人线粒体转录终止因子1(hMTERF1)蛋白的生物信息学分析

为了预测和分析人线粒体转录终止因子1（human mitochondrial transcription termination factor 1,hMTERF1）蛋白的结构与功能。采用生物信息学的方法对hMTERF1进行系统的分析与研究,包括hMTERF1的理化性质、跨膜区和信号肽、亚细胞定位、二级结构功能域、蛋白质的功能分类预测、多重序列比对与系统发育树构建、三级结构建模。结果表明：hMTERF1蛋白分子量为45.78 kD,等电点为9.49,不具有信号肽和跨膜区。该蛋白定位于细胞线粒体,N端1-57个氨基酸为前导肽序列。其二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲,包含6个MTERF基序,三级结构显示结果与二级结构预测结果相符。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,hMTERF1蛋白与黑猩猩、大鼠、小鼠等哺乳动物的MTERF1蛋白具有高度同源性,在系统发育树上聚为一簇。hMTERF1的生物信息学分析为进一步探索hMTERF1蛋白的功能提供参考资料和理论依据。

人乳腺癌组织中线粒体转录终止因子3的表达及其临床意义

目的:阐明线粒体转录终止因子3(mitochondrial transcription termination factor 3,MTERF3)在乳腺癌中的表达及其与患者临床病理特征、预后的相关性。方法:使用免疫组化SP法对58例乳腺癌组织及配对癌旁组织中MTERF3蛋白的表达水平进行检测。通过R 4.2.0软件获取癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中705例乳腺癌患者的MTERF3 mRNA表达数据集、临床病理信息及预后资料,差异分析MTERF3表达量与乳腺癌患者临床病理参数之间的相关性,并使用UALCAN数据库进行可视化分析。使用Kaplan-Meier法计算患者的总体生存率和无疾病进展生存率,Cox回归分析影响乳腺癌患者预后的临床病理因素。结果:MTERF3蛋白主要表达于细胞质,且乳腺癌组织阳性表达率(91.38%)明显高于乳腺癌癌旁组织(20.69%),两组间阳性率具有显著差异(P<0.01)。TCGA数据集研究表明,MTERF3与乳腺癌患者的ER状态、PR状态、乳腺癌分子分型、癌症类型、组织学诊断及原发部位存在显著相关性(均P<0.05),但与患者的年龄、性别、T分期、N分期、M分期、AJCC病理分期、HER2状态以及有无恶性肿瘤病史无关。MTERF3与乳腺癌患者的总体生存时间和无疾病进展生存时间无关(P> 0.05)。Cox多因素分析提示,年龄、M分期和病理类型可能是导致乳腺癌患者预后不良的独立危险因素(P <0.05)。结论:MTERF3蛋白在乳腺癌组织中的表达阳性率和表达量均显著增高,提示MTERF3可能与乳腺癌的发生过程密切相关,该基因有望成为乳腺癌患者临床诊断和治疗的潜在基因靶点。

线粒体转录终止因子(mTERF)蛋白家族的研究进展

线粒体基因的表达调控与线粒体的功能密切相关。线粒体转录终止因子(mitochondrial transcription termination factors,mTERFs)具有与线粒体核酸结合的结构域,参与线粒体基因的复制、转录及翻译。由于线粒体基因与人类线粒体疾病密切相关,因此受到广泛关注。动物中mTERFs分为四类亚家族,均定位于线粒体,每类mTERF蛋白所含mTERF结构域的数量与位置不同,功能各异。相比动物,植物中的mTERF类蛋白的研究相对滞后,为多基因家族。已报导的mTERF蛋白参与植物的发育及胁迫响应,具有重要的生物功能,但仍有很多mTERF家族成员的功能及调控机制仍不清楚。目前有关植物mTERFs的研究,对探讨作物中mTERFs成员功能、提高作物抗性及产量均具有重要意义。

