用计算机模拟研究人肿瘤坏死因子的结构功能

人肿瘤坏死因子(humantumornecrosisfactor,hTNFα)的生物学活性是由两种不同受体(TNFR1/R55和TNFR2/R75)介导的。为了了解hTNFα与这两种受体相互作用的异同之处,以便指导hTNFα的蛋白质工程改造,根据LT与R55受体胞外区复合物的晶体结构及hTNFα和LT与两种受体结合的相似性,预测了hTNFα与其两种受体胞外区形成复合物的三维结构模型。并根据所得的计算机模型,分析了hTNFα和受体结合前后的溶剂可及表面积的变化,以及受体与hTNFα之间可能形成的氢键、明显的静电作用和疏水作用。然后根据模型对hTNFα的结构-功能关系进行了分析,并以此为基础设计了几个新的hTNFα突变体。

计算机辅助机械结构进行有限元分析方法--评《机械结构有限元法与计算机辅助分析》

立足机械工程领域,有限元法是强度校核、性能分析、模拟仿真等环节中的重要方法之一,特别是在繁琐、复杂的机械结构设计中发挥着关键的作用。随着现代机械功能需求的不断增加,以及机械制造理念和技术的持续更新,传统的有限元分析方法已经难以满足现代机械结构的分析需要,加强与现代信息技术的融合,实现有限元法与计算机辅助分析的有机结合,是机械结构有限元法发展的必由之路。

基于FPGA的计算机系统原型仿真平台设计

如何帮助学生实现认知上从理论到实践的飞越,是传统计算机体系结构教学面临的最大挑战。目的是构建可重构的计算机系统原型仿真实验平台,给学生创造一个设计计算机系统原型的机会。通过FPGA仿真验证和C语言模拟器仿真的方法,以32位乱序流水线的RISC处理器原型为核心,构建了C语言模拟器、RTL仿真器和FPGA仿真验证平台,移植和改造了操作系统、编译器等系统软件和工具链,最终设计和实现了一套完整的计算机系统原型仿真教学实验平台。仿真教学实验平台与目前传统的计算机系统教学实验平台相比,具有较先进的技术水平,并具有开放性,可扩展性,综合性的特点,易于在教学中使用。

中西文图书采编微型计算机管理系统

桂林电子工业学院图书馆用微型计算机IBM—PC/XT及其兼容机,在关系数据库DBASE—Ⅱ的支持下,经过反复探索,实践、调试、修改,终于研制成了一套从理论到实践都现实可行的应用软件《中西文图书采编管理系统》(以下简称“系统”)。观将该系统的功能、数据结构及其特点介绍如下。一。

稀土过渡金属CaCu_5型衍生化合物结构的原子级模拟

稀土过渡族金属化合物是功能材料研究领域的重要对象。回顾了CaCu_5衍生型稀土过渡金属化合物R_(n-m)M_(5n+2m)结构和变换关系的传统内容、含义,以及在应用中的有效性和局限性,随后从原子间相互作用势出发,通过能量最小化对5类二元本征结构SmFe_5,Sm_2Fe_(17)(H),Sm_2Fe_(17)(R),SmFe_(12)(t),Sm_3Fe_(29)的空间群及晶格参数进行了计算,并由此确定了这5类结构间的变换矩阵,与传统矩阵变换关系作了一一对照,分析了它们相近和相异的原因。最后,讨论第三元素Cr,Ti对Sm_3Fe_(29)结构的稳定作用,和对晶体几何参数及X光谱的影响,这都是传统矩阵变换反映不了的。

结构可靠度计算的遗传算法

利用遗传算法可方便地对功能函数复杂和难于求导的情况进行结构可靠度计算 ,计算实例表明 ,该方法是行之有效的。Matlab语言基本元素是矩阵 ,提供了各种矩阵的运算和操作 ,其中包含结构可靠度计算中常用的统计及遗传算法工具箱 ,可使编程效率大大提高 ,且其语法简便 ,易于掌握 ,基于这一特点 ,编制了用遗传算法计算结构可靠度的Matlab程序。

表皮生长因子受体的结构与计算生物学研究进展

表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor: EGFR)在细胞信号转导中发挥了重要作用,调节细胞的增殖、分化与迁移。EGFR与多种癌症密切相关,这使其成为一个理想的抗肿瘤药物靶点。本文对EGFR的结构生物学及计算生物学的研究进展做一综述。通过结构生物学家的不懈努力,已经对EGFR的三维空间结构有了较为清晰的认识。计算机模拟是研究生物大分子动态过程的重要手段之一,可以在EGFR静态结构的基础上,模拟其在配体诱导的激活过程中发生的大尺度、长时程的动态构象变化。对EGFR的结构及其分子内部运动的研究,有助于揭示其发挥生物学功能的分子机理,为抗肿瘤药物的设计开发提供指导。

电力机车模拟仿真教学系统

提出了应用多媒体技术、计算机技术等现代手段研制新型的“机车运行及状态仿真教学系统”，对机车电路进行动态仿真及故障模拟；介绍了SS4改进型机车运行及状态仿真教学系统的软、硬件结构与总体功能，电路仿真的基本原理及所采取的关键技术。

