基于mtDNA Cytb基因对甘肃4个马群体遗传多样性和系统发育的研究

为了研究甘肃境内部分马群体的遗传多样性、遗传结构和母系起源,试验采用DNA测序技术对甘肃4个马群体(岔口驿马49匹、河曲马20匹、山丹马30匹和肃南马34匹)共133个个体血样的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)中的细胞色素b(cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增,并对4个马群体的Cytb基因序列特征、遗传多样性、遗传距离、遗传分化与变异进行了分析,结合其他马群体的Cytb基因序列构建了系统发育树单位型网络关系图。结果表明:4个马群体Cytb基因序列全长1140 bp,A+T含量(54.6%)大于G+C含量(45.4%),共检测到46个多态位点,33种单倍型;总单倍型多样度为0.9332±0.0100,总核苷酸多样度为0.00385±0.00017,总平均核苷酸差异为4.3714,平均Tajima's D值和Fu's Fs值分别为-1.0352和-13.057;4个马群体间的遗传距离、遗传变异系数和基因流的范围分别为0.0035~0.0042,0.01923~0.09132,4.975~25.504;4个马群体内的遗传变异(94.54%)远大于其群体间的遗传变异(5.46%);4个马群体的33种单倍型分散于6个支系(A~F)中。说明甘肃4个马群体间亲缘关系较近,都具有较高的遗传多样性且均为多母系起源。

基于线粒体COⅠ和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响

为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响,利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b(Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示,在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.586~0.897,核苷酸多样性为0.0056~0.0081。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.605~0.909,核苷酸多样性为0.0077~0.0120。基于COⅠ和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明,绝大部分群体之间存在显著的遗传分化,并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流,使不同遗传背景的种群二次接触,导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性;而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。

基于mtDNA Cytb基因序列的新疆两个地方黄牛品种遗传多样性和系统发育研究

为了探讨新疆地方黄牛品种的遗传多样性和母系起源,试验以新疆2个地方黄牛品种(哈萨克牛72头和阿勒泰白头牛34头)为研究对象,利用PCR技术扩增其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因序列并进行多态位点、单倍型、核苷酸多样度(Pi)、单倍型多样度(Hd)及平均核苷酸差异(K)和中性检验分析,并与我国部分黄牛品种的mtDNA Cytb基因序列进行综合分析以探讨二者的母系起源。结果表明:哈萨克牛和阿勒泰白头牛Cytb基因序列全长为463 bp, A、T、C三种碱基含量均为32.3%、27.0%、 26.2%,G碱基含量分别为14.5%和14.6%;A+T含量均为59.3%,G+C含量分别为40.7%和40.8%,A+T含量高于G+C含量;共检测到19个多态位点,包含12个转换、4个颠换和3个颠换/转换,其中单一多态位点10个,简约信息位点9个,导致6个氨基酸发生错义突变;19个多态位点共定义了24种单倍型(即Hap-1~24),总单倍型多样度为0.701±0.046,总核苷酸多样度为0.003 45±0.000 46,平均核苷酸差异为1.598;72头哈萨克牛Cytb基因序列的单倍型多样度为0.674±0.059,核苷酸多样度为0.003 28±0.000 53,且中性检验结果不显著(0.050.10);哈萨克牛和阿勒泰白头牛的优势单倍型均为Hap-1、Hap-6、Hap-3,起源于德国普通牛和瘤牛两大混合母系,以德国普通牛血统为主。说明哈萨克牛和阿勒泰白头牛的遗传多样性较匮乏,且有两个共同的母系祖先。

东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因的定量检测

建立了检测东海原甲藻线粒体细胞色素b(Cytb)基因mRNA含量的实时荧光定量PCR方法。以甲藻Cytb基因的简并引物扩增得到984 bp长的东海原甲藻Cytb基因片段,经克隆、测序,制备并纯化质粒。以光度法测定质粒浓度并作为标准品。对上述基因片段,利用PRIMER EXPRESS 3.0设计引物,以梯度稀释的质粒标准品进行定量PCR反应,以SYBR Green I为荧光染料,制作标准曲线,得到基因拷贝数X与Ct值的关系为:Ct=-3.50 lgX+39.35(相关系数r为0.999)。通过对不同生长时期的东海原甲藻样品的Cytb基因mRNA含量检测,发现该基因的表达量较稳定,平均值为(45.4±4.7)拷贝/细胞,受生长状态影响不大,可作为实时荧光定量PCR的内参基因。

