QIAamp及Biomed粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取人肠道细菌基因组DNA质量的差异

背景:有研究表明,不同试剂盒提取的粪便细菌基因组DNA质量有差别,选择一种操作简便、质量优良的粪便细菌基因组DNA提取试剂盒成为研究者们关注和急需解决的问题。目的:比较QIAamp及Biomed粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取的人肠道细菌基因组DNA质量的差异。方法:收集健康成年人新鲜粪便标本30例,用两种试剂盒分别提取细菌基因组DNA,检测其浓度、吸光度A260/280nm值及提取率,设计乳酸菌属16SrDNA基因特异性引物,以各自所提DNA为模板,进行常规聚合酶链反应,凝胶电泳后比较条带数量、明暗度及密度,并进行实时荧光定量聚合酶链反应定量检测各自所含乳酸菌属的数量。结果与结论:QIAamp试剂盒提取的正常人肠道细菌基因组DNA的浓度、提取率、表达量及乳酸菌属的数量均高于Biomed试剂盒(P<0.05或P<0.01)。说明QIAamp试剂盒提取的粪便细菌基因组DNA质量优于Biomed试剂盒。

试剂盒法提取蓖麻基因组DNA的条件优化

利用DNA提取试剂盒提取蓖麻叶片DNA,对其过程进行改良优化,从而获得一种快速、简便的提取蓖麻高质量基因组DNA的方法.在原试剂盒的操作基础上,对乙醇是否冰预冷、消化时间、洗脱液用量、材料用量等条件进行了优化,并对所提取的基因组DNA的浓度、纯度进行了检测.优化后的方法提取到了较高质量的蓖麻基因组DNA.

不同DNA提取试剂盒提取作物种子基因组DNA效果的比较

比较3种不同DNA提取试剂盒(宝生物、天根、LGC)在转基因产品检测中的应用效果,分别提取玉米、水稻和大豆种子的基因组DNA。结果表明,天根DNA提取试剂盒DP305更为适合从作物种子中提取基因组DNA进行转基因成分检测。

六种试剂盒提取血液基因组DNA效果比较

为筛选一种高效、快捷的血液基因组DNA提取试剂盒,采集24份新鲜西藏绵羊血液样本,选用6种市售商业化试剂盒(LifeFeng柱式试剂盒DK601和非柱式试剂盒DK602,康为世纪非柱式试剂盒CW0544和柱式试剂盒CW0546,上海生工非柱式试剂盒SK8224和柱式试剂盒SK8254),比较所提DNA的浓度、纯度、得率以及对嗜吞噬细胞无形体16S rRNA进行巢式PCR扩增,综合评价不同试剂盒DNA提取效果。结果表明,应用LifeFeng柱式试剂盒DK601提取的DNA浓度和纯度均最高,得率较高,分别达到75.63 ng/μL、1.894(OD260/OD280)、18.91 ng/μL;且嗜吞噬细胞无形体16S rRNA基因的PCR扩增条带清晰度最优。因此,LifeFeng DK601可作为提取绵羊血液基因组DNA及嗜吞噬细胞无形体(Anaplasma phagocytophilum)病原鉴定的首选试剂盒。

常见病原菌基因组DNA快速提取试剂盒研制

以单增李斯特菌、金黄色葡萄球菌等6种常见食源性致病菌为研究对象，优化试剂盒工艺参数，采用琼脂糖凝胶电泳及OD260/OD280分析基因组DNA提取效果。结果表明，试验试剂盒可在30 min内完成基因组DNA提取，对常见10类食品样品抗基质干扰能力强。与实时荧光PCR技术联用，检测染菌量1～10 cfu·25 g-1食品样品时，仅一次增菌可得阳性结果；市售食品样品检测与国标方法结果无显著差异。所研制病原菌基因组DNA提取试剂盒适用于食品病原菌快速检测。

