基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COI)序列的猪和兔四个疥螨分离株的系统发育关系分析

为了探讨兔疥螨分离株和猪疥螨分离株的分类地位,采用PCR技术首次扩增了分离自中国猪和兔的4个疥螨分离株的线粒体细胞色素氧化酶I(COI)基因,并与GenBank中注册的14个国外疥螨分离株的同源基因进行了比较。序列分析结果显示:扩增的4个疥螨株COI基因长度均为1427bp,序列间无插入、缺失,A+T含量(73%)明显高于G+C含量(27%),碱基组成存在明显偏移。猪和兔的4个疥螨分离株间的COI基因同源性较高(99.1%～100.0%),它们与澳大利亚人疥螨株、国外动物疥螨株的同源性范围为98.4%～99.6%。在构建的NJ树中,分离自中国猪和兔的4个疥螨分离株同澳大利亚人疥螨分离株、国外动物疥螨分离株亲缘关系较近。根据疥螨COI基因同源性分析和系统树构建结果,我们认为分离自中国猪和兔的4个疥螨分离株与澳大利亚人疥螨分离株以及国外的动物疥螨分离株均应属于同一个种。

宁夏部分地区不同蚊种细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因序列分析

目的了解宁夏部分地区蚊虫种类组成和不同蚊种细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因特征和蚊虫分子系统进化关系。方法对宁夏银川市、石嘴山市、吴忠市和青铜峡市的三带喙库蚊、里海伊蚊、淡色库蚊和八代按蚊4种蚊种COI基因序列进行扩增、测序,在Gen Bank中对所测序列进行相似性比对,分析基因特征、颠换率、遗传距离,利用Mega 7.0软件构建分子系统树。结果本研究中相似性比对结果,其他蚊虫分别与其同种蚊虫的相似性均达到94%~99%,COI基因序列扩增长度为417 bp左右,GC含量为29.4%~31.5%,种间颠换率为5.80%~13.81%,种间遗传距离为0.121~0.160。结论 COI基因具有种间特异性,可作为不同蚊种分类鉴别的参考依据。

基于部分线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(mtCOI)DNA序列的6种蝙蝠(翼手目:蝙蝠科)的分子系统进化关系

对贵州5种蝙蝠科蝙蝠的部分线粒体细胞色素氧化酶亚基ⅠDNA序列进行了测定,并结合从Genbank获得的爪哇伏翼的相应序列,以Pteropus dasymallus,P.scapulatus,Rousettus aegyptiacus为外群,运用贝叶斯法(Bayes-ian),最大似然法(Maximum Likelihood,ML)分析了这6种蝙蝠科蝙蝠的分子系统进化关系。结果表明:在贝叶斯,ML树中,这6种蝙蝠科的蝙蝠可分为3个分支:亚洲长翼蝠是第1个独立出来的分支;白腹管鼻蝠是继亚洲长翼蝠之后第2个分离出来的分支;第3个分支又分为两支,一支由大鼠耳蝠和小鼠耳蝠组成,另一支由南蝠和爪哇伏翼组成,支持将这4种蝙蝠同归于蝙蝠亚科的结论,从一定程度上否定了鼠耳蝠属和管鼻蝠亚科之间的姐妹类群关系,也不支持将鼠耳属提升为亚科。

单只轮虫DNA提取及其细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基部分序列测定

通过调整试剂剂量及实验条件与步骤 ,利用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒可以稳定、快捷地提取单只轮虫的DNA。以提取的DNA为模板 ,利用COⅠ通用引物 ,扩增并测定了萼花臂尾轮虫 (Brachionuscalyci florus)COⅠ部分基因的序列。与褶皱臂尾轮虫 (B plicatilis)COⅠ基因序列比较结果表明 ,此片断确为轮虫COⅠ基因片断 。

