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蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展
被引量:
10
1
作者
王存新
常珊
+3 位作者
龚新奇
杨峰
李春华
陈慰祖
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期751-758,共8页
分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积...
分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.
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关键词
蛋白质-蛋白质分子对接
打分函数
打分策略
结合位点信息
下载PDF
职称材料
蛋白质-蛋白质分子对接方法中分子柔性处理与近天然结构筛选的研究
被引量:
2
2
作者
杨峰
曹立彬
+4 位作者
龚新奇
常珊
陈慰祖
王存新
李春华
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期15-22,共8页
蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方...
蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法。针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略:结合位点信息的利用、相似结构的聚类和打分函数对结构的评价。本文围绕以上问题,就国内外研究进展和本研究小组的工作作详细的综述,并对进一步的研究方向进行了展望。
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关键词
蛋白质-蛋白质分子对接
分子柔性处理
结合位点信息
结构聚类
打分函数
原文传递
题名
蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展
被引量:
10
1
作者
王存新
常珊
龚新奇
杨峰
李春华
陈慰祖
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
华南农业大学信息学院
清华大学生命科学学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第4期751-758,共8页
基金
国家自然科学基金(10974008
31171267)
+1 种基金
教育部博士点基金项目(200800050003)
科技部国际合作项目(2010DFA31710)资助~~
文摘
分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.
关键词
蛋白质-蛋白质分子对接
打分函数
打分策略
结合位点信息
Keywords
Protein-protein docking
Scoring function
Scoring scheme
Binding site information
分类号
O629.73 [理学—有机化学]
下载PDF
职称材料
题名
蛋白质-蛋白质分子对接方法中分子柔性处理与近天然结构筛选的研究
被引量:
2
2
作者
杨峰
曹立彬
龚新奇
常珊
陈慰祖
王存新
李春华
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
清华大学生命科学学院
华南农业大学信息学院
出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期15-22,共8页
基金
国家自然科学基金项目(10974008)
北京市自然科学基金项目(4102006)
+2 种基金
教育部博士点基金项目(200800050003)
科技部国际科技合作项目(2010DFA31710)
北京市教委科技创新平台-自然基础研究基金资助项目~~
文摘
蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法。针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略:结合位点信息的利用、相似结构的聚类和打分函数对结构的评价。本文围绕以上问题,就国内外研究进展和本研究小组的工作作详细的综述,并对进一步的研究方向进行了展望。
关键词
蛋白质-蛋白质分子对接
分子柔性处理
结合位点信息
结构聚类
打分函数
Keywords
Protein-protein docking
Molecular flexibility treating
Binding site information
Similar structure clustering
Scoring function
分类号
Q617 [生物学—生物物理学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展
王存新
常珊
龚新奇
杨峰
李春华
陈慰祖
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012
10
下载PDF
职称材料
2
蛋白质-蛋白质分子对接方法中分子柔性处理与近天然结构筛选的研究
杨峰
曹立彬
龚新奇
常珊
陈慰祖
王存新
李春华
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
2
原文传递
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