基于线粒体D-loop区的4个团头鲂养殖群体遗传多样性分析

为了解安徽省养殖团头鲂(Megalobrama amblycephala)种质资源现状,本研究基于来自省内不同地区的4个养殖群体117个样本的线粒体D-loop区,分析其遗传多样性及群体结构。遗传多样性分析结果表明,共检测到16个变异位点和14种单倍型,单倍型多样性指数为0.20~0.47,核苷酸多样性指数为0.00022~0.00224。群体结构分析显示,群体间发生了不同程度的分化,遗传分化系数为-0.0138~0.2190。分子变异分析(AMOVA)表明,变异来源全部来自个体间,单倍型网络图显示群体间可通过单倍型Hap_2连接。综上所述,4个群体可能经历了奠基者效应,遗传多样性丢失严重,群体间缺乏分化,4个团头鲂群体的遗传背景可以为安徽省团头鲂种质资源保护与利用提供参考依据。

白洋淀乌鳢线粒体D-Loop区序列遗传多样性分析

采集白洋淀野生鸟鳢（Channa argu）群体和养殖乌鳢群体62个样本.运用PCR技术对该62个样本的线粒体D-Loop区序列进行扩增,测序得到的序列进行比对.结果显示,线粒体D-Loop区片段中,T,C,A和G碱基平均含量分别为28.14％,22.36％,34.38％和15.12％,A＋T的含量（62.52％）高于G＋C含量（37.48％）,具有明显的碱基组成偏向性.共检测到112个变异位点,占全部序列的12.3％,检测到单倍型9种,单倍型多样性（Hd）为0.783,核苷酸多样性（Pi）为0.054 09,2个群体的遗传距离为0～0.12,遗传分化指数（Fst）为0.943 44,基因流（Nm）为0.014 99.基于线粒体D-Loop区序列的研究表明：野生乌鳢群体的遗传多样性比养殖群体的遗传多样性低,同时2群体间具有明显的遗传分化现象.

我国部分黄牛品种线粒体D-loop区遗传多样性与起源分化

为了解我国地方黄牛品种线粒体DNA的遗传变异情况,文章测定了16个地方黄牛品种206个个体线粒体D-loop区的全序列,共检测到101个变异位点;99种单倍型,其中73种是普通牛单倍型,26种是瘤牛单倍型;平均核苷酸差异为22.6920,单倍型多样度为0.9320,核苷酸多样度为0.0227,表明我国黄牛品种遗传多样性非常丰富。构建的NJ进化树显示16个品种来源于两大母系:普通牛和瘤牛;构建的Network图表明73种普通牛单倍型可以分为3大单倍型群;26种瘤牛单倍型分为5种单倍型群,推测我国瘤牛在迁移过程中,至少经历了4次群体扩张事件。通过分析比较地方黄牛品种与内罗门牛共有的H3单倍型,发现其中只有16%的序列与内罗门牛的H3单倍型非常相似,其余84%的序列均发生了鸟嘌呤变异,推测这些变异很可能是我国瘤牛固有的变异。

基于线粒体D-loop区比较分析野生与养殖斜带髭鲷种群的遗传多样性

采集广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷Hapalogenys nitens(Richardson)和养殖斜带髭鲷各25个样本。通过设计特异性引物,采用PCR技术对该50个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,测序得到的序列进行比对,发现该50个序列长度变异较小,均在788—790 bp之间,野生型和养殖型区别不大。采用MEGA(version 4.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示:50条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为29.9%、21.5%、35.2%和13.5%,其中A+T的含量(65.1%)显著高于G+C含量(34.9%),表现了明显的碱基偏倚。50个个体表现为26种单倍型,包括91个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.024,单倍型多态性(h)为0.958,核苷酸多态性(π)值为0.02277。研究表明,mtDNA D-loop区可以作为检测野生与养殖斜带髭鲷群体遗传多样性的有效分子标记,而广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷种群遗传多样性已经下降至中等水平。研究提示野生斜带髭鲷种群遗传多样性不容乐观,资源调查、种质维护与遗传评价有待深入。