缺氧对大鼠大脑皮质细胞色素氧化酶亚基Ⅰ、Ⅳ表达协同性的影响

本文探讨缺氧对细胞色素氧化酶 (cytochromeoxidase ,COX ,即complexⅣ )的mtDNA和nDNA编码亚基Ⅰ、Ⅳ表达及其协同性的影响。实验用成年雄性Wistar大鼠随机分为对照组、缺氧 2、5、15和 3 0d组。缺氧大鼠于低压舱内模拟海拔 5 0 0 0m连续减压。对照组大鼠于舱外同时喂养 (舱外海拔高度为 3 0 0m)。用半定量逆转录 PCR法测定大脑皮质COXⅠ、ⅣmRNA量 ,用Westernblot分析大脑皮质线粒体COXⅠ、Ⅳ蛋白量 ,以两个亚基的蛋白量、mRNA量的比值反映亚基表达的协同性。结果显示 ,缺氧 2、5d ,COXⅠmRNA增加 ,缺氧 15、3 0d时下降至对照水平。缺氧 2、5和 15d时 ,COXⅣmRNA显著增加 ,缺氧 3 0d时降低 ,与对照组差异非常显著。COXⅣ、ⅠmRNA比值在缺氧 15d时最高 ,其它各缺氧组与对照组的差异无显著意义。各组COXⅠ、Ⅳ蛋白量及其比值均无显著差异。上述结果表明 ,缺氧可影响COXⅠ、ⅣmRNA的表达及其协同性 ,但对蛋白的表达及其协同性没有显著影响 ,提示转录后调节是缺氧过程中线粒体内COXⅠ。

基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究

对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4%—67.8%)明显高于G+C含量。物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个。以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的。COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记。

不同地理株旋毛虫细胞色素氧化酶Ⅰ基因多态性的PCR-单链构象多态性分析

目的:观察不同地理株旋毛虫细胞色素氧化酶Ⅰ(COXⅠ)基因片段的多态性。方法:根据旋毛虫mtD-NACOXⅠ设计引物,应用PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对我国7个猪源旋毛虫(Trichinella spiralis,T1)地理株(河南、湖北、云南、西安、天津、黑龙江同江及哈尔滨株)与1个波兰猪源旋毛虫(T1,编号ISS3)地理株进行COXⅠ基因片段多态性进行分析。结果:我国7个猪源旋毛虫地理株与波兰地理株COXⅠ基因均扩增出约400bp的片段,PCR扩增产物经SSCP检测发现有3种基因型(AA、AB和BB),波兰地理株为AA型,黑龙江同江、哈尔滨、西安、云南、湖北及河南株均为AB型,天津株为BB型,其中以AB基因型频率最高(0.75),AA与BB基因型均为0.125;A和B等位基因频率均为0.5;旋毛虫不同地理株COXⅠ基因的多态性信息含量为0.375,为中度多态性。结论:8个不同地理株猪源旋毛虫的COXⅠ基因为中度多态性。

6种鼠类细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因的分子进化分析

目的了解无锡市鼠类细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因的特征和鼠类分子系统进化关系。方法对褐家鼠、黄胸鼠、小家鼠、黑线姬鼠、社鼠、白腹巨鼠的COI基因进行了扩增测序,分析了基因特征、颠换率、遗传距离,在Gen Bank中对序列进行相似性比对,利用MEGA4.1构建分子系统树。结果 6种鼠类的COI基因序列扩增长度为706~724 bp,GC含量为40.3%~42.0%;种内颠换率为0.00%~2.17%,遗传距离为0.000~0.023;种间颠换率为8.82%~15.02%,遗传距离为0.099~0.193;每种鼠类为单系群的支持值都为100。结论鼠类的COI基因具有种属特异性,可以用于鼠类的分类鉴别。

基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ序列的DNA微条形码技术鉴别11种生鲜肉制品掺假的研究

建立并优化了基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)序列的DNA微条形码(DNA mini-barcoding)技术,以检测生鲜肉制品中11种常见肉类的掺假情况。样品经真空冷冻干燥处理、提取DNA后,采用通用引物进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增,目标条带扩增产物经切胶、回收、纯化后,进行克隆测序,并将测序结果提交到GenBank数据库(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)中进行Blast比对,筛选出适合猪肉、牛肉、羊肉、鸡肉、鸭肉、鸽子肉、马肉、驴肉、鹅肉、兔肉、鼠肉等11种肉类扩增的通用引物COⅠ-A,并对PCR扩增条件进行优化,建立18个掺假模型,以对低经济价值肉类的最低掺入比例进行考察验证。结果表明:11种肉类的PCR扩增效率均为100%。在这18个掺假模型中,牛肉和羊肉中掺入6种低经济价值肉类(猪肉、鸡肉、鸭肉、马肉、驴肉、鼠肉)的最低检出比例均为5%,而在鹅肉、鸽子肉和兔肉中其最低检出比例为10%。本方法前处理简单,灵敏度高,重现性好,可作为高经济价值生鲜肉制品中掺假低经济价值肉类的有效检测方法。

