蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育

对中国产蝮亚科 (Crotalinae)亚洲蝮属 (Gloydius) 6种蛇 (其中短尾蝮取自两个不同地区 ) [短尾蝮Gloydiusbrevicaudus (Stejneger) ,黑眉蝮Gloydiussaxatilis (Emelianov) ,蛇岛蝮Gloydiusshedaoensis (Zhao) ,雪山蝮Gloydiusstrauchii (Bedriaga) ,高原蝮Gloydiusstrauchiimonticola (Werner) ,乌苏里蝮Gloydiusussurriensis(Emelianov) ]与竹叶青属竹叶青蛇TrimeresurusstejnegeriSchmidt共 7种蛇 8个个体测定了 789bp或 744bp线粒体细胞色素b基因序列 ,用MEGA1 0 2软件分析了其碱基组成及变异情况 ,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Din odonsemicarinatus序列为外群 ,用PAUP4 0b2软件构建最简约分子系统树。结果显示 ,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位 ,分布于东北地区的蛇岛蝮、乌苏里蝮、黑眉蝮与浙江和陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮、雪山蝮聚集形成的分枝组成姐妹群 ,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说 ,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。

从细胞色素b基因全序列分析岩羊和山羊、绵羊的系统发生关系

本文测定了来自四川和青海岩羊的细胞色素b基因全序列(1140bp),结合从GenBank中检索获得的山羊、北山羊、绵羊和盘羊4个近缘种细胞色素b核苷酸同源区序列进行比较,分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。分别采用简约法和距离矩阵法构建分子系统树,得到了基本相同的拓扑结构,从分子水平初步探讨了岩羊的系统起源问题。岩羊与山羊属的山羊、北山羊有着比绵羊属的绵羊、盘羊更近的亲缘关系。岩羊与山羊、北山羊的分歧时间大约在3～6百万年,而与盘羊、绵羊的分歧时间大约在6～8百万年。

从细胞色素b基因序列探讨我国林蛙属动物的系统发生关系

对中国林蛙属动物进行了DNA水平的分子系统发生研究 ,测定了中国林蛙属 7种 15个样品、侧褶蛙属 2种 2个样品Cytb基因长约 3 60bp片段的序列。对这些序列的系统发生分析表明 :①中国林蛙甘肃种群与东北种群序列差异较大 ,但尚难根据序列差异来判断它们是不同的亚种还是不同的物种 ;② 7种林蛙中 ,中国林蛙与黑龙江林蛙的亲缘关系最近 ,与桓仁林蛙最远 ;③支持将昭觉林蛙、镇海林蛙、峨眉林蛙和长肢林蛙归入日本林蛙种组Ranajaponicagroup。

草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。

羚牛细胞色素b基因序列分析和系统进化研究

应用聚合酶链式反应 ( PCR)分别扩增了羚牛、绵羊、山羊、黄牛细胞色素 b基因 ,并对其全序列 ( 1 1 40 bp)进行了测定。其中羚牛细胞色素 b基因序列属首次报道。通过对 8种偶蹄类动物细胞色素 b基因序列差异分析和基于序列差异所构建的分子系统树 ,发现羚牛与羊亚科的动物亲缘关系最近 ,与其他动物亲缘关系较远 ,表明将羚牛放入羊亚科较为合理。序列差异分析还表明羚牛约在距今 5 0 0万年前 (上新世 )从牛类动物中分化出来 ,牛类分化时间约在 60 0万年前的中新世( Miocene)