基于线粒体D-loop区分析茶花鸡遗传多样性和起源进化

为探讨茶花鸡遗传多样性和起源进化,以茶花鸡为试验素材,对30只茶花鸡线粒体DNA D-loop区全序列进行测序,结合GenBank已公布D-loop区全序列的19条红色原鸡序列,进行比对和分析处理。结果显示:茶花鸡线粒体D-loop区全长为1 232 bp,无缺失和插入。30只个体共发现9处单核苷酸多态位点,为3种单倍型。系统发育分析显示,3种单倍型可分为A和B两个分支,A和B分支均与Gallus gallus spadiceus聚为一类,推测这两个分支可能均起源于红色原鸡滇南亚种。研究从分子水平为茶花鸡遗传资源保护和开发利用提供了参考。

大菱鲆引进群体与国内累代繁养群体线粒体D-loop区部分序列的遗传多态性分析

采用PCR扩增和DNA测序技术，测定分析了引自冰岛和法国的大菱鲆两个引进群体以及1个国内累代繁养群体共60尾个体的mtDNAD-loop区部分序列的遗传多样性。结果表明，60尾个体中，扩增获得的mtDNAD-Loop区部分序列长度为739～759bp；共检测到46个变异位点，其中单一变异位点17个，简约信息位点29个；共检测出56个单倍型，各群体的单倍型多样度分别为冰岛1．000、法国0．950、累代繁养0．850。3个群体的核苷酸多态性分别为冰岛0．00797、法国0．01134和累代繁养0．00616。各群体间的遗传分化系数分别为冰岛＂US法国0．53441、冰岛＂OS累代繁养0．27723、法国VS累代繁养0．60725。虽然3个群体的遗传多样性都不高，但是各种群之间存在一定的遗传分化，可以分别作为单独的种群进行种质保存和利用，特别是法国种群与其他两个种群间的遗传距离更远，更具引种价值。

利用微卫星和线粒体D-loop区联合分析大尾寒羊的遗传多样性

本研究对42只大尾寒羊的10个微卫星标记进行了遗传多样性分析,并对其中38只个体的线粒体DNAD-loop区的进行了测序和多态性分析。结果表明,10个微卫星位点共发现38个等位基因,平均观察杂合度为0.3631,平均PIC值为0.416,FST、FIS和FIT平均值分别为0.0842、0.1784和0.2466,且该群体的HO<HE;mtDNAD-loop测序分析发现了23种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.972,平均遗传距离为0.37,构建的UPGMA分子系统树最终聚为三个分支。结果表明,该大尾寒羊种群的遗传多样性较高,但群体内部存在一定程度的近交现象,须制定合理的育种措施保护该物种。

线粒体D-Loop区全序列分析A2a基因敲除小鼠生产扩大群的遗传稳定性

目的采用线粒体D-Loop全序列测定法对A2a基因敲除小鼠近交系生产扩大群中的小鼠进行了遗传稳定性分析。方法对5个子代A2a杂合子50只小鼠的线粒体DNA D-Loop区进行了PCR扩增,产物纯化后测序,其结果与小鼠线粒体标准序列比对,分析50只小鼠之间的序列差异。结果发现检测的50只小鼠的D-Loop基因序列完全一致,且与小鼠线粒体标准序列完全一致。结论 A2a基因敲除小鼠扩大繁殖群具有较好的遗传稳定性,同时为进一步研究A2a小鼠提供遗传学资料。

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。

基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵4个黄尾鲴养殖群体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop序列进行PCR扩增和测序,通过序列分析研究4个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体D-loop序列长度为1038~1093 bp,碱基A+T含量(65.3%)显著高于C+G含量(34.7%),平均转换/颠换比值(TS/TV)为4.6。在128条黄尾鲴的D-loop序列中共检测到101个变异位点,包括97个简约信息位点;界定了19种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4和2;单倍型多样性(h)介于0.226~0.915之间,核苷酸多样性(π)介于0.00640~0.01433之间。4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为0.03782~0.88756,遗传分化系数为0.78903(P<0.01),群体内变异占整个遗传变异的21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。

基于线粒体D-Loop区序列对梵净山地区泽陆蛙遗传多样性分析

为了解梵净山地区泽陆蛙遗传多样性情况,采集梵净山地区江口、松桃、印江县共62只泽陆蛙,基于线粒体D-Loop基因序列对泽陆蛙3个地理群体的遗传多样性进行分析。结果表明:62条基因序列中发现了64个变异位点,界定了10种单倍型。群体单倍型多样性在0.255 0~0.793 0之间。AMOVA分子变异分析显示,泽陆蛙的遗传变异主要来自种群之间(95.84%),种群内部的遗传变异较低(4.16%)。单倍型系统发育树表明,10个单倍型分为两支,一支为Hap1~Hap7,一支为Hap8~Hap10,其中Hap8~Hap10为印江群体所独有,这和群体系统发育树的结果相符,即印江群体单独聚为一类、松桃和江口群体聚为一类。说明泽陆蛙不同地理群体间遗传分化的主要原因是地理隔离。