高氧对早产大鼠肺组织细胞色素氧化酶亚基Ⅰ表达的影响

目的探讨85%高体积浓度氧暴露对早产新生大鼠肺组织中线粒体DNA编码细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COXⅠ)动态表达的影响。方法早产SD大鼠生后d2随机分为空气组、高氧组。高氧组持续暴露于85%氧气中,空气组置于同一室内常压空气中。两组分别于暴露满1、4、7、10和14 d时,提取肺组织RNA,采用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)测定COXⅠmRNA表达;采用免疫组织化学、免疫印迹(Western-blot)法检测COXⅠ蛋白表达。结果1.与空气组相比,高氧d1和d4 COXⅠmRNA的表达显著增强(P<0.05,0.01),其后开始下降,d7时两者无显著性差异(P>0.05),d10时较空气组显著降低(P<0.01),d14时又增高(P<0.01)。2.COXⅠ蛋白水平表达,与空气组相比,高氧d1和d4时,COXⅠ表达显著增强(P<0.01,0.05),d7时两者无显著性差异(P>0.05),其后开始下降,d10和d14时较空气组显著降低(P<0.01,0.05)。结论85%高体积浓度氧暴露诱导早产新生大鼠线粒体DNA编码COXⅠ异常表达,这种变化可能参与高氧肺损伤的发生。

基于细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因的动物分子系统学概述

DNA分子作为动物分类标记不受形态特征、发育阶段及环境等因素影响。线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因进化速率适中，作为动物分子系统学研究的分子标记十分理想。目前，该基因在动物系统发育关系重建、种群遗传变异和分化、行为起源与进化、近缘种或种下分类单元的鉴定、生物地理与系统发育的关系以及DNA条形码等领域的应用研究正在逐步深入。

桑天牛线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因的PCR反应体系优化

建立一整套适用于研究桑天牛线粒体细胞色素氧化酶I(mtDNA CO I)基因的PCR反应体系,研究不同地理分布的桑天牛遗传多样性。通过L_(16)(4~5)正交组合试验和单因素梯度试验对缓冲液(Mg^(2+))、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓度和退火温度、循环次数等影响PCR扩增的重要因素进行优化。试验结果表明,50μL反应体系及反应程序中各因素优化组合为:缓冲液(含Mg^(2+))0.9mmol/L,dNTP 0.15mmol/L,随机引物0.44μnol/L,TaqDNA聚合酶3.0U,模板DNA75ng;退火温度47℃,循环次数35次。

益气活血中药复方对CVB_3大鼠心肌细胞感染模型细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ表达的影响

目的:研究益气活血中药复方调控CVB3大鼠心肌细胞感染模型细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochromeC oxidase subunitⅠ)及细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ(cytochrome C oxidase subunitⅡ)表达的作用机制。方法:本实验用Wistar大鼠心肌细胞建立柯萨奇病毒B3(CVB3)感染模型,通过改良的抑制性消减杂交技术(SSH),克隆受CVB3攻击的宿主细胞中被中药(益气活血中药复方)调控的基因。结果:细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ在中药组中呈高表达,病毒组中表达减弱或被抑制。结论:益气活血中药复方能够影响受CVB3攻击的宿主细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ、Ⅱ的表达,有效保护心肌,阻断病程进度,实现治疗病毒性心肌炎的目的。

日本血吸虫线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的克隆与初步分析

目的:了解日本血吸虫湖北株细胞色素C氧化酶亚基(mt co)基因的生物学特性.方法:以日本血吸虫湖北株成虫基因组总DNA为模板,设计特异性引物应用降落PCR扩增、纯化基因片段后连接、转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆、测序并与NCBI数据库中的核酸序列进行同源性比对分析,利用蛋白质分析软件分析该序列编码蛋白的相关生物学特性.结果:克隆序列的结果表明co基因全长1 581 bp,编码526个氨基酸;编码蛋白的等电点为6.28,相对分子量为59 KDα,具有一个细胞色素C氧化酶亚基的核心保守结构域.结论:日本血吸虫湖北株co基因与其他地理株具有较高的同源性.