试剂盒法提取山杨基因组DNA的条件优化

利用DNA提取试剂盒提取山杨叶片DNA,对其过程进行改良优化,从而获得一种快速、简便的提取山杨高质量基因组DNA的方法。在原试剂盒的操作基础上,对异丙醇是否冰预冷、消化时间、洗脱液用量、材料用量等条件进行了优化,并对所提取的基因组DNA的浓度、纯度进行了检测。优化后的方法提取到了较高质量的山杨基因组DNA。

血液基因组DNA提取试剂盒提取条件的优化

目的针对两种实验室常用全血基因组提取DNA试剂盒(天根血液基因组DNA提取试剂盒、康为世纪血液基因组提取试剂盒)提取方法和DNA产量进行比较,建立方便、快捷、有效的外周血液基因组DNA的提取方法。方法采用500ul、800ul全血、裂解液1.5倍、2倍提取基因组DNA,利用分光光度计和凝胶电泳检测提取效果。结果两种试剂盒采用800ul全血与2倍裂解液时提取血液基因组DNA浓度最高,其中天根试剂盒提取的基因组DNA纯度和质量更优。结论利用商品化试剂盒提取血液基因组DNA时,针对实验目的,可采取增加全血用量和提高裂解液体积的方法提高基因组DNA的产量和纯度。

第三代测序细菌基因组DNA提取方法的比较

为筛选有效提取细菌菌株总DNA的方法,分别采用SDS法、CTAB-SDS法、试剂盒法和改良试剂盒法对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总DNA的提取、电泳检测、NanoDrop 2000测定、PCR扩增.对放线菌和苏云金芽胞杆菌,用改良试剂盒法所提取的总DNA纯度较高,电泳条带清晰,DNA主带位于23 kb,单位体积菌液所提取到的总DNA较SDS法和CTAB-SDS法高,能满足下游的PCR扩增等分子操作.对待测样品所做的质检报告也证实样品合格,可用于后续建库、测序.而粘细菌提取到的总DNA由于它们的OD260/230在2.0以下,没有达到第三代测序样品的要求.改良试剂盒法所提取到的总DNA大多数可以满足第三代测序技术样品制备的要求.

介绍一种改量的粪便细菌基因组DNA提取试验方法

目的观察改变细菌裂解温度对提取粪便细菌基因组DNA量和纯度的影响。方法收集10例肝硬化患者粪便,每例患者粪便等分成两份,再随机分成两组。采用QIAamp DNA Stool Mini Kit试剂盒(国际通用粪便细菌基因组DNA提取试剂盒)进行抽提,一组(A组)按照试剂盒说明书温度要求进行粪便细菌基因组DNA提取,一组(B组)对试剂盒细菌裂解温度改良后再进行提取。结果与按照试剂盒说明书温度进行提取组相比,改变细菌裂解温度后粪便基因组DNA提取量明显增高(P<0.05),而粪便基因组DNA提取纯度(OD260/280、OD260/230)无明显变化(P>0.05)。结论改变细菌裂解温度能明显提高粪便细菌基因组DNA提取量,而不改变粪便细菌基因组DNA的提取纯度。该方法可以解决因粪便采样量少导致粪便基因组DNA提取量不足的问题。

动物组织DNA试剂盒提取水牛精液基因组DNA效果观察

为了快速、高效地提取水牛精液基因组DNA,试验采用动物组织DNA试剂盒并对一些步骤进行优化,以此方法抽提DNA。结果表明：使用动物组织DNA试剂盒可以获得水牛精液基因组DNA,DNA纯度（OD260/OD280值）为1.71±0.22,浓度为（61.38±20.68）ng/μL,水牛精液基因组DNA可直接用于PCR反应。

