青海湖裸鲤繁殖群体线粒体基因组D-loop区序列多态性

利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区(黑马河,布哈河,沙柳河)的青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii(Kessler))线粒体D-loop基因片段,测定该基因片段1 005 bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析,对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究,共检测出多态性位点65个,其中有1个插入位点(b3,nt-569),2个缺失位点(s6和b37,nt-169、nt-170),多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个,平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明,不同地区的遗传距离分别为黑马河群体与布哈河群体间的平均遗传距离最小(0.010 93),布哈河群体与沙柳河群体次之(0.014 23),黑马河群体与沙柳河群体的遗传平均距离最大(0.019 09)。3个群体间的遗传平均距离都在0.01以上,而且3个群体间总的遗传分化指数为0.019 26,基因流为12.73。UPGMA法构建的分子系统树中,沙柳河群体聚成一支,黑马河和布哈河群体混杂在一起,聚成一支。从序列差异的分析中得出,沙柳河群体与黑马河和布哈河群体的亲缘关系较远;黑马河和布哈河群体亲缘关系较近。以上数据还表明,青海湖裸鲤3个繁殖群体间具有较弱的遗传分化,洄游到同一河流里进行交配繁殖的群体内基因交流作用比较大。

都柳江粗唇种群线粒体DNA Cyt b基因和D-loop序列组成及遗传多样性

以采自都柳江40尾粗唇（Leiocassis crassilabris）个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776～778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A＋T的含量高于G＋C的含量,但Cyt b基因碱基变异率（0.27%）显著低于D-loop的碱基变异率（3.34%～3.35%）。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。

白血病患者线粒体基因组D-loop区基因不稳定性研究

目的:探讨白血病患者线粒体基因组D-loop区基因的不稳定性。方法:采用PCR扩增24例患者D-loop区HV-1和HV-2两个高变区并测序,其结果与剑桥标准序列(rCRS)和mtDB数据库进行比对,分析其突变情况。采用SPSS 22.0统计学软件对数据进行分析。结果:23例患者D-loop区发生突变,突变率95.83%(23/24);共检测到82个基因突变,其中HV-1区47个(57.32%),HV-2区35个(42.68%)。急性髓系白血病患者中未治疗组(UT)与治疗组(T)对比:突变率分别为(2.37±0.82)×10-3和(4.76±2.45)×10-3,其差异有统计学意义(P<0.01)。急性髓系白血病治疗组中部分缓解组(PR)和完全缓解组(CR)突变率比较显示,突变率分别为(5.10±2.56)×10-3和(4.51±2.51)×10-3,其差异无统计学意义(P>0.05)。M3组间比较显示,未治疗组(UT)、部分缓解组(PR)和完全缓解组(CR)突变率分别为(2.55±0.63)×10-3,(5.37±3.41)×10-3和(3.71±1.65)×10-3,其差异无统计学意义(P>0.05)。结论:D-loop区中存在较高的突变率和多种突变类型,具有较强的不稳定性;化疗可能加剧D-loop区基因的不稳定性。

中国地鼠线粒体D-loop基因的克隆及序列分析

本试验根据已知相近物种动物基因序列设计引物,PCR扩增获得中国地鼠线粒体D-loop基因序列。采用DNAS-tar软件计算序列碱基组成,分析遗传变异情况。用MEGA 4.1软件计算物种间遗传距离,采用邻接法(NJ)、最小进化法(ME)构建系统进化树。结果表明,中国地鼠线粒体D-loop区序列全长为867bp,碱基A、T、C、G的含量分别为29.53%、31.49%、26.07%、12.92%,中国地鼠与啮齿类动物有相似的碱基组成。系统进化树结果显示,中国地鼠与金黄地鼠亲缘关系较近,与大鼠的关系最远,与传统的分类相一致。所获得的中国地鼠D-loop基因可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究中国地鼠的群体遗传结构奠定了基础。