从细胞色素b基因全序列差异分析岩羊和矮岩羊的系统进化关系

矮岩羊的分类地位从它被发现后就一直存在着争议。本文测定了分别来自四川和青海的岩羊 (Pseudoisnayaur)和矮岩羊 (Pseudoisschaeferi)共 7个个体的Cytb基因全序列 (114 0bp) ,结合山羊 (Caprahircus)、北山羊 (Capraibex)、绵羊 (Ovisaries)和盘羊 (Ovisammon)同源DNA序列进行比较 ,分析了碱基组成和变异情况以及核苷酸序列差异。用简约法和距离距阵法构建了分子系统树 ,得到了相同的拓扑结构。结果显示 :岩羊和矮岩羊互为单系群 ,有着较山羊、北山羊、绵羊和盘羊间更近的亲缘关系 ,它们之间的序列差异 (Cytb=3 2 % )低于牛科不同种间的序列差异水平 (8 3%～ 12 1% ) ,明显高于种内个体的序列差异 ,而处于牛科亚种的序列差异范围内。因此 ,推测矮岩羊与岩羊之间的差异可能已经达到了亚种的水平。它们的分歧时间为

养殖褐牙鲆细胞色素b基因序列的初步研究

对养殖褐牙鲆(Paralichthysolivaceus)的线粒体DNACytb基因的部分序列进行测定,测得的目的DNA片段的长度为410bp,其A(104bp)、T(119bp)、C(117bp)、G(70bp)4种碱基平均含量分别为25.4%、29.0%、28.5%、17.1%。在28个褐牙鲆个体中共出现了3种单倍型。白化褐牙鲆出现的第1种和第3种单倍型个体数分别为10尾(占白化褐牙鲆样本数的90.91%)和1尾(9.09%);6尾黑化褐牙鲆均出现第1种单倍型(100%);正常褐牙鲆出现的3种单倍型尾数分别为7尾(占正常褐牙鲆样本数的55.56%)、2尾(22.22%)和2尾(22.22%);测得的序列与既知序列间在第6bp、第19bp和第402bp碱基处出现差异。由于褐牙鲆Cytb基因的高度同源性,研究其白化、黑化和正常状态时出现的序列差异,对于寻找褐牙鲆白化机理研究的分子标记意义重大。

细胞色素b基因序列与7种石首鱼类的系统进化

通过比较一段381bp细胞色素b基因序列,分析了石首鱼科7种石首鱼的系统发育关系.该序列有51个单变异多态位点、128个简约信息多态位点,对应的氨基酸序列有41个氨基酸变异位点.根据Kimura2参数构建的邻接树(NJtree)和最大简约树(MPtree)都显示同样的结果:7种石首鱼类构成一个单系群.皮氏叫姑鱼位于单系群的基部,且与其他石首鱼分离时间很早;大黄鱼和棘头梅童鱼亲缘关系最近,并与钩牙皇石首鱼和波纹短须石首鱼构成姐妹群.黄姑鱼和鱼也接近树的基部.

子一代实验室钉螺细胞色素c氧化酶I、细胞色素b基因序列分析

目的 了解钉螺子一代 (F1)实验室钉螺群 (湖北钉螺湖北亚种 )内的遗传变异。 方法 实验室饲养的F1钉螺 ,单个抽提基因组DNA ,PCR扩增细胞色素c氧化酶I(COI)、细胞色素b(Cytb)基因并测序 ,用GENETYX MACver .9软件进行同源排序、DNA和氨基酸序列分析 ,同时与GenBank相同基因序列比较。 结果 实验室螺群内 ,COI基因差异为 12 .2 % ,94个氨基酸发生变化。Cytb基因差异 6.4% ,有 2 5个氨基酸发生变化。湖北亚种与滇川亚种COI基因序列差异率为 13 .5 %。与GenBank中湖北钉螺滇川亚种Cytb基因序列比较 ,差异为 13 .6% ,在 2 0 3个氨基酸中 6个氨基酸发生变化。 结论 F1实验室钉螺群内核苷酸与氨基酸序列均发生变异。