革兰氏阳性与阴性细菌基因组DNA提取方法的优化

在分析现有提取微生物基因组DNA的原理和方法基础上,对SDS-NaCl法进行了改良,以商品化微生物基因组提取试剂盒提取的基因组结果为对照,利用改良的SDS-NaCl法,分别提取大肠杆菌(Escherichia coli)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)的基因组DNA。结果表明,改良的SDS-NaCl法提取的大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA的OD_(260)/OD_(280)分别为1.88、1.89、1.81,浓度分别为61.67、64.32、53.22μg/mL;而商品化试剂盒提取大肠杆菌、枯草芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌基因组DNA OD_(260)/OD_(280)分别为1.85、1.87、1.83,浓度分别为64.07、58.43、52.34μg/mL。结果证明改良SDS-NaCl法提取的革兰氏阳性和阴性细菌的基因组DNA可用于后续试验如全基因组测序和PCR等,同时可快速获得大量的高质量微生物基因组。

柿属植物基因组DNA提取方法比较

针对柿属植物叶片富含单宁,常规CTAB法提取DNA质量低等问题,为了获得符合柿属植物SSR-PCR扩增要求的DNA,分别采用改良CTAB法和植物基因组DNA提取试剂盒两种方法,提取柿属植物DNA,结果显示:两种方法均可得到满足SSR-PCR扩增要求的DNA;试剂盒较改良CTAB法提取的DNA质量高、杂质少,DNA得率略低,但其操作步骤简单,耗时短,毒害小,因其费用较改良CTAB法高,各实验室可根据自身条件选择适宜方法提取柿属植物DNA。

野油菜黄单胞菌基因组DNA快速提取方法和酶切

本文建立了一种野油菜黄单胞菌(Xanthomonas campestris)基因组DNA的简便快速提取方法。用去污剂SDS和CTAB破坏细胞膜结构,使胞内核酸释放,用酚/氯仿/异戊醇去除蛋白质,经异丙醇沉淀DNA,TE溶解DNA。采用此SDS和CTAB结合的方法提取的DNA琼脂糖电泳图谱与试剂盒UNIQ-10提取的基因组DNA及D-5010A试剂盒法提取的基因组DNA图谱相同,DNA经紫外分光光度计检测OD260/OD280在1.80～1.90之间。DNA能被EcoRI、XbalI酶切消化。本方法能快速简便地提取野油菜黄单胞菌DNA,提取的DNA含量较高、纯度较好,比试剂盒更经济,也可用于酶切分析、构建文库和PCR扩增。

康氏木霉基因组DNA提取方法的比较研究

采用3种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:冷冻研磨CTAB法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度也较高,但是价格昂贵,饱和酚抽提法提取的DNA浓度不高,且易有降解现象,不适合分子生物学操作的要求。

鲫鱼基因组DNA提取方法的探讨

以鲫鱼的血液、肌肉、肝、肾为材料,采用苯酚-氯仿法、试剂盒法提取鲫鱼基因组DNA,对不同方法提取的结果进行了紫外分光光度、琼脂糖凝胶电泳、微卫星PCR扩增等方法的鉴定。结果表明不同方法提取的鲫鱼基因组DNA浓度在385.8～3167.5ng/μL,A260/280比值处于1.66～1.87,所提取的DNA适合微卫星PCR扩增。因此,用苯酚-氯仿法对鲫鱼的血液、肌肉、肝、肾,用试剂盒法对鲫鱼的血液均能提取鲫鱼基因组DNA。

利用不同方法从深加工牦牛肉产品中提取基因组DNA效果的比较

为了从深加工牦牛肉产品中获得片段较大、数量较多的基因组DNA,以用于分子追溯的检测,尝试并系统地比较了异硫氰酸胍法、酚-氯仿抽提法和试剂盒提取法的提取效果。通过定量分析、凝胶电泳和PCR片段大小梯度扩增等手段,对利用3种方法提取的基因组DNA的数量和质量进行了比较。结果显示,利用酚-氯仿抽提法提取的基因组DNA质量不佳,异硫氰酸胍法和试剂盒提取法的提取效果相当,PCR可以扩增出730 bp左右的核外基因细胞色素b,而核内基因只能扩增出300bp左右的核基因DNA片段(内乳铁蛋白基因,271 bp;BoLA-DRB3基因,302 bp)。综合考虑提取时间、费用、数量和质量等各方面的因素,认为异硫氰酸胍法操作简便、快速、廉价、有效,是较好的从动物深加工肉产品中提取基因组DNA的方法。

