3个不同群体罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因序列分析及遗传差异

利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏沼虾的遗传差异。结果表明:在3个群体间序列同源性对比无变异,PCR-RFLP未发现有片段多态性,3个群体间不存在遗传结构差异。可能表明这3个群体的罗氏沼虾起源同一个种群,且分化较低。

墨吉对虾Penaeus merguiensis线粒体16SrRNA基因序列分析

比较墨吉对虾 6个群体的线粒体 16SrRNA基因约 4 5 7个碱基对的DNA序列 .结果表明这 6个群体间的遗传距离 (D)在 0 - 0 .0 0 85之间 .未发现广东的

中国对虾线粒体16SrRNA基因序列分析(英文)

中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus,Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群:中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群;美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群,最后与中国对虾等聚到一起。同时可见,小褐美对虾(F.subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。

线粒体16srRNA和ND4基因在种属鉴定中的应用研究

目的 构建一种用于种属鉴定的线粒体DNA（mtDNA）16srRNA和ND4基因荧光标记复合扩增检测体系。方法 利用引物设计软件（Primer 5）对两个mtDNA序列ND4基因和16srRNA基因设计两对引物，每对引物中的一条在5’端标记荧光素（6-FAM）。按传统复合扩增技术建立复合扩增体系，用ABIPRISM 310基因分析仪对产物进行分析。结果 人类DNA扩增产物出现两个峰，片段大小分别为110bp的人类特异片段和149bp的人与动物共有片段，而动物DNA扩增产物出现一个峰，片段大小为149bp。对30个实验室存放5～15年的陈旧人血痕也能明确判断其种属来源。结论 该体系可以明确区分人源性生物检材与其它常见动物样本，对实验室长期存放的陈旧检材也具有较好的检测能力。

3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472～481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例(16S rRNA基因62.1%;COI基因62.8%).对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,3种类间存在128个碱基变异位点(其中包括127个简约信息位点)和5个插入/缺失位点,总共12个碱基长;COI片段有200个碱基存在变异,其中包括191个简约信息位点,不存在任何插入/缺失位点.数据分析结果表明16S rRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0.0856和0.1712,两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0.3054,0 2798和0.2662,0.2933.作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平,结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点.3种蛏类线粒体16S rRNA和COI基因在种间明显的多态性,证实了16S rRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析.

线粒体16SrRNA和Cytb基因复合扩增进行种属鉴定

目的建立一种用于种属鉴定的线粒体DNA16SrRNA基因和细胞色素b基因荧光标记复合扩增检测体系。方法利用引物设计软件Primer5.0对mtDNA序列的16SrRNA基因和细胞色素b基因各设计一对引物,建立复合扩增体系,分别扩增人和牛、猪、狗、鸡、草鱼5种常见动物,用310遗传分析仪对产物进行分析。结果人和5种动物DNA扩增产物均出现两个峰,Cytb通用引物的扩增产物为人与动物的共有峰,为358bp;16SrRNA基因的扩增产物为人与动物间存在位置差异的特异峰,位于231～256bp之间。结论该复合扩增体系可以明确区分人和5种动物样本,可用于种属鉴定。

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16SrRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎CrassotreaariakensisFujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增,获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,经同源排序,得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点,包括1个碱基插入/缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型,这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支,一支有19个个体,占73 08%;另一支有7个个体,占26 92%;2支间序列差异为3 54%。据此得出结论:钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种,其差异是否到了种间的分界限,还需进一步研究证实。

罗氏沼虾不同群体线粒体16SrRNA基因的序列变异及其保守性分析

利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾广西养殖群体、江苏养殖群体和缅甸原种F13个不同群体共15个个体的线粒体16SrRNA基因片段,测定序列并进行序列同源性比较。结果显示,在得到的401bp长度的基因片段中,3个群体所有个体的核苷酸序列完全一致,序列同源性为100%,该基因在群体内或不同群体间均不存在遗传差异。表明罗氏沼虾的16SrRNA基因是比较保守的序列,在不同群体间的分化程度很低。

