动物遗传设计群体混合模型连锁分析方法

研究提出了一个同时含有主效基因和微效多基因的混合模型连锁分析方法。首先应用LASSO方法快速估计线性混合模型(LMM)非零的主效位点,并将这些位点效应视为固定效应;而后把基于约束极大似然法(REML)估计得到的微效多基因效应再放入LMM中作为随机效应;从而最终实现QTL遗传参数估计和基因定位连锁分析。针对系谱群体的定位分析,该模型,即LASSO-LMM法,不仅很好地继承了单独LASSO法的计算速度,而且还具有比单独LMM法更好的遗传参数估计稳健性。为了具体比较这3种定位方法,采用计算机模拟数据验证。结果表明,相比于单独LASSO法和单独LMM法,LASSO-LMM法在QTL遗传参数估计和统计效力上总体表现出更高的估计精确度和检测效率。

西农萨能奶山羊多胎基因位点的遗传聚合效应分析

【目的】分析西农萨能奶山羊不同微卫星基因位点的基因型和基因型组合在多胎性状形成中的贡献率,探索优良基因的遗传聚合效应。【方法】利用微卫星标记与群体系谱记录,以优秀多胎个体为研究起点,上溯亲代,跟踪子代,检测典型优秀母羊个体的基因型组合及其与产羔数的关系。【结果】在西农萨能奶山羊群体中找到A3A7、B1B6、C1C5和D5D94对产羔率具有正效应的标记,以及A1A5、B4B9、C2C6和D4D84对产羔率具有负效应的标记。基因型组合A3A7B1B6C1C5D5D9的聚合效应值最高(P<0.05);分析比较几个基因型对产羔数的聚合效应值可知,D5D9较D4D9高5.11%,A3A7较A1A6高15.32%,C1C5较C2C6高8.11%,B1B6较B5B10高8.50%,D7D10较D4D9高10.09%,D5D9较D1D5高15.62%,D4D9较D1D5高11.08%,D2D6较D1D5高39.64%。【结论】在亲代到F1代的基因传递过程中,基因型组合具有明显的聚合效应;在F1代到F2代的基因传递过程中,基因型组合出现了明显的分离现象。