毛冠鹿与3种麂属动物的线粒体细胞色素b的系统进化分析

采用PCR直接测序法 ,获得毛冠鹿、小麂、赤麂和黑麂等 4种麂亚科动物线粒体细胞色素b核酸序列36 6bp ,麂属动物之间的序列差异为 3 5 %～ 4 6 % ,毛冠鹿属与麂属之间的序列差异为 9 2 9%～ 10 11% ,麂属3种动物分歧时间约为 142～ 184万年 ,毛冠鹿与麂属动物的分歧时间约为 370万年。结合鹿科其余 3亚科动物的同源序列 ,用MEGA软件的Neighbor JoiningMethod (NJ法 )和最大简约法构建系统进化树。结果表明 ,小麂、赤麂与黑麂组成一个单系群 。

从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性

用采自四川省的岩羊和矮岩羊共 18个头骨或皮张标本 ,分析了线粒体Cytb基因114 0bp的全序列 (其中一个样品只测到 80 2bp的基因片段 )。用NJ、MP、ML等系统发育分析法分别重建的系统发育树的拓扑结构完全一致 ,均不支持矮岩羊是单系群。结果提示 :所研究的全部样品都属于同一个物种 ,即岩羊P .nayaur ,不支持矮岩羊的物种地位。根据基于 17个样品Cytb基因全序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布 ,这些岩羊样品聚为 5支 ,根据地理区划和本文分析结果 ,四川的岩羊可分为摩天岭、川西、川西北、川西南和川北 5个种群。基于 17个样品Cytb基因1137bp的编码区 ,共定义了岩羊的 16种单元型 ,在 5个种群间未发现共享的单元型.

4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究

测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊和鲁北白山羊5个品种羊415bp线粒体DNA细胞色素b基因片段,其中44个位点检出变异。分析其碱基组成和变异情况,并以鲁北白山羊为外群,用UPGMA和NJ法构建了一系列分子系统树,得到相同的拓扑结构,在分子水平从母系遗传的角度澄清4个绵羊品种的起源分化关系。结果显示:在4个绵羊品种之间,洼地绵羊与滩羊关系最近与小尾寒羊亲缘关系最远。绵羊品种内的平均差异为0185%,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测4个品种绵羊具有共同的母系祖先。

蜂猴线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了蜂猴属 (Nycticebus) 1个蜂猴 (N .coucang)和 2个倭蜂猴 (N .pygmaeus)个体的线粒体细胞色素b (cyt b)基因全序列 ,比较现有的懒猴科其他物种序列 ,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点 ,以指猴为外群重建了系统发育树。结果表明 ,在所研究的个体中 ,2个蜂猴物种碱基组成具有哺乳动物的共同特点 ,它们之间转换比 (特别是密码子第 3位 )是颠换比的 6倍多 ,大于其他种间比较 ;低的Ka/Ks值 (<0 1)说明懒猴科cyt b基因的异义突变位点受到强的选择压力作用。由cyt b基因构建的系统发育树符合懒猴科化石记录和形态学分类观点。根据化石记录和与分化时间有一定线性关系的第 3位颠换和同义突变速率 ,估算蜂猴与倭蜂猴种间、蜂猴与瘠蜂猴属间可能的分化时间分别为 30 0和 6 0

东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因的定量检测

建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法。以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒。以光度法测定质粒浓度并作为标准品。对上述基因片段,利用PRIMER EXPRESS 3.0设计引物,以梯度稀释的质粒标准品进行定量PCR反应,以SYBR Green I为荧光染料,制作标准曲线,得到基因拷贝数X与Ct值的关系为:Ct=-3.50 lgX+39.35(相关系数r为0.999)。通过对不同生长时期的东海原甲藻样品的Cytb基因mRNA含量检测,发现该基因的表达量较稳定,平均值为(45.4±4.7)拷贝/细胞,受生长状态影响不大,可作为实时荧光定量PCR的内参基因。

