固脱清腑汤胃肠道灌注对重症多发伤患者血液细菌16S rRNA的影响

目的观察固脱清腑汤早期胃肠道灌注对重症多发伤患者血液细菌16S rRNA基因的影响。方法 60例严重多发伤患者分为治疗组(33例)和对照组(27例),伤后两组经胃肠营养管分别滴入自拟中药汤剂固脱清腑汤和生理盐水,两组其余治疗原则相同。观察两组患者伤后第3、6、9天的血细菌16S rRNA基因阳性率、体温、白细胞计数、血清超敏C反应蛋白(CRP)、血培养阳性率、感染性并发症的发生率和病死率。结果治疗组伤后第9天体温[(37.6±0.12)℃]显著低于对照组[(38.10±0.15)℃,P<0.05];伤后第6、9天CRP治疗组分别为(52.4±6.3)mg/L和(42.9±7.5)mg/L,显著低于对照组[分别为(104.3±20.1)mg/L和(92.5±17.1)mg/L,均为P<0.05];伤后第6、9天血细菌16S rRNA基因阳性率分别为33.3%和30.3%,显著低于对照组(分别为59.3%和77.8%),差异均有统计学意义(P<0.05,P<0.01);伤后血培养结果两组差异无统计学意义(P>0.05);治疗组感染性并发症的发生率(30.3%)也显著低于对照组(59.3%,P<0.05)。结论固脱清腑汤早期胃肠道灌注可能有益于严重创伤患者肠黏膜屏障功能的改善,对减少肠道细菌易位,降低感染性并发症的发生率有一定的作用。

采用ARDRA研究双孢蘑菇培养料后发酵过程中的细菌群落结构(Ⅰ)——细菌16S rDNA全长文库的建立

采用化学裂解和酶解相结合的方法,以加入PVPP的高盐缓冲液作为细胞裂解反应体系,用PEG- 8000进行DNA沉淀.从双孢蘑菇堆肥后发酵的4个代表时期培养料样品中提取微生物总DNA,再以总DNA为模板,以专用引物F27和R1498进行PCR扩增,获得16S rDNA片段,经纯化后构建4个时期样品的细菌16S rDNA文库。试验结果表明,本试验获得的总DNA质量较好。采用PCR扩增可获得多个细菌、放线菌和真菌特异片段;细菌16S rDNA文库的目的片段插入效率在90%以上。

北方黑土土壤细菌16S rDNA扩增体系的优化

采用降落PCR方法扩增目的基因，设计两次正交试验对PCR反应体系中的各组分浓度进行筛选，同时对退火时间、延伸时间及循环次数进行摸索。结果表明，适合北方黑钙土土壤细菌16SrDNA扩增体系为：在25μl体系中，10×buffer2．5μl，DNA模板20ng，Mg^2＋ 2．5mmol L^-1,dNTPs0．25mmol L^-1，引物0．3μmol L^-1，TaqDNA聚合酶1．5U。降落PCR扩增程序为：95℃，5min；95℃，45s；65～56℃，60s；72℃，90s；每两个循环降低1℃。95℃，45s；55℃，60S；72℃，90s；10个循环。最后72℃，10min。

16S rDNA文库构建技术辅助诊断长病程患者血流感染病原菌方面的应用

目的探讨16S rDNA文库构建技术在长病程患者细菌血流感染病原学诊断中的应用价值。方法随机收集2023年脓毒血症患者的血浆以及静脉血样本各20例。利用血培养、16S rDNA文库构建技术与16S rDNA高通量测序技术同时检测样本中的病原菌,比较三种方法检测结果的一致性和性能指标。进一步比较疑似混合感染组(SMIG)和单一感染组(SIG)患者的预后情况。结果通过一致性评价和临床性能指标分析后发现,16S rDNA文库构建技术的结果一致率为80.00%,灵敏度为88.24%,特异性为33.3%。16S rDNA高通量测序技术的结果一致率为70.00%,灵敏度为82.35%。通过K⁃M生存曲线分析显示,疑似混合感染组患者的住院时长以及PCT恢复正常时长明显高于单一感染组且差异有统计学意义(P<0.05)。结论疑似混合细菌血流感染患者的住院时长与病程长于单一细菌血流感染患者,且利用16S rDNA文库构建技术能够有效辅助血培养技术诊断长病程血流感染病原菌,辅助临床医生针对长病程血流感染患者制定更加精准的诊疗方案。

