基于线粒体12S rRNA基因对大理州亚洲 带绦虫遗传多样性的分析

目的为了解云南省大理州亚洲带绦虫的遗传多样性。方法本研究采集到大理(DL)、巍山(WS)、弥渡(MD)、漾濞(YB)和洱源(EY)5个地区的131份亚洲带绦虫样本,基于线粒体12S rRNA基因进行扩增,运用MEGA7.0和DNASP5.10.01软件对所得序列进行分析,计算其碱基含量、遗传多样性参数、遗传分化系数和基因流以及遗传距离等数据。结果5个地区的亚洲带绦虫12S rRNA基因片段大小均为493 bp,平均A、T、G、C的碱基含量为28.3%、43.2%、19.4%和9.1%;共定义76个单倍体型,其中单倍型多样性为0.9830,核酸多样性为0.0332;遗传分化指数和基因流范围分别为-0.01913~0.04080和5.87745~22.49795;遗传距离为0.0023~0.0229,大理与巍山之间的遗传距离最大,漾濞与洱源群体之间的遗传距离最小。结论大理州5个地区亚洲带绦虫的线粒体12S rRNA基因的遗传多样性水平较高,基因交流频繁,但种群间的遗传分化较弱,本研究为亚洲带绦虫遗传多样性提供了基础数据。

25个携带线粒体12S rRNA A1555G突变的中国汉族非综合征型耳聋家系

线粒体12S rRNA A1555G突变是引起氨基糖甙类药物诱导的非综合征型耳聋的重要原因之一。文章对收集的25个携带A1555G突变的中国汉族非综合征型耳聋家系进行了临床和分子遗传学评估。结果表明,这25个家系的母系成员在耳聋外显率、听力损失严重程度和发病年龄上存在较大差异。当包括和不包括氨基糖甙类药物使用史时,耳聋的平均外显率分别为28.1%和21.5%,排除氨基糖甙类药物时,耳聋的平均发病年龄从1~15岁不等。线粒体全序列分析发现了16个新变异,不同的线粒体DNA多态性位点显示这25个家系分别属于东亚人群A、B、D、F、G、M、N和R单倍型,其中线粒体单倍型B的家系耳聋外显率和表现度较其他单倍型高。此外,7个继发突变位点和21个高保守性位点突变可能增加了这些家系的耳聋外显率。GJB2基因上未检测到与耳聋相关的突变,表明在本研究的耳聋家系中,GJB2基因可能没有参与A1555G突变的表型表达。以上各方面提示,线粒体单倍型和其他因素可能参与了这25个家系耳聋患者的表型修饰。

与耳聋相关的线粒体12S rRNA突变

线粒体DNA突变是引起听力损伤的重要原因之一.其中,线粒体12S rRNA基因突变与综合征型耳聋和非综合征型耳聋相关.导致综合征型耳聋的线粒体DNA突变多为异质性,然而对于非综合征型耳聋突变则多以同质性或高度异质性存在,说明这种分子致病性需要较高的阈值.位于12S rRNA解码区的A1555G和C1494T突变是造成氨基糖甙类抗生素耳毒性和非综合征型耳聋常见的分子机制.这些突变可能造成12S rRNA二级结构的改变,影响线粒体蛋白质的合成,降低细胞内ATP的产生,由此引起的线粒体功能障碍导致耳聋.但是多数基因突变的致病机制还仅处于推测阶段.其它修饰因子如氨基糖甙类抗生素、线粒体单体型、核修饰基因参与了线粒体12SrRNA基因A1555G和C1494T突变相关的耳聋表型表达.