基于线粒体16SrRNA基因序列的长江下游重要水体脆弱象鼻溞群体遗传结构分析

为了解长江下游地区10个水体脆弱象鼻溞群体的遗传结构,研究测定了脆弱象鼻溞(Bosmina fatalis)线粒体16SrRNA基因序列,结果显示,100个样本中共有8个变异位点,定义了9个单倍型,单倍型多样性(Hd=0.284)和核苷酸多样性(Nd=0.000 76)均较低。AMOVA分子变异分析结果表明,脆弱象鼻溞遗传分化主要来自群体内,占93.33%,群体间的变异低,占6.67%。Fst值统计检验表明,各水体之间遗传分化不显著。系统发育树和中介网络图说明脆弱象鼻溞单倍型间关系较近,未形成明显谱系地理格局。中性检验和错配分布结果说明脆弱象鼻溞出现过群体扩张现象。

16SrRNA基因测序技术在呼吸系统疾病与气道微生物中的研究进展

呼吸系统疾病是世界各地病死率较高的疾病之一,呼吸道病毒和细菌感染已经被确定为人口病死的主要原因。根据感染的区域不同,主要分为上呼吸道感染和下呼吸道感染两种类型。定植于健康人肺部的微生物群大多属于四个门类:厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,它们与人体气道局部黏膜免疫系统相互作用共存,维持呼吸系统的免疫平衡与稳定。近年来,宏基因组学技术的发展为研究共生菌提供了可能性,随着SrRNA和基因测序技术的应用,微生物菌群与呼吸系统疾病之间的关系引起广泛的关注,也证明了呼吸系统疾病与呼吸道微生物菌群之间有着密不可分的关系,这不仅有助于呼吸系统疾病的诊断,而且为患者的治疗及预后提供方向。本文就目前关于呼吸系统疾病与气道微生物的相关研究在PubMed、中国知网、万方医学和维普医学上检索“呼吸系统疾病、16SRrRNA、慢性阻塞性肺疾病、哮喘、慢性咳嗽、囊性纤维化、气道微生物”等关键词,对相关文献进行回顾和总结并作简要综述。

6种笛鲷属鱼类线粒体165SrRNA基因片段的序列比较

对笛鲷属(Lutjanus)的紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)、白星笛鲷(Lutjanus stellatus)、千年笛鲷(Lutjanus sebae)、勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)、红鳍笛鲷(Lutjanus erythropterus)线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序，得到长度约418bp的序列。结合GenBank中斜带笛鲷(Lutjanus decussatus)该区段的16SrRNA序列，用(Clustal_X排序软件进行16SrRNA序列的对位排列。通过Mega2．1软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较，共检测53个碱基存在变异，其中包括21个简约信息位点，并用“PairWise distance”计算了各属间的相对遗传距离，结果表明，其序列差异(转换+颠换)在0．027～0．083，其中勒氏笛鲷与斜带笛鲷的序列差异最小，红鳍笛鲷与勒氏笛鲷的序列差异最大。以高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外类群，采用Mega2．1软件中的“Neighbore-Joining'’法得到唯一1个分子系统树，系统树各分支的置信度南“Bootstrap”1000循环检验。结果表明，6种笛鲷鱼类聚成明显的3个分支，第1个分支，包括勒氏笛鲷、斜带笛鲷和白星笛鲷；第2个分支，包括紫红笛鲷；第3个分支，包括红鳍笛鲷和千年笛鲷。

线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展

动物线粒体DNA是共价闭合的环状双链DNA,在真核生物具有高保守性,使其成为了研究物种进化的一种常用的标记,并为线粒体起源提供了有价值的线索。通过动物线粒体DNA从分子水平上研究类群的系统关系,获得种群遗传多态性的资料及建立种群遗传标记,对类群系统关系研究有重要意义。

南方鲇和鲇线粒体DNA 16SrRNA基因片段的RFLP对比分析

作者利用PCR技术进行了南方鲇(Silurusmeridionalis)和鲇(Silurusasotus)五个地理种群线粒体DNA(mito-chondrialDNA,mtDNA)限制性片段长度多态性(RFLP)研究。这五个地理种群是长江上游支流(四川境内的雅砻江、岷江、宜宾、贵州遵义的乌江)和长江中游支流沅江上游的潕阳河。选用10种限制性内切酶水解,只有HaeIII产生了限制性片段长度多态性。结果发现:南方鲇在野生种群和养殖品种间有分子遗传标记;鲇在长江上游支流各野生种群和长江中游支流潕阳河种群间有分子遗传标记;但在该基因片段上没有鉴别南方鲇和鲇的分子遗传标记。