基于线粒体D-loop区序列的中华鳖不同群体遗传差异分析

2018年5—11月期间,在太湖流域苏州太仓和武进及洪泽湖流域宿迁泗洪地区采集69尾野生中华鳖Trionyx sinensis三个群体(太湖花鳖群体、太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体),测定分析腿部肌肉的线粒体D-loop区序列。结果显示,在获得的约515 bp碱基序列中,片段的同源性达到95.76%;存在变异的核苷酸位点共12个,总变异率为2.43%;太湖花鳖群体、太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体的核苷酸多样性(π)分别为0.0031、0.0014和0.0046,群内序列同源性分别为99.23%、99.14%和98.95%;三个群体间遗传距离为0.0479,太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体遗传距离最小(0.0165),太湖花鳖群体和洪泽湖鳖群体遗传距离最大(0.0499)。用MEGA5.1软件构建的分子系统树表明,三个群体明显分为两支,太湖花鳖群体单独聚类,太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体混合聚类且有一定的分化趋异。太湖花鳖群体与太湖鳖群体和洪泽湖鳖群体之间遗传差异已经达到亚种间水平,三个群体的遗传多样性均处于较低水平,需予以重视,保护其种质资源。

北京油鸡线粒体D-loop区遗传多样性及系统进化研究

为了从母系遗传的角度探讨北京油鸡的遗传多样性和系统进化,研究测定了165只北京油鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列,分析其遗传多样性并结合NCBI下载的43个其他鸡种序列构建了系统发育树。结果显示,北京油鸡mtDNA D-loop区全序列长度1231~1232 bp,存在一处碱基缺失;共发现26处单核苷酸变异位点,组成了13种单倍型;核苷酸多样性为0.00427±0.00074,单倍型多样性为0.563±0.047,核苷酸平均差异数为5.258;北京油鸡13种单倍型可划分为A、B、C、E四个分支,其中C分支为优势分支,占检测个体的73.3%。结果表明,北京油鸡线粒体遗传多样性呈中等水平,保种效果较好。

基于线粒体D-loop区分析安徽省5个翘嘴鳜养殖群体的遗传多样性

为研究安徽省鳜鱼的遗传多样性,对安徽省内5个鳜鱼养殖群体共125个样本的线粒体D-loop区进行了扩增和测序分析。试验最终共获得125条长度为858 bp的D-loop区序列,共检出260个变异位点,包括77个简约信息位点和183个单核苷酸变异位点;碱基平均含量为T(29.3%)、C(20.6%)、A(33.8%)和G(16.2%),具有明显的(A+T)碱基偏移。5个群体的遗传多样性较低(Hd,mean=0.596,Pi,mean=0.0053),可能经历了瓶颈事件。此外,通过对群体遗传结构及邻接法系统发育树的分析发现,5个养殖群体未表现出明显地理聚集,不同群体间有少量个体混合。群体变异主要来自于群体内部而非群体间。本研究可为鳜鱼种质资源的保护和恢复提供理论依据。

贵大白香猪线粒体D-loop区遗传研究

为了解贵大白香猪的遗传多样性及其遗传背景,本文采用PCR测序技术测定了30个个体线粒体DNAD-loop全序列。检测到3种单倍型,包括4个多态位点,其中2次T/C转换、2次A/G转换,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为32.9%、24.8%、15.7%和26.6%,A+T含量(57.7%)明显高于G+C含量(42.3%)。D-loop区核苷酸多样性(Pi)为0.00155,平均核苷酸差异数(k)为1.949。与GenBank上收录的其它猪种线粒体DNAD-loop序列比对,未发现共享单倍型,证明贵大白香猪具有独立的母系遗传。

