4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究

测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊和鲁北白山羊5个品种羊415bp线粒体DNA细胞色素b基因片段,其中44个位点检出变异。分析其碱基组成和变异情况,并以鲁北白山羊为外群,用UPGMA和NJ法构建了一系列分子系统树,得到相同的拓扑结构,在分子水平从母系遗传的角度澄清4个绵羊品种的起源分化关系。结果显示:在4个绵羊品种之间,洼地绵羊与滩羊关系最近与小尾寒羊亲缘关系最远。绵羊品种内的平均差异为0185%,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测4个品种绵羊具有共同的母系祖先。

从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性

用采自四川省的岩羊和矮岩羊共 18个头骨或皮张标本 ,分析了线粒体Cytb基因114 0bp的全序列 (其中一个样品只测到 80 2bp的基因片段 )。用NJ、MP、ML等系统发育分析法分别重建的系统发育树的拓扑结构完全一致 ,均不支持矮岩羊是单系群。结果提示 :所研究的全部样品都属于同一个物种 ,即岩羊P .nayaur ,不支持矮岩羊的物种地位。根据基于 17个样品Cytb基因全序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布 ,这些岩羊样品聚为 5支 ,根据地理区划和本文分析结果 ,四川的岩羊可分为摩天岭、川西、川西北、川西南和川北 5个种群。基于 17个样品Cytb基因1137bp的编码区 ,共定义了岩羊的 16种单元型 ,在 5个种群间未发现共享的单元型.

蜂猴线粒体细胞色素b基因变异特点及系统发育分析

测定了蜂猴属 (Nycticebus) 1个蜂猴 (N .coucang)和 2个倭蜂猴 (N .pygmaeus)个体的线粒体细胞色素b (cyt b)基因全序列 ,比较现有的懒猴科其他物种序列 ,分析了核苷酸序列差异和碱基替换特点 ,以指猴为外群重建了系统发育树。结果表明 ,在所研究的个体中 ,2个蜂猴物种碱基组成具有哺乳动物的共同特点 ,它们之间转换比 (特别是密码子第 3位 )是颠换比的 6倍多 ,大于其他种间比较 ;低的Ka/Ks值 (<0 1)说明懒猴科cyt b基因的异义突变位点受到强的选择压力作用。由cyt b基因构建的系统发育树符合懒猴科化石记录和形态学分类观点。根据化石记录和与分化时间有一定线性关系的第 3位颠换和同义突变速率 ,估算蜂猴与倭蜂猴种间、蜂猴与瘠蜂猴属间可能的分化时间分别为 30 0和 6 0

基于线粒体细胞色素b基因的细颈囊尾蚴种群遗传多样性研究

为探讨我国细颈囊尾蚴种群之间的遗传相似性及与其他带科带属绦虫的亲缘关系,用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列研究了分离自我国四川和云南2省7地区猪、山羊和绵羊共33个细颈囊尾蚴的遗传变异,并用MEGA 4.0程序NJ法和PAUP 4.0程序MP法绘制种系发育树。本研究结果显示:细颈囊尾蚴分离株的Cyt b基因全长为1 068bp,共检测到22个单倍型,单倍型间核苷酸相似性较高(97.3%～99.9%),其与带科带属其他5种绦虫的相似性均在82%以下。系统发育树显示,7个不同地域的细颈囊尾蚴聚为一支,分为3个亚群,且与地理区域、宿主没有直接的相关性,呈现混杂的分布格局,未形成明显的地理分支或宿主分支。研究结果表明:细颈囊尾蚴Cyt b基因存在一定的遗传差异,但种内相对保守,与其他带科绦虫种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记,并为细颈囊尾蚴的种群遗传学研究及其与其他带科绦虫病的鉴别诊断的建立奠定基础。