16S rRNA及18S rRNA同时检测脑脊液中的病原菌

目的 提高脑脊液中病原菌的快速、准确鉴定率。方法 以细菌的保守序列 16SrRNA和真菌的 18SrRNA为通用引物 ,用多重PCR技术对标准菌株及 4 6例中枢神经系统感染患者的脑脊液进行扩增 ,同时与脑脊液的培养结果进行比较。结果 标准菌株金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、脑膜炎奈瑟菌、结核分枝杆菌、化脓性链球菌及白色念球菌均出现特异条带 ,人白细胞DNA为阴性。 4 6份脑脊液标本培养阳性 39例 ,另有 2例PCR阳性而培养阴性 ,后经诱导传代培养证实为L型金黄色葡萄球菌。PCR阳性 4 1例 ,与培养分离鉴定结果符合率为 10 0 %。结论 多重PCR可快速鉴定脑脊液中病原菌 。

菌株F12-11-1-2的16S rDNA序列分析及其生理生化性质研究

菌株F12-11-1-2是一株从中国东海浙江海域200m的海泥中分离得到的,具有抗稻瘟霉(Pyricularia oryzae)活性。通过对菌株的形态、培养特征、生理生化特征的研究以及16S rDNA序列分析,结果表明它是一株适应了海洋环境的芽孢杆菌属(Bacillus)的枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。

模拟垂直流人工湿地不同木本植物根际细菌群落特征

为探讨植物种类对人工湿地中根际细菌群落结构特征分布的影响,以7种木本植物细叶水团花(Adina rubella)、南川柳(Salix rosthornii)、白棠子(Callicarpa dichotoma)、夹竹桃(Nerium oleander)、木芙蓉(Hibiscus mutabilis)、水蜡(Ligustrum obtusifolium)、大叶女贞(Ligustrum lucidum)为研究对象,运用16S rRNA细菌高通量测序技术,探究垂直流人工湿地木本植物根际微生物群落结构及其主要功能类群。结果表明:细叶水团花、水蜡根际菌群的多样性、丰富度与均匀度均高于其他5种植物,其根系能够更好地富集微生物。门水平上,变形菌门、厚壁菌门是木本植物平均相对丰度较高的门,其次为绿弯菌门、放线菌门和蓝藻门;属水平上,乳杆菌属、片球菌属、地杆菌属为木本植物的共有优势菌属;大叶女贞、白棠子、夹竹桃菌落组成差异显著,乳杆菌属、片球菌属、乳球菌属是引起7种木本植物样本间菌落差异的关键物种;7种木本植物根际硝化功能菌属丰度普遍较低,相对丰度范围为0.11%—1.06%;反硝化功能菌属的相对丰度范围为3.51%—10.40%,水蜡对于反硝化功能菌属的富集能力最强。基于实验得出,在模拟垂直流人工湿地条件下,根系水淹处理的木本植物为微生物反硝化作用营造了适宜的厌氧条件,使反硝化细菌在木本植物根际大量富集,供试的7种木本植物在适应水淹缺氧逆境胁迫的同时,仍能够保障人工湿地系统的氮去除能力。

天津地区鲍曼不动杆菌16SrRNA甲基化酶基因的检测与耐药性分析

目的:了解天津地区鲍曼不动杆菌16SrRNA甲基化酶基因的携带情况,并进行耐药分析。方法:收集天津地区2所医院2010年8月—12月临床分离的152株鲍曼不动杆菌,采用琼脂稀释法或纸片扩散法测定菌株药敏情况;聚合酶链反应(PCR)对鲍曼不动杆菌扩增7种16SrRNA甲基化酶基因(armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD、rmtE、npmA)并测序。结果:152株鲍曼不动杆菌对多黏菌素B的耐药率最低(0),其次是头孢哌酮/舒巴坦(15.79%)和左氧氟沙星(36.84%),对其他11种抗菌药物耐药率均在45%以上。83株耐氨基糖苷类菌株中armA阳性率为87.95%(73/83),占实验菌株的48.03%(73/152),未检出其他6种16SrRNA甲基化酶基因。armA阳性菌株耐药严重,除多黏菌素B外,ar mA阳性菌株对其余13种抗菌药物的耐药率明显高于armA阴性菌株(均P<0.01)。多重耐药和泛耐药占的比例在armA阳性株中(100%和69.86%)也明显高于阴性株(21.52%和11.39%)。结论:armA广泛存在于鲍曼不动杆菌中,未检出其他6种基因。