基于线粒体D-loop区的抚仙湖鱇浪白鱼遗传多样性分析

为了解鱇浪白鱼(Anabarilius grahami)种质资源和遗传多样性现状,采集抚仙湖7个地理群体共计133尾鱇浪白鱼,基于线粒体D-loop控制区全序列开展遗传多样性分析。结果表明:鱇浪白鱼D-loop控制区序列的A+T含量(62.28%)高于G+C(37.72%);共发现变异位点40个,定义单倍型36个,整体单倍型多样性指数(Hd)为0.791±0.036,核酸多样性指数(π)为0.00254±0.00027,呈“高H_(d)低π遗传分布”;抚仙湖西岸各群体(H_(d)=0.826—0.846,π=0.00236—0.0031)较东岸各群体(H_(d)=0.657—0.805,π=0.00204—0.00271)的平均遗传多样性呈现出“西高东低”的分布特征;其中,明星鱼洞(MX)群体的鱇浪白鱼单倍型多样性和核酸多样性指数最高,下坝(XB)群体的鱇浪白鱼单倍型多样性和核酸多样性指数最低;路岐(LQ)群体与海镜(HJ)群体遗传距离最远(0.00296),但7个群体遗传分化不显著(F_(st)=0.01954,P>0.05);中性检验(Tajima’s D=-1.73617,P=0.03729;Fu’s F_(s)=-1.64259,P=0.23943)与核酸错配分布均表明抚仙湖鱇浪白鱼群体未经历种群扩张事件。综上所述,抚仙湖鱇浪白鱼展现出高单倍型多样性和低核酸性的遗传多样性特征,可能与线粒体进化速度较快有关;而鱇浪白鱼扩散式生活史及人工增殖放流可能是造成其群体间遗传分化不显著的主要原因。研究利用线粒体DNA开展了抚仙湖鱇浪白鱼遗传多样性现状的初步评估,为后续鱇浪白鱼种质资源保护及种业开发提供重要理论依据。

河南奶山羊线粒体D-loop区遗传多态性和遗传分化研究

为了解河南奶山羊遗传资源现状,对河南奶山羊、萨能奶山羊、关中奶山羊和伏牛白山羊线粒体DNA D-loop区全序列遗传多态性和遗传关系进行分析。结果表明,共存在16种单倍型,各品种单倍型多样度范围为0.391~0.814,核苷酸多样度的范围为0.00035~0.00464,核苷酸平均差异数范围为9.33333~13.66667,核苷酸岐异度变异范围为0.00833~0.01219,遗传分化系数范围为0.13565~0.36010,固定系数范围为0.58323~0.93550。山羊品种间系统发育树表明,河南奶山羊首先与伏牛白山羊聚为一支,其次河南奶山羊与萨能奶山羊聚类,最后与关中奶山羊聚类。系统发育树聚类结果与遗传距离分析、遗传分化分析结果相符,从遗传角度证实了河南奶山羊是以萨能奶山羊为父本,以河南地方品种为母本经杂交选育而成。

贵州半细毛羊线粒体D-loop区母系遗传结构分析

贵州半细毛羊是贵州省培育出的绵羊品种,为贵州绵羊的育种保种和开发利用提供科学依据,对20只贵州半细毛羊的线粒体DNA D-loop序列进行PCR扩增测序与分析,探究贵州半细毛羊母系的遗传结构。结果表明:20只贵州半细毛羊个体的A、G、C、T平均含量分别为33.1%、14.4%、22.9%、29.7%,其中A+T为62.8%,G+C为37.3%,A+T含量明显高于G+C含量。20条序列中共发现多态位点84个,其中转换83个,颠换1个。通过构建遗传发育树发现贵州半细毛羊有两个母系起源。

基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构

本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。

青海湖裸鲤繁殖群体线粒体基因组D-loop区序列多态性

利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的遗传距离分别为黑马河群体与布哈河群体间的平均遗传距离最小(0.010 93),布哈河群体与沙柳河群体次之(0.014 23),黑马河群体与沙柳河群体的遗传平均距离最大(0.019 09)。3个群体间的遗传平均距离都在0.01以上,而且3个群体间总的遗传分化指数为0.019 26,基因流为12.73。UPGMA法构建的分子系统树中,沙柳河群体聚成一支,黑马河和布哈河群体混杂在一起,聚成一支。从序列差异的分析中得出,沙柳河群体与黑马河和布哈河群体的亲缘关系较远;黑马河和布哈河群体亲缘关系较近。以上数据还表明,青海湖裸鲤3个繁殖群体间具有较弱的遗传分化,洄游到同一河流里进行交配繁殖的群体内基因交流作用比较大。