目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜...目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜组织。提取组织基因组DNA,采用高通量测序分析胃黏膜菌群,以EGC组菌群为对照,利用线性判别效应(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析AGC组和EGC组菌群组成差异;采用受试者工作特性曲线下面积-随机森林(optimizing the area under the receiver operating characteristic curve of the random forest,AUC-RF)算法建立随机森林(random forest,RF)模型,对胃癌进展相关菌群特征进行分析。结果EGC组菌群Shannon多样性指数为2.454,明显低于AGC组(2.673),差异有统计学意义(t=2.577,P=0.013),而Chao 1指数EGC组略高于AGC组,但差异无统计学意义(t=0.619,P=0.538)。主成分分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果发现两组患者胃菌群出现明显集中,并可以相互区分(P=0.04)。LEfSe分析结果显示,LDA值≥2.0的细菌共12个属,分别为Thermus、Burkholderia、Pseudomonas、Brevibacillus、Stenotrophomonas、Salinivibrio、Uruburuella、Schlegelella、Bradyrhizobium、Nocardioides、Bacillus和Ochrobactrum。采用AUC-RF算法得到一个最优的24个细菌属组合能够最大限度地区分AGC组和EGC组(AUC=0.916,95%CI:0.841~0.990,灵敏性=0.800,特异性=0.767)。结论在胃癌进展过程中,胃菌群在组成及多样性方面发生明显改变,并发现了24个细菌属组合能够很好地区分AGC组和EGC组菌群,与胃癌进展密切相关。本研究从菌群角度为辅助临床判断胃癌进程,为探索胃癌进展相关的菌群变化提供新的理论依据和新路径。展开更多
为了解不同蜘蛛所携带的细菌多样性及群落组成的差异,基于16S r RNA基因测序技术,对采自辽宁省沈阳市的5种常见蜘蛛所携带的细菌群落进行了比较。结果表明:5种蜘蛛共注释到34门421科948属细菌。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bact...为了解不同蜘蛛所携带的细菌多样性及群落组成的差异,基于16S r RNA基因测序技术,对采自辽宁省沈阳市的5种常见蜘蛛所携带的细菌群落进行了比较。结果表明:5种蜘蛛共注释到34门421科948属细菌。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)是5种蜘蛛共有的核心菌门(>1%),土壤杆菌属(Sediminibacterium)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、无氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、贪铜菌属(Cupriavidus)和溶杆菌属(Lysobacter)是共有的核心菌属(>1%)。多样性分析显示,地表游猎的星豹蛛细菌群落的各α多样性指数均最高。PCA分析结果表明,环境因素对蜘蛛所携带的细菌群落有重要影响。研究结果对进一步了解蜘蛛所携带细菌的多样性、群落结构及其影响因素有参考价值。展开更多
文摘目的分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)患者和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)患者菌群的结构、组成,进一步确定胃癌进展相关的菌群特征。方法本研究共纳入60例胃癌患者,黏膜标本取自于癌性病灶切缘>5 cm的正常胃黏膜组织。提取组织基因组DNA,采用高通量测序分析胃黏膜菌群,以EGC组菌群为对照,利用线性判别效应(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)分析AGC组和EGC组菌群组成差异;采用受试者工作特性曲线下面积-随机森林(optimizing the area under the receiver operating characteristic curve of the random forest,AUC-RF)算法建立随机森林(random forest,RF)模型,对胃癌进展相关菌群特征进行分析。结果EGC组菌群Shannon多样性指数为2.454,明显低于AGC组(2.673),差异有统计学意义(t=2.577,P=0.013),而Chao 1指数EGC组略高于AGC组,但差异无统计学意义(t=0.619,P=0.538)。主成分分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果发现两组患者胃菌群出现明显集中,并可以相互区分(P=0.04)。LEfSe分析结果显示,LDA值≥2.0的细菌共12个属,分别为Thermus、Burkholderia、Pseudomonas、Brevibacillus、Stenotrophomonas、Salinivibrio、Uruburuella、Schlegelella、Bradyrhizobium、Nocardioides、Bacillus和Ochrobactrum。采用AUC-RF算法得到一个最优的24个细菌属组合能够最大限度地区分AGC组和EGC组(AUC=0.916,95%CI:0.841~0.990,灵敏性=0.800,特异性=0.767)。结论在胃癌进展过程中,胃菌群在组成及多样性方面发生明显改变,并发现了24个细菌属组合能够很好地区分AGC组和EGC组菌群,与胃癌进展密切相关。本研究从菌群角度为辅助临床判断胃癌进程,为探索胃癌进展相关的菌群变化提供新的理论依据和新路径。
文摘为了解不同蜘蛛所携带的细菌多样性及群落组成的差异,基于16S r RNA基因测序技术,对采自辽宁省沈阳市的5种常见蜘蛛所携带的细菌群落进行了比较。结果表明:5种蜘蛛共注释到34门421科948属细菌。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)是5种蜘蛛共有的核心菌门(>1%),土壤杆菌属(Sediminibacterium)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)、无氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、贪铜菌属(Cupriavidus)和溶杆菌属(Lysobacter)是共有的核心菌属(>1%)。多样性分析显示,地表游猎的星豹蛛细菌群落的各α多样性指数均最高。PCA分析结果表明,环境因素对蜘蛛所携带的细菌群落有重要影响。研究结果对进一步了解蜘蛛所携带细菌的多样性、群落结构及其影响因素有参考价值。
