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题名黑紫色叶紫薇品种‘赤红’叶片转录组测序及注释分析
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作者
刘玉军
秦波
李媚
黄耀恒
刘芳
黄欣
刘莉
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机构
南宁树木园
广西壮族自治区林业科学研究院
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出处
《湖南农业科学》
2024年第1期1-6,共6页
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基金
广西自筹经费林业科技项目(桂林科研〔2022ZC〕第73号)。
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文摘
对黑紫色叶紫薇品种‘赤红’叶片进行高通量测序,并利用Trinity(2.8.6)对测序数据进行从头组装,共获得23791条unigene,其中91.86%的序列在NR、GO、COG、KEGG等5大数据库中得到注释;NR数据库比对到的unigene数量最多,占比91.93%,随后依次为SWISS(67.95%)、COG(60.43%)、GO(51.37%)和KEGG(35.43%)。在NR数据库中,‘赤红’紫薇所有的unigene仅比对到1个物种——石榴(Punica granatum L.),表明同属于千屈菜科的紫薇和石榴亲缘关系较近。从转录组中共筛选到4775个SSR位点,包括6种核苷酸重复类型,其中A/T和AG/CT类型占比最高。对色素合成相关通路基因进行分析,共挖掘到18个与类黄酮和花青素相关的基因,其中花青素合成通路中的UGT79B1、BZ1、UGT75C1可能是‘赤红’紫薇形成紫黑色叶的关键基因。
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关键词
紫薇品种‘赤红’
转录组
基因注释
色素合成关键基因
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Keywords
Lagerstroemia indica'Ebony Fire'
transcriptome
gene annotation
key genes in pigment synthesis
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分类号
Q943
[生物学—植物学]
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