人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在Caski宫颈癌细胞的表达和定位

目的构建人线粒体转录终止因子2(MTERF2)基因真核表达载体,并在人Caski宫颈癌细胞中过表达,观察其编码蛋白质在Caski细胞中的定位。方法从Caski细胞中提取总RNA,采用反转录PCR扩增人MTERF2基因可读框序列,将其重组于p3×FLAG-CMV-14载体中,利用PCR和DNA测序鉴定重组子正确性;并用脂质体法转染至Caski细胞,转染24、32、48 h,采用Western blot法检测MTERF2蛋白水平,通过免疫荧光细胞化学染色观察其亚细胞定位情况。结果经过PCR和DNA测序鉴定,人MTERF2基因可读框正确地插入到真核表达质粒中,大小为1158 bp,表达的蛋白相对分子质量(Mr)为44 000,与预计大小相符。转染p3×FLAG-MTERF2质粒的Caski细胞培养24 h,可检测到目的蛋白表达,该蛋白主要定位于线粒体中。结论在Caski细胞成功表达了MTERF2蛋白并证实其定位于线粒体。

线粒体转录终止因子蛋白家族在线粒体基因表达中的调节作用

线粒体转录终止因子(mitochondrial transcription termination factor,MTERF)是一类由核基因编码且高度保守的线粒体DNA结合单体蛋白质,广泛存在于后生动物和植物中.近年来,MTERF蛋白家族对线粒体基因表达调控的作用及其机制研究获得大量成果,对阐明线粒体基因组的表达调控机制及研究人类线粒体疾病等方面有重要的意义.本文综述MTERF蛋白家族4个成员的性质,及其对线粒体DNA复制、转录和翻译的影响,探讨MTERF蛋白家族各成员调控线粒体基因表达的可能机制,展望其对线粒体疾病研究的应用前景.

线粒体转录终止因子蛋白家族研究进展

线粒体转录终止因子蛋白的作用是与线粒体DNA的特异位点结合,导致线粒体基因转录停止。近年来,随着人们对线粒体基因转录机制和人线粒体疾病的深入研究,线粒体转录终止因子的功能开始受到人们的关注。本文介绍了线粒体转录终止因子及其家族成员的研究进展和有待解决的一些问题。

BRCA1和人线粒体转录终止因子3在非小细胞肺癌组织中的表达情况

目的探讨BRCA1和人线粒体转录终止因子3(hMTERF3)在非小细胞肺癌组织中的表达情况。方法选取70例非小细胞肺癌患者,术中收集癌组织标本以及癌旁组织标本。检测并比较癌组织与癌旁组织BRCA1、hMTERF3蛋白表达水平,以及不同病理特征患者的癌组织中BRCA1、hMTERF3蛋白表达水平。结果非小细胞肺癌癌组织中BRCA1、hMTERF3蛋白相对表达水平高于癌旁组织(均P<0.05)。侵及浆膜、肿瘤体积≥5 cm^(3)、病理分期为Ⅲ及Ⅳ期、有淋巴结转移、低分化的非小细胞肺癌患者BRCA1、hMTERF3蛋白相对表达水平分别高于未侵及浆膜、肿瘤体积<5 cm^(3)、病理分期为Ⅰ及Ⅱ期、无淋巴结转移、中或高分化的患者(P<0.05)。结论BRCA1和hMTERF3在非小细胞肺癌组织中呈异常高表达,且与病理参数具有一定相关性,两者或在非小细胞肺癌的发生和发展中发挥重要作用。

人线粒体转录终止因子3在胃癌组织中的表达及其意义

目的分析hMTERF3 mRNA和蛋白质在胃癌组织及正常组织中的表达,探讨其与胃癌发生、发展的关系。方法分别采用半定量RT-PCR和免疫组化SP法,检测61例胃癌组织及正常组织中hMTERF3 mRNA和蛋白质表达水平,分析hMTERF3表达与胃癌临床分期、病理分级、肌层浸润和淋巴结转移的关系。结果 hMTERF3 mRNA和蛋白质在胃癌组织中的表达水平显著高于正常胃组织。hMTERF3蛋白在正常胃组织阳性率为24.6%(15/61),胃癌组织中的阳性率为86.9%(53/61),差异具有统计学意义。hMTERF3蛋白的表达与胃癌临床分期、病理分级、肌层浸润和淋巴结转移有关。结论 hMTERF3蛋白的表达异常可能是胃癌发生、发展的分子机制之一,可为预测胃癌的发生提供可能的生物学标志物,也可为胃癌基因诊断和基因治疗提供潜在的靶标。