剑尾鱼线粒体细胞色素b基因的序列分析

目的 克隆和测定剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)线粒体细胞色素b基因 (cytb)的全序列。方法 提取剑尾鱼肝脏的总DNA。设计合成特异引物进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem中的T载体上 ,筛选转化子 ,提取质粒 ,酶切鉴定。挑取重组质粒pGEM T xhcytb 11进行序列测定。结果 获得了剑尾鱼线粒体cytb基因的全序列 ,共 114 0bp。结论 用BLAST与GenBank中的线粒体DNA序列进行比较 ,显示剑尾鱼与其他鱼类的cytb基因具有较高的同源性 ;根据剑尾鱼与其他 13种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树 。

利用细胞色素b基因全序列分析研究大额牛的母系起源与分类地位

对11头大额牛细胞色素b(cyt b)基因全序列1 140 bp进行分析,共发现96个变异位点,定义了6种单倍型。结合GenBank中牛属(Bos)普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛、林牛和爪哇牛6个近缘种的cyt b基因同源区序列进行分析,以水牛作为外群,分别采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构,结果推测大额牛可能是某种现已灭绝的野生牛的后代。同时还指出目前我国有相当比例的大额牛受到外来血统的入侵,我国的大额牛保护工作正面临非常严峻的考验。

细胞色素b基因序列变异与东亚鲿科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国鲿科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因1138bp全序列.所得序列与GenBank中分布于日本、韩国和俄罗斯的鲿科2属9种鱼类同一基因序列排序,并选用鲇形目鲇科的大口鲇、钝头鮠科的鳗尾缺和伦氏(鱼央)以及脂鲤目的断线脂鲤作外类群.分析了细胞色素b基因序列,计算了Kimura双因子遗传距离和鲿科鱼类线粒体DNA的进化速率,用最大简约法和邻接法构建了鲿科鱼类分子系统树,得出如下结论:(1)线粒体DNA序列分析显示所测定的鲇形目鱼类细胞色素b基因序列中,存在3bp的缺失;(2)系统发育分析显示鲿科构成一单系类群;鳠属为较为特化的属,拟鲿属为一明显的类群,而黄颡鱼属与鮠属关系较为混乱;(3)东亚鲿科鱼类线粒体DNA的进化速率约为每百万年0.18％～0.30％.本文是中国鲇形目鲿科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因序列的首次报道.

钱塘江粗唇鱼危细胞色素b基因片段序列分析及系统发生研究

为研究钱塘江粗唇鱼危与其他鲿科鱼类的亲缘关系,扩增并测定了粗唇鱼危的细胞色素b基因片段序列。用Blastn分析所获序列与其他鲿科鱼类细胞色素b基因的同源性,用Mega4软件构建系统发生树。

4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究

测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊和鲁北白山羊5个品种羊415bp线粒体DNA细胞色素b基因片段,其中44个位点检出变异。分析其碱基组成和变异情况,并以鲁北白山羊为外群,用UPGMA和NJ法构建了一系列分子系统树,得到相同的拓扑结构,在分子水平从母系遗传的角度澄清4个绵羊品种的起源分化关系。结果显示:在4个绵羊品种之间,洼地绵羊与滩羊关系最近与小尾寒羊亲缘关系最远。绵羊品种内的平均差异为0185%,线粒体DNA多态性相对贫乏,推测4个品种绵羊具有共同的母系祖先。

中华鳖(Pelodiscus sinensis)5个不同地理种群细胞色素b基因序列变异及种群遗传结构分析

利用线粒体细胞色素b基因序列对中华鳖5个不同地理种群(太湖群体、日本群体、江西群体、台湾群体和乌鳖群体)的种群遗传结构进行分析。以特异引物进行PCR扩增,获得了408bp的基因片断序列。序列分析结果表明,在31个中华鳖个体中,共检测到17个变异位点,获得8种单倍型。日本群体的2种单倍型在其他4个群体中都未检测到,为该群体所特有,日本种群与其他4个群体的遗传距离最远。除日本群体缺乏主体单倍型外,其他4个群体共同拥有主体单倍型Hap.1,江西群体、台湾群体和乌鳖群体的单倍型类型都和其他群体共同享有,没有其特异的单倍型。MP法和NJ法构建的系统发生树显示日本群体的两种单倍型以很高的置信度聚成一支,这与其地理分布存在一定的相关性,其序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记;另外4个群体的6种单倍型聚合成一大支,但同一个地理区域的群体并未聚成一类,未按照地理位置形成明显的地理格局。

