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生活垃圾堆肥过程中细菌群落演替规律 被引量:17
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作者 党秋玲 刘驰 +4 位作者 席北斗 魏自民 李鸣晓 杨天学 李晔 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期236-242,共7页
应用PCR-DGGE技术研究生活垃圾堆肥过程中的细菌群落演替规律,对堆肥不同时期的宏基因组DNA进行提取,扩增16S rDNA的V3区,分析生活垃圾堆肥过程中细菌群落的变化.DGGE图谱表明,随着堆体温度的升高,DNA条带表现出了明显的动态变化,降温... 应用PCR-DGGE技术研究生活垃圾堆肥过程中的细菌群落演替规律,对堆肥不同时期的宏基因组DNA进行提取,扩增16S rDNA的V3区,分析生活垃圾堆肥过程中细菌群落的变化.DGGE图谱表明,随着堆体温度的升高,DNA条带表现出了明显的动态变化,降温期出现了新的优势条带并趋于稳定,说明堆肥不同时期的细菌群落发生了更替.对条带分布进行聚类分析,结果表明:以55℃为界,将14个堆肥样品划分为2个族,族间的相似性仅为13%,说明堆肥过程中常温期(<55℃)和高温期(>55℃)微生物群落结构差别较大.对优势条带回收测序的结果表明:在升温期,堆肥堆体中检测到H.obtusa和人类排泄物中的细菌;但随着温度的升高,具有纤维素降解功能的嗜热微生物Clostridium thermocellum成为堆肥高温期的优势细菌;当堆体温度小于55℃时出现了大量的未培养微生物. 展开更多
关键词 生活垃圾 堆肥 PCR DGGE 细菌群落演替
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生鲜罗非鱼片在冷藏过程中细菌群落演替的PCR-DGGE分析 被引量:10
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作者 孟晓华 段杉 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期343-347,351,共6页
分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系... 分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:9个主要的DNA条带所代表的细菌来源于以下几个属:希瓦氏菌属(Shewanella)、无色杆菌属(Achromobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、迪茨氏菌属(Dietzia)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)。在冷藏初期即第0~6d鱼片上的细菌包括8个属,即无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、短杆菌属、迪茨氏菌属、紫色杆菌属;冷藏9d后鱼片发生腐败,此时无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属和假单胞菌属的细菌成为优势种;冷藏12d时出现黄杆菌属细菌。 展开更多
关键词 罗非鱼 PCR-DGGE 腐败 细菌群落演替 16SrDNA
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基于高通量测序方法研究腌制麻竹笋发酵过程中细菌群落的动态演替 被引量:11
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作者 李薇 吴良如 +2 位作者 索化夷 张甫生 郑炯 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第24期9-15,共7页
采用高通量测序方法对盐质量浓度为5 g/100mL和15 g/100mL的腌制麻竹笋自然发酵过程中的细菌群落的动态演替进行研究。结果表明,2种盐浓度样本均以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和蓝藻细菌门(Cyanobacteria)为主要优... 采用高通量测序方法对盐质量浓度为5 g/100mL和15 g/100mL的腌制麻竹笋自然发酵过程中的细菌群落的动态演替进行研究。结果表明,2种盐浓度样本均以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和蓝藻细菌门(Cyanobacteria)为主要优势菌门(平均相对丰度>1%)。发酵前28 d两种盐浓度样本中细菌群落丰富度差异较小,低盐质量浓度(5 g/100mL)样本中的优势菌属有乳酸杆菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)和蓝藻细菌属(Cyanobacteria_norank),高盐质量浓度(15 g/100mL)样本则以乳酸杆菌属、气球菌属(Aerococcus)、蓝藻细菌属和海细菌属(Marinobacterium)为优势菌属。发酵35 d时菌群丰富度均大幅提升,低盐浓度样本菌群丰富度及均匀度均显著高于高盐浓度样本,并且前者菌群结构发生较大改变,而后者菌群结构变化幅度较小。该研究结果将为腌制竹笋的品质调控提供理论依据。 展开更多
