利用线粒体DNA控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性

利用PCR技术扩增了6个野生地理群体大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)线粒体DNA控制区的部分序列,共获得352bp碱基序列,31尾个体定义了22种单倍型。中性检验Fu′s Fs值为-0.14881(P<0.01)。分子变异分析(AMOVA)结果显示:遗传分化指数Fst=0.7398(P<0.01),73.98%的变异来自群体间,26.02%的变异来自群体内。根据不同个体间的遗传距离构建了NJ和MP系统树,两种方法获得了相似的进化树。其中青岛群体与旅顺群体的一部分个体单独成支,其它群体聚为1支。研究结果表明,大泷六线鱼群体遗传多样性较为丰富,群体间发生了较大的遗传分化,证明线粒体DNA控制区基因可用于大泷六线鱼群体内及群体间遗传多样性的分析。

人癌细胞线粒体DNA控制区序列特征分析

为了探讨癌细胞 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 控制区序列的变化特征， 采用 Ｐ Ｃ Ｒ 产物限制性片段长度多态性（ Ｐ Ｃ Ｒ－ Ｒ Ｆ Ｌ Ｐ） 分析与直接测序相结合的方法， 对比分析６ 株人癌细胞系、６ 例癌患者及４ 例健康成人白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 控制区序列。发现第１６５１９ 位 Ｔ→ Ｃ、１６ ５３４ 位 Ａ→ Ｇ、４６ 位 Ｔ→ Ｇ 和４９ 位 Ａ→ Ｃ 突变，在癌细胞系和癌患者白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中分别占５０ ％ （３／６） 和３３３ ％ （２／６） ， 健康成人白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中未见此类型突变； 第１６ ２７８ 位 Ｃ→ Ｔ 突变， 在癌细胞系 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中占５０ ％ （３／６） ， 显著高于正常人群ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中此位点的多态性变异。表明癌细胞和癌患者白细胞 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 重链复制起点及其 相邻 Ｄ 环区的特征性突变可能与细胞癌变／ 或癌的易感性有关。

扬子鳄饲养种群线粒体DNA控制区的序列多态性

扬子鳄 (Alligatorsinensis)是中国特有的珍稀爬行动物 ,至 2 0 0 0年 ,野生扬子鳄的个体数已不足 15 0条 ,作为保护这一物种的措施之一 ,先后于 80年代初建起了 2个养殖场 ,现人工繁殖的扬子鳄总数已达 90 0 0余条。为揭示扬子鳄种群遗传多样性 ,从两个饲养种群中采集了 42个个体的样品 ,其中宣州样品 33个 (XZSP) ,长兴样品 9个(CXSP) ,用PCR方法扩增mtDNA控制区 ,扩增产物纯化后直接用ABI 310全自动遗传分析仪荧光标记测序 ,得到其中 39个个体的mtDNA控制区 5′端 46 2bp的序列。经比对发现 ,39个个体间的 5′端mtDNA控制区没有任何变异位点 ,共享一种单元型 ,提示扬子鳄饲养种群的遗传多样性非常贫乏 ,造成这一结果的主要原因是近 5 0年来 ,扬子鳄种群衰退和数量迅速减少导致的遗传多样性丢失 ,其次是人工繁殖的群体同时受到始创者数量较少产生的瓶颈效应影响。针对扬子鳄遗传多样性的现状 ,作者最后就这一濒危动物遗传多样性的保护对策提出 3点建议。

从线粒体DNA控制区核苷酸序列论达式鲟、亚洲和北美洲中吻鲟的分类地位(英文)

尽管古老的鲟形目鱼类的分类及系统演化一直是中外学者感兴趣的研究课题 ,但迄今仍有诸多谜团未解。其中 ,关于亚洲远东地区和北美地区的中吻鲟 (Acipensermedirostris)的分类地位争论已久。长江水系的达式鲟 (A .dabryanus)和中华鲟 (A .sinensis)及其它鲟属 (Acipenser)鱼类之间的亲缘关系近年来也有异议。为了给上述争议提供更多的科学依据 ,作者测定了线粒体DNA (mtDNA)控制区(D loop) 的核苷酸序列 ,并进行了分子系统学和遗传差异分析。研究结果表明 :⑴UPGMA ,NJ和MP分子系统学分析方法以及遗传差异分析都支持了亚洲远东地区中吻鲟和北美中吻鲟为一个有效种的观点 ;⑵同样研究方法并结合相关群体遗传资料表明 ,长江达式鲟与中华鲟关系最近 ,提出了达式鲟为中华鲟的一陆封类群的假说。最后 ,作者认为本文提出的观点和假说还需要更多的研究来证实。

