建立一整套适用于研究桑天牛线粒体细胞色素氧化酶I(mtDNA CO I)基因的PCR反应体系,研究不同地理分布的桑天牛遗传多样性。通过L_(16)(4~5)正交组合试验和单因素梯度试验对缓冲液(Mg^(2+))、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓...建立一整套适用于研究桑天牛线粒体细胞色素氧化酶I(mtDNA CO I)基因的PCR反应体系,研究不同地理分布的桑天牛遗传多样性。通过L_(16)(4~5)正交组合试验和单因素梯度试验对缓冲液(Mg^(2+))、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓度和退火温度、循环次数等影响PCR扩增的重要因素进行优化。试验结果表明,50μL反应体系及反应程序中各因素优化组合为:缓冲液(含Mg^(2+))0.9mmol/L,dNTP 0.15mmol/L,随机引物0.44μnol/L,TaqDNA聚合酶3.0U,模板DNA75ng;退火温度47℃,循环次数35次。展开更多
目的了解山东省济宁市三带喙库蚊适应不同环境生态的遗传基础,为其种群结构或隔离模式研究提供参考。方法2023年6—8月,选择山东省济宁市城市、城郊及农村地区的7个采样点,采用诱蚊灯法采集蚊虫。对所采集的成蚊进行形态学鉴定,提取单...目的了解山东省济宁市三带喙库蚊适应不同环境生态的遗传基础,为其种群结构或隔离模式研究提供参考。方法2023年6—8月,选择山东省济宁市城市、城郊及农村地区的7个采样点,采用诱蚊灯法采集蚊虫。对所采集的成蚊进行形态学鉴定,提取单只三带喙库蚊雌蚊基因组DNA,采用PCR法对细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome C oxidaseⅠ,COI)基因进行扩增、测序,并进行分子鉴定。使用DnaSP 6软件统计不同地区三带喙库蚊DNA序列的单倍型数量、单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)、序列间核苷酸差异的平均数量(average number of nucleotide differences,K)等指标,并进行中性检验。使用Arlequin 3.5.2软件计算种群固定指数(fixation index,FST)、基因流(number of migrants,Nm),并进行分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)。使用PopART和MEGA 11软件分别绘制种群单倍型网络图和系统进化树。结果从济宁市7个采样点采集的三带喙库蚊样本COI基因中成功扩增出420条序列,获得长度为603 bp的基因片段序列,其中有55个可变位点和46个单倍型,无插入和缺失突变。46个单倍型中,H01为优势共享单倍型,单倍型频率从城市地区(34.00%)向农村地区(47.00%)递增。城郊、城市、农村地区三带喙库蚊COI基因平均Hd、Pi值和K值分别为0.814、0.024、14.129,0.489、0.016、7.941和0.641、0.016、10.393;城郊地区三带喙库蚊种群多样性最高,城市地区种群多样性最低。不同类型采样点之间的配对FST分析表明,城市地区与城郊地区FST平均值为0.029,其种群间交流更为频繁。AMOVA分析结果表明,济宁市三带喙库蚊群体内变异百分比(95.74%)高于群体间变异(4.26%)。中性检验结果表明,7个采样点中仅南阳镇采集的三带喙库蚊种群偏离中性(Tajima's D=2.793,Fu's Fs=6.429,P均<0.05)。济宁市三带喙库蚊COI基因错配分布图曲线呈双峰或多峰,表明种群整体数量相对较稳定。结论线粒体COI基因可作为研究三带喙库蚊种群遗传多样性的分子标志。济宁市城郊地区三带喙库蚊种群遗传多样性高于农村和城市地区,城市和城郊地区三带喙库蚊种群间频繁发生遗传交换。展开更多
基金ThisworkwassupportedbytheNationalNaturalScienceFoundationofChina (No 30 0 70 2 90 )andagrantfromtheTenth Five YearProgramoftheChinesePeople'sLiberationArmy (No 0 1MB10 9)
文摘建立一整套适用于研究桑天牛线粒体细胞色素氧化酶I(mtDNA CO I)基因的PCR反应体系,研究不同地理分布的桑天牛遗传多样性。通过L_(16)(4~5)正交组合试验和单因素梯度试验对缓冲液(Mg^(2+))、dNTP、随机引物、TaqDNA聚合酶、模板DNA的浓度和退火温度、循环次数等影响PCR扩增的重要因素进行优化。试验结果表明,50μL反应体系及反应程序中各因素优化组合为:缓冲液(含Mg^(2+))0.9mmol/L,dNTP 0.15mmol/L,随机引物0.44μnol/L,TaqDNA聚合酶3.0U,模板DNA75ng;退火温度47℃,循环次数35次。
文摘目的了解山东省济宁市三带喙库蚊适应不同环境生态的遗传基础,为其种群结构或隔离模式研究提供参考。方法2023年6—8月,选择山东省济宁市城市、城郊及农村地区的7个采样点,采用诱蚊灯法采集蚊虫。对所采集的成蚊进行形态学鉴定,提取单只三带喙库蚊雌蚊基因组DNA,采用PCR法对细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome C oxidaseⅠ,COI)基因进行扩增、测序,并进行分子鉴定。使用DnaSP 6软件统计不同地区三带喙库蚊DNA序列的单倍型数量、单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)、序列间核苷酸差异的平均数量(average number of nucleotide differences,K)等指标,并进行中性检验。使用Arlequin 3.5.2软件计算种群固定指数(fixation index,FST)、基因流(number of migrants,Nm),并进行分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)。使用PopART和MEGA 11软件分别绘制种群单倍型网络图和系统进化树。结果从济宁市7个采样点采集的三带喙库蚊样本COI基因中成功扩增出420条序列,获得长度为603 bp的基因片段序列,其中有55个可变位点和46个单倍型,无插入和缺失突变。46个单倍型中,H01为优势共享单倍型,单倍型频率从城市地区(34.00%)向农村地区(47.00%)递增。城郊、城市、农村地区三带喙库蚊COI基因平均Hd、Pi值和K值分别为0.814、0.024、14.129,0.489、0.016、7.941和0.641、0.016、10.393;城郊地区三带喙库蚊种群多样性最高,城市地区种群多样性最低。不同类型采样点之间的配对FST分析表明,城市地区与城郊地区FST平均值为0.029,其种群间交流更为频繁。AMOVA分析结果表明,济宁市三带喙库蚊群体内变异百分比(95.74%)高于群体间变异(4.26%)。中性检验结果表明,7个采样点中仅南阳镇采集的三带喙库蚊种群偏离中性(Tajima's D=2.793,Fu's Fs=6.429,P均<0.05)。济宁市三带喙库蚊COI基因错配分布图曲线呈双峰或多峰,表明种群整体数量相对较稳定。结论线粒体COI基因可作为研究三带喙库蚊种群遗传多样性的分子标志。济宁市城郊地区三带喙库蚊种群遗传多样性高于农村和城市地区,城市和城郊地区三带喙库蚊种群间频繁发生遗传交换。