牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据GenBank收录的牛冠状病毒AKS-01株N基因序列(KU886219)保守区设计特异性引物和探针,构建重组质粒并进行反应条件优化、特异性试验、重复性试验以及敏感性试验,建立一种检测BCoV的TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,建立的牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法特异性、敏感性和重复性均良好。该方法BCoV重组质粒标准品在5.75×10^(7)~5.75×10^(3)copies/μL时与Ct值呈现良好线性关系,该方法对牛轮状病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛副流感病毒3型均无交叉反应,特异性良好;该方法对BCoV重组质粒标准品最低检测限为5.75×10^(1)copies/μL;批内和批间重复性试验结果稳定,变异系数均小于2%。利用所建立的TaqMan荧光定量PCR方法对收集的132份样品进行检测,与常规PCR相比,两者符合率为96.21%,可为BCoV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。

水禽细小病毒SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为了建立水禽细小病毒(WPV)快速检测方法,根据序列比对结果在水禽细小病毒NS基因SF3保守区域内设计特异性引物,建立SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR通用检测方法。该方法的扩增效率(E)为90.0%,相关系数(R~2)=0.99,标准曲线方程为y=-3.607x+38.77;除WPV出现S形扩增曲线外,新城疫病毒(NDV)、H9亚型禽流感病毒(H9 AIV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鸭肝炎病毒(DHAV)、鸭肠炎病毒(DEV)、鸭呼肠孤病毒(DRV)样品均未出现S形阳性扩增曲线;批内变异系数(CV)为0.15%~0.23%,批间变异系数为0.09%~0.28%。结果表明,SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法重复性好、灵敏度高和特异性强。临床样品检测结果表明,SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR与普通PCR的符合率达98.4%,灵敏度是普通PCR的1 000倍。SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测方法不仅能定性检测WPV,还可以进行定量检测,可用于种鸭场、种鹅场的WPV净化检测,也可用于WPV临床大量样品的快速检测。

美洲鳗鲡腺瘤病毒(AEAdoV)普通PCR和SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立美洲鳗鲡腺瘤病毒(AEAdoV)的检测方法,根据AEAdoV福建株(AEAdoVFJ)的superfamily 3 helicases(S3H)序列,设计引物,建立了AEAdoV的普通PCR和qPCR检测方法;进一步评价检测方法的灵敏性、特异性及重复性,利用2种方法对美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病料进行了检测,并对美洲鳗鲡体内不同组织的病毒含量进行分析。结果显示,普通PCR扩增的目的片段长度约300 bp,利用其构建的qPCR质粒标准品,其拷贝数与qPCR阈值循环数(C_(t))线性关系良好,线性范围广,标准曲线相关系数(R2)达到0.999,扩增效率为105.067%。建立的普通PCR法和qPCR的最低检测AEAdoV拷贝数分别为100个和10个。2种方法均可特异性检测AEAdoV,而对蛙虹彩病毒(RGV)、鳗鲡疱疹病毒(AngHV)、鲤疱疹病毒(KHV)、对虾白斑综合征病毒(WSSV)、日本鳗鲡内皮细胞坏死病毒(JEAdoV)和花鳗鲡腺瘤病毒(MEAdoV)均无扩增反应。qPCR法的组内和组间变异系数均小于2%,表明其重复性良好。临床应用结果显示,35份美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病料,采用普通PCR法的AEAdoV检出率为82.8%,而qPCR法的AEAdoV检出率为97%。对美洲鳗鲡不同组织的病毒含量分析结果显示,心脏、肝脏、鳃、鳍的AEAdoV相对含量较高,而黏液、皮肤和脾脏的病毒含量相对较低。研究表明,建立的AEAdoV的灵敏度高、特异性强的普通PCR和qPCR检测方法,证实AEAdoV与美洲鳗鲡“出血性烂鳃”病密切相关,且在感染鳗鲡主要组织中都存在。实验结果对于研究AEAdoV的致病性,开展其流行情况和病原学情况分析具有重要意义。