喉癌中线粒体DNA拷贝数和D-loop区基因突变与临床病理的相关性

目的探讨喉癌线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)拷贝数和D-loop区基因突变与临床病理特征的相关性。方法收集武汉市第一医院诊治的40例喉癌患者,取mt DNA的CoxⅡ和核DNA的β-actin为目的片段进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)扩增,对mt DNA D-loop区进行测序。结果喉癌组织中mt DNA拷贝数(0. 925±0. 136)高于其对应癌旁组织(0. 815±0. 096),两者差异有统计学意义(P <0. 05)。mt DNA拷贝数与患者淋巴结转移相关(P <0. 05),但与患者性别、吸烟、饮酒、肿瘤分期以及肿瘤分化无关。40例喉癌中有21例(52. 50%) mt DNA D-loop区共检测17个突变位点、34个突变;发现86个多态性位点;且mt DNA D-loop区基因突变与患者淋巴结转移和肿瘤分化程度相关(P均<0. 05),其与患者性别、吸烟、饮酒以及肿瘤分期无关。结论喉癌组织中mt DNA拷贝数高于其对应癌旁组织,且mt DNA Dloop区存在高频基因突变,提示mt DNA拷贝数变化以及D-loop区基因突变与喉癌的发生、发展密切相关。

基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究

【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(FST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态。【结果】基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1~Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582~0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227~0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系。构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起。同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539~0.0628)和遗传分化系数(FST,0.95147~0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化。在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14%)。从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张。【结论】合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体与3个野生鲫群体间已产生明显的遗传分化,且存在一定程度的遗传多样性降低等问题。因此,在后续的鲫育种工作中应适当扩大繁育亲本数量,避免近亲繁殖和瓶颈效应,注重保护养殖群体种质资源的遗传多样性。

马鞍山地区白山羊线粒体DNA D-loop区和SRY基因的遗传进化分析

【目的】探明安徽马鞍山地区白山羊品种内的群体遗传多样性,为马鞍山白山羊品种资源保护、开发和遗传育种提供参考依据。【方法】从安徽马鞍山地区分别采集品种特征明显、无血缘关系的公羊、母羊个体血样19和40份,提取血液基因组DNA,通过PCR扩增公羊SRY基因、母羊线粒体DNA D-loop区序列并测序,并利用DNAman、DNAsp和MEGA X软件对其进行遗传进化分析。【结果】马鞍山地区白山羊公羊SRY基因编码区共含有92个变异位点,占核苷酸总数的10.50%,共含有19种单倍型,单倍型多样性(Hd)为1.000,核苷酸多样性(Pi)为0.01868,平均核苷酸差异数(k)为15.152;母羊mtDNA D-loop区共含有986个变异位点,占核苷酸总数的69.24%,共含有32种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.986,核苷酸多样性(Pi)为0.12713,平均核苷酸差异数(k)为12.915。构建马鞍山地区白山羊与国内其他20个山羊品种间的系统发育树,结果显示,马鞍山地区白山羊首先与黄淮山羊、西藏山羊聚为一支;其次与辽宁绒山羊聚为一支;再与贵州白山羊聚为一支;最后与安哥拉山羊、波尔山羊聚为一支。【结论】马鞍山地区白山羊拥有丰富的遗传多样性,在起源中受到较多的其他羊种群体扩张的影响。

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_(d)>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源。Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima s D值和Fu and Li s值均为负数,且Cytb基因的Tajima s D值和Fu and Li s值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张。单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显。

发育完全停滞的体外受精胚胎线粒体DNA突变研究

目的 通过探究不明原因早期胚胎发育全部停滞患者线粒体基因的特异性突变。方法 本研究为病例对照研究。收集2021年5月至2022年11月就诊我院的不孕不育女性患者共计46人,均进行外周血全外显子测序及线粒体基因突变检测。经筛选纳入研究组10人,为全部胚胎发育停滞患者;对照组15人,为具有3个以上可移植胚胎的患者,所有入组病例夫妻双方未见染色体异常。统计2组患者临床基线数据、胚胎发育情况,比较2组患者线粒体基因突变位点及其定位基因情况,并对特异性突变位点/基因进行功能注释。结果 研究组发现5个特异线粒体突变位点,分别为:MT-16172(T>C)、MT-12882(C>T)、MT-12406(G>A)、MT-10609(T>C)、MT-16129(G>A)。这些突变点均位于线粒体呼吸链复合物基因和线粒体基因调控区。结论 5个线粒体基因特异性突变位点[MT-16172(T>C)、MT-12882(C>T)、MT-12406(G>A)、MT-10609(T>C)、MT-16129(G>A)]可能与不明原因早期胚胎发育停滞相关。

