贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体全基因组测序与分析

目的:测定贝绒刺蛾Phocodermabetis线粒体基因组全序列,并分析其线粒体基因组碱基组成、密码子使用偏好性等特征,探讨刺蛾科在鳞翅目(Lepidoptera)中的系统发育地位。方法:利用Illumina高通量测序技术测得贝绒刺蛾完整线粒体基因组序列。通过Mitos2、Geneious v8.0.4和Phylosuite1.2.2等生物信息软件对线粒体基因组进行注释分析,并基于26种鳞翅目昆虫的13个蛋白质编码基因,使用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树。结果:贝绒刺蛾线粒体全基因组序列长14919 bp(AT:80.88%),包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个AT富集区。刺蛾科线粒体基因组AT含量、AT-skew及GC-skew均表现出极高的相似性。系统发育树表明,卷夜蛾科(Tortricidae)+[透翅蛾科(Sesiidae)+木蠹蛾科(Cossidae)]+[刺蛾科(Limacodidae)+斑蛾科(Zygaenidae)]。结论:刺蛾科(Limacodidae)与斑蛾科(Zygaenidae)互为姊妹群,同属于斑蛾总科Zygaenoidea。贝绒刺蛾属于刺蛾科并与绿刺蛾属(Parasa)亲缘关系较为接近。

基于转录测序技术对KIT基因在听觉色素障碍类疾病初步研究

目的 利用KITF860S突变耳聋小鼠模型研究探讨KIT基因突变导致听觉色素障碍类疾病致聋的分子机制。方法 利用稳定遗传的KITF860S小鼠模型家系,并对家系中不同表型个体进行长期听觉电生理测试、同窝不同表型小鼠病理切片、进行全基因组转录测序分析其表达差异基因。结果 该小鼠模型家系内杂合型小鼠在初期与野生型小鼠听力表型并无明显差距,在5月龄时表现为渐进性听力下降,纯合型小鼠在听力形成初期即表现为先天性中重度听力下降,10周龄时即表现为全聋表现。转录测序结果显示,以野生型小鼠为对照,氧化磷酸化通路在KIT基因纯合突变及杂合突变中均表现为下调,紧密连接通路在KIT基因不同组别比较中为不同上下调表现。结论本研究结果表明,KIT基因突变所致听觉色素障碍类疾病表现与氧化磷酸化、紧密连接等通路相关目的基因靶蛋白表达异常有一定相关性,最终导致听力损失。对KIT基因突变致病分子机制的研究对于丰富人类耳聋基因库具有重要意义,也为后续相关综合征类疾病基因治疗提供理论基础。

基于单细胞RNA测序技术的肝癌手术前后外周血B细胞基因表达谱研究

目的探索肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者手术前后外周血B细胞基因表达谱的变化。方法收集2022年9月在广西医科大学附属肿瘤医院行肝切除术治疗的3例HCC患者手术前及手术后的外周血样本,提取外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)并进行单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)。根据测序数据进行B细胞数量分析、上下调基因差异分析、KEGG分析、GSEA-KEGG及GSEA-GO分析和细胞通讯分析,比较手术前后B细胞的动态改变。结果PBMC经scRNA-seq分析识别出了标记基因为MS4A1、CD79A的细胞簇,即B细胞群。B细胞群重新聚类分析后可分为记忆B(memory B)细胞、初始B(naive B)细胞和浆母细胞(plasmablasts)共3个细胞亚群。与术前组相比,术后组naive B和plasmablasts细胞占比升高,memory B细胞占比降低。手术前后B细胞中共筛选出285个显著差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中S100A8、S100A9、IL1R2、MALAT1等152个基因在手术后显著上调(P<0.05),RPS27A、RPS3A、RPS12、RPS3等133个基因在手术后显著下调(P<0.05)。KEGG分析发现手术后B细胞中显著下调的DEGs主要富集到核糖体、抗原处理和提呈通路。GSEA-KEGG分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于癌症中的转录失调、P53信号通路,表达下调的基因集显著富集于核糖体、抗原处理和提呈通路;GSEA-GO分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于环氧化酶P450途径、信号模式识别受体活性,表达下调的基因集显著富集于免疫球蛋白复合物、T细胞受体复合物。手术后B细胞与T细胞之间的通讯增强,且手术后配体-受体对CD22-PTPRC在B细胞与B细胞、B细胞与Mono细胞之间的通讯概率上调(P<0.01)。无论是手术前还是手术后,CD22信号通路对B细胞与T细胞之间的通讯均具有较强调控能力。结论HCC患者外周血B细胞基因表达谱在手术前后发生动态变化且与外周血B细胞免疫功能相关,可为研究外周血B细胞的抗肿瘤免疫作用提供新的参考依据。