采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)研究双孢蘑菇培养料后发酵过程中的细菌群落结构(Ⅱ)-细菌群落结构ARDRA分析

采用ARDRA对双孢蘑菇[Agaricus bisporus(Large)Sing.]培养料后发酵过程中的细菌群落结构进行研究。细菌16S rDNA文库ARDRA分析结果表明,细菌群落在后发酵过程中发生了明显变化,4个时期文库的16S rDNA组成分别以各自独有酶切类型为主。ARDRA文库优势类群的序列分析结果显示,培养料中的细菌组成远多于传统分离方法所获得的类群:在"空气调节"时期培养料(C6)中发现了一些未曾报道的Bacilli门成员,如Trichococcus属、Planococcus属和Caryophanon属,以及γ-Proteobacteria亚纲;而在"后发酵"开始和结束的培养料(C1和C7)中分别检测到了Ther mus ther mophilus和α-Proteobacteria亚纲的细菌,这些是近年来利用分子生物学方法在高温堆肥中发现的新类群;同时,在整个"后发酵"过程中还发现了大量目前尚未获得培养的细菌类群。

双季稻田冬闲期土壤细菌数量及结构对施氮的响应

[目的]研究不同施氮水平对湖南双季稻区冬闲期土壤细菌结构与数量的影响,为双季稻区水稻可持续生产提供理论依据。[方法]依托湖南省双季稻区连续8年的定位试验,选取3个氮肥水平处理:CK(不施氮肥)、N1(施N 100 kg/hm^2)、N2(施N 200 kg/hm^2),取稻田冬闲期5—20 cm耕层土样,采用高通量测序和荧光定量PCR方法测定了土壤细菌数量与结构。[结果]与CK相比,N1、N2处理显著增加了双季稻产量,提升了冬闲期土壤总氮、全碳含量,降低了土壤pH、硝态氮及碳氮比(P<0.05)。N1和N2处理的细菌16s rDNA基因拷贝数分别为CK的48.25和40.31倍。施氮显著增加土壤总细菌丰度,土壤细菌丰度与土壤全氮、碳氮比呈显著正相关,与土壤全碳呈显著负相关。施氮改变了冬闲期稻田土壤细菌的多样性及群落结构。与CK相比,N1处理提高了稻田土壤微生物多样性;N2处理显著增加稻田土壤细菌丰富度,但显著降低稻田土壤细菌多样性。此外,3个处理土壤菌群相对丰度最高的是Proteobacteria(变形菌门),达40.16%~51.16%。N2处理的变形菌门相对丰度显著高于CK与N1,N1处理的变形菌门相对丰度显著低于CK。3个处理属水平细菌相对丰度较高的是Anaerolineaceae_uncultured(厌氧绳菌属)和Nitrospira(硝化螺旋菌属),其相对丰度分别为8.6%~14.56%和8.16%~11.46%。Spearman相关性分析显示,11个优势门菌群数量均与土壤化学性质存在显著相关性。稻田11个优势菌群的数量与土壤化学性质显著相关。[结论]湖南双季稻区施氮降低冬闲期稻田土壤pH和C/N比,低施氮水平可增加稻田微生物多样性,高施氮量虽然增加稻田细菌丰富度,但降低了微生物多样性。

