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细角滨对虾酚氧化酶原cDNA克隆及序列结构分析
1
作者 许尤厚 胡超群 《钦州学院学报》 2015年第5期1-6,共6页
采用RT-PCR原理和长片段扩增技术克隆细角滨对虾酚氧化酶原基因。结果表明,细角滨对虾血淋巴细胞内存在2个pro PO基因。pro PO gene 1的c DNA序列包含有372氨基酸,前190个氨基酸为一个M家族血蓝蛋白,是一个铜结合位点区域,191-372为一个... 采用RT-PCR原理和长片段扩增技术克隆细角滨对虾酚氧化酶原基因。结果表明,细角滨对虾血淋巴细胞内存在2个pro PO基因。pro PO gene 1的c DNA序列包含有372氨基酸,前190个氨基酸为一个M家族血蓝蛋白,是一个铜结合位点区域,191-372为一个C家族的血蓝蛋白,是一个免疫球蛋白样的区域。pro PO gene 2的2个功能位点之间的序列有重叠,pro PO gene 2 c DNA序列的6-935bp包含了第一个功能位点,928-1464bp则包含了第二个功能位点。系统进化树比对分析发现2个基因之间的序列差异非常大。细角滨对虾和凡纳滨对虾的pro PO gene 2同处于一个密切相关的群,pro PO gene 1则和其他几种对虾的pro PO gene处于一个群。pro PO gene 2与pro PO gene 1在对虾免疫活动中是否存在不同的功能还有待于进一步的研究。 展开更多
关键词 细角滨对虾 酚氧化酶原 基因克隆 序列结构分析
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抗人Cl-INH McAb可变区基因的克隆及序列结构分析
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作者 高宁 朱锡华 《生物技术通讯》 CAS 1997年第Z1期131-132,共2页
近年来迅猛发展的基因工程抗体研究,已成为抗体应用研究的核心。构建重组抗体的前提是从杂交瘤细胞、免疫脾细胞或外周血淋巴细胞中分离免疫球蛋白(Ig)的重链和轻链可变区(VL和VH)基因。
关键词 序列结构分析 Cl-INH 可变区基因 基因的克隆 基因工程抗体 杂交瘤细胞 免疫球蛋白 DNA序列测定 氨基酸序列 DNA片段
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条斑紫菜藻红、藻蓝蛋白α和β亚基基因序列测定及分析 被引量:2
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作者 蔡春尔 贾睿 +3 位作者 李春霞 陆秀芬 张璐 何培民 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期62-68,共7页
为了获得江苏吕泗的条斑紫菜藻红蛋白α(Pea)和β(Peb)亚基、藻蓝蛋白α(Pca)和β(Pcb)亚基基因的DNA序列,本文对其基因进行了克隆、序列测定及分析.根据已发表的基因序列(DQ666487.1)设计引物,对提取自条斑紫菜叶状体的DNA进行PCR和电... 为了获得江苏吕泗的条斑紫菜藻红蛋白α(Pea)和β(Peb)亚基、藻蓝蛋白α(Pca)和β(Pcb)亚基基因的DNA序列,本文对其基因进行了克隆、序列测定及分析.根据已发表的基因序列(DQ666487.1)设计引物,对提取自条斑紫菜叶状体的DNA进行PCR和电泳鉴定,产物经测序证实获得藻红蛋白序列1 357 bp(HM008263.1)和藻蓝蛋白序列1 335 bp(HM008262.1).上述两段序列与已报道的条斑紫菜相关序列(DQ666487.1)同源性均为99%,与其它几种紫菜相关序列同源性为88%~98%.两段序列均采用多顺反子转录策略,排布顺序为5′Untranslated Regions(UTR)-Peb-间隔区-Pea-3′UTR和5′UTR-Pcb-间隔区-Pca-3′UTR.文中对基因翻译所得氨基酸序列做了理化参数、功能位点及空间构型的预测.基于对序列开放阅读框、启动子、Shine-Dalgarno(SD)序列的分析,本文对条斑紫菜分类地位进行了讨论. 展开更多
关键词 条斑紫菜 藻红蛋白 藻蓝蛋白 序列测定及结构分析
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淋巴囊肿病毒锌指蛋白基因lcn140的原核表达与结构分析 被引量:1
4
作者 闫秀英 孙修勤 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期1219-1223,共5页
