分子模拟用于HLA-A2.1限制性CTL表位的高通量筛选

应用SiliconGraphics图像工作站及InsightⅡ软件,分别建立MART 1的6个CTL预测表位与HLA A2.1结合的三维结构,并进行分子动力学模拟,通过对各结合特征性参数的计算,对各表位肽与HLA A2.1结合稳定性进行了比较。应用Merrifield固相多肽合成技术合成上述小肽,通过HLA A2.1与各肽亲和力分析试验,证实分子模拟结果的可靠性。结果发现通过分子模拟手段计算所得6个表位与HLA A2.1结合特性结果,基本与通过实验手段所得结果相符。故计算机分子模拟在CTL表位与MHC Ⅰ类分子的亲合力研究中,具有简单、直观、快速、准确等优点,该方法在筛选MHC Ⅰ类分子高亲合性CTL表位的研究中具有诱人的应用前景。