郏县红牛线粒体全基因组测序及结构特征分析

郏县红牛是我国八大优良黄牛品种之一,是当地一个役肉兼用的优良品种。利用高通量测序技术对郏县红牛全线粒体基因组进行测序,并对其特征进行分析。结果显示:郏县红牛全线粒体基因组全长16 339 bp,共注释到37个基因(包含13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA)和一个控制区域(D-loop),无内含子区域,但有重叠基因,A+T含量为60.6%,存在明显的AT偏向性。基因组序列中共存在13个基因间隔区域,最长为16 bp,位于NADH5与NADH6之间;同时存在4个基因重叠,最长为33 bp,位于tRNA-Gln与tRNA-Met之间。其中9个基因位于轻链,26个基因位于重链。郏县红牛线粒体基因组序列的解析有助于丰富其线粒体基因组资源,同时为郏县红牛的种质资源保护和遗传育种提供重要的基础。

牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。

用焦磷酸测序技术研究猪线粒体细胞色素B基因单倍型

选择43头大白猪，79头长白猪，66头皮特兰猪和60头清平猪作试验材料，采用焦磷酸测序技术分析猪线粒体细胞色素b(CytB)基因单倍型。研究结果显示CytB基因可分为4种单倍型E1，E2，A1和A2。清平猪仅存在于A1单倍型(100%)，大白猪和长白猪存在于E1(49.19%, 79.25%)和A1(55.81%, 20.25%)单倍型，皮特兰则存在于E1(57.58%)和A2(42.42%)单倍型。

焦磷酸测序鉴别猪线粒体细胞色素 b基因单倍型(英文)

为了鉴别猪线粒体细胞色素 b(cytochrom e B,cyt b)基因单倍型 ,选择 9个不同品种共 4 15头猪作为试验材料 ,采用实时 DNA测序新方法焦磷酸测序 ,分析了 cyt b单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism s,SNPs)。分析结果显示 3种不同单倍型 E、A1和 A2。除 1头临高猪属于单倍型 A2外 ,其他 6个中国地方品种猪均属于单倍型A1;瑞典长白猪和大白猪存在单倍型 E和 A1,而皮特兰猪存在单倍型 E和 A2。此外 ,基于焦磷酸测序 ,在通城猪中发现了 1个新的 SNP位点。

青岛市胶州地区B(A)亚型患者的血型血清学及基因检测分析

目的调查并分析青岛市胶州地区某三级医院就诊患者B(A)亚型的血清学及分子生物学特征。方法2019年11月至2023年2月,12名患者血液标本经微柱玻璃珠法和盐水试管法ABO血型检测疑为AB亚型,进一步对其ABO基因第6、7外显子进行直接扩增、测序和分析,确定ABO等位基因型别。结果青岛市胶州地区26065名患者中共检测发现9例B(A)亚型,检出率为0.345‰(9/26065);9例B(A)亚型中,8例血清学反应表现A_(w)B,基因检测为BA.04基因与O基因杂合,1例血清学反应表现为ABw,基因检测为BA.04基因与A基因杂合。结论血型血清学结合基因检测可准确鉴定ABO血型,在AB_(w)血清学反应的个体中,有可能存在B(A)亚型等位基因。