应用生物信息学分析方法,预测到中国牙鲆淋巴囊肿病毒分离株(LCDV-cn)的lcn140基因编码锌指蛋白。为了进一步研究lcn140基因的功能,本文对lcn140基因进行了原核表达与结构分析。首先将lcn140基因克隆到pET24a(+)原核载体,再以E.coliBL21... 应用生物信息学分析方法,预测到中国牙鲆淋巴囊肿病毒分离株(LCDV-cn)的lcn140基因编码锌指蛋白。为了进一步研究lcn140基因的功能,本文对lcn140基因进行了原核表达与结构分析。首先将lcn140基因克隆到pET24a(+)原核载体,再以E.coliBL21(DE3)为宿主菌表达目的蛋白;通过生物信息学软件分析,了解其结构与序列特征。结果表明,lcn140基因在原核载体中得到成功表达,表达的his标签融合蛋白主要以包涵体形式存在;在结构和序列方面,lcn140基因编码C3H1型锌指蛋白,其含有4个C3H1锌指结构和4段简单重复序列。该结果为LCDV-cn的发生、发展提供了分子基础。 展开更多
关键词 淋巴囊肿病毒 lcn140基因 锌指蛋白 原核表达 序列结构分析
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概率密度函数的特征相关法DNA序列分析(英文)
5
作者 罗代升 罗辑 +2 位作者 谢明 吴晓红 余艳梅 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期334-340,共7页
提出了一种客观的特征提取和相关的方法用于DNA序列的结构分析.这种方法是从DNA序列码的碱基和片段码中提取统计特征和相关特征.然后计算样本序列和已知类之间的平均相关系数.如果最大的相关系数大于对应类的平均相关系数,则该样本被分... 提出了一种客观的特征提取和相关的方法用于DNA序列的结构分析.这种方法是从DNA序列码的碱基和片段码中提取统计特征和相关特征.然后计算样本序列和已知类之间的平均相关系数.如果最大的相关系数大于对应类的平均相关系数,则该样本被分类到对应的类中去.利用一组DNA序列样本做了试验,结果表明,这种方法适合于任何DNA序列的结构分析而不需要先念的生物信息,对发掘人类基因隐藏信息的研究大有用处。 展开更多
关键词 生物信息解译 DNA序列结构分析 特征提取 模式分类
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生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)
6
作者 沈世镒 余涛 +1 位作者 开波 阮吉寿 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2004年第6期862-870,共9页
本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结... 本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结构序列的核心词词典,并由此讨论数据库的复杂性问题、同源蛋白质的分类、预测与比对等问题。 展开更多
关键词 生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质一级序列结构数据库的组合图论分析 非线性复杂与核心词词典
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生物序列的语义分析与第二密码规则的探索
7
作者 沈世镒 《工程数学学报》 CSCD 北大核心 2004年第5期665-674,679,共11页
生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。... 生物序列(如DNA、RNA与蛋白质一级结构序列等)都是由一系列小分子团(如核苷酸、氨基酸等)排列组成,如把这些小分子团作为符号单元,那么这些生物序列就是生物序列就是生物学的语言文字,对这些语言文字的结构分析为生物序列的语义分析。生物序列语义分析的内容包括词法与语法的分析,它们是在分子水平基础上的生物语言分析,有关的变化规则我们称之为生物序列中的第二密码规则。本文以Swiss-Prot数据库为基础,利用频率统计、组合分析与信息的度量关系等数学工具,分析蛋白质一级结构序列中的词法规则,给出了关于蛋白质一级结构序列的几种稳定性的度量指标及其相应的稳定性理论,并探讨了它们在蛋白质演变与蛋白质工程中可能产生的应用。 展开更多