16SrRNA高通量测序技术分析肾移植患者唾液菌群分布特征

目的 以高龋均患者唾液菌群为参照,应用高通量测序技术分析肾移植患者唾液菌群分布情况。方法 选取9名肾移植术后1年的患者为实验组,9名高龋均的患者(DMFT≥6)为对照组,采集唾液,提取DNA进行PCR扩增、测序,分析两组唾液菌群结构及多样性差异。结果 肾移植组患者与高龋均组患者唾液菌群有相似的多样性指数,指数比较差异无统计学意义(P> 0.05)。肾移植组与高龋均组患者唾液菌群均具有特定的优势菌,且保持相对稳定性,在相对丰度上存在差异,其中厚壁菌门(Firmicutes),梭杆菌门(Fusobacteria),纤毛菌属(Leptotrichia spp.),坦纳菌属(Tannerella spp.),梭菌属(Clostridium spp.)在两组间具有显著差异。结论 肾移植患者口腔微生物群落结构与高龋均人群存在差异。

基于16S rRNA测序分析阻塞性睡眠呼吸暂停患者肠道靶标菌群的变化

目的分析阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者和健康人群肠道菌群的差异,探讨肠道菌群在OSA发病中的作用及意义。方法随机纳入2022年1月~12月就诊于本院诊断为OSA的患者39例作为OSA组,健康志愿者20例作为对照组。收集两组人群的粪便标本,通过16SrRNA高通量测序分析其微生物组成,分析两组人群肠道菌群之间的Alpha多样性、Beta多样性、物种差异与标志物种和差异生物功能代谢通路功能预测分析。结果Alpha多样性分析显示,OSA组的物种多样性指数Shannon和Simpson、物种丰度指数Observedspecies及菌群均匀度指数Pielou均低于对照组(P<0.05);Beta多样性分析显示,两组间群落结构存在差异(P<0.05)。OSA组肠道菌群群落结构上与对照组存在差异,潜在致病菌属如假单胞菌属、巨单胞菌属等菌群丰度增加(P<0.05)。LEfSe分析结果显示,与对照组相比,OSA组假单胞菌属、巨单胞菌属、梭杆菌属丰度升高(P<0.05)。关联网络分析结果显示,影响宿主稳态的为差异标志菌群;随机森林分析和ROC曲线结果显示,假单胞菌属是具有重要鉴别意义的生物标志菌属。差异代谢通路预测功能显示,维持肠道菌群稳态起主要作用功能的是生物合成功能,假单胞菌属参与了芳香族生物胺降解和酮葡萄糖酸代谢。结论OSA患者存在肠道菌群紊乱,肠菌中假单胞菌属可能通过参与物质代谢影响OSA发生发展,可望作为防治OSA的潜在肠菌靶标。

基于16S rRNA技术探讨健脾祛痰法调节血脂异常患者肠道菌群变化特征

目的通过观察健脾祛痰法对脾虚痰浊型血脂异常患者的血脂水平、中医证候积分的影响,分析高脂人群采用健脾祛痰法治疗前后肠道菌群的结构变化,检测精炼方颗粒剂中绞股蓝皂苷A、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、黄芪甲苷的含量,以明确健脾祛痰法降脂的临床疗效,探究健脾祛痰法发挥临床疗效的有效药理成分。方法在辽宁中医药大学附属医院纳入脾虚痰浊血脂异常受试者共计120例,按照就诊顺序随机分为模型组、治疗组,每组60例。两组均予健康宣教,治疗组予精炼方颗粒剂冲服,疗程为2个月。采用全自动生化分析仪检测所有受试者血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平,用中医证候积分量表评定患者中医证候疗效,16S rRNA高通量测序技术检测受试者粪便标本肠道菌群的结构变化。结果治疗组患者血脂水平、中医证候积分较治疗前明显改善,血脂疗效、中医证候总有效率显著优于模型组。治疗组患者用药后肠道菌群样本间差异明显,各分类水平物种组成比例发生变化。用药后肠道中的肠杆菌目(Enterobacteriales)减少,肠道菌群平衡有所恢复。结论健脾祛痰法能够显著降低血脂异常患者TC、LDL水平,改善中医证候,恢复肠道菌群平衡,并通过绞股蓝皂苷A、毛蕊异黄酮葡萄糖苷、黄芪甲苷等活性成分发挥降脂作用。