基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)序列的猪和兔四个疥螨分离株的系统发育关系分析

为了探讨兔疥螨分离株和猪疥螨分离株的分类地位,采用PCR技术首次扩增了分离自中国猪和兔的4个疥螨分离株的线粒体细胞色素氧化酶I(COI)基因,并与GenBank中注册的14个国外疥螨分离株的同源基因进行了比较。序列分析结果显示:扩增的4个疥螨株COI基因长度均为1427bp,序列间无插入、缺失,A+T含量(73%)明显高于G+C含量(27%),碱基组成存在明显偏移。猪和兔的4个疥螨分离株间的COI基因同源性较高(99.1%～100.0%),它们与澳大利亚人疥螨株、国外动物疥螨株的同源性范围为98.4%～99.6%。在构建的NJ树中,分离自中国猪和兔的4个疥螨分离株同澳大利亚人疥螨分离株、国外动物疥螨分离株亲缘关系较近。根据疥螨COI基因同源性分析和系统树构建结果,我们认为分离自中国猪和兔的4个疥螨分离株与澳大利亚人疥螨分离株以及国外的动物疥螨分离株均应属于同一个种。

基于线粒体细胞色素b基因的细颈囊尾蚴种群遗传多样性研究

为探讨我国细颈囊尾蚴种群之间的遗传相似性及与其他带科带属绦虫的亲缘关系,用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列研究了分离自我国四川和云南2省7地区猪、山羊和绵羊共33个细颈囊尾蚴的遗传变异,并用MEGA 4.0程序NJ法和PAUP 4.0程序MP法绘制种系发育树。本研究结果显示:细颈囊尾蚴分离株的Cyt b基因全长为1 068bp,共检测到22个单倍型,单倍型间核苷酸相似性较高(97.3%～99.9%),其与带科带属其他5种绦虫的相似性均在82%以下。系统发育树显示,7个不同地域的细颈囊尾蚴聚为一支,分为3个亚群,且与地理区域、宿主没有直接的相关性,呈现混杂的分布格局,未形成明显的地理分支或宿主分支。研究结果表明:细颈囊尾蚴Cyt b基因存在一定的遗传差异,但种内相对保守,与其他带科绦虫种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,并为细颈囊尾蚴的种群遗传学研究及其与其他带科绦虫病的鉴别诊断的建立奠定基础。

山东3个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的系统进化研究

本文测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊共3个品种部分线粒体DNA细胞色素b 基因片段,并以鲁北白山羊为外群,应用NJ法构建分子系统树。结果显示: 44 个位点检出变异,绵羊群体变异度为0.0102,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测3个品种具有共同母系祖先;洼地绵羊与大尾寒羊关系较近,与小尾寒羊亲缘关系最远。

线粒体细胞色素C与细胞凋亡

细胞色素C（cytochromec，Cyt-c）是线粒体呼吸链中传递电子的载体，由核基因编码的多肽和线粒体编码的亚铁血红素组成。表面带正电荷，松散地结合在富含不饱和脂肪酸的线粒体内膜外侧心磷脂上．不能自由通过线粒体外膜。在呼吸链的电子传递过程中，电子由复合体-Ⅰ或复合体-Ⅱ，通过泛醌依次传递给复合体-Ⅲ（Cyt-c还原酶）：Cyt-c、复合体一Ⅳ（Cyt-c氧化酶）．

基于线粒体细胞色素b基因全序列分析贵妃鸡的遗传多样性

为了利用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列分析贵妃鸡的遗传多样性,试验采用PCR和直接测序法分析贵妃鸡的种群遗传结构,共获得了30个样本的线粒体Cyt b基因全长(约1 143 bp)序列。结果发现:4个变异位点,界定了5种单倍型,无插入、缺失和颠换,并且变异位点多发生在密码子的第2位点;贵妃鸡群体核苷酸多样度(Pi)为0.000 45,单倍型变异度(Hd)为0.386±0.020,群体平均核苷酸差异数(K)为0.515;由邻接法(NJ)分子系统树可知,贵妃鸡所有个体均起源于红色原鸡。

不同时间点脑出血大鼠脑组织中缺氧诱导因子1α和线粒体细胞色素C的表达

目的探讨不同时间点脑出血大鼠脑组织中缺氧诱导因子(HIF)-1α和线粒体细胞色素(Cyt)-C的表达。方法 120只健康Wistar老年雄性大鼠随机分为假手术组和脑出血模型组。应用自体血尾状核定位注射方法建立大鼠自体血脑出血模型。均于术后12、24、48、72 h、5和7 d处死。采用酶联免疫法和实时多聚酶链反应(RT-PCR)检测脑组织HIF-1α、Cyt-C蛋白及mRNA水平。结果与假手术组比较,脑出血模型组在不同时间点脑组织中HIF-1α、Cyt-C蛋白和mRNA水平均明显升高(P<0.001),72 h达高峰,随后逐渐下调。脑出血模型组术后12、24、48 h、5、7 d与72 h HIF-1α、Cyt-C的蛋白及mRNA表达有统计学差异(P<0.01),48 h与5 d无统计学差异(P>0.05)。结论脑出血后脑组织中HIF-1α、Cyt-C的蛋白及mRNA水平增高可促进神经细胞凋亡、导致神经功能障碍及加重继发性脑损伤,阻断二者的表达为脑出血的治疗提供新的靶点。

