A群(占58.8%)分布较多,其次是B1群(占16.1%)和D群(占13.7%)及B2群(占11.3%)。药敏结果显示,分离株对常用抗生素表现出不同程度的耐药性,其中对多黏菌素B和氨苄西林的耐药率最高,分别为76.6%和75.8%;多重耐药株中以3~7耐药株较多,最多对15种抗菌药物耐药,药敏表型与基因型基本一致。在分离株中携带的主要毒力基因为irp2(29.8%),其次是ast A(21.7%)、iuc D(14.5%)、afa8E(9.6%)、ehx A(7.2%)、saa(5.6%)和tsh(1.6%),其中毒力基因Irp2在A群的出现频率要高于其他种群,而在A群中出现3种以上的毒力基因组合则少于其他种群。

新疆奶牛子宫内膜炎大肠杆菌进化分群及耐药特性研究

为了探究新疆地区奶牛子宫内膜炎大肠杆菌进化分群及耐药特性,对新疆奶牛子宫内膜炎临床样品进行大肠杆菌的分离,采用PCR技术对大肠杆菌分离株进行种系分群、耐药基因检测,测定分离株对抗菌药物的敏感性,并对产ESBLs菌株携带质粒进行了分析。结果显示,从奶牛临床样品中成功分离到210株大肠杆菌;种群分析表明,B1群(48.1%)分布最多,其次分别是A群(28.6%)、C群(12.9%)、E群(6.7%)、D群(3.8%)。210株分离株对16种抗菌药物呈现出不同程度的耐药性,其中对红霉素的耐药率最高,为95.2%,其次是氨苄西林(83.3%)、庆大霉素(73.8%)、头孢氨苄(71.9%),而对诺氟沙星耐药率最低,为6.2%,然后是复方新诺明(6.7%)、氯霉素(10.0%)、多西环素(10.5%)。所有的分离株对不同的抗菌药物耐药,其中多重耐药性主要集中在4~10耐,且耐药表型与基因型基本一致。对产ESBLs菌株携带质粒分析表明,同一质粒可以携带多种耐药基因,这些质粒可介导菌株的多重耐药。提示新疆地区奶牛子宫内膜炎大肠杆菌流行株已经对多种临床常用药物产生了较严重的耐药性,且分离株的耐药性与耐药质粒的转移密切相关。

新疆地区腹泻仔猪源大肠杆菌的分群、血清型鉴定及耐药性分析

旨在了解新疆地区腹泻仔猪源大肠杆菌的系统进化分群、血清型及耐药性。本研究对154份腹泻仔猪粪便样品进行大肠杆菌的分离鉴定,采用多重PCR方法对分离株进行系统进化分群和O血清型鉴定,通过K-B纸片法对其进行药物敏感性检测并通过PCR方法进行耐药基因检测。结果显示:共分离到154株大肠杆菌,包括ETEC(n=24)、STEC(n=21)、EPEC(n=1)、EPEC/STEC(n=2)、ETEC/STEC(n=1)和ETEC/EPEC(n=1),其他104株。系统进化分群显示,多数菌株属于B1(37%)和A群(31%)。定型菌株44株,分别属于10种血清型,以O154、O12、O8、O141和O175为主要流行血清型。151株(98%)为多重耐药菌,对复方新诺明、四环素、氨苄西林、链霉素和氯霉素的耐药率为81%~100%,对阿莫西林/克拉维酸、头孢噻肟、庆大霉素、头孢曲松、环丙沙星和阿米卡星的耐药率为31%~66%,对左氧氟沙星、多黏菌素B、头孢他啶、头孢吡肟、氨苄西林-舒巴坦、哌拉西林-他唑巴坦和亚胺培南的耐药率为1%~19%。耐药基因tetA(88%)、tetG(60%)和cmlA(45%)的携带率较高,而blaCTX-M-1G、aadA1、sul1、aac和blaCTX-M-9G均低于30%,未检测出blaCTX-M-2G、blaTEM、blaSHV和tetE。研究结果表明,新疆腹泻仔猪源大肠杆菌类型复杂,多重耐药形势严峻,耐药基因多样化,且检测出人医临床重要的抗生素耐药表型,应加强对猪场大肠杆菌的耐药性监测。

