鸭源鸡杆菌外膜蛋白A基因克隆及结构与功能分析

为筛选鸭源鸡杆菌(G.anatis)潜在的保护性抗原基因,参考Gen Bank中G.anatis UMN179的外膜蛋白A(OmpA)基因序列设计1对引物,对鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG(RZ)株的OmpA基因进行克隆,并应用相关软件对其核苷酸及氨基酸序列进行生物信息学分析。结果显示,OmpA基因大小为1 083 bp,编码360个氨基酸;鸭源鸡杆菌RZ株的OmpA与UMN179、F149及12656/12的OmpA氨基酸相似性分别为93.2%、95.2%、92.7%;OmpA蛋白分子质量为38.4 ku,等电点为6.77,具有稳定性,N端有1个疏水性的α螺旋信号肽。

鸭源鸡杆菌外膜蛋白W基因克隆及结构与功能分析

参考GenBank中鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis,G.anatis)UMN179的外膜蛋白W(outer membrane protein W,OmpW)基因序列设计1对引物,对鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG株的OmpW基因进行克隆、测序,并通过生物信息学软件对该蛋白结构与功能进行分析及预测。结果显示:OmpW基因大小为705bp,编码234个氨基酸;与鸭源鸡杆菌UMN179株、F149株及12656/12株的OmpW氨基酸同源性分别为88.9%、78.7%和79.6%;OmpW相对分子质量为25 300,等电点为7.88,是能够稳定存在的蛋白,N端有1个疏水性的α螺旋信号肽,C端有1个疏水性的β折叠区域,并且在外膜表面存在1个保守性的B细胞线性表位。本试验成功克隆了鸭源鸡杆菌PDS-RZ-1-SLG株的OmpW基因,并对其结构与功能进行初步分析和预测,为进一步研究其生物学功能及其应用奠定基础。

小鼠骨骼肌肌球蛋白重链生物信息学特性比较

应用生物信息学软件对MyHCs蛋白不同亚型的基因序列进行比较分析,并根据比对结果建构系统进化树,对其蛋白进行结构与功能分析。结果表明:MyHC在体内以多种蛋白形式存在,其理化性质基本一致;可能的翻译后糖基化修饰多为N-糖基化,且都存在较多个位点,具有明显的Motor-domain Superfamily、MYSc、Myosin tail 1等多重保守结构域,并且N末端具有多个ATP结合位点等特异性功能区域。MyHCs蛋白二级结构均以α螺旋为主,辅以折叠和无规则卷曲等形式,其三级结构模式相似;系统进化树显示,MyHCⅡb、MyHCⅠ蛋白与其他蛋白有着较大的序列差异及较远的进化关系。MyHC蛋白不同亚型结构之间的细微差异为MyHC的重塑提供可能,进而在结构上与其功能相适应。