线粒体DNA D-loop基因多态性与肾透明细胞癌发病的相关性分析

目的探讨线粒体DNA(mtDNA)D-loop基因多态性与肾透明细胞癌的关系。方法选取2014年3月~2017年2月在我院治疗的肾透明细胞癌患者63例为观察组,同时选取健康志愿者70例为对照,对mtDNAD-loop区进行扩增并测序,比较两组mtDNA-loop区多态性差异。结果观察组和对照组mtDNA D-loop区共发现135个多态性位点,其中9个位点分布频率>5%,最终发现两组262位点基因型频率分布符合Hardy-Wenberg定律;观察组TT基因型及等位基因T频率分布为19.05%和38.89%,明显高于对照组(P<0.05);不同性别、年龄、病理分级和临床分期肾透明细胞癌患者mtDNA D-loop区262位点基因多态性分布差异无统计学意义(P>0.05);CC基因型和CT基因型患者中位生存时间分别为40.40个月和40.20个月,明显高于TT基因型患者的34.81个月,比较差异有统计学意义(P<0.05)。结论肾透明细胞癌患者mtDNA D-loop区262位点携带等位基因T的频率明显升高,但其与临床病理特征无明显关系,而与患者的预后有关,需进一步研究。

基于线粒体D-loop区比较分析野生与养殖斜带髭鲷种群的遗传多样性

采集广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷Hapalogenys nitens(Richardson)和养殖斜带髭鲷各25个样本。通过设计特异性引物,采用PCR技术对该50个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,测序得到的序列进行比对,发现该50个序列长度变异较小,均在788—790 bp之间,野生型和养殖型区别不大。采用MEGA(version 4.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示:50条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为29.9%、21.5%、35.2%和13.5%,其中A+T的含量(65.1%)显著高于G+C含量(34.9%),表现了明显的碱基偏倚。50个个体表现为26种单倍型,包括91个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.024,单倍型多态性(h)为0.958,核苷酸多态性(π)值为0.02277。研究表明,mtDNA D-loop区可以作为检测野生与养殖斜带髭鲷群体遗传多样性的有效分子标记,而广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷种群遗传多样性已经下降至中等水平。研究提示野生斜带髭鲷种群遗传多样性不容乐观,资源调查、种质维护与遗传评价有待深入。

大鳞副泥鳅群体线粒体DNA D-loop序列遗传变异分析

为探明大鳞副泥鳅野生资源状况,利用线粒体DNA D-loop序列,对天津5个大鳞副泥鳅自然群体的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态进行分析。5个群体72个个体的D-loop基因序列全长912~914bp,其中多态性位点30个,共检测到22个单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.813和0.0015,呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的模式。5个群体间的遗传分化指数为-0.0205~0.0795,总的遗传分化指数为0.0712,属中等程度的遗传分化。单倍型网络进化图和单倍型系统发育树均未显示出明显的地理分布格局,中性检验和核苷酸不配对分布分析均表明,大鳞副泥鳅经历过种群扩张,扩张事件发生在第四纪更新世晚期。研究结果表明,应加强5个湿地大鳞副泥鳅群体的保护,适时开展大鳞副泥鳅良种选育工作,减少对大鳞副泥鳅野生资源的破坏。

线粒体DNA d-loop序列变异与鳅鮀亚科鱼类系统发育

对鳅鮀亚科(Gobiobotinae)2个属8个种10个个体线粒体控制区d-loop全序列进行了测定.以(鱼丹)亚科斑马鱼为外类群,对鳅鮀及鲤科(Cyprinidae)一些亚科代表种鱼类进行了系统发育分析.结果显示,鳅鮀鱼类是一个单系类群,与鮈和细鲫有较近的亲缘关系.从系统发育的角度看,鳅鮀亚科应归属于鮈亚科(Gobioninae).研究结果支持鳅鮀亚科分为异鳔鳅鳅属(Xenophyso-gobio)和鳅鮀属(Gobiobtia).