河川沙塘鳢线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列分析

采用特异性引物PCR扩增获得了河川沙塘鳢细胞色素b基因序列,并与塘鳢科其余22种细胞色素b基因序列进行比对,运用Mega 3.1软件通过NJ法构建了塘鳢科鱼类系统发育树。结果显示:2尾试验鱼构成1支;Eleotris、Hypseleotri 2个属构成1支;Odontobutis、Perccottus glehni 2个属构成1支;Bostrychus、Butis、Oxyeleotris、Ophiocara 4个属构成1支;Ptereleotris heteroptera单独构成1支。该研究结果可为深入探讨沙塘鳢属及塘鳢科鱼类的系统分类与重新整理提供依据。

苹果轮纹病菌对吡唑醚菌酯的敏感性及Cytb基因序列分析

为了明确苹果轮纹病菌Botryosphaeria dothidea对吡唑醚菌酯的敏感性和吡唑醚菌酯的靶标基因序列,采用菌丝生长速率法测定了水杨肟酸对B.dothidea菌丝生长的作用,探讨了添加或不添加水杨肟酸的情况下病原菌对吡唑醚菌酯敏感性的变化;并测定了不同产区的80株B.dothidea对吡唑醚菌酯的敏感性以及440株B.dothidea对吡唑醚菌酯的抗性;然后,扩增并分析了具有不同敏感性的菌株的细胞色素b基因(Cytb)序列。结果表明:不同浓度水杨肟酸对菌丝生长的抑制作用不同。添加40μg/mL水杨肟酸不影响吡唑醚菌酯的EC 50。菌株的敏感性频率符合近似正态分布,各产区菌株对吡唑醚菌酯的敏感性没有显著差异,吡唑醚菌酯平均EC 50为(2.95±2.11)μg/mL,没有检测到抗性菌株。靶标基因序列分析表明,Cytb基因在F129、G137和G143位密码子上没有产生点突变,首次发现在143位密码子后有内含子插入。

基于Cytb基因序列的江淮下游湖泊鲢群体遗传多样性分析

鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是长江、淮河下游湖泊中重要的渔业资源。为了解湖泊鲢种质资源遗传状况,采用线粒体Cyt b基因序列作为分子标记,对江淮下游8个湖泊(太湖、滆湖、长荡湖、淀山湖、高邮湖、洪泽湖、骆马湖、金沙湖)群体的239尾鲢进行扩增和测序。结果显示,鲢Cty b基因全长为1 141 bp, 239条Cyt b序列检出74个变异位点,定义24种单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.697和0.010 12。太湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.830和0.015 84,长荡湖群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低,分别为0.379和0.003 98。8个鲢群体间的遗传距离变幅为0.005~0.015;分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自群体内部(98.0%),群体的遗传分化指数Fst值为0.019 97;两两群体间Fst值统计表明,长江水系和淮河水系群体间有显著的遗传差异(P<0.05)。单倍型系统进化树和网络结构图显示,单倍型划分为2个谱系,但没有形成明显的地理聚群。歧点分布曲线与中性检验结果表明,鲢群体进化过程中较为稳定,没有经历过种群扩张事件。研究结果表明,应将长江水系和淮河水系鲢群体作为不同的管理单元进行保护。

牦牛线粒体DNA细胞色素b基因序列测定及其起源、分类地位研究

牦牛在牛亚科中的分类地位仍存在较大的分歧。根据普通牛线粒体基因组序列设计引物对家牦牛基因组进行PCR扩增和克隆测序，获得了家牦牛细胞色素6（Cytochromeb）基因的全长序列，并以羊亚科绵羊（Ovisaries）为外类群，对牛亚科代表性物种进行了系统发育分析。结果显示：牛亚科不同物种间线粒体细胞色素b基因的转换／颠换比值为4．9，突变未达到饱和状态；牦牛与牛属间的序列差异百分比为8．0％～8．6％，大于牦牛与美洲野牛间的序列差异百分比；系统发育分析发现家牦牛与野牦牛首先聚为一类，再与美洲野牛聚为一类；说明牦牛与美洲牦牛属间的遗传相似性较高，而与牛属间的遗传相似性较低，结果支持现在的家牦牛和野牦牛都是同一祖先原始牦牛的后代，推测两者分化时间大约为0．55百万年前；支持将牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点，牦牛属包括家牦牛和野牦牛两个种。

钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究

为研究钱塘江粗唇鱼危与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇鱼危的细胞色素b基因片段序列。用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树。