线粒体转录终止因子蛋白家族的表达以及在MPTP/MPP^+诱导下的表达变化

目的探讨线粒体转录终止因子(MTERFs)蛋白家族在组织和细胞中的表达以及在神经毒素MPTP/MPP+诱导下的表达变化。方法取正常C57BL小黑鼠的脑、肝、肾组织,以及人神经母细胞瘤细胞SH-SY5Y、人心肌细胞HCM、人肝细胞L-02,检测MTERFs的蛋白表达情况;通过MPTP/MPP+构建帕金森病(PD)动物/细胞模型,检测MTERFs的蛋白表达变化情况。结果 MTERFs在小鼠脑中和SH-SY5Y细胞中蛋白表达水平较高;MPTP/MPP+诱导的PD模型中,MTERF3蛋白表达水平明显降低。结论在小鼠脑和SH-SY5Y细胞中,MTERFs表达较高;MPTP/MPP+诱导下MTERF3蛋白表达明显降低,影响了线粒体转录水平,这可能参与了帕金森病发生的过程。

线粒体转录终止因子家族的研究现状及进展

线粒体转录终止因子（Mterf）是线粒体DNA转录、翻译过程中的一种重要调控因子,主要在转录终止方面发挥相关作用,同时也可参与线粒体起始的调控。随着线粒体基因转录调控机制以及人类线粒体疾病研究的不断深入,Mterf的功能及特点等方面的研究逐渐成为一个新兴的热点,获得了一些新的发现。Mterf家族是一种多功能的蛋白家族,根据其结构特征的不同可分为4类,分别命名为Mterf1~4。

人线粒体转录终止因子3基因RNA干扰表达载体的构建筛选与干扰效果评价

目的:构建人线粒体转录终止因子3(MTERF3)基因的短发夹RNA(shRNA)干扰表达载体,并在mRNA和蛋白质水平对其干扰效率进行验证,以检测和筛选出干扰效率最优的shRNA表达载体。方法:根据人MTERF3基因全长cDNA序列,利用Oligoengine在线软件设计4个shRNA序列,合成4条互补寡核苷酸链,退火成双链后克隆至psiU6.1载体,得到4个重组干扰质粒psi-MTERF3-1～psi-MTERF3-4,并通过PCR和DNA测序对其进行鉴定;将重组干扰质粒利用脂质体介导瞬时转染He La细胞,转染48 h后采用real time RT-PCR检测4个干扰质粒对MTERF3 mRNA表达水平的影响,采用Western印迹检测其对MTERF3蛋白表达水平的情况,并筛选出最有效的shRNA干扰质粒。结果:PCR鉴定和DNA测序鉴定证实重组质粒中已插入目的DNA序列;real time RT-PCR和Western印迹结果表明4个重组载体均可以显著降低人MTERF3基因mRNA和蛋白质的表达水平(P<0.05),其中以pSi-MTERF3-4的干扰效率最优,对MTERF3 mRNA表达的抑制率为70.1%,对MTERF3蛋白表达的抑制率为72.2%。结论:在人宫颈癌He La细胞系筛选出有效干扰MTERF3基因表达的shRNA序列,构建了针对MTERF3基因的RNA干扰真核表达载体且能够有效抑制目的基因的表达,为进一步研究人MTERF3在宫颈癌发生发展中的作用机制提供了实验基础。

非小细胞肺癌中人线粒体转录终止因子3蛋白的表达及临床病理学意义

目的人线粒体转录终止因子3(h MTERF3)是线粒体基因表达及氧化磷酸化活性的负调控因子,其在临床肿瘤样本中的表达情况目前少见报道。文中旨在探讨h MTERF3蛋白在非小细胞肺癌(NSCLC)组织中表达及其与临床病理因素之间的关系,揭示h MTERF3的表达在NSCLC中的临床病理学意义。方法实验材料为大理市第一人民医院病理科2008年至2010年存档蜡块,包括65例NSCLC组织和32例癌旁正常肺组织。采用免疫组织化学SP法检测NSCLC组织和癌旁正常肺组织中h MTERF3的表达情况,采用Kaplan-Meier法计算生存率,Cox比例风险模型分析影响NSCLC患者预后的危险因素。结果 65例NSCLC组织中,h MTERF3阳性表达31例(47.69%)。h MTERF3高表达的患者术后生存时间显著低于h MTERF3低表达的患者[(30.09±3.35)月vs(57.61±7.16)月,P<0.05]。h MTERF3阳性表达[HR=3.302,95%CI:1.598~6.905]和淋巴结转移[HR=4.052,95%CI:1.212~12.398]是影响NSCLC患者预后的危险因素。结论 h MTERF3蛋白在NSCLC中的表达水平显著增高,并且h MTERF3阳性表达和淋巴结转移患者生存率会降低。提示h MTERF3可成为肺癌细胞转移的标志物,用于预测NSCLC的预后。