湖州河川沙塘鳢群体线粒体DNA cyt b基因序列的遗传多样性分析

河川沙塘鳢具有肉鲜味美,细嫩可口的特点,营养价值与经济价值颇高,是一种极具发展潜力的水产养殖品种,对野生和人工繁育河川沙塘鳢的遗传结构进行检测分析,可为选育和种质保护提供参考资料。本文对湖州河川沙塘鳢(钟管野生群体及八里店养殖群体)的线粒体细胞色素b(cyt b)基因全长进行扩增和测序,并应用生物信息学软件与Gen Bank中太湖、鄱阳湖和巢湖3个群体的数据进行比较。河川沙塘鳢cyt b基因全长1141 bp,4种碱基在所得序列中平均含量为A(26.8%)、G(13.8%)、T(28.0%)、C(31.4%),序列分析显示,cyt b基因序列中变异位点378个,占分析位点的44.26%,含有241个简约信息位点,平均转颠换比值(TS/TV)为0.76。在5个群体138个个体中共检测到75个单倍型,平均单倍型多样性为0.869~1.000,核苷酸多样性为0.01431~0.03848。各群体间遗传距离差异较大(0.01493~0.05868),其中八里店与钟管群体的遗传距离最小(0.01493),而鄱阳湖与巢湖群体的遗传距离最大(0.05868),与构建的聚类图分析结果一致。群体中性检验显示八里店、钟管和太湖的Tajima’s D和Fu’s Fs值为正值;鄱阳湖和巢湖群体为负值,5个群体Tajima’s D和Fu’s Fs检验均不显著(P>0.01)。总体上,5个群体间具有较高程度的遗传分化。除了湖州的八里店与钟管群体共享6种单倍型外,其他群体间基本不共享单倍型,这可能是八里店养殖群体亲本来源于钟管野生群体的原因。应用cyt b基因可以明确地将湖州、太湖、鄱阳湖和巢湖群体之间区分开来。

基于二代测序技术的年轻弥漫大B细胞淋巴瘤患者的基因突变谱和预后分析

目的:应用二代测序技术(NGS)检测年轻弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的基因突变谱,为深入理解年轻DLBCL的分子生物学特点及精准预后判断提供依据。方法:回顾性分析2009年3月至2021年3月新疆维吾尔自治区人民医院血液病科初诊资料完整的68例年轻DLBCL患者,采用NGS技术对其石蜡包埋组织进行靶向测序分析(包括475个靶基因),并比较aaIPI≥2分的高危患者和aaIPI<2分的低中危患者基因突变谱和信号通路的差异。结果:68例年轻DLBCL患者中共检测到44个高频突变基因。通过比较aaIPI高危组和低中危组患者高频突变基因结果显示,aaIPI高危组CARD11突变显著高于低中危组(P=0.002),而MGA突变仅出现在aaIPI高危组(P=0.037),SPEN突变仅出现在aaIPI低中危组(P=0.004)。将aaIPI高危组高频突变基因及临床指标纳入生存分析,结果显示,TP53(P=0.009,P=0.027)、POU2AF1(P=0.003,P=0.006)和CCND3(P=0.040,P=0.014)基因突变与较差的PFS和OS相关,而B2M突变与较好的PFS(P=0.014)和OS(P=0.013)相关。多因素COX回归分析结果显示,TP53、POU2AF1和CCND3突变是影响PFS(P=0.021,P=0.005,P=0.020)和OS(P=0.042,P=0.010,P=0.013)的独立危险因素。结论:aaIPI分期与分子生物学标志相结合更有利于精准判断年轻DLBCL患者预后,TP53、POU2AF1和CCND3突变预示着aaIPI高危组DLBCL患者更差的生存。

