基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析

为对新疆不同水系(开都河、玛纳斯河、喀什河、巩乃斯河)4个野生新疆裸重唇鱼Gymnodiptychus dybowskii群体的遗传多样性与种群遗传结构进行研究,提取了新疆裸重唇鱼线粒体DNA Cytb基因的部分序列,并利用生物学软件对获取的基因进行分析。结果表明:在74个样品中共检测到9个单倍型,变异位点15个,在开都河(21尾)、巩乃斯河(27尾)、喀什河(2尾)、玛纳斯河(24尾)的样品中,分别检测到1、11、5、1个变异位点;新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.810和0.005 9;群体间遗传分化系数(FST)分析显示,玛纳斯河群体与其他3个群体间存在较大的分化(FST>0.15),而其他群体间分化程度较低(0.05<FST<0.15);基因流Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流;分子系统树和单倍型网络图分析表明,新疆喀什河群体与其他群体间单倍型关系较远,而其他群体间单倍型关系较近。研究表明,新疆裸重唇鱼4个群体鱼类种质资源均遭受极大破坏,应加强渔业管理措施,设立专门的机构,保护新疆裸重唇鱼及其他土著鱼类资源。

石爬(鱼兆)属2种鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较研究

对采于青海省玛柯河的6尾黄石爬(鱼兆)和四川省都江堰的1尾青石爬(鱼兆)线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因进行了PCR扩增并进行序列测定。结果表明,黄石爬(鱼兆)6个个体均属同一单倍型。在Cyt b基因全长1140 bp中,2种鱼类存在29个变异位点(2.54%),其中23个(79.3%)突变位点为转换,6个(20.7%)突变位点为颠换。2种鱼类序列差异偏低,提示分化较晚,致使物种间在Cyt b基因上未能积累丰富的碱基变异。黄石爬(鱼兆)遗传多样度较低,可能与其栖息环境的改变有关。

牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。

基于线粒体DNA细胞色素b序列分析3个条纹斑竹鲨群体的遗传结构和遗传分化

测定和分析了广东、福建、海南3个不同地理群体共71尾条纹斑竹鲨Chiloscyllium plagiosum的线粒体细胞色素b(mtDNA cyt b)全序列。结果表明,条纹斑竹鲨cyt b基因全长1146bp,具15个单倍型。较低的核苷酸多样性(π=0.00254)及单倍型多样性(h=0.7195)提示条纹斑竹鲨线粒体DNA的进化速率较慢。各群体内的Tajima’s D检验的结果均不显著(P>0.10),表明各群体进化过程中未出现扩张和持续增长,群体大小维持稳定。NJ树和单倍型网络图结果表明较早出现的是广东群体,福建群体较晚出现。通过计算其遗传距离值、估算其基因流(Nm)及进行AMOVA分析,均显示福建群体与海南和广东群体的分化最远,而海南及广东群体间分化不明显。研究表明距离隔离是条纹斑竹鲨福建、广东和海南群体遗传分化的重要因素。

三峡库区3种银鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列多态性分析

对三峡库区大银鱼（Protosalanxchinensis）、太湖新银鱼（Neosalanxtaihuensis）和短吻间银鱼（Hemisalanxbrachyrostralis）共78尾个体的Cytb基因全序列（1141bp）进行了分析。结果显示，序列有16个变异位点，总变异率为1．4％，其中13个为简约位点。大银鱼的32尾样本有6个单倍型，太湖新银鱼32尾样本有5个单倍型，短吻间银鱼14尾样本中有3个单倍型。大银鱼、太湖新银鱼和短吻间银鱼的单倍型多样性指数（h）分别为0．804±0．032，0．671±0．061，0．385±0．149；核苷酸多样性指数（π）分别为0．00146±0．00009，0．00228±0．00024，0．00067±0．00026。3种银鱼群体的遗传距离在0．12461—0．23796之间，净遗传距离在0．12274～0．24418之间。基于Cytb基因序列，利用Kimura-2模型构建的NJ树表明：大银鱼与太湖新银鱼种群的亲缘关系最近．两者与短吻间银鱼种群的亲缘关系较远。研究结果表明，三峡库区3种银鱼的遗传多样性低。