针对非洲猪瘟病毒K205R基因实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为了快速、准确检测非洲猪瘟病毒(African swin fever virus,ASFV),本文根据我国流行毒株ASFV SY18(GenBank ID:MH766894.1)已公布的K205R基因序列设计并合成特异性引物及探针,建立针对K205R基因的TaqMan荧光定量PCR检测方法。经过特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样品检测试验分析显示,本文建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法Ct值与标准品在1×10^(11)~1×10^(2)copies/μL范围内具有很好的线性关系,相关系数为0.998,斜率为-2.797,检测下限为10^(2)copies/μL,与其他能引起相似临床症状的猪源病毒无交叉反应。重复性试验结果显示,组间与组内变异系数均小于1.53774%,重复性好。本方法适用于临床样品及本实验室构建的表达ASFV K205R基因的重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的鉴定及检测,对ASFV快速检测及ASF早期诊断有重要意义。

水貂圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为快速检测水貂圆环病毒(MiCV),本试验根据MiCV Cap基因序列设计合成特异性引物,建立了水貂圆环病毒SYBR Green II实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在模板浓度为1.0×10^(6)~1.0×10^(1) copies/μL范围内呈良好线性关系,相关系数为0.9983。本试验建立的检测方法对水貂阿留申病毒、猪圆环病毒2型、水貂肠炎病毒、犬瘟热病毒和猪伪狂犬病毒进行检测均无特异性扩增,批内和批间CV均小于2%,对重组阳性质粒的检测下限为1.0×10^(1) copies/μL,比普通PCR的敏感度高100倍,对阳性样品DNA的检测下限为2.38×10^(-2) pg/μL,比普通PCR的敏感度高1000倍。应用该方法对吉林省部分毛皮动物养殖场的水貂、狐狸、貉和环境样品进行检测,结果其阳性率分别为57.23%、48.42%、39.71%和68.48%。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,为MiCV的诊断及流行病学调查提供技术支持。

羊贝氏柯克斯体TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立检测贝氏柯克斯体(Coxiella burnetii)实时荧光定量PCR方法,根据GenBank上收录的C.burnetii RSA439株com1基因序列(CP040059.1)保守区设计特异性引物和探针,并构建重组质粒及优化反应条件,以期建立一种检测贝氏柯克斯体的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,该方法所建立标准曲线线性关系良好;敏感性试验结果显示,最低检出限为2.45×10^(2) copies/μL,与PCR最低检出限为2.45×10^(4) copies/μL相比较,灵敏度提高了100倍;对羊支原体、羊流产衣原体、羊布鲁氏菌等均无交叉反应,批内和批间重复性试验结果稳定,变异系数均小于3%,说明特异性、重复性好;利用该方法对收集的126份样品进行检测,结果显示样品阳性率为9.52%,常规PCR检测阳性率为7.14%,符合率为90.47%。该方法可为贝氏柯克斯体临床上快速检测及防控提供技术支持。

实时荧光定量PCR检测猴痘病毒的方法研究

目的建立猴痘病毒(mpox virus)的实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测方法。方法以猴痘病毒F3L基因为靶序列,设计特异性引物和探针,建立猴痘病毒RT-PCR检测方法,并对方法的灵敏度、特异性和重复性进行检测;对疑似猴痘阳性的人脓拭子临床样本核酸进行检测,对RT-PCR方法检测临床样本能力进行评价。结果本研究建立的RT-PCR检测方法可实现猴痘病毒的特异性检测,与天花、痘苗、牛痘等其他正痘病毒无交叉反应,检测重复性好,最低检测限为103copies/μL。可以对人皮肤拭子样本中的猴痘病毒进行准确检测。结论本研究建立了猴痘病毒的RT-PCR检测方法,可在临床样本中快速、特异、灵敏的检测猴痘病毒。

