用生物信息学方法预测2型猪链球菌98HAH33细胞壁结合蛋白

目的为预测已公布基因组序列的2型猪链球菌(SS2)98HAH33株的细胞壁结合蛋白,以研究它们在SS2致病过程中的作用。方法首先从GenBank获取由SS28HAH33基因组推测蛋白质氨基酸序列,然后根据分选酶底物的结构特征,采用"三部分模式"法鉴别分选酶底物;采用手动方法寻找在具有I型信号肽的蛋白质中具有LysM域、WxL域、胆碱结合域、GW域或S层同源域的蛋白质;利用InterProScan和BlastP服务器,对鉴定的蛋白质进行功能分析。结果共预测出9种分选酶底物,2种具有LysM域的蛋白。YP_001201232、YP_001201531和YP_001201656等3种已证实位于SS2菌体表面;其中YP_001201232为已知毒力因子OSF。另外4种蛋白质的功能分析表明,YP_001201484为糖苷酶,YP_001201544为枯草杆菌素样丝氨酸酶,YP_001199825和YP_001199755可能结合H因子,可能为新的毒力因子。YP_001200959、和YP_001201233等2种功能未知。结论提示SS2的多数分选酶底物可能为SS2的毒力因子,与致病过程相关。