大通牦牛ApoA1基因克隆及生物信息学分析与组织表达谱分析

本试验旨在分析大通牦牛(Bos grunniens)ApoA1基因的分子特征,并检测其在不同组织的表达规律,为进一步研究ApoA1基因的功能提供理论依据。试验以牦牛肝脏cDNA为模板,通过PCR扩增和基因克隆获得牦牛ApoA1基因编码区序列(coding region sequence,CDS),并进行生物信息学分析;利用RT-qPCR技术检测ApoA1基因mRNA在心脏、肌肉、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、子宫角、脂肪和输卵管等组织中的mRNA表达水平。结果表明,大通牦牛ApoA1基因编码区序列长798 bp,编码265个氨基酸;ApoA1蛋白质的分子质量为30324.414 Da,理论等电点为5.71;蛋白质二级结构以α-螺旋(93.58%)为主;牦牛ApoA1蛋白为不稳定亲水蛋白,存在信号肽,为分泌蛋白,不存在跨膜结构域;牦牛ApoA1基因的核苷酸序列与黄牛相应序列相似度最高,同源性为99.64%;组织表达谱分析表明,ApoA1基因在大通牦牛不同组织中都表达,但在肝脏中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05)。这些结果为进一步研究大通牦牛ApoA1基因在大通牦牛结构和功能及牦牛肉品质性状的遗传改良提供理论基础。

牛miR-2439-5p的转录因子-miRNA-mRNA调控网络预测与组织表达谱分析

为了解牛miR-2439-5p的生物学信息和初步探索其与宿主基因MRTFA(Myocardin related transcription factor A,心肌素相关转录因子A)是否存在互作功能,以及进一步了解牛miR-2439-5p的组织表达规律,利用物种间保守性分析、上游序列CpG岛分析、启动子预测、转录因子预测、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析等生物信息学方法对miR-2439-5p进行"转录因子-miRNA-mRNA"调控网络预测,并进行组织表达谱分析。结果表明:1)miR-2439-5p是牛特异性miRNA、内含子miRNA和miRNA*(相对低表达miRNA);2)miR-2439-5p可能受C/EBPβ和RARα等转录因子调控,预测其共有621个靶基因,显著富集在AMPK信号通、mTOR信号通路和不饱和脂肪酸合成等信号通路;3)miR-2439-5p在28月龄郏县红牛的肾组织中相对高表达,与肌肉和背脂组织存在显著性差异(P<0.01);其在28月龄和牛的背脂组织中相对高表达,与肝和脾组织存在显著性差异(P<0.05);其在28月龄固原黄牛的各组织表达量无显著性差异(P>0.05)。综上,miR-2439-5p可能反馈调节宿主基因MRTFA,从而调控牛脂肪细胞分化,为进一步探究miR-2439-5p的功能和作用机制提供研究方向和理论依据。

牛RXRG基因cDNA的克隆及生物信息学分析

【目的】扩增了牛RXRG基因的序列,并对其进行了生物信息学分析。【方法】提取牛肌肉组织总RNA,利用RT-PCR技术,对牛RXRG基因进行了克隆,将得到的2条片段分别重组到PMD19-T载体并进行了序列测定;利用DNAMAN软件拼接得到2条片段序列,并运用DNAMAN软件及在线工具对拼接所得到的序列进行了生物信息学分析。以牛肾脏、肝脏、睾丸、肺、脾脏、瘤胃、子宫、小肠、心脏、卵巢和肌肉等11个组织为材料,对牛RXRG基因在组织中的表达进行了分析。【结果】获得了长度为1 811 bp的牛RXRG基因cDNA,其由10个外显子组成,编码463个氨基酸;该基因与人、猪、猕猴、小鼠、大鼠在氨基酸序列上分别有89.5%,93.4%,87.2%,83.9%和85.2%的同源性。【结论】获得了牛RXRG基因长度为1 811 bp的cDNA序列,牛RXRG基因除在肌肉组织中高度表达外,在其他组织中均不表达。

猪Caskin1基因生物信息学分析

为了分析猪钙/钙调素依赖性丝氨酸蛋白激酶(CASK)相互作用蛋白1(Caskin1)基因和编码蛋白的结构与功能,并探讨其在改善生殖衰老中的潜在可能性,试验首先获取猪Caskin1基因及其蛋白序列,采用生物信息学分析方法对Caskin1基因编码蛋白的理化性质、磷酸化位点、高级结构、相互作用网络和保守基序等进行研究,构建猪Caskin1基因系统发育树,分析该基因的组织表达谱。结果表明:猪Caskin1基因编码序列(CDS)长度为4359 bp,可编码1452个氨基酸;猪Caskin1蛋白的分子量为151782.89 u,理论等电点为9.21;其二级结构以无规则卷曲结构(61.16%)为主,为不稳定亲水性蛋白,不存在信号肽,没有跨膜结构;猪Caskin1基因为保守基因,其编码蛋白的SH3结构域是高度保守结构域,且该蛋白质与CASK、SYT7、NSF、CADPS、P14K2A、DPYSL4等多个蛋白质间存在相互作用;猪Caskin1基因与牛、羊的亲缘关系最近,与原鸡的亲缘关系最远;该基因不仅在大脑中高表达,在卵巢中的相对表达量也比较高。说明猪Caskin1基因及蛋白的生物学功能丰富,生物学意义较为重要。

Expression profile of CD10, Bcl-6, CD138, Bcl-2 and MUM1 and their prognostic value in 136 patients with diffuse large B-cell lymphoma

Objective： We evaluated the value of using a panel of GC B-cell （CD10 and Bcl-6） and activation （MUM1, CD138 and Bcl-2） markers by immunohistochemistry to define prognosis in patients with diffuse large B-cell lymphoma （DLBCL）. Methods： Two different models （Hans＇ and modified Chang＇s model） were applied on 136 de hove DLBCL patients. Median follow-up in all patients was 39 months （range 5-80 months）. Results： According to Hans＇ model, patients with GCB had much better overall survival （5-year OS, 75%） than those with non-GCB （5-year OS, 52%） （Kaplan-Meier survival analysis, P 〈 0.05, log rank test）. According to modified Chang＇s model, patients with group 1 had much better overall survival （5-year OS, 78%） than those with group 3 （5-year OS, 44%） while group 2 had no significant value compared with group 1 and group 3 in prognosis （Kaplan-Meier survival analysis, P 〈 0.05, log-rank test）. Using multivariate Cox proportional hazards regression analysis, the international prognostic index scores （IPI）, expression of CD138 and the expression pattern of modified Chang＇s model were independent prognostic indicators. Conclusion： Our results suggest that the expression patterns of the panel of GCB-cell and activation markers by immunohistochemistry correlate with prognosis of patients with DLBCL and both models can be used well in ordinary work.