在线粒体DNA细胞色素b基因序列水平上对鬣羚系统发育的研究

测定了鬣羚在中国的 7个地方种群的线粒体DNA细胞色素b基因的 41 9bp的片段序列 ,并分析了其序列差异 ,构建了分子系统进化树。结果表明 :鬣羚各种群间的序列差异在 0～ 1 4 31 %。鬣羚种群最早在大约 5 7百万年有共同的母系祖先 ,并且在中国最早可能是从青藏高原东南缘的区域开始演化的 ,随后向周围地区辐射扩散。日本鬣羚的分化时间大约在 3 1百万年前 ,并且可能是从中国大陆迁移过去的。白玉和道孚的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >1 1 2 1 % ) ,日本鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >7 63% ) ,洛扎的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >4 0 5 % )的分化估计已接近或达到亚种水平。鬣羚在中国至少存在 3个进化显著单元 :A 白玉和道孚种群 ;B 洛扎种群 ;C 隆子、陕西、皖南和德格种群。建议将它们分开管理 ,避免杂交 。

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

测定了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4%,G+C约占46.6%。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7%;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36%,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79%。本研究为鳜类的系统发育、资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基因序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。

2种裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定,得到的序列长度均为1140bp,但T,C,A,G含量有所不同。在青海湖裸鲤细胞色素b基因中它们的含量分别为355(31.1%),296(26%),305(26.8%)和184(16.1%),GC含量为42.1%,分子量为349693道尔顿(Dalton);在花斑裸鲤细胞色素b基因中,它们的含量分别为358(31.4%),294(25.8%),305(26.8%)和183(16.1%),GC含量为41.8%,分子量为349698道尔顿(Dalton)。

大银鱼线粒体DNA细胞色素b序列的研究

以大银鱼的肌肉组织为材料,采用苯酚-氯仿法提取大银鱼DNA,然后将大银鱼线粒体DNA细胞色素b进行了PCR扩增及其序列测定。结果表明,大银鱼线粒体细胞色素b全序列长度为1141bp,编码蛋白含380个氨基酸残基。其T、C、A、G分别为29.3%,32.3%,21.7%和16.7%。A+T含量51.0%明显高于G+C含量49.0%。

小眼高原鳅线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对小眼高原鳅线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定 ,得到全序列长度为 114 0bp ,其T、C、A、G含量分别为 3 62 ( 3 1 8% )、2 91( 2 5 5 % )、3 0 1( 2 6 4% )、186( 16 3 ) ,GC含量 41 8%。分子质量为 3 49782。

山羊线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

采用PCR直接测序法,对一个山羊群体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行测定。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,A、G、T和C碱基的平均含量分别为31.9%、13.1%、26.8%和28.2%,其中A+T含量为58.7%,G+C含量为41.3%,A+T含量明显高于G+C含量;密码子碱基的使用也存在一定差异。该研究为解决我国地方山羊品种起源系统中存在的分歧提供有益的探索。

极边扁咽齿鱼线粒体DNA细胞色素b序列特征及其遗传多样性

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,获得了极边扁咽齿鱼两个黄河河段共10个个体和3个近缘种的细胞色素b基因的全序列(1 140bp),并构建了ML系统发育树。极边扁咽齿鱼10个个体的序列比对后,共检测到7个单倍型,其中4个单倍型来自贵南黄河段,3个单倍型来自玛多黄河段。序列差异和分子系统学分析显示,来自贵南黄河段和玛多黄河段的个体间存在很低的遗传差异,两群体没有形成相应的单系群,表明两河段种群间可能有着较频繁的基因交流。

青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定 ,其全序列长度为 1 1 40bp ,其中T、C、A、G含量分别为 3 5 5 (3 1 1 %)、2 96 (2 6 %)、3 0 5 (2 6 8%)、1 84(1 6 1 %)。GC含量为 42 1 %;分子量为 3 4 96 93u。