携带bla CTX-M禽大肠杆菌的多重耐药特征和体外致病性研究

【目的】探究携带bla CTX-M禽大肠杆菌的分子流行特点。【方法】检测76株携带bla CTX-M禽大肠杆菌的多重耐药谱、系统进化分群及毒力基因,并分析毒力基因与耐药特点、系统进化分群之间的关联性。【结果】药敏结果显示,携带bla CTX-M禽大肠杆菌对氟苯尼考的耐药率最高,达85.53%(65/76);其次是恩诺沙星,为48.68%(37/76);最常见的多重耐药谱为氟苯尼考+恩诺沙星+乙酰甲喹,达10.53%(8/76)。系统进化分群结果显示,主要的亚群为C群和B1群;其中,C群检出率最高,达53.95%(41/76);其次是B1群,为30.26%(23/76);E群、A群、D群和F群的检出率分别为9.21%(7/76)、2.63%(2/76)、2.63%(2/76)和1.32%(1/76);未检测出B2群和分支I群。毒力基因检测结果显示,76株携带bla CTX-M禽大肠杆菌均检出了至少4种毒力因子,且有11株菌同时携带至少11种毒力基因;其中,有13株菌同时检出禽致病性大肠杆菌(avian pathogenic Escherichia coli,APEC)的5个标志性毒力基因(iroN、iutA、hly、OmpT和iss),检出率为17.11%;有11株菌检出ColV质粒的标志基因(cva/cvi、iroN、iucD/iutA、etsAC、OmpT/hlyF和sitA),检出率为14.47%;有28株菌检出耶尔森菌强毒力岛(high pathogenitility island,HPI)的标志基因irp-2和fyuA,检出率为36.82%。【结论】携带bla CTX-M禽大肠杆菌多为多重耐药菌,且多重耐药菌株携带ColV毒力质粒可能性更高;携带bla CTX-M禽大肠杆菌的多重耐药与致病性有关联,即携带bla CTX-M禽大肠杆菌具有多重耐药的同时,具有致病的可能性更高。

四川地区猪源致病性大肠埃希菌分子分群、生物被膜形成能力及耐药性研究

为了解四川地区猪源致病性大肠埃希菌分子流行特点及流行趋势,本研究在2016—2018年,从四川省各个地区无菌采集患病猪肝脏、脾脏、肺脏、肠道等组织样品208份。通过细菌分离鉴定方法筛选出87株大肠埃希菌,通过小鼠攻毒试验确定其中22株为致病性大肠埃希菌,并对其进行分子分群、生物被膜形成能力检测、耐药性试验、耐药基因及HPI毒力基因检测。结果显示,22株致病性大肠埃希菌多分布于A群(59.09%),且生物被膜形成阳性率为72.73%,其中强成膜能力菌株占40.91%。大肠埃希菌对19种抗生素药物均有不同程度的耐药性,其中对恩诺沙星、复方新诺明、氨苄西林、阿莫西林、红霉素、四环素等9种药物的耐药率较高,为81.82%~100%;对庆大霉素、左氧氟沙星、诺氟沙星、头孢曲松等4种药物的耐药率为63.64%~72.73%;对其他药物的耐药率为4.55%~54.55%,均呈现多重耐药。22株致病性大肠埃希菌检出的耐药基因包括β-内酰胺类TEM(36.36%)、SHV(9.09%)、OXA(9.09%),磺胺类sulⅠ(63.64%)、sulⅡ(95.45%),氨基糖苷类acc(3)-Ⅱ(68.18%)、aph(3′)-Ⅱ(50.00%),氯霉素类cmlA(45.45%)、floR(81.82%),四环素类tetA(81.82%)、tetB(86.36%),喹诺酮类qurB(40.91%)共12个基因型,检测出HPI毒力基因irp1(40.91%)、irp2(13.64%)、fyuA(13.64%)3种。研究结果表明,四川省猪源致病性大肠埃希菌多分布于A群,生物被膜形成阳性率较高,存在严重的多重耐药性,四环素类、氯霉素类、氨基糖苷类及磺胺类耐药基因的携带率较高,且存在多重耐药基因与毒力基因共存情况。研究结果可为四川地区猪病的预防和治疗提供参考依据。