基于线粒体12S对中国两大山系大熊猫西氏贝蛔虫种群遗传多样性的分析

大熊猫是中国特有的珍稀濒危物种,而西氏贝蛔虫是大熊猫体内最为常见的肠道寄生虫,对野生和圈养大熊猫危害极大。考虑到大熊猫因分布区域的差异而形成了不同的亚种以及寄生虫与宿主间广泛的协同进化关系,西氏贝蛔虫是否也存在与大熊猫相适应的亚种分化一直是野生动物学家极其关注和热议的话题。为此,本文选择中国两大山系(岷山和邛崃)大熊猫种群体内共计34株西氏贝蛔虫虫体样本进行种群遗传多态性研究。利用PCR技术扩增出岷山(14株)和邛崃(20株)西氏贝蛔虫的线粒体12S基因全序列并对其做了遗传多样性分析。结果表明:(1)34个样本包含9个单倍型,呈现出一个高单倍性多样性和低核苷酸多样性的特点;(2)负的Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验值及"多峰型"的种群歧点分布图暗示种群不久前曾经历过突增长的现象;(3)低的种群间的分化系数和高的基因流表明两个地理种群间未形成显著的遗传分化;(4)系统发育树和单倍型网络图表明两山系种群分布无区域特异性。因此,岷山和邛崃山系大熊猫体内的西氏贝蛔虫种群遗传变异性较低,分化不明显。该发现不仅暗示了西氏贝蛔虫与其宿主(大熊猫)的进化不同步,而且还为不同区域大熊猫西氏贝蛔虫病的监控提供了理论依据。

麂属(Muntiacus)动物线粒体12SrRNA、细胞色素b基因和多药耐药基因序列分析及其分子进化关系

对麂属 (Muntiacus)中的 3种动物 :赤麂 (M .muntjak) (2n =6♀ ,7♂ )、小麂 (M .reevesi) (2n =4 6 )、黑麂 (M .crinifrons) (2n =8♀ ,9♂ )线粒体DNA 12SrRNA和细胞色素b基因 784bp左右的片段和核基因———多药耐药基因(multidrugresistance ,MDR1)的 72 8bp左右的片段进行了序列分析 ,并根据序列信息建立了分子系统树 ,同时探讨了这 3种动物的起源。

大壁虎线粒体12S rRNA基因片段的两种单倍型

通过测定大壁虎 5个个体的线粒体 12SrRNA基因片段序列 ,发现大壁虎明显地分为两种单倍型 .结合染色体组型上的微小差异 ,这样的种内差异是否可能达到亚种级水平 ,还有待于进一步研究 .

珠颈斑鸠线粒体12S rRNA基因的克隆·测序和分子进化分析

[目的]获得珠颈斑鸠(Streptopelia chinensis)线粒体12S rRNA基因序列,并以此分析不同鸟类的分子进化关系。[方法]根据其他鸟类线粒体12S rRNA基因及侧翼序列设计引物,采用PCR的方法获得珠颈斑鸠线粒体12S rRNA基因片段,克隆后进行序列测定,利用Mega 4.0软件Neighbor-Joining法分析不同鸟类的进化关系。[结果]获得珠颈斑鸠线粒体12S rRNA基因序列长度为970 bp,碱基组成为:A=31.6%、C=28.9%、G=19.8%、T=19.7%,其中A+T含量高于G+C含量。通过与GenBank中环颈斑鸠(Streptopelia capicola)等其他8种鸟类12S rRNA基因序列比较发现,珠颈斑鸠与环颈斑鸠的同源性最高,为94.4%,与家鸭(Anas platyrhynchos)的同源性最低,为78.4%。并根据这9种鸟类序列用NJ法构建进化树,结果表明,珠颈斑鸠和其他8种鸟类在分子水平上反映的进化关系与在形态学上的进化关系基本吻合。[结论]首次得到珠颈斑鸠12S rRNA基因全长序列,并确定了珠颈斑鸠与其他8种鸟类的分子进化关系。

暗纹东方鲀线粒体12S rRNA基因的克隆及序列分析

利用提取纯化的暗纹东方鲀肝脏的mtDNA为模板,按照红鳍东方鲀mtDNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,首次克隆并测定了暗纹东方鲀mtDNA的12S rRNA基因。同时运用DNA分析软件,对暗纹东方鲀与GenBank中选取的几种同目鱼类的相应序列进行比较分析,显示暗纹东方鲀与这些鱼类的12S rRNA基因具有较高的同源性。利用分子生物学相关软件,对暗纹东方鲀及与其同目的5种鱼的12S rRNA基因序列建立NJ和MP分子进化树,并与传统的分类地位进行比较,结果表明与传统的分类地位基本吻合。