木糖葡萄球菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及其应用

目的本研究拟建立一种灵敏快速的实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)方法,用于检测大、小鼠木糖葡萄球菌(Staphylococcus xylosus,S.xylosus)。方法本研究选择特异性gehM基因片段作为靶标合成了一套引物,建立了木糖葡萄球菌检测的qPCR方法。对木糖葡萄球菌标准菌株和其他非目标菌进行特异性分析。将木糖葡萄球菌的DNA进行10倍稀释测定其灵敏度。用送检的样本进行了临床应用并测序验证,同时与培养法进行比较。结果仅木糖葡萄球菌出现特异性扩增曲线,而其他非目标菌未出现,表明设计的引物对木糖葡萄球菌具有特异性,灵敏度为100 fg/μL,组内和组间重复性均小于3%。共检测60份临床样品,有5份样品扩增曲线为典型的S曲线,将该qPCR产物克隆测序并进行同源性比对,该序列与木糖葡萄球菌的同源性为99.63%,表明该样本木糖葡萄球菌核酸阳性,所检测样本阳性率为8.3%,而培养法的阳性率为6.7%,qPCR方法阳性检出率比培养法略高。结论建立的木糖葡萄球菌qPCR方法,具有快速、灵敏度高、特异性强和重复性好的优点,可用于实验动物木糖葡萄球菌的检测。

副结核分支杆菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为加强副结核分支杆菌(MAP)的检测、监测与防控,建立MAP荧光定量PCR(qPCR)检测方法,根据国内MAP流行菌株特异性插入序列IS900设计1对特异性引物和探针,构建重组阳性质粒用作建立qPCR的模板,优化反应体系和条件,验证该方法的特异性、敏感性和重复性。结果显示,该方法最低检测限为5拷贝/μL;重复试验中批内和批间变异系数均小于4%;与牛传染性鼻气管炎病毒、牛副流感病毒3型、牛轮状病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛支原体、肺炎克雷伯菌和曼氏杆菌等病原检测无交叉反应,能特异性检出MAP。应用建立的qPCR开展了内蒙古自治区6个市的MAP临床样品检测和流行情况分析,结果显示MAP平均阳性率为0.85%(6/704)。结果表明,成功建立了MAP的实时荧光定量PCR检测方法,可用于临床中MAP的监测和调查,为MAP疾病诊断与监控提供了快捷的方法。

鸡圆环病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

为快速准确检测鸡圆环病毒(CCV),试验根据CCV Rep基因设计特异性引物,以CCV阳性病料提取的DNA为模板进行PCR扩增,构建CCV重组质粒,建立检测CCV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。结果显示:试验建立的方法对2.87×10^(8)~2.87×10^(1)copies/μL浓度范围的CCV重组质粒标准品呈现良好的线性关系,相关系数(R^(2))为0.9936,灵敏度比常规PCR高100倍;该方法对鸡传染性贫血病毒、新城疫病毒、传染性支气管炎病毒等常见鸡病毒性病原以及多杀性巴氏杆菌、禽致病性大肠杆菌、鸡白痢沙门氏菌无特异性扩增,批内和批间变异系数均不超过1%;该方法对60份疑似CCV感染临床样品检测结果显示,CCV阳性检出率(16.67%)高于常规PCR。上述结果表明,研究建立的CCV SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,检出限为2.87×10^(1)copies/μL,可以用于CCV的快速定量检测。

建立检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2的mRNA相对表达水平的RT-qPCR方法

目的本研究旨在建立一种实时荧光定量PCR方法,用于检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2(adenosine triphosphate-binding cassette transporter protein G2,ABCG2)mRNA的基因转录水平。方法使用NCBI上GenBank数据库猕猴(Macaca mulatta)的ABCG2核苷酸序列号NM_001032919.1及内参GAPDH核苷酸序列号NM_001195426.1,借助Primer premier 5.0软件设计PCR引物。提取猕猴新鲜肾组织的总RNA,并反转录合成cDNA。接着,利用PCR引物进行实时荧光定量PCR扩增,并根据反应体系中荧光的变化情况定量分析ABCG2的mRNA相对表达水平。结果PCR产物测序结果显示,扩增的ABCG2和GAPDH核苷酸序列与NCBI上猕猴的序列同源性分别为90.91%和91.14%。ABCG2和GAPDH的扩增效率均达到80%~120%,实时荧光定量PCR标准曲线的熔解曲线为单峰,R2接近1。结论本研究建立的检测猕猴ABCG2 mRNA实时荧光定量检测方法,为研究高尿酸血症的发病机制以及新药开发奠定基础。

