白术内酯Ⅲ介导的肌动蛋白相关蛋白2/3抑制肠上皮间质转化以缓解溃疡性结肠炎的研究

目的:探寻白术内酯Ⅲ(AT-Ⅲ)的关键靶点,探究肌动蛋白相关蛋白2/3(Arp2/3)抑制溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法:采用有限酶切-质谱法(lip-SMap)筛选大鼠小肠隐窝上皮细胞(IEC-6)特征蛋白,进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,确定AT-Ⅲ的关键靶点。脂多糖(LPS)与IEC-6共孵育模拟UC模型,酶联免疫吸附实验(ELISA)检测白细胞介素-6(IL-6),肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量;划痕实验测定IEC-6迁移速率;蛋白质印迹法测定上皮钙黏素(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)和Arp2/3含量;分子对接评估AT-Ⅲ与关键靶点的结合能力。结果:基于lip-SMap获得的特征蛋白参与调控磷脂酰肌醇3激酶-丝苏氨酸激酶(PI3K-AKT)信号通路和紧密连接(TJ)信号通路;与对照组比较,LPS组中IL-6和TNF-α释放量升高(均P<0.05),迁移速率变快(P<0.05),E-cadherin和Vimentin的表达都有不同程度的影响(均P<0.05);与LPS组比较,LPS+CK666+AT-Ⅲ组显著降低IL-6和TNF-α含量(均P<0.01),有效逆转LPS诱导的细胞迁移变化及E-cadherin和Vimentin表达(均P<0.05);分子对接显示,Arp2/3与AT-Ⅲ有较好的结合活性。结论:Arp2/3作为AT-Ⅲ的关键靶点,可通过上皮细胞-间充质转化(EMT)缓解LPS诱导的UC。

生物信息学方法对影响肺癌发生发展关键基因的初步筛选

背景与目的肺癌是最常见的恶性肿瘤之一。对于肺癌基因芯片的研究已在很多报道里提及,但是鲜有报道汇总所有的基因芯片数据来研究肺癌的共同表达通路从而挖掘出特殊的基因标记来作为治疗肺癌的靶点。本研究从肺癌相关的基因芯片数据库(GEO DataSets)中初步筛选出与肺癌发生发展有关键联系的基因与通路。方法运用基因富集(geneset enrichment analysis,GSEA)等生物信息学方法比较选择出的6套肺癌基因芯片表达谱数据,初步筛选出在转录水平上影响肺癌的通路及基因。结果用GSEA方法分析6组芯片集中所得的通路对比,上调中皆有的通路有3条;下调中皆有的通路有26条。本研究挑选共同存在于6套芯片数据集的下调通路即紧密连接(tightjunction)通路里的基因进行meta分析,可得差异有统计学意义(P<0.05)的基因11个。结论紧密连接通路在肺癌发生发展过程中的共性可能有一定研究意义,可在后续研究中探讨通路里的显著性基因。

基于RNA-Seq技术的亚低温防护大鼠放射性肺损伤的转录组学分析

目的:分析放射性肺损伤大鼠的差异表达基因,从转录组水平揭示亚低温对大鼠放射性肺损伤的防护机制。方法:选取10只6~8周龄雄性SD大鼠并随机分为模型组与亚低温治疗组。建立放射性肺损伤大鼠模型,并对亚低温治疗组进行亚低温干预治疗,分别提取2组大鼠左侧肺组织RNA,用BGISEQ-500平台进行测序。采用edgeR差异分析软件分析2组基因表达的差异,对有统计学意义的差异表达基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析,然后采用实时反转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription PCR,real-time RT-PCR)对其中5个关键差异表达基因进行验证。结果:亚低温治疗组与模型组之间有2790个差异表达基因[错误发现率<0.001,|log_(2)(fold change)|>1],其中2257个基因上调,533个基因下调。5个关键基因real-time RT-PCR验证结果与转录组测序(RNA sequence,RNA-Seq)分析趋势一致。GO功能富集分析结果表明差异表达基因与细胞结合、代谢过程及细胞膜结构等有关;KEGG通路富集分析结果表明这些基因参与细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)、雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)、紧密连接(tight junction)及核因子-κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)等重要生物学通路。结论:获得了亚低温防护大鼠放射性肺损伤相关差异表达基因及其显著富集通路,为亚低温技术防护放射性肺损伤提供了实验依据。