绿头鸭线粒体12S rRNA基因序列测定及分析

对4只绿头鸭线粒体12S RNA基因进行了测定和分析。结果显示:4只绿头鸭125 rRNA基因序列完全一致,其全长为9SSbp。碱基A、G、T、C含量分别为31.47%、21.12%、19.09%和28.32%。以白额雁和潜鸭为外群,分别用邻近法和最小进化法构建了系统进化树,结果表明:绿头鸭与斑嘴鸭和北京鸭关系密切,三者共享1个单倍型,它们之间可能存在较为广泛的基因交流。除此之外,绿头鸭与绿翅鸭关系较近,与琵嘴鸭关系较远,罗纹鸭与赤颈鸭关系较近,河鸭属与潜鸭属的亲缘关系要近于与雁属的亲缘关系。

基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性

为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显著(P<0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。

出生于无锡市区的5562例新生儿耳聋相关基因GJB2、SLC26A4、GJB3、线粒体12S rRNA检测分析

目的分析无锡市区2019年9月-2021年8月出生的5562例新生儿耳聋相关基因GJB2、SLC26A4、GJB3、线粒体12S rRNA突变情况。方法以无锡市区2019年9月-2021年8月出生的5562例新生儿为研究对象,收集足跟血,采用荧光PCR熔解曲线法及Sanger测序检测耳聋相关基因GJB2、SLC26A4、GJB3及线粒体12S rRNA基因。结果5562例新生儿中存在耳聋基因突变336例(6.04%,336/5562),其中GJB2基因突变158例(2.84%,158/5562)、SLC26A4基因突变127例(2.28%,127/5562)、GJB3基因突变29例(0.52%,29/5562)、线粒体12S rRNA基因突变18例(0.32%,18/5562)、复合GJB2和SLC26A4基因突变4例(0.07%,4/5562)。通过听力筛查的5437例新生儿中317例存在耳聋基因突变,突变基因包括GJB2(146例)、SLC26A4(120例)、GJB3(29例)、线粒体12S rRNA(18例)、复合GJB2和SLC26A4基因(4例);未通过听力筛查的125例中存在耳聋基因突变19例,突变基因包括GJB2(12例)、SLC26A4(7例)。GJB2基因突变位点主要有c.235delC、c.299_300delAT及c.176_191del16等;SLC26A4基因突变位点主要有c.919-2A>G、c.2168A>G及c.1226G>A等;GJB3基因突变位点包括c.538C>T、c.547G>A;线粒体12S rRNA基因突变为m.1555A>G均质突变、m.1503G>A均质突变、m.1555A>G异质突变等。听力筛查未通过新生儿中突变率较高突变类型有GJB2基因c.235delC纯合突变、SLC26A4基因c.1226G>A纯合突变;其次为SLC26A4基因c.2168A>G杂合突变。结论无锡市区新生儿致聋基因突变以GJB2基因突变为常见,其次为SLC26A4基因、GJB3基因、线粒体12S rRNA基因;致聋基因突变类型主要为杂合突变;突变频率最高的致聋基因位点为GJB2基因c.235delC、SLC26A4基因c.919-2A>G及GJB2基因c.299_300delAT位点;听力筛查未通过新生儿的常见致聋基因突变类型为GJB2基因c.235delC纯合突变、SLC26A4基因c.1226G>A纯合突变和c.2168A>G杂合突变。

湖北省非综合征型耳聋患儿GJB2、SLC26A4和线粒体12S rRNA突变分析

目的分析非综合征型耳聋患儿的GJB2、SLC26A4基因和线粒体12SrRNA突变频率,扩充中国人群常见耳聋基因突变流行病学数据,为发展适合的聋病基因筛查提供数据基础。方法收集220名散发非综合征型耳聋病例的外周血样本和临床资料;应用聚合酶链反应(PCR)和直接测序,对患者和150例正常对照进行GJB2、SLC26A4基因和线粒体12SrRNA突变检测。结果 1)220例患者中146(66.36%)例患者携带至少1个GJB2基因突变,35(15.91%)例患者携带至少1个SLC26A4基因突变,3(1.36%)例为线粒体A1555G突变。正常对照中3(2%)例携带GJB2致病突变。2)GJB2基因c.235delC(19.32%)突变是最常见的致病突变,其次是SLC26A4基因IVS7-2A>G(9.09%)突变。3)检出的36种突变中,包括2种GJB2和1种SLC26A4新突变。结论本研究扩充了GJB2基因、SLC26A4基因和线粒体DNA A1555G突变在中国人群中的基因突变数据,并发现了3种新的突变,为分子诊断和扩展聋病基因筛查提供数据参考。