在线粒体DNA细胞色素b基因序列水平上对鬣羚系统发育的研究

测定了鬣羚在中国的 7个地方种群的线粒体DNA细胞色素b基因的 41 9bp的片段序列 ,并分析了其序列差异 ,构建了分子系统进化树。结果表明 :鬣羚各种群间的序列差异在 0～ 1 4 31 %。鬣羚种群最早在大约 5 7百万年有共同的母系祖先 ,并且在中国最早可能是从青藏高原东南缘的区域开始演化的 ,随后向周围地区辐射扩散。日本鬣羚的分化时间大约在 3 1百万年前 ,并且可能是从中国大陆迁移过去的。白玉和道孚的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >1 1 2 1 % ) ,日本鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >7 63% ) ,洛扎的鬣羚种群 (与其它种群的碱基替换率 >4 0 5 % )的分化估计已接近或达到亚种水平。鬣羚在中国至少存在 3个进化显著单元 :A 白玉和道孚种群 ;B 洛扎种群 ;C 隆子、陕西、皖南和德格种群。建议将它们分开管理 ,避免杂交 。

红鲌属3种鱼类线粒体细胞色素b基因片段序列分析

测定了红鲌属的翘嘴红鲌、青梢红鲌和蒙古红鲌细胞色素b基因片段序列(1 091 bp),对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析,并以红鳍鲌为外类群,用邻接(NJ)法和非加权算术平均对数(UPGMA)法构建系统关系树.结果表明:①4种鱼(包括外类群)Cyt b基因片段序列碱基平均差异为6.2%,变异位点184个,具有简约性信息位点141个,平均转换颠换比为7.4;②测定的红鲌属3种鱼形成一个单系群,其中翘嘴红鲌与青梢红鲌亲缘关系较近.

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140 bp,A、T、G、C含量分别为313(28%)、358(31%)、170(15%)、300(26%),A+T>C+G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33.4%,G的使用率较低,为17.1%;密码子第3位A的使用率高,为34.2%,而G的使用率较低,仅为7.9%;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11.%,远高于其他氨基酸。

细胞色素b基因序列测定进行种属鉴定应用研究

目的建立细胞色素b基因序列测定进行种属鉴定的方法。方法应用特异性引物扩增人与14种常见动物细胞色素b基因14817～15174区间长度为358bp的片段,用荧光标记自动测序技术对此片段进行序列测定,比较这些动物与人之间片段的序列差异。结果所有血痕样本均可以得到良好的测序结果,所测14种动物细胞色素b基因358bp的片段序列与人之间均存在明显的差异,最小为20.1%,最大差异为28.5%。结论测定细胞色素b基因序列进行种属鉴定特异性强、适用检材广,具有良好的应用价值。

海南产花鳗鲡细胞色素b基因的克隆及序列分析

线粒体细胞色素b基因是目前研究鱼类分子系统进化的重要分子标记.笔者以日本鳗鲡线粒体基因组序列为模板设计并合成引物进行PCR扩增,并将扩增产物经琼脂糖凝胶电泳和纯化后,克隆到pMD18-T载体、测序,成功得到全长为1 140 bp的海南产花鳗鲡细胞色素b(Cyt b)基因序列.将该基因全长序列递交到Genebank数据库,获得序列登录号为EF690363.用DNA分析软件MEGA2比较了海南产花鳗鲡与递交到GenBank中的8种分布在中国东南沿海、日本海域及南太平洋海域的鳗鲡属(Anguillia)细胞色素b基因的地理差异,并构建了系统进化树.结果显示:日本产和夏威夷产花鳗的地理差异小于海南产花鳗与它们之间的地理差异.