家蚕追寄蝇线粒体DNA细胞色素b基因及其侧翼tRNA基因的克隆与序列结构和进化分析

家蚕追寄蝇(Exorista sorbillans)为双翅目、寄蝇科、追寄蝇属昆虫,寄生家蚕后引起多化性蚕蛆病。研究家蚕追寄蝇的系统进化关系,有助于探讨其寄生机制。采用PCR技术扩增了家蚕追寄蝇的线粒体DNA(mtDNA)片段,序列分析结果表明:克隆的mtDNA片段大小约1.5 kb,包括完整细胞色素b基因(cyto b)及其侧翼tRNA-Leu基因序列,序列结构与其它21个昆虫物种的同源片段序列结构基本一致,说明线粒体DNA基因排列和基因结构的保守性;家蚕追寄蝇mtDNA的Cyto b蛋白和tRNA-Leu基因的二级结构符合功能大分子的空间结构特征,维持一定的保守进化;双翅目昆虫不同蝇类mtDNA中的cyto b基因、tRNA-Leu基因序列的同源性高,可保证构建蝇类系统发生树的准确性。基于包括家蚕追寄蝇在内的12个双翅目昆虫、5个鳞翅目昆虫、4个鞘翅目昆虫、1个直翅目昆虫的mtDNA cyto b基因编码氨基酸序列的进化分析表明:双翅目中蝇类的进化次序依次为狂蝇科、果蝇科、寄蝇科、蝇科、丽蝇科,寄蝇科与蝇科和果蝇科之间的进化距离较近;鳞翅目处于种系发生树分叉的起点,起源最早,双翅目处于种系发生树分叉的最末端,起源最晚。

大林姬鼠两亚种线粒体DNA细胞色素b基因和控制区的序列多样性(英文)

为了研究大林姬鼠两亚种(韩国的指名亚种及中国东北和内蒙古地区的东北亚种)线粒体DNA的变异程度并确定朝鲜亚种的分类地位,我们分别将来自韩国和中国东北长白山地区的两亚种的线粒体DNA的细胞色素b基因和控制区进行了测序分析。我们将测序所得到细胞色素b基因序列与来自基因库的大林姬鼠5个亚种的相应的单倍型进行了分析,结果显示大林姬鼠可分为4个类群[类群1:韩国大林姬鼠指名亚种;类群2:中国长白山和内蒙古地区的东北亚种、俄罗斯外加贝尔的majuculus亚种;类群3:中国长春的东北亚种、俄罗斯Primorye(俄罗斯远东地区)rufulus亚种、俄罗斯库页岛(俄罗斯远东地区)和日本北海道地区的giliacus亚种;类群4:中国黑龙江海林地区的东北亚种]。线粒体的控制区序列分析显示韩国指名亚种也不同于中国东北地区的东北亚种。本研究的类群1,2和3与Serizawaetal.(2002)的研究的K、S和R的分支相对应。这表明韩国指名亚种(类群1和分支K)的线粒体DNA与其他类群不同。另外,我们还发现在细胞色素b基因构建的系统树中,东北亚种可以与类群2(分支S)及类群3(分支R的不同亚种聚合在一起。我们认为线粒体DNA的母性遗传与两个相邻亚种的个体之间的种内杂交造成了基于细胞色素b序列对东北亚种的聚类分析结果与基于形态学特征的分类结果的不一致。因此,我们提出对这些显示出核苷酸序列多样性的东北亚种不能只用细胞色素b的数据进行亚种分类,还应该结合形态学和核DNA特征进行进一步分析。最后,我们还发现韩国的指名亚种的细胞色素b序列在平均距离16.93%的基础上不同于来自基因库的A.speciosus。Jones and Johnson(1965)指出了韩国的大林姬鼠在形态上的区别,所以我们认为韩国的大林姬鼠指名亚种A.p.peninsulae是一种具有形态和遗传特异性的地方亚种。

