石爬(鱼兆)属2种鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较研究

对采于青海省玛柯河的6尾黄石爬(鱼兆)和四川省都江堰的1尾青石爬(鱼兆)线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因进行了PCR扩增并进行序列测定。结果表明,黄石爬(鱼兆)6个个体均属同一单倍型。在Cyt b基因全长1140 bp中,2种鱼类存在29个变异位点(2.54%),其中23个(79.3%)突变位点为转换,6个(20.7%)突变位点为颠换。2种鱼类序列差异偏低,提示分化较晚,致使物种间在Cyt b基因上未能积累丰富的碱基变异。黄石爬(鱼兆)遗传多样度较低,可能与其栖息环境的改变有关。

牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。

三峡库区3种银鱼线粒体DNA细胞色素b基因序列多态性分析

对三峡库区大银鱼（Protosalanxchinensis）、太湖新银鱼（Neosalanxtaihuensis）和短吻间银鱼（Hemisalanxbrachyrostralis）共78尾个体的Cytb基因全序列（1141bp）进行了分析。结果显示，序列有16个变异位点，总变异率为1．4％，其中13个为简约位点。大银鱼的32尾样本有6个单倍型，太湖新银鱼32尾样本有5个单倍型，短吻间银鱼14尾样本中有3个单倍型。大银鱼、太湖新银鱼和短吻间银鱼的单倍型多样性指数（h）分别为0．804±0．032，0．671±0．061，0．385±0．149；核苷酸多样性指数（π）分别为0．00146±0．00009，0．00228±0．00024，0．00067±0．00026。3种银鱼群体的遗传距离在0．12461—0．23796之间，净遗传距离在0．12274～0．24418之间。基于Cytb基因序列，利用Kimura-2模型构建的NJ树表明：大银鱼与太湖新银鱼种群的亲缘关系最近．两者与短吻间银鱼种群的亲缘关系较远。研究结果表明，三峡库区3种银鱼的遗传多样性低。

在线粒体DNA细胞色素b基因序列水平上对鬣羚系统发育的研究

测定了鬣羚在中国的 7个地方种群的线粒体DNA细胞色素b基因的 41 9bp的片段序列 ,并分析了其序列差异 ,构建了分子系统进化树。结果表明 :鬣羚各种群间的序列差异在 0～ 1 4 31 %。鬣羚种群最早在大约 5 7百万年有共同的母系祖先 ,并且在中国最早可能是从青藏高原东南缘的区域开始演化的 ,随后向周围地区辐射扩散。日本鬣羚的分化时间大约在 3 1百万年前 ,并且可能是从中国大陆迁移过去的。白玉和道孚的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >1 1 2 1 % ) ,日本鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >7 63% ) ,洛扎的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >4 0 5 % )的分化估计已接近或达到亚种水平。鬣羚在中国至少存在 3个进化显著单元 :A 白玉和道孚种群 ;B 洛扎种群 ;C 隆子、陕西、皖南和德格种群。建议将它们分开管理 ,避免杂交 。

基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析

为对新疆不同水系(开都河、玛纳斯河、喀什河、巩乃斯河)4个野生新疆裸重唇鱼Gymnodiptychus dybowskii群体的遗传多样性与种群遗传结构进行研究,提取了新疆裸重唇鱼线粒体DNA Cytb基因的部分序列,并利用生物学软件对获取的基因进行分析。结果表明:在74个样品中共检测到9个单倍型,变异位点15个,在开都河(21尾)、巩乃斯河(27尾)、喀什河(2尾)、玛纳斯河(24尾)的样品中,分别检测到1、11、5、1个变异位点;新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.810和0.005 9;群体间遗传分化系数(FST)分析显示,玛纳斯河群体与其他3个群体间存在较大的分化(FST>0.15),而其他群体间分化程度较低(0.05<FST<0.15);基因流Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流;分子系统树和单倍型网络图分析表明,新疆喀什河群体与其他群体间单倍型关系较远,而其他群体间单倍型关系较近。研究表明,新疆裸重唇鱼4个群体鱼类种质资源均遭受极大破坏,应加强渔业管理措施,设立专门的机构,保护新疆裸重唇鱼及其他土著鱼类资源。

