紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术及其应用

紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术(UV laser crosslinking and chromatin immunoprecipitation,UV-X-ChIP)是研究蛋白质与DNA的相互作用及鉴定转录因子靶DNA的一条新途径。该技术结合DNA芯片、Southern杂交及DNA文库的构建可用于研究蛋白质与DNA的相互作用及高通量筛选已知转录因子在全基因组范围内的结合位点,这为转录因子调控网络的绘制奠定基础。笔者对紫外激光交联和染色质免疫沉淀技术及应用作一综述。

应用UV-X-IP分析酿酒酵母HSF和靶DNA的相互作用

利用紫外激光交联和免疫沉淀技术(UV laser crosslinking and immunoprecipitation,UV-X-IP)分析原核表达的酿酒酵母热激因子(heat shock factors,HSFs)和片段化的基因组靶DNA的相互作用。分别在ScSSA1、ScSSA4启动子区和编码区设计引物对免疫沉淀的DNA进行PCR分析。结果发现,紫外激光交联和免疫沉淀DNA库中富集了ScSSA1、ScSSA4启动子区HSF结合的DNA片段,而没有编码区DNA,表明HSF特异结合了靶DNA。从未经紫外激光交联样品的免疫沉淀DNA库中未获得相应PCR扩增产物,说明紫外激光在酿酒酵母HSF与靶DNA之间形成共价结合中起重要作用。