胃癌细胞线粒体12S rRNA突变及其意义

目的检测胃癌细胞线粒体基因组(mtDNA)12SrRNA的变异,探讨其与胃癌发生的关系及意义。方法采用PCR产物直接测序法检测22例胃癌组织及其对应胃癌远端正常组织的细胞线粒体12SrRNA的变异;对其中发生特异性突变的癌组织细胞和异型增生组织细胞采用激光捕获显微切割技术进行分离,采用变性高效液相色谱法(DHPLC)、等位特异性PCR、巢式PCR和聚丙烯酰胺凝胶电泳,进一步分析该突变的性质及其突变体在癌和异型增生细胞中的定量差异;RNAdraw软件分析12SrRNA突变体RNA二级结构变化。结果(1)与mitomap线粒体数据库比较后发现一些新的变异位点,其中np652G插入和np716T G颠换仅在癌组织中。(2)12SrRNA变异的频度在弥漫型胃癌(5/17,29.4%)和肠型胃癌(12/17,70.6%)间差异有统计学意义(P<0.05)。(3)线粒体12SrRNA np652G插入和716T G颠换为异质性突变,该突变体在癌组织细胞(0.89±0.02)中的相对量高于异型增生组织细胞(0.68±0.09,P<0.01)。(4)652G的插入不利于12SrRNA局部RNA二级结构的稳定,而T G颠换等则影响有限。结论(1)12SrRNA高变异率可能与肠型胃癌的发生有关;(2)大部分变异共存于胃癌和正常胃组织中,可能不具有肿瘤特异性;(3)np652G插入和np716T G突变对胃癌发生可能有一定的作用;(4)在正常胃黏膜异型增生胃癌演?

线粒体12S核糖体核糖核酸基因突变儿童接种疫苗若干问题的探讨

线粒体12S核糖体核糖核酸(Ribosomal Ribonucleic Acid,rRNA)基因突变是发生耳聋的重要遗传因素之一,携带线粒体12S rRNA突变基因的人对氨基糖甙类抗生素(Aminoglycosides Antibiotic,Am An)高度敏感,接触Am An可导致不可逆性的听力损伤。近年来,一些地区将基因筛查引入新生儿体检,从而及时发现线粒体12S rRNA基因突变儿童,采取针对性指导,避免临床用药中使用Am An,减少药物性耳聋的发生。儿童接种用疫苗由于工艺要求存在痕量抗生素的残留,但目前尚无针对12S rRNA基因突变儿童接种疫苗的指导意见。现从线粒体12S rRNA基因突变与Am An致聋机制、疫苗中抗生素应用现状及接种疫苗后耳聋报告等方面综述,探究线粒体12S rRNA基因突变儿童接种疫苗致聋的安全性。

线粒体衍生肽MOTS-c在代谢及衰老相关疾病中的研究进展

线粒体衍生肽是由线粒体DNA编码的一系列肽,具有与线粒体相似的功能。线粒体开放阅读框12S rRNA-c(MOST-c)是线粒体12S rRNA短开放阅读框编码的一种由16个氨基酸组成的多肽,与线粒体DNA基因组同源,其在压力应激等的作用下在细胞核内发挥细胞功能甚至类似激素作用。MOTS-c与线粒体共定位,在骨骼肌、睾丸、心脏等器官组织中表达,啮齿类动物和人类血浆中均可检测到。MOTS-c通过抑制细胞内叶酸循环和嘌呤核苷酸生物从头合成,激活AMP活化的蛋白激酶,发挥调节代谢、抗衰老、抗炎、镇痛等作用,有望成为代谢及衰老相关疾病新的治疗靶点。