基于生物信息学分析人类线粒体转录终止因子1基因启动子

目的线粒体转录终止因子1(mitchondrial transcription termination factor 1,MTERF1)编码蛋白质是调控线粒体基因表达和氧化磷酸化的重要因子。文中旨在分析人类MTERF1基因的转录调控序列、转录因子及其结合位点。方法采用进化足迹法,利用生物信息学在线软件对人类MTERF1基因5'端上游的启动子分布、Cp G岛、转录因子及其结合位点进行分析。结果人类MTERF1基因定位于7q21.2,基因全长7845 bp,含有4个外显子和3个内含子。基因上游5'端2500bp的核苷酸序列至少存在2个启动子,其中1878-2447 bp之间可能包含核心启动子。启动子区序列中存在1个长为812 bp的Cp G岛。人类和小鼠MTERF1同源基因存在26个共同的转录因子结合位点。结论生物信息学在线软件能预测人类MTERF1基因启动子和转录因子结合位点,提高了针对该基因启动子的研究效率。

基于生物信息学方法预测人线粒体转录终止因子3蛋白的结构与功能

目的:基于生物信息学预测人线粒体转录终止因子3(hMTERF3)蛋白的结构与功能。方法:利用GenBank、Uniprot、ExPASy、SWISS-PROT数据库资源和不同的生物信息学软件对hMTERF3蛋白进行系统研究,包括hMTERF3的理化性质、跨膜区和信号肽、二级结构功能域、亚细胞定位、蛋白质的功能分类预测、同源蛋白质多重序列比对、系统发育树构建、三级结构同源建模。结果:软件预测hMTERF3蛋白的相对分子质量为47.97×103,等电点为8.60,不具信号肽和跨膜区;二级结构分析显示主要为螺旋和无规则卷曲,包含6个MTERF基序,三级结构预测结果与二级结构预测结果相符;亚细胞定位分析结果显示该蛋白定位于人线粒体;功能分类预测其为转运和结合蛋白,参与基因转录调控;同源蛋白质多重序列比对和进化分析显示,hMTERF3蛋白与大鼠、小鼠等哺乳动物的MTERF3蛋白具有高度同源性,在系统发育树上聚为一类。结论:hMTERF3蛋白的生物信息学分析为进一步开展对该蛋白的结构和功能的实验研究提供了理论依据。

昆明种小鼠线粒体转录终止因子1基因的组织表达谱分析

目的:探索Mterf1基因mRNA和蛋白质在昆明种小鼠大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、骨骼肌、膀胱和卵巢共10种组织的表达情况。方法:采用Real-time RT-PCR检测Mterf1 mRNA在小鼠多个组织中的表达情况;采用Western Blot法检测Mterf1蛋白在小鼠多种组织中的表达情况。结果:Mterf1基因在昆明种小鼠大脑、心脏、骨骼肌和膀胱组织中表达量较高,其次是在肝脏、肾脏和脾脏组织,而在肺脏、胰腺和卵巢组织中表达量相对较低。结论:Mterf1基因在昆明种小鼠中的表达具有组织特异性,为后续研究Mterf1基因在小鼠体内的功能奠定基础。

人线粒体转录终止因子2基因启动子区的生物信息学分析

人线粒体转录终止因子2基因(mitochondrial transcription termination factor 2,MTERF2)在线粒体基因表达、细胞能量代谢及细胞周期调控过程中发挥重要作用,但MTERF2基因自身的表达调控机制仍不明确。通过生物信息学方法预测和分析人线粒体转录终止因子2基因启动子区的结构与功能,结果显示:人MTERF2基因全长9876 bp,含有3个外显子和2个内含子。基因上游5’端2500 bp的核苷酸序列存在3个启动子,启动子区序列中存在长为874 bp的CpG岛,启动子区共发现244个转录因子结合位点。人MTERF2基因启动子区的生物信息学分析,提高了针对该基因启动子的研究效率,并为分析基因启动子的功能奠定了重要的理论基础。