黄海带鱼、小带鱼RAPD和线粒体16S rRNA基因序列变异分析

对黄海带鱼、小带鱼各12个个体进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,对比多态位点比例、遗传多态度以及遗传距离,并构建Neighbor-joining系统树;通过PCR扩增出线粒体16SrRNA基因,纯化后直接测序,利用生物信息学方法进行序列分析和核苷酸变异比较,结合GenBank上大西洋叉尾带鱼同源序列构建UPGMA系统树.分析结果表明:(1)RAPD技术研究黄海带鱼和小带鱼的遗传多样性具有较高的灵敏度和检出率,带鱼的多态比例和遗传多态度均较小带鱼的低;(2)线粒体16S rRNA基因序列在分析这两物种遗传变异时表现出保守和变异的双重特性,种内变异极小而种间较大;(3)5个随机引物扩增出种特异的RAPD带,可作为种间分子鉴定标记;(4)研究证实带鱼和小带鱼是不同属的两个种,从而在基因水平上支持了Nelson分类系统的观点.

基于线粒体16SrRNA序列和线粒体基因组裂化程度分析吸虱亚目系统发育

【目的】吸虱亚目是真兽类哺乳动物体表的专性吸血寄生虫和潜在的病原传播媒介昆虫。吸虱亚目线粒体基因组具有不同于两侧对称动物线粒体基因组传统认识的典型性,其线粒体基因组呈现出剧烈的裂化现象,形成多个线粒体微环染色体。目前针对吸虱亚目16SrRNA基因序列和线粒体基因组裂化程度分析吸虱亚目系统发育的研究很少,亟需对吸虱亚目的亲缘关系进行研究和探讨。【方法】采用非加权组平均法(UPGMA)、邻近法(NJ)和最大简约法(MP)对6科6属13种吸虱的16SrRNA基因长片段序列进行进化关系分析。采用高通量测序法测定2科2属4种吸虱的线粒体基因组,并分析5科5属10种吸虱线粒体基因组裂化程度与吸虱亚目的系统发育关系。【结果】进化树结果表明吸虱的6个科均为单系群,猴虱科较另外5个科相对原始,结果支持形态分类地位。对5科5属10种吸虱线粒体基因组裂化程度分析结果表明裂化速率最快的是3种人虱(体虱、头虱和阴虱),最慢的是3种血虱(猪血虱、野猪血虱和驴血虱),4种鼠虱(亚洲多板虱、棘多板虱、红姬甲胁虱和克氏甲胁虱)处于中间。在进化树上,进化程度由低到高依次为血虱<鼠虱<人虱,与线粒体基因组裂化所显示的由慢到快的顺序一致。【结论】系统进化树中不同谱系的吸虱基本上形成单系群,结果与形态学研究结果非常吻合。吸虱亚目线粒体基因组的裂化程度或许与类群(分类单元)的进化程度具有一致性。

基于线粒体16S rRNA基因序列探讨中气门亚目的系统发育关系

为了解中气门亚目物种线粒体16S rRNA基因全序列信息及系统发育关系,采用PCR方法对粪堆寄螨(Parasitus fimetorum)的线粒体基因组进行测序,并结合NCBI数据库中中气门亚目多数类群的序列信息。利用生物信息学软件对中气门亚目物种的线粒体16S rRNA基因进行比较分析,进一步探讨中气门亚目物种间的系统发育及亲缘关系。结果表明:中气门亚目物种线粒体16S rRNA基因的AT含量远高于GC含量;遗传距离在0.111~0.359,平均遗传距离为0.291。碱基转换与颠换比值以及序列饱和性分析显示,中气门亚目物种线粒体16S rRNA基因具有较大的进化潜能,适合用于系统发育分析。使用ML法和BI法构建的系统发育树显示寄螨科与土革螨科形成姐妹分支,与传统分类结果存在差异;大部分同科的物种总是优先聚在一起,表明线粒体16S rRNA基因用于构建中气门亚目的系统发育关系具有稳定、可靠的特点。结果为后续研究中气门亚目物种的系统发育关系奠定基础。

中国对虾16SrRNA基因序列多态性的研究

利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性 ,17只个体具有 17种基因型 ,在扩增的长为 5 2 3bp的基因片段中 ,共检测到 3 7个多态性核苷酸位点 ( 7 0 7% )。UPGMA法构建的分子系统树表明不同地理种群中国对虾存在一定程度的遗传分化 ,长岛群体与烟台群体遗传关系较近 ,宁波群体次之 ,青岛群体为相对独立的一支。