细菌核酸提取方法对荧光定量PCR检测差异分析

目的观察和分析常见食源性病原菌及粪便中病原菌DNA提取方法对荧光定量PCR检测结果的影响。方法以弯曲菌、副溶血弧菌和沙门菌为模型菌株,分别采用水煮法、细胞裂解法、试剂盒法(过滤法和磁珠法)提取病原菌DNA并进行荧光定量PCR检测并对试验结果作差异比较分析;应用细胞裂解法和过滤法分别提取24份随机抽样的粪便标本DNA,针对细菌16SrDNA特异序列进行荧光定量PCR检测,比较2种DNA提取方法对于病原菌检测结果的差异性。结果在不同菌种、不同浓度的条件下,细胞裂解法提取细菌纯培养物DNA的Ct值均低于其他三种方法(P<0.05),水煮法、过滤法、磁珠法的Ct值之间的比较结果呈现多样性。细胞裂解法提取粪便标本的病原DNA为模板进行细菌16S rDNA特异序列的荧光定量PCR检测结果阳性18份,阴性6份,试剂盒过滤法提取24份粪便标本检测结果皆为阳性。结论在对纯培养的3种食源性病原菌进行荧光定量PCR鉴定时,为节省时间和成本可应用细胞裂解法或水煮法提取模板DNA,与2种商业试剂盒(过滤法和磁珠法)相比效果较好;对粪便标本病原菌进行荧光定量PCR检测时,试剂盒提取粪便标本病原DNA的扩增效果优于细胞裂解法。