编组场钩车连挂与编尾防溜模拟技术

采用计算机模拟的方法模拟编组场内钩车连挂和编尾防溜过程 ,可以观察系统控制效果 ,辅助评价或选择设计方案 ,可以达到提高设计质量的目的。

植物生长发育形态模拟技术的研究现状及发展趋势

植物的生长过程是植物的生理生态、其形态结构发育及环境三方交互作用的结果。以往的植物模型多是对植物生理生态过程的模拟,而对植物形态结构与环境的影响作了简化,影响了模型的精确性与适用范围。本文的重点就是概括了目前国内外已经发展的一些植物形态结构模拟的方法,并介绍了Open-L等模型以及集植物生理生态和形态结构于一体的结构-功能模型。最后,对本研究领域的发展趋势进行了概括与展望。

面向对象的计算机辅助飞机结构试验设计软件开发与分析——安装图设计部分

主要介绍了在计算机辅助飞机结构试验设计系统中，使用面向对象的思想，对安装图设计子系统的需求分析、功能分解、对象定义，并且描述了各对象之间的相互关系。最后，对各对象类的主要状态信息和行为进行了简单描述。计算机辅助飞机结构试验设计软件安装图设计功能是采用面向对象的计算机编程语言Visual C++6．0在Windows 2000操作系统上进行开发的。

t-PA K1区的同源模建及Kringle区与赖氨酸相互作用的研究

利用同源模建方法预测了t-PAK1区的三维结构。通过结构叠合确定了t-PAK1、K2区,纤溶酶原K1、K4区及UKK区的赖氨酸结合口袋。静电势计算及疏水性分析表明,在t-PAK2区以及纤溶酶原K1、K4区与纤维蛋白裸露的赖氨酸之间存在明显的静电势互补和疏水面契合。确定了影响Kringle区结合口袋与赖氨酸亲和的重要氨基酸,分析了t-PAK1区、UKK区不能结合赖氨酸的原因,由此设计了具有赖氨酸亲和力的新型t-PAK1区及UKK区突变体。利用模拟残基突变技术预测了突变体的结构变化,分析了突变后t-PAK1区及UKK区与赖氨酸亲和力的变化,初步在理论上肯定了设计方案的合理性。

高性能分子动力学模拟在生物大分子结构和功能研究中的应用

基于经典物理学理论的分子动力学模拟是研究生物大分子结构和功能的重要工具。然而,分子动力学模拟对计算资源的巨大需求,限制了其在生物领域的应用。近几年来,随着计算机科学的迅猛发展以及计算化学理论和方法的完善,进行生物大分子在溶液状态下微秒时间尺度的模拟具备了可行性。本篇综述主要介绍近期高性能分子动力学模拟的发展,及在蛋白质三维结构、动态构象变化和生物学功能上的具体应用实例。

广义CAPP系统

广义CAPP是根据工厂实际和信息需求分析提出的一种新概念。文中重点论述了广义CAPP的定义、系统的功能结构、关系模型和工作原理。它的实施不仅可弥补传统CAPP的功能不足之处,而且还可与相关的生产管理,材料管理和成本管理系统提供综合性信息服务,从而达到工厂总体最优化目标。因而它对我国CAPP系统的研究和发展具有一定的意义。

工业蛋白质构效关系的计算生物学解析

工业催化用酶已经成为现代生物制造技术的核心“芯片”。不断设计和研发新型高效的酶催化剂是发展工业生物技术的关键。工业催化剂创新设计的科学基础是对酶与底物的相互作用、结构与功能关系及其调控机制的深入剖析。随着生物信息学和智能计算技术的发展,可以通过计算的方法解析酶的催化反应机理,进而对其结构的特定区域进行理性重构,实现酶催化性能的定向设计与改造,促进其工业应用。聚焦工业酶结构-功能关系解析的计算模拟和理性设计,已成为工业酶高效创制改造不可或缺的关键技术。本文就各种计算方法和设计策略以及未来发展趋势进行简要介绍和讨论。

我校认知科学实验室简介

我校认知科学开放实验室成立于1988年下半年,正是国际认知科学人工智能学界中新兴的connectionism(或称neural networks)运动高潮兴起的时候. 认知科学实验室在实验室主任陈霖教授的带领下,近年来,以视知觉拓扑结构和功能层次的理论假设为指导,在目前知觉研究的十余个活跃的领域,包括“质地辨认”、“似动”、“对拓扑差异的视觉敏感性”、“多种因素的竞争组织”、“物体内容优势效应”、“图形结构优效应”、“错觉性结合”、“左、右大脑功能关系”、“大范围优先性”、“

国家自然科学基金项目介绍

项目名称：疾病相关固有无序蛋白α--synuclein和p53结构与功能特性的计算机模拟研究 承担单位：山东省高校生物物理重点实验室 1、固有无序蛋白质是一类柔性非常大的非随机结构蛋白，行使重要的生物学功能。