基于PCR-DGGE基因指纹的对虾体内优势细菌组成分析

采用不依赖分离培养的16S rDNA的PCR-DGGE基因指纹技术对刀额新对虾与中国对虾的鳃部与肠道优势细菌种群组成进行比较分析。研究发现:对虾鳃部与肠道存在着丰富多样的细菌;根据DGGE指纹图的聚类分析发现不同对虾及同一种对虾的鳃部与肠道内的细菌组成差异性非常大;同时也发现不同对虾体内有相同的细菌存在。首次尝试建立基于16S rDNA的PCR-DGGE基因指纹的对虾体内细菌组成揭示方法,对于今后建立对虾与养殖水体微生物和相关疾病的关系具有重要意义。

高寒草甸鼠兔活动对土壤微生物群落特征的影响

高原鼠兔活动严重影响了高寒草甸生态系统的多样性及稳定性,土壤微生物对环境变化高度敏感,其群落特征受到了高原草甸鼠兔活动的显著影响。为探究鼠兔活动对土壤微生物群落结构及多样性的影响,本实验以青海湖高寒草甸鼠兔活动干扰下的土壤微生物为研究对象,基于细菌16s rRNA进行高通量测序。不同处理下的土壤细菌的优势菌群相似,主要包括变形菌门和酸杆菌门。与自然状态下的高寒草甸相比,鼠兔活动下的土壤细菌群落丰富度显著增加,多样性指数显著降低(P<0.05)。鼠兔活动显著影响了土壤细菌的群落结构(P<0.05),对照与鼠兔活动分组间存在104个差异菌群,鼠兔活动下的亚表层土壤(10—20 cm)仅有3个菌群相对丰度显著升高,鼠兔活动下的表层土壤(0—10 cm)则存在52个差异菌群。FAPROTAX预测分析表明,土壤细菌群落功能基团多为碳氮代谢相关的功能基团,另有部分与无氧呼吸途径及人类疾病有关。总体而言,鼠兔活动显著影响了高寒草甸土壤细菌的群落结构及多样性特征,且表层土壤的细菌群落对鼠兔活动的响应更为明显。

不同还田方式对砂质潮土理化性质及微生物的影响

为探索不同物料还田方式对中低产田砂质潮土的改良效果,在黄淮海平原麦玉轮作区典型砂质潮土上进行了连续6季的田间小区试验,设置全量秸秆翻耕还田(TS),秸秆等碳量的生物炭(TB)及半量秸秆半量生物炭配合翻耕还田(TSB),全量秸秆免耕覆盖还田(NTS)和半量秸秆半量生物炭配合免耕覆盖还田(NTSB),共5种还田方式。结果表明,与常规秸秆翻耕还田(TS)相比,生物炭翻耕还田(TB)显著降低土壤容重,增加玉米各个生育期土壤水分和p H值,有机质含量提升了16.4%,但TB处理的土壤大团聚体降低了21.2%和微生物数量降低了16.1%;翻耕秸秆配合生物炭还田(TSB)除了显著降低了大团聚体数量,对其余理化及微生物指标的影响均不显著;免耕模式下的秸秆还田(NTS)和秸秆生物炭配施(NTSB)分别在玉米生长的喇叭口期和收获期显著增加了土壤水分含量、耕层土壤的微生物数量和有效降低砂质潮土分形维数,对容重和有机质含量有一定的改善,其中NTSB有机质含量提升了14.9%和微生物数量增加了53.7%,对砂质潮土改良效果更好。总体来说,短期内用等碳量的生物炭替代秸秆翻耕还田更多的表现为物理的掺混效应,虽能有效提升土壤有机质含量,但不能有效改善砂质潮土的物理结构及生物性质,一半秸秆用生物炭替代还田对该类土壤的理化及微生物指标的改良效果也不显著,而免耕条件下秸秆配合生物碳还田效果最佳,可为砂质潮土的改良提供新的途径和理论依据。

润滑油降解菌的筛选及其alkB基因的PCR分析

从重庆地区受润滑油污染的酸性土壤中筛选润滑油降解菌,采用形态学和16 srDNA分析鉴定其分类地位,研究它们以润滑油作为唯一碳源的生长能力,并对其烷烃羟化酶基因(alkB)进行了PCR分析。从污染的土壤样品中分离出11株细菌。用酶法检测和干重法检测发现9株细菌均能分解利用润滑油,16 srDNA分析表明这些菌分属Pseudom onas,Cupriavidus,Bacillus,Acine-tobacter,Stenotrophom onas。对这些菌株的PCR分析发现其alkB基因扩增片段大小介于160和400 bp之间。