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

测定了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4%,G+C约占46.6%。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7%;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36%,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79%。本研究为鳜类的系统发育、资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基因序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。

2种裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤和花斑裸鲤的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定,得到的序列长度均为1140bp,但T,C,A,G含量有所不同。在青海湖裸鲤细胞色素b基因中它们的含量分别为355(31.1%),296(26%),305(26.8%)和184(16.1%),GC含量为42.1%,分子量为349693道尔顿(Dalton);在花斑裸鲤细胞色素b基因中,它们的含量分别为358(31.4%),294(25.8%),305(26.8%)和183(16.1%),GC含量为41.8%,分子量为349698道尔顿(Dalton)。

小眼高原鳅线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对小眼高原鳅线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定 ,得到全序列长度为 114 0bp ,其T、C、A、G含量分别为 3 62 ( 3 1 8% )、2 91( 2 5 5 % )、3 0 1( 2 6 4% )、186( 16 3 ) ,GC含量 41 8%。分子质量为 3 49782。

山羊线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

采用PCR直接测序法,对一个山羊群体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行测定。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,A、G、T和C碱基的平均含量分别为31.9%、13.1%、26.8%和28.2%,其中A+T含量为58.7%,G+C含量为41.3%,A+T含量明显高于G+C含量;密码子碱基的使用也存在一定差异。该研究为解决我国地方山羊品种起源系统中存在的分歧提供有益的探索。

青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

对青海湖裸鲤线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、克隆及其序列测定 ,其全序列长度为 1 1 40bp ,其中T、C、A、G含量分别为 3 5 5 (3 1 1 %)、2 96 (2 6 %)、3 0 5 (2 6 8%)、1 84(1 6 1 %)。GC含量为 42 1 %;分子量为 3 4 96 93u。

家蚕追寄蝇线粒体DNA细胞色素b基因及其侧翼tRNA基因的克隆与序列结构和进化分析

家蚕追寄蝇(Exorista sorbillans)为双翅目、寄蝇科、追寄蝇属昆虫,寄生家蚕后引起多化性蚕蛆病。研究家蚕追寄蝇的系统进化关系,有助于探讨其寄生机制。采用PCR技术扩增了家蚕追寄蝇的线粒体DNA(mtDNA)片段,序列分析结果表明:克隆的mtDNA片段大小约1.5 kb,包括完整细胞色素b基因(cyto b)及其侧翼tRNA-Leu基因序列,序列结构与其它21个昆虫物种的同源片段序列结构基本一致,说明线粒体DNA基因排列和基因结构的保守性;家蚕追寄蝇mtDNA的Cyto b蛋白和tRNA-Leu基因的二级结构符合功能大分子的空间结构特征,维持一定的保守进化;双翅目昆虫不同蝇类mtDNA中的cyto b基因、tRNA-Leu基因序列的同源性高,可保证构建蝇类系统发生树的准确性。基于包括家蚕追寄蝇在内的12个双翅目昆虫、5个鳞翅目昆虫、4个鞘翅目昆虫、1个直翅目昆虫的mtDNA cyto b基因编码氨基酸序列的进化分析表明:双翅目中蝇类的进化次序依次为狂蝇科、果蝇科、寄蝇科、蝇科、丽蝇科,寄蝇科与蝇科和果蝇科之间的进化距离较近;鳞翅目处于种系发生树分叉的起点,起源最早,双翅目处于种系发生树分叉的最末端,起源最晚。

大林姬鼠两亚种线粒体DNA细胞色素b基因和控制区的序列多样性(英文)

