基因组特异性引物扩增细菌转录产物标记后用于DNA芯片分析

DNA芯片能够在一个载体上同时分析至少两种实验条件下,上千个基因的表达.但是,DNA芯片分析时要求有足够的RNA来产生探针,尤其是在进行细菌RNA杂交时(50μg细菌总RNA约含2μg mRNA).我们研制出一种以计算机为基础推测最小引物数量的方法,这些引物与假定基因组的全部基因都能特异性配对.例如,通过这个推测方法获得37个寡核苷酸片段,能够扩增出结核分枝杆菌基因组的全部基因.我们检测了基因组特异性引物(Genome directed primers,GDPs)的有效性,并在DNA芯片上检测基因表达时与随机引物进行了比较性研究.我们用这两种引物制备荧光标记探针,并在芯片上与960个位点的细菌基因杂交.与随机引物比较,GDPs更敏感、特异,尤其是在从哺乳动物RNA样品中检测结核杆菌RNA的时候.