实时荧光定量PCR与细胞培养法在流感病毒检测中的比较

目的探讨实时荧光定量PCR与细胞培养法在流感病毒检测中的应用效果。方法将我中心流感高峰季节接收的流感样病例样本726例分别采用实时荧光定量PCR和细胞培养检测方法进行检测,分析2种检测方法的阳性检出率和实时荧光定量PCR方法的灵敏度和特异度。结果726例流感样病例样本中,细胞培养阳性89例,阳性率12.26%;实时荧光定量PCR阳性189例,阳性率26.03%。以细胞培养法为金标准,计算实时荧光定量PCR检测法灵敏度为91.01%,特异度为83.05%。结论实时荧光定量PCR具有灵敏度高、检出速度快等特点,可广泛应用于临床诊断、常规监测以及流感疫情应急检测等。

兔源F型多杀性巴氏杆菌荧光定量PCR检测方法的建立

为建立特异性强且敏感性高的兔源F型多杀性巴氏杆菌(Pm)快速检测方法,本实验根据F型Pm fcbD基因的保守序列设计特异性引物和探针,经反应条件优化,建立了检测兔源F型Pm的荧光定量PCR方法。利用该方法检测兔源F型Pm、兔源A和D型Pm、支气管败血波氏杆菌、肺炎克雷伯菌、大肠杆菌、魏氏梭菌和金黄色葡萄球菌等临床常见兔源病原菌,结果显示,该方法仅对兔源F型Pm检测为阳性,其余病原菌均为阴性,特异性强。利用该方法分别检测10倍倍比稀释(1×10^(8)拷贝/μL~1×10^(0)拷贝/μL)的兔源F型Pm基因组DNA,进行敏感性试验,结果显示该方法的检测限为10拷贝/μL,敏感性分别是已报导的双重PCR方法和环介导等温扩增方法的100倍和10倍,敏感性高。利用该方法对不同稀释度的质粒标准品进行批内和批间重复性试验,结果显示,批内和批间变异系数均小于3%,重复性好。利用该方法检测64份已知结果的临床样品,结果显示该方法的检测结果与已报导的双重PCR方法和环介导等温扩增方法检测结果的符合率均为100%,准确性高。本研究首次以fcbD为靶基因建立兔源F型Pm的荧光定量PCR检测方法,为兔源F型Pm的检测提供了有力的技术手段。

猪源盖塔病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

猪盖塔病毒感染是由盖塔病毒(GETV)引起母猪妊娠初期胎儿死亡、初生仔猪发病的一种繁殖障碍性疾病。猪是自然界中GETV的主要扩增宿主,可以产生足够高的病毒血症滴度来感染叮咬的蚊子并维持GETV的传播周期,所以定期对猪群进行GETV监测对于预防潜在的GETV暴发具有重要意义。本研究通过分析GETV E2蛋白基因特征,设计特异性引物和探针,条件优化后建立检测GETV感染的TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果表明:以阳性质粒为标准品建立的标准曲线在1×10^(2)~1×10^(7)copies/μL内呈现良好的线性关系,扩增效率为1.61;该检测方法的最低检出限低至3.16 TCID50/mL,远远低于普通PCR的检测限3.16×10^(3)TCID50/mL;组内、组间重复性试验的变异系数均小于2%,具有良好的重复性和稳定性。本研究建立的方法能够快速有效的检测和定量GETV,为猪群中GETV监测提供可靠的检测方法。

鹅星状病毒Ⅰ型荧光定量PCR检测方法的建立及应用

本研究根据鹅Ⅰ型星状病毒(GAstV-1)的保守基因序列设计一对特异性引物和探针,建立并优化荧光定量PCR检测方法,并分别进行了特异性、敏感性、重复性进行了试验,且采用田间样品进行验证。结果显示,本研究建立的检测方法与新城疫病毒(NDV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、禽流感病毒AIV(H9N2)、鹅细小病毒(GPV)、鹅圆环病毒(GoCV)、水禽大肠杆菌(E.coli)、鸭疫里默氏杆菌(RA)均无交叉反应;对重组质粒标准品的检测限为1.0×10^(1)copies/μL,组内和组间的变异系数均≤1.00%。13份田间临床样品检测结果显示,本研究建立的荧光定量PCR法阳性检出率为100%。由此可见,本研究建立的GAstV-1荧光定量PCR特异性强、灵敏度高、重复性好,为鹅星状病毒的检测和监测提供了有效的技术手段方法。