基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ序列位点特异性聚合酶链反应鉴别鹿茸及其伪品

目的:基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)序列建立一种新的PCR鉴定方法,以快速鉴别出梅花鹿、马鹿茸片与驯鹿茸片。方法:采集不同来源的鹿茸片共60批。通过比较梅花鹿、马鹿与驯鹿等其他伪品的COⅠ基因序列差异,根据SNP鉴别位点设计梅花鹿茸、马鹿茸同驯鹿茸的鉴别引物Cne-F、Rt-F、Co-R,并对影响聚合酶链反应(PCR)结果的主要因素变性时间、退火温度、退火时间、延伸时间等进行方法学考察和优化。结果:该实验构建的双位点特异PCR鉴别体系,基于COⅠ的鉴别位点,可通过PCR扩增获得294 bp的梅花鹿、马鹿特异片段,而产生514 bp的驯鹿特异片段,伪品及阴性对照无条带。结论:该实验建立对梅花鹿、马鹿及驯鹿等其他伪品鹿茸的PCR鉴别方法简便、可靠。

基于线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ基因序列的细胞种属鉴别及细胞交叉污染分析

目的建立一种快速、简便、敏感和特异的基于线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome C oxidase subunit I,CoI)基因序列的细胞基质检测方法,用于细胞种属鉴别和不同种属间的细胞交叉污染分析。方法①提取非洲绿猴肾细胞(Vero细胞)、狗肾细胞(MDCK细胞)和牛肾细胞(MDBK细胞)基因组DNA,以PCR扩增相应细胞的线粒体CoI基因保守区的基因条码序列,将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测其基因片段的大小,并与文献报道的来源于ATCC相应细胞系线粒体CoI基因保守区的基因条码序列片段大小进行对比,以确定细胞的种属类别;②用Vero细胞、MDCK细胞和MDBK细胞的线粒体CoI基因保守区的基因的特异性引物分别与相应细胞和其他不同种属的细胞的基因组DNA进行PCR扩增,检测方法的特异性;用不同浓度的细胞基因组DNA与相应细胞的线粒体CoI基因保守区的基因的特异性引物进行PCR扩增,检测方法的灵敏度;③以不同种属细胞的线粒体CoI基因保守区的基因的特异性引物分别与多种细胞混合液提取的细胞基因组DNA进行PCR扩增,检测细胞间的交叉污染。结果 Vero细胞、MDCK细胞及MDBK细胞线粒体CoI基因保守序列中的基因条码序列片段大小,与来源于ATCC相应细胞系线粒体CoI基因保守序列中的基因条码序列片段大小相符。该方法具备较好的特异性,检测灵敏度为1.0 ng/μL,不同种属间细胞的交叉污染可被检出。结论该方法可有效地判断细胞的种属来源,亦可用于不同种属间细胞交叉污染的分析。

血吸虫细胞色素C氧化酶亚基I基因的克隆与近缘种属关系分析

从生物化学的角度比较血吸虫不同虫株的遗传进化差异.以日本血吸虫湖北株成虫基因组总DNA为模板,设计特异性引物扩增获取血吸虫线粒体细胞色素C氧化酶基因片段,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆,测序,对克隆得到的coⅠ基因作进化分析.结果表明:无论是在核苷酸序列还是在氨基酸序列上,日本血吸虫湖北株与其近地域株(云南、江苏、湖南)均具有较高的同源性,coⅠ基因的相似性分别为98%、98%和97%,但与不同种属血吸虫(曼氏、湄公、埃及、马来)的一致性则较低,分别为76%、84%、76%、85%,由此证实日本血吸虫湖北株与其它近地域株具有较近的亲缘关系.