马头山羊线粒体细胞色素b基因遗传多样性研究

测定了马头山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列(1 140 bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况。结果显示:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中8个变异位点上观察到23次T-C间碱基转换,有11次T-G间碱基颠换发生在密码子第2位点,为非同义突变;观察到6种单倍型,单倍型多样度为0.808,核苷酸多样度为0.002 43。以绵羊为外群构建系统发生树(NJ tree)。结果显示:马头山羊有两个母系起源,其中支系A占75%(12/16),支系B占25%(4/16)。

绒螯蟹线粒体细胞色素b基因的RFLP分析

对中国大陆4个水系的8个地理种群绒螯蟹样本的线粒体细胞色素b基因片段进行了PCR扩增,并应用6种限制性内切酶对该PCR产物进行RFLP分析.在应用的6种内切酶中,HinfⅠ,RsaⅠ和Eco RⅤ酶切该PCR片段后,在某些地区绒螯蟹之间表现出限制性片段长度多态性,为多态性的内切酶,但在本研究中尚未发现种群特异的RFLP标记.应用3种多态性的限制性内切酶对8个地理种群的绒鳌蟹个体样本的线粒体细胞色素b基因片段进行RFLP分析,共检测到5种复合限制性酶切类型,即AAA型、BBB型、ABA型、BAB型、ACA型.依据群体间的净遗传距离绘制的UPGMA分子系统树显示,合浦绒螯蟹形成了独立的一支.

三个类群藏系绵羊线粒体细胞色素b基因序列多态性及其系统进化的研究

为研究藏系绵羊红原、贾洛、欧拉3个类群的亲缘关系、遗传多样性以及其系统进化，测定该3个类群藏系绵羊的41个个体的细胞色素b基因的全序列。结果表明，41个藏系绵羊的细胞色素b基因的全序列长度均为1140bp，有27个多态位点，其中单一多态位点16个，简约信息位点11个，共定义13种单倍型，单倍型多样性为0．672±0．078，核苷酸多样性为0．331％。

长江中下游5个湖泊黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析

对长江中下游5个湖泊的黄颡鱼种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、测序,获得了955 bp的序列.分析显示,cyt b序列中A+T含量略高于G+C含量,共检测到54个变异位点,60个样本得到37个单倍型,平均单倍型多样性为0.945±0.018,核苷酸多样性为0.00419±0.00043,遗传多样性表现中等.太湖种群与滆湖种群间的遗传距离最远为0.00651,鄱阳湖种群和巢湖种群之间遗传距离最近为0.00375.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.0684,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.cyt b序列构建UPGMA系统进化树显示,5个种群没有分化成不同的分枝谱系,种群间存在广泛的基因交流.

草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。

蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育

对中国产蝮亚科 (Crotalinae)亚洲蝮属 (Gloydius) 6种蛇 (其中短尾蝮取自两个不同地区 ) [短尾蝮Gloydiusbrevicaudus (Stejneger) ,黑眉蝮Gloydiussaxatilis (Emelianov) ,蛇岛蝮Gloydiusshedaoensis (Zhao) ,雪山蝮Gloydiusstrauchii (Bedriaga) ,高原蝮Gloydiusstrauchiimonticola (Werner) ,乌苏里蝮Gloydiusussurriensis(Emelianov) ]与竹叶青属竹叶青蛇TrimeresurusstejnegeriSchmidt共 7种蛇 8个个体测定了 789bp或 744bp线粒体细胞色素b基因序列 ,用MEGA1 0 2软件分析了其碱基组成及变异情况 ,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Din odonsemicarinatus序列为外群 ,用PAUP4 0b2软件构建最简约分子系统树。结果显示 ,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位 ,分布于东北地区的蛇岛蝮、乌苏里蝮、黑眉蝮与浙江和陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮、雪山蝮聚集形成的分枝组成姐妹群 ,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说 ,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。