基于捕获法的靶向测序技术在弥漫大B细胞淋巴瘤IgH基因重排检测中的应用价值

目的探讨基于捕获法的靶向测序技术在弥漫大B细胞淋巴瘤IgH基因克隆性重排检测中的应用价值。方法收集2020年3月~2022年1月苏州大学附属第一医院送检的DLBCL标本99例,提取患者基因组DNA,使用基于捕获法的靶向测序技术进行IgH基因克隆性重排检测。结果27.3%(27/99)患者检测到IgH基因完全IgHV-IgHD-IgHJ重排,50.5%(50/99)患者检测到IgH基因不完全IgHD-IgHJ重排,IgH基因克隆性重排联合检出率为66.7%(66/99)。27例患者检测到32种IgHV-IgHD-IgHJ重排,50例患者检测到52种IgHD-IgHJ重排,在IgHV-IgHD-IgHJ重排中,IgHV3、IgHD3和IgHJ4家族基因的取用频率最高,在IgHD-IgHJ重排中,IgHD3和IgHJ4家族基因的取用频率最高。3例患者捕获到未知IgH基因融合伴侣,其中2例为MIR4507-IgH融合,1例为IRF8-IgH融合。结论基于捕获法的靶向测序技术不仅可以检测IgH基因克隆性重排具体方式,还能发现IgH基因未知融合伴侣,对DLBCL诊断及个体化治疗策略制定具有重要意义。

基于mtDNA Cytb基因序列的新疆两个地方黄牛品种遗传多样性和系统发育研究

为了探讨新疆地方黄牛品种的遗传多样性和母系起源,试验以新疆2个地方黄牛品种(哈萨克牛72头和阿勒泰白头牛34头)为研究对象,利用PCR技术扩增其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因序列并进行多态位点、单倍型、核苷酸多样度(Pi)、单倍型多样度(Hd)及平均核苷酸差异(K)和中性检验分析,并与我国部分黄牛品种的mtDNA Cytb基因序列进行综合分析以探讨二者的母系起源。结果表明:哈萨克牛和阿勒泰白头牛Cytb基因序列全长为463 bp, A、T、C三种碱基含量均为32.3%、27.0%、 26.2%,G碱基含量分别为14.5%和14.6%;A+T含量均为59.3%,G+C含量分别为40.7%和40.8%,A+T含量高于G+C含量;共检测到19个多态位点,包含12个转换、4个颠换和3个颠换/转换,其中单一多态位点10个,简约信息位点9个,导致6个氨基酸发生错义突变;19个多态位点共定义了24种单倍型(即Hap-1~24),总单倍型多样度为0.701±0.046,总核苷酸多样度为0.003 45±0.000 46,平均核苷酸差异为1.598;72头哈萨克牛Cytb基因序列的单倍型多样度为0.674±0.059,核苷酸多样度为0.003 28±0.000 53,且中性检验结果不显著(0.050.10);哈萨克牛和阿勒泰白头牛的优势单倍型均为Hap-1、Hap-6、Hap-3,起源于德国普通牛和瘤牛两大混合母系,以德国普通牛血统为主。说明哈萨克牛和阿勒泰白头牛的遗传多样性较匮乏,且有两个共同的母系祖先。

草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。

剑尾鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析

目的 克隆和测定剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)线粒体细胞色素b基因 (cytb)的全序列。方法 提取剑尾鱼肝脏的总DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem中的T载体上 ,筛选转化子 ,提取质粒 ,酶切鉴定。挑取重组质粒pGEM T xhcytb 11进行序列测定。结果 获得了剑尾鱼线粒体cytb基因的全序列 ,共 114 0bp。结论 用BLAST与GenBank中的线粒体DNA序列进行比较 ,显示剑尾鱼与其他鱼类的cytb基因具有较高的同源性 ;根据剑尾鱼与其他 13种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树 。

4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究

测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊和鲁北白山羊5个品种羊415bp线粒体DNA细胞色素b基因片段,其中44个位点检出变异。分析其碱基组成和变异情况,并以鲁北白山羊为外群,用UPGMA和NJ法构建了一系列分子系统树,得到相同的拓扑结构,在分子水平从母系遗传的角度澄清4个绵羊品种的起源分化关系。结果显示:在4个绵羊品种之间,洼地绵羊与滩羊关系最近与小尾寒羊亲缘关系最远。绵羊品种内的平均差异为0185%,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测4个品种绵羊具有共同的母系祖先。