人类mtDNA D-Loop区位点变异对基因表达的影响

Case-Control研究表明,人线粒体基因(mtDNA)D-Loop区mt235、mt514-515、mt16183、mt16290和mt16319多态位点与有氧运动能力有关。拟从下游基因表达做进一步的研究,以探讨上述多态位点的分子调控机理。方法:采用全基因组合成法合成包含上述多态位点的DNA序列,分别连接到pGL3-promoter载体构建重组质粒,将重组质粒转染至293T细胞,观察携带5对mtDNA质粒对下游双荧光素酶报告基因的表达及荧光素酶mRNA表达的影响。结果:携带mt235A、mt514-515CA、mt16183A和mt16319G的载体转染细胞的双荧光素酶基因表达量显著高于mt235G、mt514-515Del、mt16183C和mt16319A(P<0.01);携带mt16290两种基因型的质粒转染细胞报告基因表达没有明显差异。与pGL3-promoter载体相比,携带mt16319A的质粒转染细胞荧光素酶mRNA极显著下降(P<0.01),携带mt16290位点的两种质粒对报告基因mRNA的影响没有差异。结论:mt235、mt514-515、mt16183和mt16319多态位点影响荧光素酶基因表达,mt235A、mt514-515CA和mt16183A上调基因转录和翻译,mt16319A下调基因转录。这些基因表达上的差异可能是影响人有氧运动能力的重要调控因素。

胃癌线粒体DNA D-loop区碱基突变的检测分析

目的研究胃癌患者的癌组织线粒体DNA(mtDNA)D-loop区碱基突变情况,以探讨mtDNA D-loop区碱基突变与胃癌发生发展的相关性。方法采用聚合酶链反应和DNA测序相结合的方法,对75例胃癌患者癌组织线粒体D-loop区进行扩增并测序分析。结果在75例胃癌组织中共有130个位点发生了变化,其中属于基因多态性有101个,基因突变有29个。75例胃癌组织中39例mtDNA D-loop区存在突变,突变率为52%。结论 mtDNA D-loop区碱基突变可能在胃癌发生发展中发挥重要作用。

利用线粒体序列比较分析梭鲈鸭绿江和乌伦古湖群体的遗传结构

利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)分析了梭鲈(Sander lucioperca)鸭绿江(YL)和乌伦古湖(XJ)群体的遗传结构及变异。结果显示:Cyt b和D-loop序列的A+T含量分别为57.37%和66.64%,明显高于C+G含量(42.63%和33.36%)。Cyt b序列共检测变异位点2个,包括单变异位点和简约信息位点各1个。D-loop序列中检测到变异位点26个,其中单变异位点19个,简约信息位点7个。检测到Cyt b序列3个单倍型,YL群体单倍型多样性(Hd)(0.032±0.031)和核苷酸多样性(π)(0.000 08±0.000 07)均低于XJ群体(0.467±0.043)(0.001 10±0.000 10),YL群体内遗传距离(0.000 076)小于XJ(0.001 102),群体间遗传距离为0.000 873;检测到D-loop序列17个单倍型,YL群体Hd(0.466±0.088)和π(0.002 41±0.000 69)略高于XJ群体(Hd=0.435±0.100,π=0.001 91±0.000 67),YL群体内遗传距离(0.002 422)大于XJ群体(0.001 919),群体间遗传距离为0.002 269。结果显示,两个群体Cyt b和D-loop的遗传多样性较低。D-loop序列的中性检验结果表明,乌伦古湖群体可能经历种群扩张。Cyt b和D-loop序列分子方差分析(AMOVA)分析显示:梭鲈遗传差异主要来源于群体内(64.56%和97.42%),少部分来源于群体间(35.44%和2.58%)。鸭绿江梭鲈群体可能不完全来源于乌伦古湖群体。本研究结果为两个群体在人工繁育中的利用提供了参考,对群体的遗传多样性监测及保存具有重要意义。