五华三黄鸡线粒体DNA控制区全序列分析

采用PCR和直接测序的方法测定五华三黄鸡两个类群--丰华和太和类群的线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,比较分析其序列特征并构建系统进化树.结果表明:五华三黄鸡2个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1232 bp、1231 bp.与原鸡相比,五华三黄鸡的丰华类群和太和类群都发现14个变异位点,其中丰华类群的变异均是基因转换,而太和类群有13个转换和1个缺失,没有观测到颠换;A+T碱基含量分别占60.4%和60.3%,G+C碱基含量都约占39.6%.五华三黄鸡与其它19种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明五华三黄鸡类群与中国红原鸡亲缘关系最近.

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区（mtDNAD-loop）第1高变区序列进行了分析。用CLUSTALX1．81软件进行序列比较，其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点，全部为转换无颠换，序列突变率为5．29％。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型，单倍型多样度（Hd）为0．935，核苷酸多样度（Ⅱ）为0．01479，平均核苷酸差异数（k）为7．541。

中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,测定了广西北海、广东深圳和山东青岛3个地理群体共72尾黑鲷(Acanthopagrusschlegeli)线粒体Dloop第一高变区5′端547～549bp序列,以探讨黑鲷种群的遗传变异。分析结果表明:72条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为30.8%、21.8%、36.3%、11.0%。共检测到55个变异位点,其中转换位点32个,颠换位点19个,缺失/颠换位点1个,插入/颠换位点3个。72个个体具有51种单倍型(haplotype),单倍型比率为70.8%,黑鲷线粒体Dloop控制区表现出较为丰富的核苷酸多态性。对其所有单倍型依据序列距离使用NJ法构建的亲缘关系树并无明显的系谱分支,没有显示出明显的地理分布族群,说明黑鲷线粒体DNA控制区第一高变区序列无法用于黑鲷种群的鉴别。

大口胭脂鱼线粒体DNA控制区序列的研究

采用PCR扩增、直接测序的方法得到了大口胭脂鱼线粒体DNA控制区的序列 ,经过对比分析 ,其序列全长为 92 0bp,碱基含量分别为 :胸腺嘧啶 (T) 2 9.8% ,胞嘧啶 (C) 2 1 .6% ,腺嘌呤 (A) 3 2 .4 % ,鸟嘌呤 (G)1 6.2 % ,与其它鲤科鱼类相比 ,胸腺嘧啶含量略低 ,鸟嘌呤含量略高 ,其它则相似 .成功地识别了终止序列区(nt.1～ 2 3 5处 )、中央保守区 (nt2 3 6～ 5 66处 )和保守序列区 (nt.5 67～ 92 0处 ) ,并找到了终止相关的序列ETAS以及保守序列D(CSB -D)和保守序列 1、2、3 (CSB1 ,CSB2 ,CSB3 ) .

长薄鳅(Leptobotia elongata)线粒体DNA控制区遗传多样性研究

对采自泸州（长江干流）、南溪（长江干流）、柏溪（金沙江段）、攀枝花（雅砻江段）、重庆（嘉陵江段）4个流域的45尾长薄鳅（Leptobotia elongata）的线粒体DNA控制区部分序列（798 bp）进行了扩增,共检测出19个单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,5群体单倍型多样性在0.833~1.000之间,显示不同流域的长薄鳅群体单倍型类型较为丰富。分析了D-Loop的碱基组成、变异情况和核苷酸序列差异,计算了核苷酸多样性（π）、单倍型多样性（h）、FST值和基因流数值（Nm）,构建了长薄鳅不同单倍型分子系统树和中间网络图。5个群体内各序列核苷酸多样性指数（π）在0.276%~0.905%之间;群体间遗传距离范围为0.0028~0.0092,结果显示长薄鳅自然群体存在较丰富的线粒体控制区序列多态性（h=0.916,π=0.00450）,Tajima’s D统计（？2.09890）和Fu’sFs统计（？7.56940）分析都显示各种群之间差异显著（P〈0.05）,但FST值（FST〈0.05）的分析结果显示重庆、柏溪、南溪、攀枝花和泸洲种群间没有明显的遗传分化,暗示了柏溪和攀枝花种群历史上,可能发生过群体扩张和种群瓶颈,而泸州、南溪和重庆种群一直是平衡种群。Nm值计算结果显示各地理种群间无明显基因交流,暗示了长薄鳅虽然在各条不同的河流里洄游产卵,但并未因此而产生独立分化的群体。所有群体中,泸洲和攀枝花种群的遗传多样性比重庆、柏溪和南溪种群丰富。进行长薄鳅人工繁殖时,可以将遗传多样性较丰富地区的个体补充到人工繁殖中来,以提高长薄鳅的遗传素质,为人工增殖放流提供遗传多样性更丰富的个体。

辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用

为研究日本海马野生群体的种质资源及遗传多样性状况,实验采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区序列片段,同时利用GenBank数据库中已有的14种海龙科鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。结果显示,日本海马控制区序列片段长度为557~558 bp,其A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为34.3%,29.7%,14.1%,21.9%。在控制区序列片段中,共检测到16个多态性核苷酸位点,定义了16种单倍型,其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低(π=0.0032±0.0021,h=0.70±0.02)。利用GenBank数据库中已有的海马控制区同源序列,采用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建了分子系统树。结果显示,采用最大似然法和贝叶斯法构建的分子系统树拓扑结构与邻接法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致,系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明,线粒体DNA控制区序列在海龙科不同阶元间变异较大,适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。

人类线粒体基因控制区序列的变异频率与碱基构成特点分析

目的 探讨人类线粒体基因控制区的多态频率和变异类型。方法 搜集基因文库记录的 86个人类线粒体基因D环控制区序列 ,并与标准剑桥序列进行比对分析。结果 86个序列中共在 181个位点发现 12 5 3个碱基变异 ,主要变异形式为碱基转换 (占 71.75 % ) ,其次为碱基插入 (16 .0 4 % )和缺失 (8.6 2 % ) ,碱基颠换较少 ,仅占3.5 9%。核酸位点 16 189、30 3～ 315、5 14～ 5 2 3是变异频率较高 ,且具有基因长度不稳定的区域。结论 线粒体基因D环区为高度多态变异区 ,其变异频率的确定可为针对线粒体基因多态性与疾病发生风险评估的其他研究提供参考。

基于线粒体COⅠ基因和控制区序列的辽宁沿海弯棘斜棘鳂群体遗传多样性和遗传结构分析

为研究辽宁沿海弯棘斜棘逐(Repomucenus curvicornis)自然群体的遗传多样性及遗传结构,采用PCR扩增获得辽宁沿海弯棘斜棘逐辽东湾群体(n=22)及黄海北部群体(n=18)线粒体的COⅠ及控制区(CR)部分DNA序列片段,进行序列比较及遗传多样性分析。获得弯棘斜棘逐COⅠ基因片段624 bp,其A、T、C、G平均含量分别为24.09%、31.04%、25.28%和19.59%;CR片段460 bp,其A、T、C、G平均含量分别为32.96%、32.80%、14.86%和19.38%。基于COⅠ基因和CR序列得到的两群体变异位点数、平均核苷酸差异数、单倍型多样性指数以及核苷酸多样性指数分别为:38、4.67、0.96±0.02和0.0075±0.0042;26、3.35、0.97±0.02和0.0073±0.0043。序列分析结果均显示,辽东湾群体的遗传多样性低于黄海北部群体。分子方差(AMOVA)分析结果显示,基于COⅠ基因片段辽东湾与黄海北部群体间无明显遗传分化(F_(st)=0.0091,P=0.25)而基于CR序列两群体间具有较小但接近显著的遗传分化(F_(st)=0.0264,P=0.09)。研究表明,线粒体CR序列与COⅠ基因均可作为检测弯棘斜棘逐群体遗传多样性的有效分子标记,但CR序列遗传分化的敏感度要高于COⅠ基因,更适合作为弯棘斜棘逐群体遗传研究的分子标记。

红鲫部分线粒体DNA序列变异分析

对红鲫19尾个体的线粒体tRNA-Thr基因、tRNA-Pro基因和部分控制区的核苷酸序列进行了测定,获得19条长度为836～837bp的同源基因序列,共发现18个变异位点,定义了4种单元型.在红鲫4种单元型中确认了DNA复制终止相关的序列TAS、中央保守区序列(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和保守序列CSB1.在18个变异位点中,除一个缺失外,序列变异全部为转换,无颠换发生.4种单元型之间的序列差异在0.1%～1.7%之间.结果显示,红鲫群体具有较高的遗传多样性水平,因而暗示了它具有较强的适应外界环境变化的能力,同时说明它是鱼类遗传育种的较好实验材料.