关键词 麻竹笋 腌制发酵 高通量测序 细菌群落演替 盐浓度
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曲霉型豆豉发酵阶段细菌群落的演替及其与环境因子的关系 被引量:15
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作者 赵文鹏 李浩 +1 位作者 杨慧林 王筱兰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第4期138-144,共7页
为了解曲霉型豆豉发酵中细菌群落的演替规律,探究细菌菌群演替与发酵环境之间的内在联系。测定豆豉发酵中主要理化指标,依托高通量测序及统计分析揭示曲霉型豆豉发酵中细菌群落组成和演替规律,并就发酵环境变化与细菌群落演替间进行关... 为了解曲霉型豆豉发酵中细菌群落的演替规律,探究细菌菌群演替与发酵环境之间的内在联系。测定豆豉发酵中主要理化指标,依托高通量测序及统计分析揭示曲霉型豆豉发酵中细菌群落组成和演替规律,并就发酵环境变化与细菌群落演替间进行关联分析。结果表明,豆豉在发酵过程中,微生物总量、pH值、还原糖含量、总醇含量和水分含量逐渐减少,总酸含量升高;温度则呈先升后降的趋势。物种注释及多样性分析发现,葡萄球菌属是整个发酵过程的核心菌属,相对丰度为24.16%~85.97%;细菌群落的组成(多样性和均匀度)发生了较大变化,其中各阶段群落的均匀度均具显著差异(P<0.05)。环境因子关联分析表明,发酵环境可影响曲霉型豆豉细菌群落的演替,其中还原糖含量、温度和pH值三者是推动曲霉型豆豉细菌群落演替的主要驱动因子。考虑到实际生产条件,温度可能是未来豆豉工业化生产的人为控制的重要因素。 展开更多
关键词 曲霉型豆豉 高通量测序 细菌群落演替 理化因子 关联分析
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功能菌接种对石油污染土壤修复效果及微生物群落的影响 被引量:2
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作者 左一琳 陈文杰 +7 位作者 孙慧杰 丁晓艳 詹亚斌 张昊 丁国春 李季 魏雨泉 刘蕊 《环境工程技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1677-1685,共9页
利用定向筛选驯化的二苯并噻吩(DBT)降解菌对石油污染土壤进行为期40d的土壤模拟培养试验,研究了功能菌(红球菌,Rhodococcussp.ZYL-1)接种对石油污染土壤中DBT的降解效果,结合16SrDNA高通量测序及生物信息学分析,解析了功能菌接种对土... 利用定向筛选驯化的二苯并噻吩(DBT)降解菌对石油污染土壤进行为期40d的土壤模拟培养试验,研究了功能菌(红球菌,Rhodococcussp.ZYL-1)接种对石油污染土壤中DBT的降解效果,结合16SrDNA高通量测序及生物信息学分析,解析了功能菌接种对土壤细菌群落演替的影响。结果表明:在25℃的暗箱培养过程中,红球菌添加显著提高了DBT污染土壤的降解率(P<0.001),生物接种处理组(BIOEIF)的DBT降解主要发生在培养前10d,培养结束后DBT降解率接近60%,比依赖土壤土著微生物的自然衰减组(NAT)降解率提升10%以上;对比BIOEIF组和NAT组土壤培养过程中细菌群落组成,BIOEIF组香农多样性指数和系统发育指数显著低于NAT组,但接种红球菌未对DBT污染土壤的细菌群落组成造成显著影响,Micromonospora、Bacillus、unclassified_f_Planococcaceae为污染土壤培养过程中的优势菌属,而接种的红球菌并未成为优势菌属;网络分析表明,功能菌接种显著提升污染土壤微生物的DBT关键降解菌属类群,通过强化土壤土著微生物Shimazuella协同降解DBT,进而提升了石油烃污染土壤的修复效果,Shimazuella可能是参与DBT的代谢的关键微生物。所接种的功能菌(红球菌)可协同提高土著微生物对于石油污染土壤DBT的生物降解,具有较高的土壤修复应用潜力。 展开更多
关键词 二苯并噻吩(DBT) 生物修复 红球菌 细菌群落演替
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湖南冷水江锡矿山尾矿库细菌富集群落与辉锑矿的相互作用及其群落演替 被引量:1
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作者 王宇鑫 邬梦晓俊 +3 位作者 王纬琦 李旻 雷静文 王红梅 《地球科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第11期4311-4320,共10页