禽致病性大肠杆菌血清型、进化分群及毒力基因的分子流行病学调查

为了解禽致病性大肠杆菌(APEC)的分子流行特点,从华东等地区分离鉴定210株APEC菌株,然后检测其血清型、系统进化分群及毒力基因,并分析毒力因子与血清型、系统进化分群之间的关联性。血清型检测结果显示,O78、O1、O2为流行血清型。通过系统进化分群分析发现A、B1、B2及D群比例分别为21.90%、20.00%、31.90%、21.90%。毒力基因检测结果显示,fimC、mat及ibeB基因检出率为90%以上,papC、neuC、vat、ibeA检出率低于22%,且所有分离株至少含有4个毒力基因。关联分析发现,毒力基因irp2、ibeA、neuC、vat及ETT2在特定血清型中的分布较高,而papC、tsh、irp2、neuC、vat及ibeA在B2进化分群较高。结果表明,华东等地区APEC携带多种毒力基因,毒力基因分布与特定血清型及系统进化分群具有关联性,为了解当地的APEC优势流行菌株及防控提供了参考。

乌鲁木齐市售畜禽肉源大肠杆菌的耐药性分析

【目的】调查新疆乌鲁木齐市售畜禽肉中大肠杆菌的耐药性及其所携带的耐药基因情况,为肉类食品的耐药性监测及防控提供依据。【方法】从乌鲁木齐市7区19家超市采集畜禽肉样品353份,其中鸡肉90份、猪肉90份、牛肉84份、羊肉89份,对采集的肉类样品进行大肠杆菌的分离与鉴定。用麦康凯琼脂培养基和科玛嘉尿道菌群定位显色培养基对菌株进行初步筛选分离,用特异性16S rDNA法鉴定大肠杆菌。通过PCR对分离菌株进行系统发育分群,采用K-B纸片琼脂扩散法测定分离菌株的耐药表型,PCR扩增法获得相应的耐药基因并测序。【结果】从乌鲁木齐市353份市售畜禽肉样中分离鉴定得到大肠杆菌252株。系统发育分群结果显示,分离的252株大肠杆菌菌株以A群(79.4%)为主,其次是B1群(12.3%)。耐药表型测定结果表明,大肠杆菌对四环素(49.6%)、氨苄西林(41.6%)、复方新诺明(30.9%)和氯霉素(26.6%)的耐药率较高;而对阿米卡星(1.9%)、多粘菌素B(0.8%)和氨苄西林-舒巴坦(0.4%)的耐药率较低。耐药基因tetA、bla TEM、cml1、aadA1、aac、sul1和bla CTX-M的检出率分别为90.4%,32.1%,31.3%,27.4%,14.5%,12.8%和9.2%,未检出tetE、tetG和bla SHV基因。【结论】乌鲁木齐市售畜禽肉存在严重的大肠杆菌污染问题,畜禽肉作为多重耐药菌的“储存库”,在细菌耐药性的播散中发挥重要作用,应加以重视。

大肠杆菌分子分型方法研究进展

大肠杆菌是一种条件致病性的人畜共患病病原菌,对人和动物健康有着严重的危害。因致病性大肠杆菌造成的动物感染和动物产品污染在动物健康和公共卫生安全上是一个严重的问题。大肠杆菌的分子分型和系统进化分群对于准确、快速地确定大肠杆菌的污染及感染来源,判定不同大肠杆菌致病性之强弱,保障人类和动物健康,改善公共卫生环境具有重大意义。为此,文章综述了大肠杆菌的分子分型方法,以期为大肠杆菌的进一步研究提供参考。

哈尔滨地区鸡大肠杆菌流行情况分析

致病性鸡大肠杆菌流行情况对鸡大肠杆菌病的暴发具有积极的预警意义,鸡大肠杆菌的特定血清分型及其系统进化分群在一定程度上能够反映鸡大肠杆菌致病力。为了了解哈尔滨地区鸡大肠杆菌致病力流行情况,为鸡大肠杆菌病的暴发提供预警,本研究对该地区健康鸡群携带的鸡大肠杆菌血清型以及系统进化分群情况进行分析。结果显示哈尔滨地区健康鸡群携带的鸡大肠杆菌O血清型有39种,其中O8为优势血清型。全部菌株中26.37%的鸡大肠杆菌系统进化分群为B2群和D群。研究提示当前哈尔滨地区鸡大肠杆菌血清型多样,毒力情况复杂,应建立针对性应急预案。