鱼类线粒体DNA控制区的结构和进化:以鳑鮍鱼类为例

以鳑鮍鱼类为例,研究了鱼类线粒体DNA控制区的结构和进化规律.识别了终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域.指出扩展终止相关序列(ETAS)的主体是TACAT和它的反向互补序列ATGTA形成的发夹结构.给出了鱼类中若干重要保守序列的普遍形式.研究结果表明,一般情况下,只有一个行使功能的ETAS,但可能会有多个复制的、不行使功能的ETAS存在.鱼类的保守序列CSB2最为保守.线粒体DNA控制区被认为是由各功能单位形成主体框架,主体框架复制产生重复序列,重复序列产生快速变异,这样造成不同类群间线粒体DNA控制区巨大差异.易突变点和二级结构的存在均可能与变异的发生相关.

云南猕猴mtDNA控制区全序列测定

目的测定云南猕猴线粒体DNA控制区全序列,对其进行鉴定及进化分析。方法利用PCR技术扩增猕猴线粒体DNA控制区全序列,结合GenBank中下载的猕猴参考序列(AY612638),采用多个生物学软件对序列碱基组成、同源性、转换/颠换比等遗传信息进行分析,并基于邻接法(NJ)和最小进化法(ME)构建系统进化树。结果云南猕猴线粒体DNA控制区全长为(1 084～1 089)bp,A、T、G和C四种碱基平均含量分别为29.9%、26.9%、12.3%和30.9%,A+T含量(56.8%)高于G+C含量(43.2%)。所分析序列间的同源性为91.5%～99.5%,平均核苷酸变异率为4.5%,变异类型包括转换、颠换、插入和缺失4种形式,转换/颠换比值平均为26.1。进化树显示云南猕猴存在两个平行进化的姐妹分支。结论本研究获得了云南猕猴mtDNA控制区全序列,为猕猴进化关系研究及mtDNA控制区功能研究奠定基础。

线粒体控制区在鱼类种内遗传分化中的意义

线粒体DNA(mtDNA)作为分子标记已被广泛应用于各物种系统发生的研究。mtDNA控制区序列(D-loop)以其较高的突变积累对于研究物种种内的遗传分化具有重要价值。鱼类是脊椎动物中最原始但在种属数量上又最占优势的类群,其物种繁多,分布广泛,起源复杂,研究其系统发生历来是令人饶有兴趣的课题。D-loop在研究鱼类种内遗传分化中具有多方面的重要意义。近年来,已有越来越多的研究工作将D-loop作为分子标记来探讨各种鱼类的种内遗传分化,并且获得了许多有启发性的结果。青海湖是我国内陆最大的咸水湖,湖中主要鱼类为青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii),D-loop分析初步结果显示青海湖及其周围河流中的裸鲤似乎没有新的种内遗传分化现象。

辽宁沿海鲬mtDNA控制区结构和遗传多样性分析

用PCR扩增直接测序的方法,获得辽宁沿海25尾鲬线粒体DNA控制区基因的876~878bp全序列。通过GenBank中已有的鲬属鱼类控制区同源序列比对及形态特征分析发现,辽宁沿海鲬实为褐斑鲬而非印度鲬。同时,利用高度变异的控制区序列,对辽宁沿海褐斑鲬进行序列多态性分析和遗传多样性分析。结果显示,25尾褐斑鲬间共有22个变异位点,辽宁沿海褐斑鲬群体的遗传多样性处于中等偏低水平,单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.92±0.04和0.0026±0.0017。核苷酸不配对分析表明,辽宁沿海褐斑鲬群体在19 000~63 000年前经历了群体扩张。对比其他已报道鱼类控制区的结构识别序列,对鲬属鱼类控制区的结构进行分析,识别了终止序列区、中央保守区和保守序列区,并找到DNA复制终止相关的序列ETAS,中央保守区的保守序列CSB-F、CSB-E、CSB-D以及保守序列区的保守序列CSB1、CSB2、CSB3。这一结果可为将来全面了解鲬的种群分化研究及其物种资源保护提供基础资料。

三倍体湘云鲫线粒体DNA序列变异性分析(英文)

对26尾三倍体湘云鲫的线粒体tRNA-Thr基因、tRNA-Pro基因和部分控制区的核苷酸序列进行了测定,获得26条长度为837—839 bp的同源基因序列,共发现65个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.077,定义了8种单元型。在湘云鲫8种单元型中确认了DNA复制终止相关的序列TAS、中央保守区序列(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和保守序列CSB1,8种单元型含有3—5个TAS序列。在65个变异位点中,大部分序列变异为转换,8种单元型之间的序列差异在0.1%—6.3%之间。该研究为三倍体湘云鲫的繁殖和遗传改良提供了一些有价值的信息。

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P <0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。