全血DNA提取试剂盒改良法

目的建立简便、快捷、高纯度、高浓度的DNA提取方法。方法对原美国生产的EZNABloodDNAKit试剂盒方法进行改良(简称全血DNA提取试剂盒改良法),并与原试剂盒法、经典酚氯法改良法(微量法)[1]进行比较。取EDTA2Na抗凝血,分别用3种方法提取DNA,用琼脂糖凝胶电泳对其进行定性测定,并用紫外分光光度法定量测定。结果DNA提取的纯度A260/A280试剂盒改良法、原试剂盒法和微量法分别为1.8083±0.1655、2.0877±0.3230、1.7734±0.1152,前两法有显著性差异(P<0.05),试剂盒改良法提取DNA的纯度明显高于原试剂盒法,与微量法无显著性差异(P>0.05);改良法提取DNA的浓度分别为75.2476±18.0259、45.2771±14.973、123.8758±74.7367,与前两法的DNA提取浓度有显著性差异(P<0.05),明显高于原试剂盒法;DNA电泳图显示试剂盒改良盒法与微量法均很清晰,原试剂盒法有明显的拖尾现象。结论试剂盒改良法提高了DNA提取的纯度和浓度,可作为分子生物学研究DNA提取较好的选用方法。

摇蚊基因组DNA的提取方法研究

采用动物基因组DNA快速抽提试剂盒法、SDS法、CTAB法、NaCl法4种方法提取摇蚊基因组DNA.通过紫外分光光度计分别检测所得样品DNA在波长为260nm和280nm的吸光值,根据A260/A280的比值检测其纯度和浓度.采用PCR技术获得摇蚊COI基因,用琼脂糖凝胶电泳检测PCR-COI.综合分光光度法与电泳结果筛选出最适合提取摇蚊基因组DNA的方法.结果表明:SDS法所得样品DNA纯度最高,试剂盒法所得DNA浓度最大.同时综合比较DNA纯度与浓度分析得出:试剂盒法SK8222(改良)提取摇蚊基因组DNA为最佳方法,其次为SDS法或CTAB法(改良).

2种提取猪肝基因组DNA方法的比较

[目的]对2种猪肝基因组DNA提取方法,进行比较研究。[方法]分别采用试剂盒法和常规的氯仿/异戊醇抽提法,提取新鲜猪肝基因组DNA,并对其进行综合分析。[结果]试剂盒方法得到的DNA浓度较低,其OD260nm/OD280nm比值达到2.05,虽然蛋白质除的较干净,但是含RNA较高;而氯仿/异戊醇抽提法得到的DNA浓度高,其OD260nm/OD280nm比值1.88,纯度较高,且成本低。[结论]氯仿/异戊醇法对猪肝基因组DNA提取效果优于试剂盒法。

提取玫瑰基因组DNA几种方法的比较

为了找到一种方便、快捷且经济高效的玫瑰叶片基因组DNA提取方法,为玫瑰后期的分子生物学研究奠定良好基础,以不同品种的玫瑰幼嫩叶片为材料,分别利用CTAB法、SDS法、改良CTAB法、试剂盒法4种方法提取玫瑰基因组DNA,经过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法对所提DNA的质量和产量进行检测比较。结果表明:4种方法均可从玫瑰叶片中提取到DNA,改良CTAB法作为对常规方法的改进,在保证经济实用的前提下提取到的DNA质量最好,浓度最高;而试剂盒法作为一种快速提取植物基因组DNA的新兴方法,虽然产量略低,费用略高,但操作步骤简单,耗时短,毒害小,高效快捷。各实验室可根据实际情况选择适宜的方法。