基于线粒体DNA控制区序列的极边扁咽齿鱼群体遗传研究

极边扁咽齿鱼是黄河上游特有的裂腹鱼类,由于人类活动的加剧,使其野生数量急剧下降,近年来通过增殖放流的方式为野生资源量进行补充。为评价增殖放流过程中人工繁育群体对野生群体的种质资源的影响,笔者利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列来探究极边扁咽齿鱼野生和养殖的4个群体遗传多样性、遗传分化及遗传结构的差异。研究结果显示,4个群体均表现出了较高的单倍型多样性(0.950±0.011)和较低的核苷酸多样性(0.00987±0.00041),并且野生群体的单倍型数目、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均高于人工繁育群体。遗传结构分析结果显示,野生群体与人工繁育群体之间已产生了一定的遗传分化。中性检验表明,2个野生群体可能经历过种群扩张事件。研究结果表明,极边扁咽齿鱼人工繁育群体可能受到亲本数量有限、人工选择等影响,遗传多样性略有降低,有必要定期开展增殖放流效果的评估,并采用科学的人工繁育方法,丰富极边扁咽齿鱼种群的遗传多样性。

基于线粒体DNA控制区序列的黑鲷亲鱼、放流及海捕群体遗传多样性比较分析

为了解黑鲷(Acanthopayrus schlegelii)种质资源现状以及放流群体可能对野生群体产生的遗传学影响,本研究采用线粒体DNA控制区序列对采自舟山、莱州和南通的黑鲷亲鱼、放流群体和海捕群体进行了遗传学比较研究。研究显示:764尾黑鲷个体共检测到69个单倍型,其中亲鱼群体与放流群体的共享单倍型为5个、亲鱼群体与海捕群体的共享单倍型为6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个。亲鱼群体、放流群体和海捕群体的单倍型多样度分别为0.849,0.786~0.935和0.850~0.951,核苷酸多样度分别为0.011,0.005~0.009和0.008~0.009。群体间遗传分化指数F_(ST)显示,黑鲷亲鱼群体与放流群体、放流群体间以及放流群体与海捕群体均产生中等程度的遗传分化。研究结果表明,黑鲷亲鱼群体、放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,说明放流群体的种质资源良好,但黑鲷苗种与海捕群体间存在较大的遗传分化,仍需开展其遗传多样性监测工作,以保护黑鲷的优质种质资源。

人癌细胞线粒体DNA控制区序列特征分析

为了探讨癌细胞 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 控制区序列的变化特征， 采用 Ｐ Ｃ Ｒ 产物限制性片段长度多态性（ Ｐ Ｃ Ｒ－ Ｒ Ｆ Ｌ Ｐ） 分析与直接测序相结合的方法， 对比分析６ 株人癌细胞系、６ 例癌患者及４ 例健康成人白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 控制区序列。发现第１６５１９ 位 Ｔ→ Ｃ、１６ ５３４ 位 Ａ→ Ｇ、４６ 位 Ｔ→ Ｇ 和４９ 位 Ａ→ Ｃ 突变，在癌细胞系和癌患者白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中分别占５０ ％ （３／６） 和３３３ ％ （２／６） ， 健康成人白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中未见此类型突变； 第１６ ２７８ 位 Ｃ→ Ｔ 突变， 在癌细胞系 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中占５０ ％ （３／６） ， 显著高于正常人群ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中此位点的多态性变异。表明癌细胞和癌患者白细胞 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 重链复制起点及其 相邻 Ｄ 环区的特征性突变可能与细胞癌变／ 或癌的易感性有关。

新疆3种雅罗鱼线粒体DNA控制区序列的差异和系统进化关系

对分布在新疆的准噶尔雅罗鱼 (Leuciscusmerzbacheri)、贝加尔雅罗鱼 (Leuciscusleuciscusbaicalensis)和高体雅罗鱼 (Leuciscusidus) 3个鱼种共 2 4尾个体的线粒体DNAD loop控制区核苷酸序列进行了测定 ,获得 2 4条长度为 6 6 7～ 6 6 9bp的同源基因序列。 3种雅罗鱼之间的序列差异在 6 39%～ 9 89%之间 ,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼种间序列同源性高 ,变异程度小 ;贝加尔雅罗鱼与准噶尔雅罗鱼种间序列同源性最低 ,变异程度最大。所采集的贝加尔雅罗鱼两个地理群体 (赛里木湖和额尔齐斯河 )内mtDNA的平均核苷酸碱基序列差异为 1 0 7%和 1 0 8% ;两群体间的序列差异为 1 0 7% ,显示两个地理群体间无明显分化。DNA序列数据显示 ,这 3种鱼类线粒体DNAD loop序列变异丰富 ,2 4尾个体呈现独自的单倍型。同源基因序列平均含AT碱基 6 4 1% ,GC碱基 35 9% ,显示准噶尔雅罗鱼、贝加尔雅罗鱼、高体雅罗鱼的线粒体DNAD loop区核苷酸组成的不均一性。分子系统树提示 ,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼亲缘关系较近 ,准噶尔雅罗鱼是 3种雅罗鱼中较古老的鱼种。