桑叶穿孔病病叶表面的微生物分离鉴定和微型害虫调查

桑叶穿孔病是近年来新发现的桑树病害之一,目前尚未明确其病原物。2015年8月在四川省绵阳市三台县发生桑叶穿孔病的桑园观察桑树感病症状后,将采集的桑树病叶带回实验室分离、鉴定病叶上分布的微生物菌株以及微型害虫种类。采用细菌和真菌的常规分离方法,从病叶样本中分离并依据菌落特征初步鉴定的细菌有5种43株,基于细菌菌株的16S r DNA序列鉴定为成团泛菌(Pantoea agglomerans)23株、菠萝泛菌(Pantoea ananatis)10株、栖稻假单胞菌(Pseudomonas oryzihabitans)2株、Pseudomonas argentinensis 3株以及醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)5株;分离并依据菌落特征和菌株ITS r DNA序列初步鉴定的6种真菌分别是黑孢菌(Nigrospora sp.MF01)、稻黑孢菌(Nigrospora oryzae MF02)、球黑孢霉(Nigrospora sphaerica MF03)、白腐真菌(Phanerochaete sordida MF04)、拟茎点霉(Phomopsis sp.MF05)和黑附球菌(Epicoccum nigrum MF06)。另在显微镜下观察到病叶叶面有桑蓟马(Pseudodendrothrips mori)、桑粉虱(Pealius mori)、叶螨(Tetranychus sp.)和叶甲(Chrysomeloidea sp.)4种微型害虫,这些微型害虫危害桑叶的创伤可能有利于病原菌感染致病。上述结果为进一步探究桑叶穿孔病的发生机制及致病菌的鉴定积累了重要的基础信息。

基于年龄因素的肠镜阴性人群与结直肠息肉患者肠道菌群结构及多样性研究

目的:结直肠息肉病具有显著的人口学特征,基于年龄为主要风险因素,探讨结直肠息肉患者和肠镜检查结果阴性人群的肠道菌群构成和多样性差异。方法:①筛选出结直肠息肉患者7例以及肠镜检查结果阴性人群47例的粪便样本;②提取样本菌群的DNA、PCR扩增、纯化及产物定量,菌群作16S rDNA基因测序;③样本分组:息肉组(7例)、对照组(47例),后者又分为对照一组(年龄≥40岁)、对照二组(年龄<40岁);④使用I-Sanger云平台进行高通量数据分析,物种差异分析使用秩和检验。结果:①Alpha多样性分析,息肉组与对照组肠道菌群构成不同;②在门水平上,息肉组梭杆菌门(Fusobacteria)相对丰度显著低于对照组;在科水平上,息肉组伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)的相对丰度显著低于对照组;在属水平上,息肉组洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia-Paraburkholderia)的相对丰度显著低于对照组;③息肉组与对照一组和2组的Alpha多样性差异无统计学意义(P>0.05)。结论:①息肉组与对照组肠道菌群构成不同;②随着年龄增大,维荣球菌科(Veillonellaceae)、巨单胞菌属(Megamonas)相对丰度下降与结直肠息肉发病风险增大有关。

香茅精油对维氏气单胞菌的抑菌作用

试验研究香茅精油对维氏气单胞菌的抑制作用。对感染维氏气单胞菌的红螯螯虾进行分离纯化,并通过形态学观察和16SrDNA序列同源性分析进行菌株鉴定。以该菌作为靶标,通过测定最小抑菌浓度、最小杀菌浓度和细菌形态扫描电镜观察,探究香茅精油对维氏气单胞菌的体外抑菌作用。结果显示,经Blast比对、构建同源进化树进行分析,鉴定从红螯螯虾分离到的病原菌为维氏气单胞菌(GenBank登录号为:MW555245)。天然香茅精油对维氏气单胞菌具有不同程度的抑制效果,其中柠檬香茅精油的最小抑菌浓度为0.625 g/L,最低杀菌浓度为1.250 g/L;爪哇香茅油的最小抑菌浓度为1.250 g/L,最低杀菌浓度为2.500 g/L。香茅精油可以破坏维氏气单胞菌的细胞膜。研究表明,香茅精油可以应用于水产养殖中病菌防控。