卵巢癌中线粒体转录终止因子1的表达及其意义

目的:探讨人线粒体转录终止因子1(MTERF1)在卵巢癌中的表达及其在预后判断中的作用。方法:利用Oncomine数据库对比分析卵巢癌和正常卵巢组织中MTERF1基因表达水平;提取10例配对卵巢癌组织和正常卵巢上皮组织总RNA和蛋白质,real time RT-PCR检测MTERF1 mRNA在各组织中的表达,Western印迹检测MTERF1蛋白在各组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析MTERF1表达对卵巢癌患者的预后价值。结果:Oncomine数据库中共收集了8个不同类型的研究结果,荟萃分析显示MTERF1在卵巢癌中表达增高,且差异具有统计学意义(P<0.05)。本研究10例卵巢癌及其配对的正常卵巢上皮组织中,有6例卵巢癌中MTERF1 mRNA和蛋白质表达水平增高。Kaplan-Meier plotter数据库分析显示,MTERF1 mRNA表达水平越高,早于2期的卵巢癌患者无进展生存期越短,预后越差(P<0.05);但卵巢癌患者的总生存期与MTERF1 mRNA表达水平无相关性(P>0.05)。结论:卵巢癌组织中MTERF1 mRNA和蛋白质表达升高;在早期卵巢癌患者中,MTERF1表达水平越高,预后越差,可作为预测卵巢癌患者预后的潜在分子标记物。

线粒体转录终止因子3在甲状腺癌中的表达及预后意义

对线粒体转录终止因子3(MTERF3)在甲状腺癌中的表达水平进行分析并评估其预后价值。从TCGA和GTEx等数据库提取甲状腺癌患者MTERF3的表达数据,探究MTERF3在甲状腺癌和癌旁组织中差异表达,分析差异表达对患者免疫细胞浸润和预后情况的影响,并明确MTERF3的临床意义。MTERF3在甲状腺癌中表达水平显著低于正常甲状腺组织,该基因在甲状腺癌中表达较低提示患者预后不良。MTERF3是甲状腺癌的预后标志物,是甲状腺癌诊断和治疗的潜在分子靶标。

Balb/c小鼠线粒体转录终止因子3基因克隆及其组织表达分析

旨在获得Balb/c小鼠线粒体转录终止因子3(MTERF3)基因cDNA的序列特征并进行比较分析,揭示该基因的组织特异性表达规律。应用RT-PCR技术克隆Balb/c小鼠MTERF3基因cDNA编码区序列(CDS),采用MEGA6.0软件构建小鼠MTERF3基因系统进化树,并采用Northern blot、RT-qPCR和Western blot技术研究该基因在小鼠大脑、心、脾、肺、肾、肝、骨骼肌和睾丸等8种不同组织中的特异性表达规律。结果显示,Balb/c小鼠MTERF3基因cDNA的CDS序列大小为1239bp,编码412个氨基酸。小鼠MTERF3基因与大鼠MTERF3基因同源性高达91.1%。MTERF3基因mRNA和蛋白质在Balb/c小鼠各组织中均有不同程度的表达。结果表明,成功克隆了Balb/c小鼠MTERF3基因cDNA的完整编码区序列,并揭示了该基因在各组织器官的表达规律,为进一步研究MTERF3基因在实验动物体内的功能奠定了基础。

黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的生物信息学分析

目的:基于生物信息学方法分析黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的结构和功能。方法:检索Fly Base数据库中黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白的氨基酸序列,利用不同生物信息学软件对该蛋白质的理化性质、亲水性/疏水性、亚细胞定位、二级结构、结构域、三维结构、蛋白质相互作用及不同物种间同源蛋白进化关系等方面进行分析。结果:黑腹果蝇线粒体转录终止因子DmTTF蛋白全长410个氨基酸,理论分子量为48.3 k Da,理论等电点为9.62,属于MTERF蛋白超家族,不含跨膜区,属于亲水蛋白。DmTTF的二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。三维建模空间结构与模板蛋白3mvb.1.A的覆盖度为74.0%,且与二级结构预测的结构基本一致。与DmTTF相互作用的蛋白质均为线粒体转录因子或线粒体呼吸链蛋白。黑腹果蝇DmTTF蛋白与家蝇、达氏按蚊编码的同源蛋白的进化距离最小。结论:黑腹果蝇DmTTF蛋白具有线粒体转录终止因子蛋白家族的典型结构,可能参与果蝇线粒体基因的转录调控过程。