应用线粒体控制区基因鉴定1只输入性鼠类

目的应用线粒体控制区基因(D-loop)检测技术,对口岸输入性鼠形动物进行鉴定,为口岸鼠形动物的鉴定提供技术支持。方法从口岸截获的鼠形动物尾骨中提取DNA,扩增D-loop基因,扩增产物经纯化后测序,对序列进行比对及系统发育分析。结果D-loop基因扩增出长度大约580 bp的条带,在GenBank上比对发现序列与巴鲁大家鼠同源性最高,系统进化分析显示与巴鲁大家鼠序列聚在同一分支。结论通过序列比对及进化分析可推断该截获鼠形动物可能为巴鲁大家鼠。经过文献搜索,此前国内未报道过该鼠种。

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。

南海大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼的群体遗传结构

测定了南海西沙和南沙群岛附近海区(11～12°N,15°N;110～112°E)黄鳍金枪鱼61尾(17尾成鱼、44尾幼鱼)和大眼金枪鱼26尾(22尾成鱼、4尾幼鱼)的线粒体基因组控制区部分序列(D-loop),结合GenBank数据库中印度洋、太平洋和大西洋群体的同源数据,分析结果:(1)黄鳍金枪鱼与大眼金枪鱼均具极高的单倍型多样性(Hd>99%),聚类树及群体间分化指数(FST和Snn)表明大眼金枪鱼群体分化程度明显高于黄鳍金枪鱼群体;(2)大眼金枪鱼和黄鳍金枪鱼的南海群体与印度洋群体之间基因流最强(Nm=51.638和261.280 10),其次为太平洋群体(Nm=10.868 8和-50.801 81);(3)黄鳍金枪鱼和大眼金枪鱼都基本服从群口扩张模型,而mismatch分布分别呈单、双峰,其中大眼金枪鱼的南海群体扩张较晚(Tau=7.902)且最为明显(θ1/θ0=99 999/14.752)。

秦岭细鳞鲑物种有效性的探讨

采用PCR技术获得细鳞鲑秦岭亚种25尾个体的线粒体DNA控制区598bp的序列,从Gene Bank下载黑龙江流域的尖吻细鳞鲑与钝吻细鳞鲑的同源序列,以近缘物种哲罗鲑为外类群,构建了中国细鳞鲑属的分子系统发育树,并结合形态特征讨论了细鳞鲑秦岭亚种的有效性。遗传结构分析显示,秦岭亚种与黑龙江流域两种细鳞鲑之间以及后两种细鳞鲑之间的遗传距离分别为:0.0202,0.0207,0.0199,明显大于细鳞鲑属种内遗传距离:0.0023,0.0033,0.0091。以邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建的系统发育树表明,秦岭地区的细鳞鲑单独构成一个单系群,而黑龙江流域的两种细鳞鲑构成一个大的支系。以上结论证明了秦岭细鳞鲑已经达到了亚种水平的分化,该研究的结果支持形态分类上秦岭亚种的分类地位。

基于DNA条形码鉴定口岸截获鼠类

目的利用基于线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因、线粒体控制区(D-loop)基因、16S rRNA基因的DNA条形码技术对广州口岸截获的1只死鼠进行种类鉴定。方法从鼠肌肉中提取DNA,用PCR法扩增COⅠ、D-loop、16S rRNA基因片段,将测序结果与GenBank和BOLD systems v4中鼠类的DNA条形码进行比对,用Mega 6.0构建系统发育树,计算遗传距离。结果该鼠类样本能扩增出COⅠ、D-loop、16S rRNA基因片段,通过COⅠ、16S rRNA基因扩增片段序列比对与德氏柔毛鼠Praomys daltoni同源性均为99%,D-loop基因扩增片段序列比对与猪吻柔毛鼠Praomys rostratus同源性为100%,结合形态学特征,最终鉴定为德氏柔毛鼠Praomys daltoni。结论COⅠ、16S rRNA基因片段能够对鼠类进行有效鉴定,弥补了形态学鉴定的不足之处。