从细胞色素b基因序列探讨我国林蛙属动物的系统发生关系

对中国林蛙属动物进行了DNA水平的分子系统发生研究 ,测定了中国林蛙属 7种 15个样品、侧褶蛙属 2种 2个样品Cytb基因长约 3 60bp片段的序列。对这些序列的系统发生分析表明 :①中国林蛙甘肃种群与东北种群序列差异较大 ,但尚难根据序列差异来判断它们是不同的亚种还是不同的物种 ;② 7种林蛙中 ,中国林蛙与黑龙江林蛙的亲缘关系最近 ,与桓仁林蛙最远 ;③支持将昭觉林蛙、镇海林蛙、峨眉林蛙和长肢林蛙归入日本林蛙种组Ranajaponicagroup。

从细胞色素b基因全序列分析岩羊和山羊、绵羊的系统发生关系

本文测定了来自四川和青海岩羊的细胞色素b基因全序列(1140bp),结合从GenBank中检索获得的山羊、北山羊、绵羊和盘羊4个近缘种细胞色素b核苷酸同源区序列进行比较,分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。分别采用简约法和距离矩阵法构建分子系统树,得到了基本相同的拓扑结构,从分子水平初步探讨了岩羊的系统起源问题。岩羊与山羊属的山羊、北山羊有着比绵羊属的绵羊、盘羊更近的亲缘关系。岩羊与山羊、北山羊的分歧时间大约在3～6百万年,而与盘羊、绵羊的分歧时间大约在6～8百万年。

蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育

对中国产蝮亚科 (Crotalinae)亚洲蝮属 (Gloydius) 6种蛇 (其中短尾蝮取自两个不同地区 ) [短尾蝮Gloydiusbrevicaudus (Stejneger) ,黑眉蝮Gloydiussaxatilis (Emelianov) ,蛇岛蝮Gloydiusshedaoensis (Zhao) ,雪山蝮Gloydiusstrauchii (Bedriaga) ,高原蝮Gloydiusstrauchiimonticola (Werner) ,乌苏里蝮Gloydiusussurriensis(Emelianov) ]与竹叶青属竹叶青蛇TrimeresurusstejnegeriSchmidt共 7种蛇 8个个体测定了 789bp或 744bp线粒体细胞色素b基因序列 ,用MEGA1 0 2软件分析了其碱基组成及变异情况 ,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Din odonsemicarinatus序列为外群 ,用PAUP4 0b2软件构建最简约分子系统树。结果显示 ,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位 ,分布于东北地区的蛇岛蝮、乌苏里蝮、黑眉蝮与浙江和陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮、雪山蝮聚集形成的分枝组成姐妹群 ,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说 ,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。

从细胞色素b基因全序列探讨大额牛的分子系统发生

大额牛是一种半野生半家养的珍稀牛种,有关其起源和系统地位一直存在争议。通过PCR扩增、测序等步骤共获得了11头大额牛细胞色素b(Cytb)基因全序列(1140bp)。应用分析软件,对大额牛11条Cytb序列进行了分析,并结合GenBank中牛属动物6个近缘种的同源序列,以亚洲水牛(Bubalus bubalis)为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了牛属动物分子系统发育树。序列分析结果表明,11条大额牛Cytb序列1140位点中,共发现95个变异位点(占分析位点总数的8.33%),定义了6种单倍型,表明大额牛群体的Cytb基因遗传多态性比较丰富。构建的NJ和MP分子系统树均显示,大额牛研究群体明显分为3支,第1支与普通牛(Bos taurus)相聚,第2支与瘤牛(Bos indicus)相聚,第3支与印度野牛(Bos gaurus)相聚。系统发育分析表明,大额牛很可能是印度野牛的家养型或驯化种,我国大额牛群体可能曾受到其他牛种血缘的入侵。

从线粒体细胞色素b基因探讨矮岩羊物种地位的有效性

用采自四川省的岩羊和矮岩羊共 18个头骨或皮张标本 ,分析了线粒体Cytb基因114 0bp的全序列 (其中一个样品只测到 80 2bp的基因片段 )。用NJ、MP、ML等系统发育分析法分别重建的系统发育树的拓扑结构完全一致 ,均不支持矮岩羊是单系群。结果提示 :所研究的全部样品都属于同一个物种 ,即岩羊P .nayaur ,不支持矮岩羊的物种地位。根据基于 17个样品Cytb基因全序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布 ,这些岩羊样品聚为 5支 ,根据地理区划和本文分析结果 ,四川的岩羊可分为摩天岭、川西、川西北、川西南和川北 5个种群。基于 17个样品Cytb基因1137bp的编码区 ,共定义了岩羊的 16种单元型 ,在 5个种群间未发现共享的单元型.