为了研究大林姬鼠两亚种(韩国的指名亚种及中国东北和内蒙古地区的东北亚种)线粒体DNA的变异程度并确定朝鲜亚种的分类地位,我们分别将来自韩国和中国东北长白山地区的两亚种的线粒体DNA的细胞色素b基因和控制区进行了测序分析。我们将测序所得到细胞色素b基因序列与来自基因库的大林姬鼠5个亚种的相应的单倍型进行了分析,结果显示大林姬鼠可分为4个类群[类群1:韩国大林姬鼠指名亚种;类群2:中国长白山和内蒙古地区的东北亚种、俄罗斯外加贝尔的majuculus亚种;类群3:中国长春的东北亚种、俄罗斯Primorye(俄罗斯远东地区)rufulus亚种、俄罗斯库页岛(俄罗斯远东地区)和日本北海道地区的giliacus亚种;类群4:中国黑龙江海林地区的东北亚种]。线粒体的控制区序列分析显示韩国指名亚种也不同于中国东北地区的东北亚种。本研究的类群1,2和3与Serizawaetal.(2002)的研究的K、S和R的分支相对应。这表明韩国指名亚种(类群1和分支K)的线粒体DNA与其他类群不同。另外,我们还发现在细胞色素b基因构建的系统树中,东北亚种可以与类群2(分支S)及类群3(分支R的不同亚种聚合在一起。我们认为线粒体DNA的母性遗传与两个相邻亚种的个体之间的种内杂交造成了基于细胞色素b序列对东北亚种的聚类分析结果与基于形态学特征的分类结果的不一致。因此,我们提出对这些显示出核苷酸序列多样性的东北亚种不能只用细胞色素b的数据进行亚种分类,还应该结合形态学和核DNA特征进行进一步分析。最后,我们还发现韩国的指名亚种的细胞色素b序列在平均距离16.93%的基础上不同于来自基因库的A.speciosus。Jones and Johnson(1965)指出了韩国的大林姬鼠在形态上的区别,所以我们认为韩国的大林姬鼠指名亚种A.p.peninsulae是一种具有形态和遗传特异性的地方亚种。

浙江省三个斑鳜野生群体线粒体DNA细胞色素b基因序列的遗传变异

对钱塘江上游江山、乌溪江段和瓯江上游云和段3个斑鳜(Siniperca scherzeri Steindachner)群体线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因片段进行了扩增和测序,比较并分析了其遗传多样性和群体遗传分化。结果显示,在斑鳜Cytb基因965 bp的部分序列中,A+T含量(52.11%)略高于G+C含量(47.89%),77个个体中发现了16个多态性位点,8种单倍型。江山群体、乌溪江群体和云和群体的单倍型多样性分别为0.570±0.078、0.668±0.067、0.667±0.032,核苷酸多样性分别为0.001 8±0.000 3、0.001 9±0.000 2、0.004 3±0.000 6。江山群体与乌溪江群体间的Fst为-0.005 16(P>0.05),表明同为钱塘江上游的两群体没有明显分化;但云和群体与江山群体、乌溪江群体间Fst分别为0.191 23(P<0.01)和0.178 10(P<0.01),表明瓯江上游与钱塘江上游斑鳜群体存在显著的分化。

几个地方绵羊品种线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因多态性研究

用12种限制性内切酶分析了6个地方绵羊品种线粒体DNA(m tDNA)细胞色素b(cytb)基因的RFLP。结果表明,在71只绵羊个体中,检出的14种限制性态型可归结成4种单倍型,其间的差异主要来源于几个限制性位点的点突变;4种单倍型间和6个绵羊群体间的平均遗传距离(D)分别为0.412%和0.041%,遗传多态程度(π)为0.028%,说明遗传多样性较为贫乏;单倍型聚类结果和群体聚类结果提示,我国地方绵羊品种的起源可能是单一的。

以mtDNA细胞色素b基因探讨斑翅山鹑的分类地位

以线粒体DNA细胞色素b (mtDNACytb)基因作为分子标记 ,提取鸡形目雉科 10个属 18个样本的DNA ,PCR扩增自动测序 ,获得序列长度 82 8bp。将山鹑属中的斑翅山鹑 (Perdixdauuricae)与其近缘属排序对比 ,分别以角叫鸭 (Anhimacornuta)和海龟 (Kachugadhongoka)为外群 ,用邻接法、最大简约法和最小进化法构建分子系统发生树。邻接法构建的系统树显示斑翅山鹑与雉聚类 ,核苷酸序列差异值斑翅山鹑与环颈雉为 15 2 % ,与石鸡为 16 1%。分析认为在雉科中斑翅山鹑与雉类更接近 ,而与真正的鹑亲缘关系较远。同时以mtDNA分析鸟类系统发生时海龟更适合作为外群。以角叫鸭为外群加入西方松鸡 (Tetraourogallus)时 ,则斑翅山鹑的分类地位不能确定 ,这可能与鸡形目的适应辐射有关。