中国近海路氏双髻鲨群体线粒体DNA控制区序列比较分析

采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。

基于线粒体DNA控制区序列的重庆岩原鲤人工养殖群体遗传多样性分析

为研究重庆市长寿和涪陵地区岩原鲤(Procypris rabaudi)人工养殖群体的遗传多样性,采用PCR扩增获得175尾岩原鲤个体的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分序列片段。对其中692 bp序列分析共发现11个单倍型,其中Hap1为主要单倍型,占总样本的76.57%。单倍型Hap10演化速率较快,并且与单倍型Hap6遗传距离最远。长寿及涪陵地区岩原鲤人工群体的单倍型多样性分别为0.4100±0.0550和0.3970±0.0820,核苷酸多样性分别为0.0013±0.0003和0.0013±0.0004。通过与长江上游江段野生群体(苍溪江段、合江江段、木洞江段、通江江段、万州江段、武隆江段、习水河和唐河)及北碚区人工养殖群体的遗传多样性进行比较,发现岩原鲤长寿及涪陵地区人工养殖群体遗传多样性明显低于野生群体,但略高于北碚人工养殖群体。为保持岩原鲤人工养殖群体的遗传多样性,应尽量选择遗传距离较远的亲本进行配对,并定期补充不同遗传背景的个体作为后备亲鱼。

扬子鳄种群的线粒体DNA控制区序列变异性及其对物种保护的启示(英文)

测定了来自4个不同地点(包括安徽宣城野生和饲养种群、浙江长兴的饲养种群及在美国的饲养种群)的64个扬子鳄线粒体DNA控制区部分序列.结果共检测出4个单倍型共3个变异位点,与龟类、鸟类、哺乳类及其它鳄类相比较,反央出扬子鳄线粒体区的序列变异性很低.在此基础上,对扬子鳄遗传保护提出了有关建议.

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区（mtDNAD-loop）第1高变区序列进行了分析。用CLUSTALX1．81软件进行序列比较，其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点，全部为转换无颠换，序列突变率为5．29％。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型，单倍型多样度（Hd）为0．935，核苷酸多样度（Ⅱ）为0．01479，平均核苷酸差异数（k）为7．541。

中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,测定了广西北海、广东深圳和山东青岛3个地理群体共72尾黑鲷(Acanthopagrusschlegeli)线粒体Dloop第一高变区5′端547～549bp序列,以探讨黑鲷种群的遗传变异。分析结果表明:72条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为30.8%、21.8%、36.3%、11.0%。共检测到55个变异位点,其中转换位点32个,颠换位点19个,缺失/颠换位点1个,插入/颠换位点3个。72个个体具有51种单倍型(haplotype),单倍型比率为70.8%,黑鲷线粒体Dloop控制区表现出较为丰富的核苷酸多态性。对其所有单倍型依据序列距离使用NJ法构建的亲缘关系树并无明显的系谱分支,没有显示出明显的地理分布族群,说明黑鲷线粒体DNA控制区第一高变区序列无法用于黑鲷种群的鉴别。

大口胭脂鱼线粒体DNA控制区序列的研究

采用PCR扩增、直接测序的方法得到了大口胭脂鱼线粒体DNA控制区的序列 ,经过对比分析 ,其序列全长为 92 0bp,碱基含量分别为 :胸腺嘧啶 (T) 2 9.8% ,胞嘧啶 (C) 2 1 .6% ,腺嘌呤 (A) 3 2 .4 % ,鸟嘌呤 (G)1 6.2 % ,与其它鲤科鱼类相比 ,胸腺嘧啶含量略低 ,鸟嘌呤含量略高 ,其它则相似 .成功地识别了终止序列区(nt.1～ 2 3 5处 )、中央保守区 (nt2 3 6～ 5 66处 )和保守序列区 (nt.5 67～ 92 0处 ) ,并找到了终止相关的序列ETAS以及保守序列D(CSB -D)和保守序列 1、2、3 (CSB1 ,CSB2 ,CSB3 ) .