利用线粒体DNA Cyt b基因PCR-RFLP分析方法鉴别羊肉和鸭肉

建立了一种利用线粒体DNA(mtDNA) Cyt b基因PCR-RFLP分析来鉴别羊肉和鸭肉的方法。采用一对通用引物扩增绵羊、山羊和鸭的mtDNACytb基因,并对扩增产物用DNA限制性内切酶Bsu36I和SpeI进行酶切,电泳分析酶切产物的变化。结果表明通用引物可扩增羊和鸭472bp的PCR产物,经两种内切酶酶切后,绵羊、山羊和鸭的PCR产物分别被切为大小不同的片段,其中绵羊和山羊被SpeI切为213bp和259bp,而鸭则被Bsu36I切为95bp和377bp。利用PCR-RFLP分析mtDNA Cyt b基因的方法操作简单,是一种快速鉴别羊肉和鸭肉的可靠方法。

基于mtDNA Cytb基因和D-loop区序列的陕西林麝遗传多样性分析

【目的】探究陕西林麝群体的遗传多样性,了解林麝的遗传信息。【方法】采集林麝毛发提取DNA,测定43只林麝个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,Cytb)基因和非编码序列置换环(D-loop)区序列,统计碱基组成,使用ClustalX 2.0软件对所有序列进行整合比对,以获得群体中的核苷酸多态位点(SNP);利用DNASP 5.10软件统计种群核苷酸多样性(Pi)、序列的单倍型数(H)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异数(K)等参数;利用Mega 7.0软件计算Cytb基因和D-loop区序列不同单倍型间遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】Cytb基因和D-loop区序列中AT含量均高于GC含量,显示碱基组成具有偏好性;在Cytb基因和D-loop区内分别发现241和383个SNPs位点。其中,Cytb基因和D-loop区核苷酸多样性分别为0.28343和0.07707,单倍型多样性分别为0.983和0.975,表明其群体遗传多样性丰富;Cytb基因35个单倍型之间的遗传距离为0.002~0.831,D-loop区29个单倍型之间的遗传距离为0.006~1.342。系统进化树结果显示,林麝存在2个线粒体支系,表明其具有2个线粒体母系来源;D-loop区的进化分析也支持这一结论。【结论】林麝群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,遗传多样性较丰富,同时进一步支持了林麝和原麝属于一个分支的观点。

基于线粒体D-loop区分析安徽省5个翘嘴鳜养殖群体的遗传多样性

为研究安徽省鳜鱼的遗传多样性,对安徽省内5个鳜鱼养殖群体共125个样本的线粒体D-loop区进行了扩增和测序分析。试验最终共获得125条长度为858 bp的D-loop区序列,共检出260个变异位点,包括77个简约信息位点和183个单核苷酸变异位点;碱基平均含量为T(29.3%)、C(20.6%)、A(33.8%)和G(16.2%),具有明显的(A+T)碱基偏移。5个群体的遗传多样性较低(Hd,mean=0.596,Pi,mean=0.0053),可能经历了瓶颈事件。此外,通过对群体遗传结构及邻接法系统发育树的分析发现,5个养殖群体未表现出明显地理聚集,不同群体间有少量个体混合。群体变异主要来自于群体内部而非群体间。本研究可为鳜鱼种质资源的保护和恢复提供理论依据。

基于cytb和D-loop的4个大泷六线鱼群体遗传多样性分析

利用线粒体DNA的细胞色素b(cytb)和控制区(D-loop)的部分序列来研究大泷六线鱼4个群体(包括野生和养殖群体)的遗传多样性。PCR扩增后分别得到365bp(cytb)和387bp(D-loop)的碱基序列。Mega计算结果显示cytb中A+T的含量(52.6%)高于G+C的含量(47.3%);D-loop中A+T的含量(69.3%)同样高于G+C的含量(30.7%)。4个群体平均的变异位点、单倍型数、单倍型多样性、核苷酸多样性及平均核苷酸差异数,cytb基因分别为10,7.75,0.739,0.007 3和2.656;D-loop区分别为18.25,12.75,0.846,0.012 1和4.673。4个群体的遗传多样性由高到低分别为舟山、大连、琅琊台、即墨养殖群体,养殖群体的多样性低于野生群体。基于野生群体cytb和D-loop的分子变异分析(AMOVA)得出的Fst分别为0.318 6和0.271 4,显示了变异主要发生在群体内部。基于Kimura 2-parameter模型构建的NJ树结果表明3个野生群体间没有显著的分化。线粒体cytb基因和D-loop区均可作为检测大泷六线鱼遗传多样性的有效标记。