基于线粒体DNA细胞色素b基因和控制区序列分析西藏雅鲁藏布江黄斑褶鮡种群遗传多样性

采用线粒体DNA(mtDNA)Cyt b基因和D-loop控制区为分子标记,对分布于西藏雅鲁藏布江大峡谷以上里龙段和以下墨脱段2个群体的黄斑褶(Pseudecheneis sulcata)共60个样本进行遗传多样性研究。获得联合基因有效序列长度为1 893 bp,包括Cyt b基因1 060 bp和D-loop控制区833 bp。结果显示,里龙和墨脱2个群体的单倍型多样性值(Hd)均较高(0.701和0.761),核苷酸多样性值(π)均较低(0.001 00和0.001 09);高频率的单倍型Hap1和Hap2为2个群体所共享,推测为祖先单倍型;同时,里龙和墨脱群体分别存在5个和6个特有单倍型,且在2个群体中不共享;分子方差分析(AMOVA)显示遗传变异主要来源于种群内部,群体间呈中度遗传分化水平(Fst = 0.090 44,P < 0.05);中性检验(Tajima's D、Fu's Fs)和核苷酸不配对(SSD、Hir)分析结果揭示,黄斑褶种群曾经历过种群扩张现象。本研究推测,黄斑褶 2个群体间的基因流动存在障碍,雅鲁藏布大峡谷的海拔落差及水文情势等生态屏障可能是阻碍黄斑褶迁徙和交流的主要原因。

长江中下游5个湖泊黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析

对长江中下游5个湖泊的黄颡鱼种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、测序,获得了955 bp的序列.分析显示,cyt b序列中A+T含量略高于G+C含量,共检测到54个变异位点,60个样本得到37个单倍型,平均单倍型多样性为0.945±0.018,核苷酸多样性为0.00419±0.00043,遗传多样性表现中等.太湖种群与滆湖种群间的遗传距离最远为0.00651,鄱阳湖种群和巢湖种群之间遗传距离最近为0.00375.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.0684,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.cyt b序列构建UPGMA系统进化树显示,5个种群没有分化成不同的分枝谱系,种群间存在广泛的基因交流.

从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性

用采自四川省的岩羊和矮岩羊共 18个头骨或皮张标本 ,分析了线粒体Cytb基因114 0bp的全序列 (其中一个样品只测到 80 2bp的基因片段 )。用NJ、MP、ML等系统发育分析法分别重建的系统发育树的拓扑结构完全一致 ,均不支持矮岩羊是单系群。结果提示 :所研究的全部样品都属于同一个物种 ,即岩羊P .nayaur ,不支持矮岩羊的物种地位。根据基于 17个样品Cytb基因全序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布 ,这些岩羊样品聚为 5支 ,根据地理区划和本文分析结果 ,四川的岩羊可分为摩天岭、川西、川西北、川西南和川北 5个种群。基于 17个样品Cytb基因1137bp的编码区 ,共定义了岩羊的 16种单元型 ,在 5个种群间未发现共享的单元型.

草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。

大银鱼和小齿日本银鱼线粒体细胞色素b和16SrRNA基因部分序列分析

对大银鱼和小齿日本银鱼的线粒体细胞色素b和 16SrRNA基因片段进行了扩增和序列测定 ,分析比较了 2种间的序列差异。大银鱼 2个个体间细胞色素b基因序列无差异 ,小齿日本银鱼 3个个体的序列出现了 2种单倍型 ;大银鱼同小齿日本银鱼细胞色素b序列 (单倍型SB 1)之间存在 86个碱基差异 (差异率 2 1% ) ,变异较大。大银鱼、小齿日本银鱼的 16SrRNA基因片段种内个体间无序列差异 ,两种间存在 2 1个碱基的差异 (差异率 5 % ) ,有 1个碱基的插入 /缺失。由此可见 ,2种银鱼间线粒体细胞色素b基因的进化速率较快 ,约为 16SrRNA基因片段的 4倍。根据细胞色素b序列数据 ,推算出 2种银鱼大概在中新世晚期发生分化。