草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。

长江中下游5个湖泊黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)种群线粒体细胞色素b基因的遗传变异分析

对长江中下游5个湖泊的黄颡鱼种群的线粒体DNA细胞色素b基因进行了PCR扩增、测序,获得了955 bp的序列.分析显示,cyt b序列中A+T含量略高于G+C含量,共检测到54个变异位点,60个样本得到37个单倍型,平均单倍型多样性为0.945±0.018,核苷酸多样性为0.00419±0.00043,遗传多样性表现中等.太湖种群与滆湖种群间的遗传距离最远为0.00651,鄱阳湖种群和巢湖种群之间遗传距离最近为0.00375.分子方差分析(AMOVA)表明,群体间遗传分化系数Fst为0.0684,几乎所有变异都来自群体内,群体间遗传分化极小.cyt b序列构建UPGMA系统进化树显示,5个种群没有分化成不同的分枝谱系,种群间存在广泛的基因交流.

从细胞色素b基因序列探讨笛鲷属的分子系统发生关系

测定了9种中国南海的笛鲷属鱼类的细胞色素b基因的部分序列,结合来自GenBank中1种分布于菲律宾和9种分布于美国大西洋的笛鲷属鱼类的相应同源序列,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果显示:红鳍笛鲷(Lutjanuserythropterus)与红笛鲷(L.sanguineus)之间的同源序列碱基差异百分率只有0.32%,支持二者是同种异名的观点;中国南海的笛鲷属鱼类间的平均碱基差异要高于美国大西洋笛鲷属鱼类。在MP和NJ树中,美国大西洋笛鲷表现为亲缘关系较近,来源于中国南海的笛鲷鱼类相对集中在树的基部,分歧较大。这与所研究的笛鲷地理分布和地理隔离基本相一致,同时也说明中国南海笛鲷分化较早并且分歧较大。

从细胞色素b基因序列变异分析中国鲇形目鱼类的系统发育

采用PCR技术获得中国鲇形目鱼类 1 1科 2 4属 2 7个代表种类细胞色素b基因 1 1 3 8bp全序列 ,比较分析了来自北美洲、非洲的部分鲇形目鱼类同一基因序列 ,并选取脂鲤目、鲤形目和鲱形目鱼类作外类群 ,采用Bayesian方法和最大简约法 (MP)构建分子系统树。结果表明 :(1 )鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中 ,与脂鲤目、鲤形目以及鲱形目鱼类相比存在 3bp的缺失 ;(2 )鲇形目鱼类各科代表种类形成一单系群 ;(3 )两种建树方法均支持科、粒鲇科和钝头科形成一单系群 ;而胡子鲇科、刀鲇科、海鲇科、科、长臀科、科、鲇科、棘脂科、科形成一大的单系群 ;但鳗鲇科的系统位置两种建树方法没有取得一致结果 ;而其中长臀科与北美的科形成姐妹群 ,胡子鲇、科、鲇科。

10种石斑鱼系统发育的线粒体细胞色素b基因序列分析

为探讨石斑鱼亚科鱼类的系统发育关系,测定了此亚科中具有代表性的石斑鱼属、鳃棘鲈属、九棘鲈属、驼背鲈属和白线光腭鲈属等5个属10种石斑鱼的细胞色素b基因全序列,分析了这些序列的特性,运用Kimura 2-parameter模型,以邻接法构建了分子系统树。结果表明,九棘鲈属与鳃棘鲈属位于系统进化树的基部,与石斑鱼类其它类群亲缘关系较远;驼背鲈属与白线光腭鲈属网结于石斑鱼属构成的分支中。

羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应 ( PCR)分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素 b基因 ,并对其全序列 ( 1 1 40 bp)进行了测定。其中羚牛细胞色素 b基因序列属首次报道。通过对 8种偶蹄类动物细胞色素 b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树 ,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近 ,与其他动物亲缘关系较远 ,表明将羚牛放入羊亚科较为合理。序列差异分析还表明羚牛约在距今 5 0 0万年前 (上新世 )从牛类动物中分化出来 ,牛类分化时间约在 60 0万年前的中新世( Miocene)