基于P72、MGF和CD2v基因的非洲猪瘟三重荧光定量PCR检测方法的建立

非洲猪瘟在临床上出现多种毒株,主要分为野毒株和基因变异毒株。因其在临床上造成不同程度的危害,有必要建立一种方法进行正确诊断和健康监测。为实现野毒株和基因变异毒株的鉴别诊断,研究根据GenBank中的ASFV中国流行株(登录号:MK333180.1)的P72、CD2v、MGF基因保守序列设计引物,建立一种可以同时检测上述三种基因的三重荧光定量PCR方法。三重荧光定量PCR方法对猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒2型(PRV)和猪圆环病毒(PCV2)检测均无交叉反应,表现出较强的特异性。敏感性检测显示针对P72、CD2v和MGF重组质粒标准品的最低检测下限为103~102 copies/mL。在重复性试验中,大部分组间变异系数均小于2%或接近2%,具有较好的重复性。试验表明,三重荧光定量PCR方法可用来鉴别野毒株和基因变异毒株。

实时定量PCR和细胞培养及金标法检测不孕妇女沙眼衣原体

目的检测106例不孕妇女宫颈分泌物中沙眼衣原体(Ct)的感染状况。方法应用荧光定量PCR法、细胞培养法和金标法检测并比较分析。结果荧光定量PCR法检出Ct阳性53例(50%),细胞培养法检出45例(42.5%),金标法检出25例(23.6%),荧光定量PCR法和细胞培养法检出的阳性率明显高于金标法(P<0.005)。结论荧光定量PCR法在检测沙眼衣原体时较细胞培养法和金标法快速、敏感,是早期检测生殖道Ct感染的最有效方法之一。

牛传染性鼻气管炎病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立与初步应用

为了建立牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)的快速定量检测方法,本研究针对IBRV基因组gD序列保守区域设计特异性扩增引物,扩增的目的片段大小为105 bp,将其克隆至pMD18-T载体,构建重组质粒标准品pMD-gD-IBRV,优化反应体系后,建立了快速检测IBRV的SYBR Green I荧光定量PCR方法。该方法特异性较强,与牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛副流感病毒3型(BPIV3)、牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)均无交叉反应;敏感性试验结果显示,该方法敏感性高,对重组质粒标准品的最低检出限达4.8×10^(0)copies/μL,高于常规PCR方法;批内、批间重复性试验的变异系数均小于2%,表明该方法重复性良好;该方法检测的样本阳性率高于常规PCR方法,利用该方法检测牛场送检的106份临床样品,结果显示IBRV的阳性率为36.7%,常规PCR检测方法检测显示阳性率为33.0%,二者符合率为96.2%,表明该方法更适用于临床样品检测。本研究建立的IBRV的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好、快速高效,对于IBRV的检测和流行病学调查具有重要意义。

犬瘟热病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据犬瘟热病毒N基因序列的保守区域,设计合成特异性引物,制备标准质粒,通过优化实时荧光定量PCR反应条件建立标准曲线,进行灵敏度、组内组间重复性、特异性试验。结果表明,该方法最低检出限度为2.77个拷贝,重复性、特异性良好,说明所建立的荧光定量PCR方法能够快速准确完成犬瘟热病毒检测。

圆圈病毒3型TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立一种检测圆圈病毒3型(Gyrovirus 3,GyV3)的TaqMan荧光定量PCR方法,为GyV3提供快速便捷的检测技术手段。【方法】根据NCBI数据库中GyV3 VP2基因保守区序列,设计一对特异性检测引物和一条标记FAM荧光基团的探针,经过条件优化,建立用于检测GyV3的TaqMan实时荧光定量PCR快速检测方法,并进行特异性、敏感性、重复性以及模拟样品的检测试验。【结果】该方法灵敏性高,最低检测限度为1.585 copies·μL^(−1);特异性强,对其他常见禽病原不发生非特异性反应;重复性好,批内和批间变异系数均小于1%;对鸡肝脏组织DNA加入重组质粒制备的模拟样品同时进行TaqMan荧光定量PCR与SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测,均扩增出与预期相符的扩增曲线。【结论】首次建立用于检测GyV3的TaqMan实时荧光定量PCR快速检测方法,具有灵敏性高、特异性强、重复性好等优点,为GyV3的诊断和流行病学调查提供了技术支持。