细条天竺鲷群体线粒体DNA控制区序列比较分析

基于线粒体DNA控制区序列比较分析了细条天竺鲷乳山、胶南、上海和舟山4个群体的遗传多样性。结果显示:114个个体的线粒体DNA控制区序列定义了30个单倍型,并检测到变异位点25个。4个地理群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较低;基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树显示4个群体个体相互混杂,没有明显的分支与之对应;两两群体间的Fst值在-0.015到0.067之间,表明群体间的遗传差异不显著;确切P检验结果显示不同群体间存在随机交配现象。Tajima’s D和Fu’Fs中性检验的结果暗示细条天竺鲷经历过近期的群体扩张事件,核苷酸不配对分布结果也呈单峰型。基于核苷酸不配对分布的峰值τ计算得到细条天竺鲷发生群体扩张事件的时间在62 450～12 490a前,属于更新世晚期。乳山到舟山海域间地理障碍的缺少以及洋流的扩散作用可能是导致不同群体间无明显遗传分化的主要原因。

利用线粒体DNA控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性

利用PCR技术扩增了6个野生地理群体大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)线粒体DNA控制区的部分序列,共获得352bp碱基序列,31尾个体定义了22种单倍型。中性检验Fu′s Fs值为-0.14881(P<0.01)。分子变异分析(AMOVA)结果显示:遗传分化指数Fst=0.7398(P<0.01),73.98%的变异来自群体间,26.02%的变异来自群体内。根据不同个体间的遗传距离构建了NJ和MP系统树,两种方法获得了相似的进化树。其中青岛群体与旅顺群体的一部分个体单独成支,其它群体聚为1支。研究结果表明,大泷六线鱼群体遗传多样性较为丰富,群体间发生了较大的遗传分化,证明线粒体DNA控制区基因可用于大泷六线鱼群体内及群体间遗传多样性的分析。

中国成都汉族群体线粒体DNA控制区序列多态性研究

目的 检测并分析中国成都汉族群体线粒体 DNA控制区多态性 ,为法医学应用提供基础数据。方法 应用 PCR扩增和直接测序方法检测 10 0个不相关中国成都汉族群体线粒体 DNA控制区中高变区 、 的序列多态性。结果 检测高变区 中 4 0 4个核苷酸和高变区 中 379个核苷酸的序列 ,在 区和 区分别检测到 92和 5 0个变异点 ,与 Anderson标准序列比较 ,共检测到 97种单倍型。偶合概率分别为1.84 %与 1.94 % ,两者合并后为 1.18%。结论 提示线粒体 DNA控制区 DNA序列多态性在法医学领域中具有较高的应用价值。

绵羊线粒体DNA控制区5’端序列PCR-SSCP与序列分析

通过绵羊线粒体ＤＮＡ控制区左功能域（５’端序列）ＰＣＲ－ＳＳＣＰ和序列分析，发现小尾寒 羊、乌珠穆沁羊、湖羊、萨福克羊和夏洛来羊以及多赛特公羊与小尾寒羊杂交家系共２０２只绵羊 可归纳为两种类型：突变型和野生型，提示现代绵羊品种在起源上存在两种主要的进化途径。

扬子鳄饲养种群线粒体DNA控制区的序列多态性

扬子鳄 (Alligatorsinensis)是中国特有的珍稀爬行动物 ,至 2 0 0 0年 ,野生扬子鳄的个体数已不足 15 0条 ,作为保护这一物种的措施之一 ,先后于 80年代初建起了 2个养殖场 ,现人工繁殖的扬子鳄总数已达 90 0 0余条。为揭示扬子鳄种群遗传多样性 ,从两个饲养种群中采集了 42个个体的样品 ,其中宣州样品 33个 (XZSP) ,长兴样品 9个(CXSP) ,用PCR方法扩增mtDNA控制区 ,扩增产物纯化后直接用ABI 310全自动遗传分析仪荧光标记测序 ,得到其中 39个个体的mtDNA控制区 5′端 46 2bp的序列。经比对发现 ,39个个体间的 5′端mtDNA控制区没有任何变异位点 ,共享一种单元型 ,提示扬子鳄饲养种群的遗传多样性非常贫乏 ,造成这一结果的主要原因是近 5 0年来 ,扬子鳄种群衰退和数量迅速减少导致的遗传多样性丢失 ,其次是人工繁殖的群体同时受到始创者数量较少产生的瓶颈效应影响。针对扬子鳄遗传多样性的现状 ,作者最后就这一濒危动物遗传多样性的保护对策提出 3点建议。