氧化型脂蛋白(a)通过抑制细胞色素b表达促进血管内皮细胞焦亡

[目的]探讨氧化型脂蛋白(a)[oxLp(a)]诱发血管内皮细胞焦亡及其机制。[方法]人脐静脉血管内皮细胞(HUVEC)经100 mg/L oxLp(a)孵育24 h后,通过Western blot和RT-qPCR检测焦亡相关蛋白、促炎细胞因子、线粒体相关蛋白核呼吸因子1(NRF1)、核呼吸因子2(NRF2)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α(PGC-1α)及线粒体基因细胞色素b(CYTB)蛋白表达水平,ELISA检测炎症因子水平,扫描电镜检测细胞膜破裂,透射电镜检测线粒体形态,Hoechst33342/PI染色检测细胞凋亡,MitoSOX探针检测线粒体活性氧(mtROS),Flou-4AM探针检测钙离子,JC-1探针检测线粒体膜电位(MMP),Calcein AM染色检测线粒体膜通透性转换孔(mPTP)开放。向HUVEC转染CYTB过表达慢病毒,分析其对oxLp(a)诱发焦亡与线粒体功能的影响。[结果]经oxLp(a)处理后,焦亡相关分子NLRP3、pro-Caspase-1、Caspase-1、消皮素D(GSDMD)、GSDMD-N蛋白水平显著升高(P<0.05);CYTB、促炎细胞因子IL-1β和IL-18蛋白和mRNA水平均显著升高(P<0.05);细胞膜上出现细小裂孔,PI染色阳性细胞百分比显著增加(P<0.05)。oxLp(a)抑制线粒体相关蛋白NRF1、NRF2、PGC-1α的表达及线粒体基因CYTB的表达,促使mtROS生成增加、钙离子超载、ATP水平下降、MMP下降、mPTP值升高、线粒体形态异常。pHelper 2.0慢病毒载体转染过表达CYTB后,oxLp(a)诱发HUVEC焦亡与线粒体形态功能异常被过表达CYTB部分逆转。[结论]oxLp(a)通过下调CYTB促进线粒体形态功能异常而诱发HUVEC焦亡。

犬科的线粒体细胞色素b DNA序列及其分子系统学研究

通过对犬科的赤狐、蓝狐、貉和狼４种的线粒体细胞色素ｂ约３７２ｂｐＤＮＡ片段序列分析，结合 ＧｅｎＢａｎｋ中狗、西门豺和非洲野犬 ３种的该区段 ＤＮＡ序列的比较，共发现 １１３个核苷酸位点存在变异（约３０％）。ＮＪ法构建的分子系统树显示，非洲野犬最先从犬科动物中分化出来；犬属的狼、狗和西门豺等３种为系统树上独立的一支，且其分歧的时间较赤狐、蓝狐和貉早；赤狐和蓝狐具有较近的亲缘关系。上述结果与形态的观点基本吻合。

几个地方绵羊品种线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因多态性研究

用12种限制性内切酶分析了6个地方绵羊品种线粒体DNA(m tDNA)细胞色素b(cytb)基因的RFLP。结果表明,在71只绵羊个体中,检出的14种限制性态型可归结成4种单倍型,其间的差异主要来源于几个限制性位点的点突变;4种单倍型间和6个绵羊群体间的平均遗传距离(D)分别为0.412%和0.041%,遗传多态程度(π)为0.028%,说明遗传多样性较为贫乏;单倍型聚类结果和群体聚类结果提示,我国地方绵羊品种的起源可能是单一的。

貂组织线粒体DNA及细胞色素b鉴定及特征

目的:探讨貂组织线粒体DNA(mtDNA)及细胞色素b(Cytb)的特征。方法:采用碱变性方法提取新鲜的貂心及肝组织中mtDNA,PCR技术扩增细胞色素b(Cytb)基因部分序列片段并直接测序。结果:新鲜的貂心和肝组织提取出16800bp的mtDNA,并能扩增出310bp大小的Cytb基因,测序结果显示貂心Cytb基因与美洲貂(GenBank AB026109.1)同源性为99%。结论:貂组织含有完整的mtDNA,Cytb部分基因可以作为貂心物种鉴定及检测的分子标记。

花斑裸鲤线粒体DNA细胞色素b序列特征及其遗传多样性

本文采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,获得了花斑裸鲤两个黄河河段共10个个体和2个近缘种的细胞色素b基因的全序列(1140bp),并构建了NJ系统发育树。花斑裸鲤10个个体的序列比对后,共检测到4个单倍型。序列差异和分子系统学分析显示,来自循化黄河段和玛多黄河段的个体间存在很低的遗传差异,两群体没有形成相应的单系群,表明两河段种群间可能有着基因交流。