基于线粒体细胞色素b基因对大耳姬鼠和龙姬鼠分类关系的探讨

大耳姬鼠Apodemus latronum的分类地位,尤其它和龙姬鼠A.draco的关系,还存在着争议。用PCR扩增了采集自5个不同地点的大耳姬鼠的线粒体细胞色素b(cytb)基因,并和GenBank已有的3条大耳姬鼠cytb序列一起分析其碱基组成和变异情况。采用邻接法(Neighbor-joining,NJ)、最大简约法(Maximum parsimony,MP)、最大似然法(Maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建了大耳姬鼠和龙姬鼠的系统发育树。4种方法构建的系统发育树拓扑结构一致,大耳姬鼠和龙姬鼠均各自形成单系,龙姬鼠先与台湾森鼠A.semotus聚在一起,再与大耳姬鼠形成姐妹群。此外,大耳姬鼠和龙姬鼠两者间的K2P平均遗传距离达到0.14。因此,认为大耳姬鼠是一个独立的种,而不是龙姬鼠的一个亚种。

河川沙塘鳢线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了河川沙塘鳢细胞色素b基因序列,并与塘鳢科其余22种细胞色素b基因序列进行比对,运用Mega 3.1软件通过NJ法构建了塘鳢科鱼类系统发育树。结果显示:2尾试验鱼构成1支;Eleotris、Hypseleotri 2个属构成1支;Odontobutis、Perccottus glehni 2个属构成1支;Bostrychus、Butis、Oxyeleotris、Ophiocara 4个属构成1支;Ptereleotris heteroptera单独构成1支。该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类与重新整理提供依据。

河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了河川沙塘鳢细胞色素b基因序列，并与塘鳢科其余22种细胞色素b基因序列进行比对，运用Mega3．1软件通过NJ法构建了塘鳢科鱼类系统发育树。结果显示：两尾试验鱼构成一支，Eleotris、Hypseleotri两属构成一支，Odontobutis、Perccottusglehni两属构成一支，Bostrychus、Butis、Oxyeleotris、Ophiocara四属构成一支，Ptereleotris heteroptera单独构成一支。本研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类与重新整理提供依据。

益肾健身精对老年大鼠线粒体细胞色素氧化酶活力的影响

目的 :研究益肾健身精延缓衰老的机理。方法 :将大鼠分为 3组 ,实验组为 2 0月龄大鼠饲喂混有一定量的益肾健身精饲料 80天 ,老龄对照组为 2 0月龄大鼠饲喂一般饲料 80天 ,青年对照组为 2月龄大鼠饲喂一般饲料 80天 ,然后取肝脏测定其线粒体的细胞色素氧化酶活性。结果 :2月龄对照组大鼠肝线粒体细胞色素氧化酶活性为 2 5 .5 4± 0 .0 8,2 0月龄对照组酶活性为 2 1.5 1± 0 .19,2 0月龄对照组酶活性为 2 1.88± 0 .18。结论 :大鼠线粒体细胞色素氧化酶活性随增龄而降低 。

藏獒线粒体细胞色素氧化酶亚基基因序列的测定与犬科动物系统发育分析

旨在研究藏獒的起源、分类地位,及其与世界上其他大型家犬品种间的系统发育关系,根据家犬线粒体基因组序列设计引物,扩增藏獒线粒体3个细胞色素氧化酶亚基基因(COⅠ、COⅡ和COⅢ)的全序列,并以大熊猫为外类群,运用邻接法和最大似然法分析包括藏獒在内的20个犬科动物的系统发育关系。结果发现,藏獒线粒体基因组中COⅠ、COⅡ和COⅢ长度分别为1 545、684和784 bp,分别编码514、227和261个氨基酸;系统发育分析发现,藏獒、12个家犬品种与灰狼聚在一起,说明藏獒与家犬亚种内其他家犬品种一样起源于灰狼;家犬亚种内的13个家犬品种可以分为3大类,藏獒与圣伯纳犬、英国老式牧羊犬、兰伯格犬聚为一类,说明藏獒与圣伯纳犬、英国老式牧羊犬、兰伯格犬的亲缘关系较近,从分子水平上证实圣伯纳犬等大型家犬品种可能含有藏獒的血统。由此得出结论:藏獒起源于灰狼,在动物学分类地位上属于食肉目、犬科、犬属、狼种、家犬亚种;圣伯纳犬等大型家犬品种在品种形成过程中可能引入了藏獒的血统。