11个携带线粒体tRNA^(Ser(UCN)) G7444A突变的中国汉族非综合征型耳聋家系分析评估

目的:通过对11个携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变的中国汉族非综合征型耳聋家系进行临床和分子遗传学特征等分析评估,探讨线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变在母系遗传非综合征型耳聋发生发展中的作用。方法:PCR扩增2 650例中国汉族非综合征型耳聋样本的线粒体12S rRNA、线粒体tRNASer(UCN)基因以及GJB2基因。对11个携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变的中国汉族非综合征型耳聋家系进行听力学检测、耳聋相关热点基因突变检测以及家系资料等综合分析。结果:在2 650例中国汉族非综合征型耳聋患者中,14例携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变,突变率为0.53%。在这11个携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变的家系中,同时携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变和线粒体12S rRNA A1555G、12S rRNA C1494T或GJB2c.235delC的家系分别为3、1和2个。临床资料分析表明,这11个中国汉族非综合征型耳聋家系母系成员在听力损失严重程度、发病年龄以及耳聋外显率方面存在较大差异。同时携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变和线粒体12S rRNA A1555G、C1494T或GJB2 c.235delC突变家系的耳聋平均外显率分别为29.4%、42.9%和19.0%。前两者的外显率明显高于只携带线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变家系的耳聋平均外显率(为14.0%)。结论:线粒体tRNASer(UCN)G7444A突变可能与线粒体12S rRNA A1555G和C1494T原发突变存在协同作用,共同影响非综合征型耳聋的表型。

西藏拉果错卤虫线粒体DNA遗传多样性的研究

对西藏拉果错卤虫线粒体12S-16S rDNA片段进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析。对两个样本ARC1347和ARC1348分别分析了40和31个个体。应用PCR技术扩增了卤虫单个休眠卵的线粒体12S-16S rDNA,选用能识别四碱基的限制性内切酶HpaⅡ、NdeⅡ、TaqⅠ和HaeⅢ对该基因片段进行RFLP分析。在两个样本中均各检测出5种单倍型,其中单倍型AAAA为两个群体所共有,并均以该单倍型为主,它的个体数所占的百分比在两个群体(ARC1347和ARC1348)中分别为85.0%和83.9%。ARC1347号样本各单倍型之间的平均遗传距离为0.0350,ARC1348号样本各单倍型间的平均遗传距离为0.0121;ARC1347和ARC1348样本的线粒体12S-16S rDNA的多态度(或称核苷酸多样性指数)π值分别为0.0052和0.0013。结果说明,西藏拉果错卤虫具有一定的群体内遗传多样性。

非综合征型感音神经性聋易感聋病基因检测分析

目的探讨在病因不明的非综合征型感音神经性聋患者中进行GJB2基因和线粒体12SrRNAA1555G突变检测的临床意义。方法对317例非综合征型感音神经性聋患者(排除了明确诊断为前庭导水管扩大和听神经病患者),进行线粒体12SrRNAA1555G突变和GJB2基因突变检测。应用聚合酶链反应扩增线粒体12SrRNA基因和GJB2基因编码区,限制性内切酶Alw26I检测线粒体DNAA1555G突变,对酶切提示A1555G突变的病例和全部GJB2基因扩增产物进行DNA测序。结果18例为线粒体12SrRNAA1555G突变,阳性率为5.68%(18/317)。GJB2基因序列分析发现致病突变纯合和复合杂合者为37例,阳性率为11.67%(37/317),致病突变杂合携带者为17例,检出率为5.36%。317例患者中,17.35%[(18+37)/317]的耳聋患者的致病原因为线粒体12SrRNAA1555G突变和GJB2基因突变导致。结论对病因不明的非综合征型感音神经性聋患者进行GJB2基因和线粒体12SrRNAA1555G突变的检测,有助于病因诊断。

5755例新生儿GJB2、12S rRNA耳聋基因检测结果分析

目的探讨在新生儿中开展耳聋基因GJB2及线粒体12S r RNA筛查的意义。方法对5755例新生儿出生后2-3天采集足跟血,利用飞行时间质谱技术对GJB2耳聋基因的5个突变位点235del C、299-300del AT、35del G、176-191del16、167del T突变,及线粒体12S r RNA耳聋基因的2个突变位点1494C→T、1555A→G检测。结果 5755例新生儿检出GJB2基因183例,阳性率3.18%。1例GJB2 235del纯合突变及1例GJB2 235del&299-30 del AT复合杂合突变经ABR检查确诊为中重度、重度听力损失,2例GJB2 235del杂合突变分别为轻度,重度听力损失,1例176-191del16杂合突变为中度听力损失。检出9例线粒体12S r RNA基因阳性,阳性率0.16%,其新生儿听力初筛均通过。结论在新生儿中开展GJB2、线粒体12S r RNA耳聋基因筛查,可以早期发现先天遗传性聋,避免药物相关性耳聋,以及对遗传咨询,婚育指导具有重要意义。