剑尾鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析

目的 克隆和测定剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)线粒体细胞色素b基因 (cytb)的全序列。方法 提取剑尾鱼肝脏的总DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem中的T载体上 ,筛选转化子 ,提取质粒 ,酶切鉴定。挑取重组质粒pGEM T xhcytb 11进行序列测定。结果 获得了剑尾鱼线粒体cytb基因的全序列 ,共 114 0bp。结论 用BLAST与GenBank中的线粒体DNA序列进行比较 ,显示剑尾鱼与其他鱼类的cytb基因具有较高的同源性 ;根据剑尾鱼与其他 13种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树 。

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和(或)缺失,序列中转换(Transition)明显多于颠换(Transversion)。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。(A+T)%为56.5%,大于(G+C)43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。

10种石斑鱼系统发育的线粒体细胞色素b基因序列分析

为探讨石斑鱼亚科鱼类的系统发育关系,测定了此亚科中具有代表性的石斑鱼属、鳃棘鲈属、九棘鲈属、驼背鲈属和白线光腭鲈属等5个属10种石斑鱼的细胞色素b基因全序列,分析了这些序列的特性,运用Kimura 2-parameter模型,以邻接法构建了分子系统树。结果表明,九棘鲈属与鳃棘鲈属位于系统进化树的基部,与石斑鱼类其它类群亲缘关系较远;驼背鲈属与白线光腭鲈属网结于石斑鱼属构成的分支中。

刺鲃基于线粒体细胞色素b基因的生物地理学过程

以中华倒刺Spinibarbussinensis为外类群 ,研究了不同地理种群刺Spinibarbuscaldwelli细胞色素b基因序列 (114 0bp)变异 ,以探讨其生物地理学过程。结果表明 :长江下游水系与珠江水系种群的变异值为 1 2 %— 2 3% ,与闽江水系的为 2 7%— 3 7% ,与九龙江水系的为 3 1%— 4 2 % ,这些值都远远低于它们与中华倒刺的变异值(13 2 %— 14 6 % )。遗传变异值表明了刺的生物地理学过程 ,首先是东南沿海的水系同内地的水系发生隔离 ,然后珠江水系同长江水系隔离 ,这些变化均发生在第四纪。

5个湖泊河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析

通过对5个湖泊的河川沙塘鳢种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行PCR扩增、测序,获得1141 bp的序列全长.序列分析显示,cyt b基因序列中A+T含量(55.8%)略高于G+C含量(44.2%),共检测到806个多态位点,115个样本得到87个单倍型,平均单倍型多样性为0.969±0.012,核苷酸多样性为0.20081±0.00742,遗传多样性表现高度多样性.太湖种群与大纵湖种群间的遗传距离最近,为0.137,巢湖种群和大纵湖种群之间遗传距离最远,为0.424.分子方差分析表明,群体间遗传分化系数Fst为0.531,变异来自群体内及群体间.cyt b基因序列构建的UPGMA系统进化树显示,5个种群分化成不同的分支系谱,种群间存在的基因交流较少.

基于线粒体细胞色素b基因的中国大沙鼠系统地理格局

通过内蒙、新疆、甘肃的41个大沙鼠样品和1个伊朗撒拉克大沙鼠的mtDNA Cytb基因全序列的遗传分析,对我国大沙鼠(Rhombomys opimus)的分子系统地理学进行了初步探讨。结果表明,我国41个大沙鼠样品的Cytb基因包含了50个核苷酸变异位点(占全序列的4.39%),其中转换48个,颠换2个,共定义23个单倍型。在四个地理种群中,内蒙古中部半荒漠区和阿拉善荒漠区的单倍型多样性最高,甘新荒漠区的单倍型多样性最低;北疆荒漠区的核苷酸多样性最高,内蒙古中部半荒漠区的核苷酸多样性最低。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占51.68%,种群内的遗传变异占48.32%。FST统计结果表明,除内蒙古中部半荒漠区与阿拉善荒漠区地理种群之间差异显著外(P<0.05),其它地理种群间的差异均极显著(P<0.01)。基于单倍型的系统树显示,42只大沙鼠形成三支。其中,伊朗撒拉克地区大沙鼠和中国地区大沙鼠之间的亲缘关系比中国两支大沙鼠之间的亲缘关系远;分析表明,中国分布的大沙鼠两支之间分歧时间估计在0.093Ma前。嵌套支分析表明,大沙鼠历史种群曾发生过异域片段化、受阻碍基因流和持续种群扩张事件。种群扩张分析提示大沙鼠在0.0119Ma前曾经历过一次种群扩张事件,种群可能受到末次冰期波动的影响。