从线粒体DNA控制区核苷酸序列论达式鲟、亚洲和北美洲中吻鲟的分类地位(英文)

尽管古老的鲟形目鱼类的分类及系统演化一直是中外学者感兴趣的研究课题 ,但迄今仍有诸多谜团未解。其中 ,关于亚洲远东地区和北美地区的中吻鲟 (Acipensermedirostris)的分类地位争论已久。长江水系的达式鲟 (A .dabryanus)和中华鲟 (A .sinensis)及其它鲟属 (Acipenser)鱼类之间的亲缘关系近年来也有异议。为了给上述争议提供更多的科学依据 ,作者测定了线粒体DNA (mtDNA)控制区(D loop) 的核苷酸序列 ,并进行了分子系统学和遗传差异分析。研究结果表明 :⑴UPGMA ,NJ和MP分子系统学分析方法以及遗传差异分析都支持了亚洲远东地区中吻鲟和北美中吻鲟为一个有效种的观点 ;⑵同样研究方法并结合相关群体遗传资料表明 ,长江达式鲟与中华鲟关系最近 ,提出了达式鲟为中华鲟的一陆封类群的假说。最后 ,作者认为本文提出的观点和假说还需要更多的研究来证实。

实验用藏猪和巴马小型猪线粒体DNA控制区碱基序列比较

目的:分析比较实验用藏猪和巴马小型猪线粒体DNA控制区D-loop区碱基序列的差异,探讨小型猪的遗传标记。方法:提取59头藏猪和16头巴马小型猪血液基因组DNA,设计特异引物扩增mtDNA D-loop,从凝胶中纯化后直接测序,进行比较。结果:2种小型猪mtDNA D-loop都存在串连重复序列区和非重复序列区(5′端和3′端);重复序列区处于中间位置,藏猪有2种类型(A型和B型),巴马小型猪只有1种类型(A型);藏猪D-loop5′端(704bp)发现有20个变异位点,其中有3个主要的转换位点:305,500,691,巴马小型猪未发现多态位点,与藏猪以及其他猪相比,巴马小型猪D-loop5′端在180、404位有2个碱基差异。结论:藏猪mtDNA D-loop区碱基序列存在2种类型(A型和B型);巴马小型猪mtDNA D-loop区碱基序列多态性较低,有2个遗传标记位点。

五华三黄鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定五华三黄鸡两个类群--丰华和太和类群的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,比较分析其序列特征并构建系统进化树.结果表明:五华三黄鸡2个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1232 bp、1231 bp.与原鸡相比,五华三黄鸡的丰华类群和太和类群都发现14个变异位点,其中丰华类群的变异均是基因转换,而太和类群有13个转换和1个缺失,没有观测到颠换;A+T碱基含量分别占60.4%和60.3%,G+C碱基含量都约占39.6%.五华三黄鸡与其它19种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明五华三黄鸡类群与中国红原鸡亲缘关系最近.

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,分析比较两者mtDNA D-loop序列3个区的变异。结果表明,兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列长分别为1 231和1 230 bp,其中兴义矮脚鸡mtDNA控制区的碱基摩尔分数分别为A 26.92%、T33.41%、G 13.39%、C 26.29%,长顺绿壳蛋鸡的分别是A 27.13%、T 33.58%、G 13.20%、C 26.09%。t检验显示两种贵州地方鸡种间线粒体DNA控制区碱基A与C的含量差异显著,说明A与C之间的颠换较多。兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡的遗传距离是0.038 6,根据分子钟计算,二者大约在193万年前分歧进化。

百宜黑鸡与长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,并分析mtDNA D-loop序列3个区的变异。结果表明,百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡mtDNA控制区全序列长度分别为1 231 bp、1 230 bp,2种贵州地方鸡之间,mtDNA D-loop序列Ⅰ区序列变异率为4.43%,变异速率最快,其他两区的变异率分别为:Ⅱ区0.64%,Ⅲ区1.56%。百宜黑鸡mtDNA控制区的碱基含量分别为A 27.10%、T 33.63%、G 13.12%、C 26.16%,长顺绿壳蛋鸡的碱基含量分别是A 27.13%、T 33.58%、G 13.20%、C 26.09%。百宜黑鸡和长顺绿壳蛋鸡的遗传距离是0.036 2,根据分子钟计算,二者大约在181万a前分歧进化。