纳米Fe3O4对生菜生长及土壤细菌群落结构的影响

纳米Fe_3O_4的广泛应用增加了其暴露到农田环境的可能性,因此亟待研究纳米Fe_3O_4对农业生态环境的影响.本研究采用盆栽试验方式,研究不同浓度纳米Fe_3O_4颗粒(1、10、100 mg·kg^(-1))对生菜生长及土壤细菌群落的影响,并与相应浓度的普通Fe_3O_4处理进行对比.通过测定植物光合速率常数、植株Fe含量来评价植物生长;采用高通量测序技术研究土壤细菌群落结构及组成.结果表明:不同浓度纳米Fe_3O_4的影响不同.低浓度纳米Fe_3O_4能提高植物生物量,增强植物叶片光合速率,增加土壤中黄单胞菌目的相对丰度,降低蓝细菌、鞘脂杆菌纲的相对丰度,但对群落多样性指数影响不显著.高浓度纳米Fe_3O_4抑制作物生长,提高植株中Fe积累及土壤电导率,降低细菌群落系统发育多样性,降低黄单胞菌目、鞘脂杆菌纲相对丰度,增加蓝细菌相对丰度.此外,一些土壤功能微生物对纳米Fe_3O_4及普通Fe_3O_4处理的响应也存在差异,说明不同粒径及浓度的Fe_3O_4均会对土壤微生物群落产生影响,并可能影响地上部分植物性状.因此,在评估纳米颗粒的生物学效应时需较多关注土壤微生物.

珠穆朗玛峰北坡6000m以上主要生境细菌群落特征

流式细胞技术及构建的细菌16SrRNA基因文库揭示了珠穆朗玛峰北坡6600-8000m表层雪中细菌的数量。以及6000m冰塔林、6350m冰川融水和6600m表层雪中细菌的群落特征．珠峰北坡表层雪中细菌数量高于南极地区，但与其他高山雪中相似．表层雪中细菌的数量有随海拔升高而增多的趋势，但与离子的浓度相关性不太．珠峰北坡冰冻环境中的细菌16S rRNA序列与土壤、湖泊和河流、动植物体及其他冷冻环境中细菌的相似．冰塔林、冰川融水和表层雪中细菌具不同的群落特征，Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides（CFB）类群细菌在冰川融水中占绝对优势，冰塔林中属于β-Proteobacteria和CFB类的细菌为优势种，而表层雪中细菌则以β-Proteobacteria和Actinobacteria类的细菌为主，不同生境中细菌群落的不同可能是由于细菌的沉积后变化引起．

不同生产状态下佛手山药土壤微生物群落多样性分析

佛手山药是湖北省“农产品地理标志产品”。大田种植佛手山药有多种生产方式。为了探讨不同生产状态下佛手山药土壤微生物群落结构,进行取样分析。以湖北省武穴市佛手山药主产区佛手山药的土壤样品为研究材料,样品取自于4种不同的自然生产状态(1、施2%阿维菌素连作1年地;2、施2%阿维菌素连作2年地;3、未施2%阿维菌素非连作地;4、未施2%阿维菌素连作2年地)。采取5点取样法分别采集5~10 cm、10~20 cm、20~30 cm深度土壤层土壤,每深度土壤层重复取样3次,并提取土壤基因组DNA;采用细菌16S RNA和真菌ITS技术进行高质量测序。序列数据分析结果表明共获得2539748条真菌ITS有效序列和1964285条细菌16S有效序列。门分类水平上确认了12个真菌分类单元和50个细菌分类单元,属水平共鉴定到193个真菌物种和1023个细菌物种,显示佛手山药根际土壤在不同生产状态下细菌群落组成的差异性相比真菌群落更为明显,连作对真菌群落结构的影响可能超过了施药处理,土壤深度对细菌群落结构的影响可能更为显著。佛手山药土壤真菌和细菌群落结构特征提示在不同自然生长状态和不同生长深度的土壤中,真菌和细菌群落在门和属水平均呈现多样性,佛手山药大田连作种植易增加根部病害发生的风险。