基于线粒体细胞色素b基因的黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)生物地理学过程分析

黑鳍鲸（Sarcocheilichthys nigripinnis）为广泛分布于东亚地区的小型淡水鱼类，是生物地理学研究的良好材料。该研究以线粒体细胞色素b（Cytb）基因序列为分子标记，对中国8个水系20个采样点的黑鳍鲸共142尾个体进行遗传变异及生物地理学过程分析。遗传多样性分析结果表明，142条Cytb基因序列共检测出56个单倍型，总体单倍型多样性较高（h=0．971），而核苷酸多样性较低（a=0．0212），平均遗传距离较小（2．2％）。分子系统发育树结果表明，黑鳍鲸种群分为7个谱系，以秦岭为界可分为南、北两大支系，北方支系分化时间较早（谱系I）而南方支系分化程度较高（谱系II～VII）。该研究结果进一步揭示了克氏鲸（sczerskii）的物种形成过程，估算其祖先在较晚近时期（～1．03Ma）由黄河水系的黑鳍鲸分化而来。谱系生物地理学分析显示，黑鳍鲸的各地理种群表现为由北向南逐渐演化的趋势，地理隔离可能是限制该物种扩散和基因交流的主要原因。分子钟分析显示，分化时间发生于0．95～3．92Ma。种群历史动态结果则推测黑鳍鲸经历过种群扩张，且该过程可能与更新世冰期与间冰期的更迭相关。

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140 bp,A、T、G、C含量分别为313(28%)、358(31%)、170(15%)、300(26%),A+T>C+G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33.4%,G的使用率较低,为17.1%;密码子第3位A的使用率高,为34.2%,而G的使用率较低,仅为7.9%;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11.%,远高于其他氨基酸。

基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究

为阐明骨舌鱼科鱼类的遗传结构和进化关系,测定了美丽硬仆骨舌鱼Scleropages formosus的3个品种金龙(Gold arowana)、红龙(Red arowana)、青龙(Green arowana)细胞色素b(cyt b)基因全序列(1 141 bp),结合来自GenBank中珍珠龙Scleropages leichardti、星点珍珠龙S.jardini、非洲龙Heterotis niloticus、黑龙Osteoglossum ferrerirai、银龙O.bicirrhosum、海象Arapaima gigas的全序列,用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统树,初步分析了骨舌鱼科鱼类的系统发育关系.NJ树和MP树均一致表明,骨舌鱼类为单系类群,分为4支,支持骨舌鱼科下设4个属(坚体鱼属Scleropages、异耳鱼属Heterotis、骨舌鱼属Osteoglossum、巨骨舌鱼属Arapaima)阶元的分类系统,4个属的系统关系与其形态、生态特征表型进化和地理分布较为一致.而金龙、红龙和青龙的mtDNA Cytb的碱基差异小于1%,说明这3个龙鱼品种还在同一种的水平上.

山东3个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的系统进化研究

本文测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊共3个品种部分线粒体DNA细胞色素b 基因片段,并以鲁北白山羊为外群,应用NJ法构建分子系统树。结果显示: 44 个位点检出变异,绵羊群体变异度为0.0102,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测3个品种具有共同母系祖先;洼地绵羊与大尾寒羊关系较近,与小尾寒羊亲缘关系最远。