基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因探讨云南省家鼠鼠疫疫源地黄胸鼠的遗传特性

目的对云南省家鼠鼠疫疫源地的黄胸鼠细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的序列进行分析,探讨云南省不同地理种群黄胸鼠的遗传特性。方法2016-2019年对在大理白族自治州(大理州)、保山市、德宏傣族景颇族自治州(德宏州)、临沧市、玉溪市、文山壮族苗族自治州(文山州)和西双版纳傣族自治州(西双版纳州)7个地区捕获的黄胸鼠408份肝、脾标本进行基因组DNA提取。应用PCR技术扩增COⅠ基因,通过生物信息学分析软件开展COⅠ基因序列的核苷酸、单倍型分析,采用邻接法构建分子系统发育树,并作群体分子方差分析(AMOVA)、基因流、遗传分化指数(F_(st))的计算。结果共成功扩增云南省7个地区黄胸鼠种群408份肝、脾标本的COⅠ基因序列,分析结果显示,在639 bp的COⅠ基因序列中,碱基T、C、A、G的平均含量分别为29.67%、25.67%、27.67%和16.99%,黄胸鼠种群COⅠ基因的碱基含量A+T高于C+G。7个种群共定义了23个单倍型,单倍型多样性为0.433~0.846,核苷酸多样性为0.00282~0.01973,各种群整体的单倍型多样性排序由高到低分别为德宏州>玉溪市>保山市>文山州>西双版纳州>临沧市>大理州,核苷酸多样性较高的为文山州、德宏州和玉溪市种群。分子系统发育分析显示,7个种群单倍型共分成3个大支;单倍型网络关系图显示,不同地理种群的单倍型交叉混杂分布;群体F_(st)分析表明,除保山市与西双版纳州、临沧市、文山州,西双版纳州与临沧市、文山州,临沧市与文山州种群间外,其余各地理种群间遗传差异均有统计学意义(均P<0.05);基因流数据显示,玉溪市与大理州、保山市、西双版纳州种群出现了一定程度的遗传分化,其他种群间基因交流缺乏。AMOVA分析结果表明,7个黄胸鼠种群的遗传变异主要来自种群内,种群间的变异程度较低。结论7个地区的黄胸鼠种群表现出丰富的遗传多样性,部分地理种群间出现遗传分化,研究为黄胸鼠的分子生态学研究提供了参考依据。

基于形态学和线粒体COI基因分子标记的安西自然保护区普氏野马马胃蝇幼虫鉴定分析

马胃蝇Gasterophilus spp.是马科动物体内常见的一类寄生虫,目前全世界报道了9种马胃蝇。马胃蝇不同物种具有明显的地域分布特征,不同地区感染马胃蝇的物种组成结构差异明显。为了探究甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区内普氏野马Equus ferus感染马胃蝇幼虫的物种组成,2021年对保护区内的野马进行了驱虫保健,并解剖死亡个体,采获马胃蝇幼虫875只;利用体视解剖镜对特征明显的三龄幼虫进行了形态学观察及鉴别,根据三龄幼虫领部棘刺,以及各体节棘刺形态、口脊骨页部形态平滑、伪头小刺结构清晰等特征,明确了三龄幼虫均为黑腹胃蝇Gasterophilus pecorum;对于形态难以鉴定的一、二龄幼虫,采取了扩增其线粒体细胞色素氧化酶亚基(COI)基因并与GenBank数据库中马胃蝇属序列对比的分子鉴定方法,经过比对分析,确认一、二龄幼虫均与黑腹胃蝇序列聚为一支,且与黑腹胃蝇遗传距离最近。综上,确认甘肃安西极旱荒漠国家级自然保护区马胃蝇种类均为黑腹胃蝇。

渤海湾7种虾虎鱼科鱼类COI基因序列特征及分子分类研究

为获得渤海湾天津海域常见虾虎鱼线粒体条形码序列及系统分类信息,采集渤海湾7种虾虎鱼样本,通过形态初步鉴定物种,并提取DNA进行线粒体COI基因部分序列扩增测序,用系统进化分析及分子鉴定软件MEGA对渤海湾常见12种虾虎鱼COI基因部分片断进行序列特征分析及分子分类分析。扩增得到7种虾虎鱼COI基因片断,分析得到其平均GC含量低于AT含量,碱基在密码子位置分布中具有偏向性,且GC含量最高为第2位碱基,与多种鱼类COI基因碱基特点相似。基因密码子碱基变异率为19.4%,转换颠换比为1.3。遗传距离分析及系统进化树分析理清了渤海湾天津海域12种主要虾虎鱼的系统分类及进化关系。遗传距离显示,矛尾刺虾虎鱼(Amblychaeturichthys hexanema)和斑尾复虾虎鱼(Synechogobius ommaturus)为同种鱼。虾虎鱼COI编码基因密码子高变异率可能与其良好的环境适应性有关。