东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因的定量检测

建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法。以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒。以光度法测定质粒浓度并作为标准品。对上述基因片段,利用PRIMER EXPRESS 3.0设计引物,以梯度稀释的质粒标准品进行定量PCR反应,以SYBR Green I为荧光染料,制作标准曲线,得到基因拷贝数X与Ct值的关系为:Ct=-3.50 lgX+39.35(相关系数r为0.999)。通过对不同生长时期的东海原甲藻样品的Cytb基因mRNA含量检测,发现该基因的表达量较稳定,平均值为(45.4±4.7)拷贝/细胞,受生长状态影响不大,可作为实时荧光定量PCR的内参基因。

在线粒体DNA细胞色素b基因序列水平上对鬣羚系统发育的研究

测定了鬣羚在中国的 7个地方种群的线粒体DNA细胞色素b基因的 41 9bp的片段序列 ,并分析了其序列差异 ,构建了分子系统进化树。结果表明 :鬣羚各种群间的序列差异在 0～ 1 4 31 %。鬣羚种群最早在大约 5 7百万年有共同的母系祖先 ,并且在中国最早可能是从青藏高原东南缘的区域开始演化的 ,随后向周围地区辐射扩散。日本鬣羚的分化时间大约在 3 1百万年前 ,并且可能是从中国大陆迁移过去的。白玉和道孚的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >1 1 2 1 % ) ,日本鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >7 63% ) ,洛扎的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >4 0 5 % )的分化估计已接近或达到亚种水平。鬣羚在中国至少存在 3个进化显著单元 :A 白玉和道孚种群 ;B 洛扎种群 ;C 隆子、陕西、皖南和德格种群。建议将它们分开管理 ,避免杂交 。

三峡库区3种银鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列多态性分析

对三峡库区大银鱼（Protosalanxchinensis）、太湖新银鱼（Neosalanxtaihuensis）和短吻间银鱼（Hemisalanxbrachyrostralis）共78尾个体的Cytb基因全序列（1141bp）进行了分析。结果显示，序列有16个变异位点，总变异率为1．4％，其中13个为简约位点。大银鱼的32尾样本有6个单倍型，太湖新银鱼32尾样本有5个单倍型，短吻间银鱼14尾样本中有3个单倍型。大银鱼、太湖新银鱼和短吻间银鱼的单倍型多样性指数（h）分别为0．804±0．032，0．671±0．061，0．385±0．149；核苷酸多样性指数（π）分别为0．00146±0．00009，0．00228±0．00024，0．00067±0．00026。3种银鱼群体的遗传距离在0．12461—0．23796之间，净遗传距离在0．12274～0．24418之间。基于Cytb基因序列，利用Kimura-2模型构建的NJ树表明：大银鱼与太湖新银鱼种群的亲缘关系最近．两者与短吻间银鱼种群的亲缘关系较远。研究结果表明，三峡库区3种银鱼的遗传多样性低。

麂属(Muntiacus)动物线粒体12SrRNA、细胞色素b基因和多药耐药基因序列分析及其分子进化关系

对麂属 (Muntiacus)中的 3种动物 :赤麂 (M .muntjak) (2n =6♀ ,7♂ )、小麂 (M .reevesi) (2n =4 6 )、黑麂 (M .crinifrons) (2n =8♀ ,9♂ )线粒体DNA 12SrRNA和细胞色素b基因 784bp左右的片段和核基因———多药耐药基因(multidrugresistance ,MDR1)的 72 8bp左右的片段进行了序列分析 ,并根据序列信息建立了分子系统树 ,同时探讨了这 3种动物的起源。

基于线粒体细胞色素b基因全序列分析贵妃鸡的遗传多样性

为了利用线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列分析贵妃鸡的遗传多样性,试验采用PCR和直接测序法分析贵妃鸡的种群遗传结构,共获得了30个样本的线粒体Cyt b基因全长(约1 143 bp)序列。结果发现:4个变异位点,界定了5种单倍型,无插入、缺失和颠换,并且变异位点多发生在密码子的第2位点;贵妃鸡群体核苷酸多样度(Pi)为0.000 45,单倍型变异度(Hd)为0.386±0.020,群体平均核苷酸差异数(K)为0.515;由邻接法(NJ)分子系统树可知,贵妃鸡所有个体均起源于红色原鸡。