为了从群落水平上探讨细菌对辉锑矿的溶解释放作用,从湖南锡矿山尾矿库尾矿渣中富集了细菌群落,开展了其与辉锑矿相互作用的实验研究.通过湿化学方法检测实验过程中pH和锑含量的变化、用16S rRNA高通量测序检测实验过程中细菌群落的变化... 为了从群落水平上探讨细菌对辉锑矿的溶解释放作用,从湖南锡矿山尾矿库尾矿渣中富集了细菌群落,开展了其与辉锑矿相互作用的实验研究.通过湿化学方法检测实验过程中pH和锑含量的变化、用16S rRNA高通量测序检测实验过程中细菌群落的变化,用X射线粉晶衍射仪(XRD)检测微生物与矿物相互作用后矿物相的变化,进而揭示群落水平上微生物与辉锑矿相互作用的机制及相互作用过程中细菌群落的演替.结果表明在好氧条件下细菌群落可以以乳酸钠为碳源进行异养生长,造成溶液pH的升高,进而导致辉锑矿的溶解.实验初期辉锑矿溶解释放的三价锑迅速被氧化成五价锑,但第9 d之后三价锑开始在溶液中积累,在实验结束时浓度比五价锑略高.溶液中五价锑的浓度在第12 d之前持续上升,之后下降,直至实验结束.溶液中锑含量的升高,对细菌群落进行了强烈的筛选作用.实验过程中细菌群落均以对As/Sb等多种重金属具有抗性的草螺菌属(Herbaspirillum)占绝对优势,但其相对丰度在第11 d之后有所下降.具有锑氧化能力的细菌类群如副球菌属(Paracoccus)、博斯氏菌属(Bosea)等在群落中的相对丰度较低,导致辉锑矿溶解释放出来的三价锑不能被完全氧化.XRD结果显示辉锑矿与细菌群落作用后生成了含有五价锑的锑酸钠,这与溶液中五价锑浓度的下降相吻合.该结果为进一步理解锡矿山自然环境中细菌群落对含锑矿物的溶解、锑的氧化、迁移和转化的影响提供了新的认识. 展开更多
关键词 锡矿山锑矿 尾矿坝 微生物与矿物相互作用 辉锑矿 锑氧化 细菌群落演替 生物地质 地球化学 环境地质
原文传递
Succession of Bacterial Community Inhabited Acid Mine Drainage under High Fe(Ⅱ) Concentration
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作者 M.X. Wan Y. Yang +4 位作者 W.M. Zeng J.L. Xia X.D. Liu W.Q. Qin G.Z. Qiu 《Journal of Environmental Science and Engineering》 2010年第8期46-55,共10页
To reveal the effects of Fe2+ on bacterial communities in the early stages of minerals dissolution, two different acid mine drainage (AMD) samples were collected at Dabaoshan Mine and Shenbu Mine. Community success... To reveal the effects of Fe2+ on bacterial communities in the early stages of minerals dissolution, two different acid mine drainage (AMD) samples were collected at Dabaoshan Mine and Shenbu Mine. Community successions of AMD niches were analyzed by Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA), sequencing, and phylogenetic analysis in original AMD samples and their subculture under Fe2+ concentrations. Although geochemical properties and community structures were greatly different between the two original AMD samples, bacterial community successions were still very similar under high Fe2+ concentrations. The results showed that Acidithiobacillus ferrooxidans have competitive relationship with other bacterial species living in the AMD, including species that were also capable of oxidizing ferrous ion. A competitive relationship among different At. ferrooxidans strains likewise existed. Some of At. ferrooxidans can grow first under conditions of high ferrous ion concentration, and other At. ferrooxidans species decreased gradually and disappeared. This suggested that these species of At. ferrooxidans are most acidophilic bacteria and afford Fe3+ to leach other metallic ion in the early stages of minerals dissolution. 展开更多
关键词 Bacterial diversity SUCCESSION acid mine drainage amplified ribosomal DNA restriction analysis.
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