马头山羊线粒体细胞色素b基因遗传多样性研究

测定了马头山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列(1 140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况。结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中8个变异位点上观察到23次T-C间碱基转换,有11次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到6种单倍型,单倍型多样度为0.808,核苷酸多样度为0.002 43。以绵羊为外群构建系统发生树(NJ tree)。结果显示:马头山羊有两个母系起源,其中支系A占75%(12/16),支系B占25%(4/16)。

绒螯蟹线粒体细胞色素b基因的RFLP分析

对中国大陆4个水系的8个地理种群绒螯蟹样本的线粒体细胞色素b基因片段进行了PCR扩增,并应用6种限制性内切酶对该PCR产物进行RFLP分析.在应用的6种内切酶中,HinfⅠ,RsaⅠ和Eco RⅤ酶切该PCR片段后,在某些地区绒螯蟹之间表现出限制性片段长度多态性,为多态性的内切酶,但在本研究中尚未发现种群特异的RFLP标记.应用3种多态性的限制性内切酶对8个地理种群的绒鳌蟹个体样本的线粒体细胞色素b基因片段进行RFLP分析,共检测到5种复合限制性酶切类型,即AAA型、BBB型、ABA型、BAB型、ACA型.依据群体间的净遗传距离绘制的UPGMA分子系统树显示,合浦绒螯蟹形成了独立的一支.

基于部分线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mtCOI)DNA序列的6种蝙蝠(翼手目:蝙蝠科)的分子系统进化关系

对贵州5种蝙蝠科蝙蝠的部分线粒体细胞色素氧化酶亚基ⅠDNA序列进行了测定,并结合从Genbank获得的爪哇伏翼的相应序列,以Pteropus dasymallus,P.scapulatus,Rousettus aegyptiacus为外群,运用贝叶斯法(Bayes-ian),最大似然法(Maximum Likelihood,ML)分析了这6种蝙蝠科蝙蝠的分子系统进化关系。结果表明:在贝叶斯,ML树中,这6种蝙蝠科的蝙蝠可分为3个分支:亚洲长翼蝠是第1个独立出来的分支;白腹管鼻蝠是继亚洲长翼蝠之后第2个分离出来的分支;第3个分支又分为两支,一支由大鼠耳蝠和小鼠耳蝠组成,另一支由南蝠和爪哇伏翼组成,支持将这4种蝙蝠同归于蝙蝠亚科的结论,从一定程度上否定了鼠耳蝠属和管鼻蝠亚科之间的姐妹类群关系,也不支持将鼠耳属提升为亚科。

汉寿中华鳖线粒体细胞色素b基因克隆及其遗传多样性分析

本文以汉寿中华鳖为研究材料,比较分析中华鳖线粒体细胞色素b基因(Cytb)与瑞鳖、砂鳖等的差异,为探讨其进化与遗传分子标记奠定实验基础。采用PCR技术,克隆汉寿中华鳖Cytb基因的序列,并检测其在不同组织以及不同生长发育时期的表达模式,最后通过分子进化树分析中华鳖与砂鳖的亲缘关系。通过克隆发现中华鳖细胞色素b基因的mRNA开放阅读框含有1 140 bp,其碱基组成为A+T的含量(61. 1%)高于G+C(38. 9%),编码379个氨基酸残基的序列。与山瑞鳖和砂鳖氨基酸序列比较发现,中华鳖与瑞鳖和砂鳖均存在一定差异; Cytb基因在中华鳖不同组织和各个不同发育时期中均有表达,且在精巢组织中表达量最高,在不同时期阶段呈"低-高-低"曲线表达模式;分子进化树分析发现汉寿中华鳖与砂鳖具有较强的亲缘关系,但是在Cytb中仍存在差异,所以能够很好的把它们区分开来。此外汉寿中华鳖与哺乳动物、鱼类和爬行类均存在巨大差异。结果表明,Cytb基因在探讨汉寿中华鳖的进化与遗传分子标记中具有重要意义,可作为分析中华鳖种属进化系统发育特性和群体遗传多样性的标记基因。