关键词 生物序列结构的语义分析 第二密码规则 蛋白质~级序列结构数据库的信息、统计分析 稳定性度量与原理
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濒危植物峨眉凤仙花叶绿体基因组分析 被引量:4
8
作者 赵秋燕 曹孟会 +6 位作者 李新艺 周敏 魏春梅 张茜 瞿素萍 黄海泉 黄美娟 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期174-182,共9页
[目的]对峨眉凤仙花(Impatiens omeiana Hook.f.)叶绿体基因组的结构特征及系统发育进行研究,为其资源保护及开发利用提供理论依据。[方法]基于峨眉凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件,对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征... [目的]对峨眉凤仙花(Impatiens omeiana Hook.f.)叶绿体基因组的结构特征及系统发育进行研究,为其资源保护及开发利用提供理论依据。[方法]基于峨眉凤仙花叶绿体基因组序列,利用生物信息学软件,对叶绿体基因组进行组装、注释、基因特征、序列重复和系统发育分析。[结果]峨眉凤仙花完整的叶绿体基因组长度为152 527bp,共有130个基因,包括86个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和36个tRNA基因,GC含量为37%,且具有保守的四分体结构,包括大单拷贝区、小单拷贝区各1个和2个相同的反向重复区域,其长度分别为83 150、17 903、25 737 bp,其中13个基因有1个内含子,2个基因有2个内含子。特征分析表明:峨眉凤仙花叶绿体全基因组中共检测到76个SSR序列,且多以A/T单核苷酸序列为主,其长度为10-91 bp;检测到50 842个密码子,其中以亮氨酸(Leu)最多,色氨酸(Tyr)最少;密码子偏好性分析显示33个RSCU≥1的密码子多数以A/U结尾。通过邻接法(NJ)构建系统发育树发现,峨眉凤仙花与贵州凤仙花亲缘关系最近,均属于棒凤仙花亚属植物。[结论]峨眉凤仙花叶绿体基因组呈典型的四分体结构,SSR序列以A/T单碱基为主;系统发育分析结果将其归为棒凤仙花亚属,上述结果为峨眉凤仙花系统发育学地位及物种鉴定工作提供了重要的分子信息。 展开更多
关键词 峨眉凤仙花 叶绿体基因组 序列结构与特征分析 系统发育
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不同软段长度PBT-co-PCT-b-PEG嵌段共聚物的结构与性能 被引量:4
9
作者 张勇 冯庆玲 +1 位作者 崔福斋 冯增国 《高分子材料科学与工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第1期180-183,187,共5页
用熔融缩聚法合成了一系列具有相同软段摩尔含量,不同软段长度的聚对苯二甲酸丁二醇酯(PBT)-co-聚对苯二甲酸环己烷二甲醇酯(PCT)-b-聚乙二醇(PEG)嵌段共聚物(PBCG)。NMR分析表明,共聚物软段质量百分含量随PEG分子量(Mn(PEG))增加而增... 用熔融缩聚法合成了一系列具有相同软段摩尔含量,不同软段长度的聚对苯二甲酸丁二醇酯(PBT)-co-聚对苯二甲酸环己烷二甲醇酯(PCT)-b-聚乙二醇(PEG)嵌段共聚物(PBCG)。NMR分析表明,共聚物软段质量百分含量随PEG分子量(Mn(PEG))增加而增加,随PCT摩尔百分数(MPCT)增加而减小;结构中两种硬段呈无规分布,Mn(PEG)一定,随MPCT增加,PBT平均序列长度减小,而PCT平均序列长度增加。硬段熔点及结晶度在MPCT为20%~30%处达到最小值。TGA分析显示,向体系中引入PCT可提高共聚物热稳定性。 展开更多
关键词 聚醚酯弹性体 序列结构分析 缩聚 分析 力学性能
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不同植物种类络合素合酶基因的特征分析 被引量:1
10
作者 姜倩倩 曹慧 《北方园艺》 CAS 北大核心 2013年第21期110-116,共7页
植物络合素合酶(Phytochelatin synthases,PCS)是催化谷胱甘肽(GSH)聚合生成植物络合素(PCs)的关键酶,在缓解重金属胁迫方面具有重要作用。该研究采用ProtParam、TMHMM、SignalP、Phyre2、Pfam、Clustal X和MEGA等生物信息学在线程序及... 植物络合素合酶(Phytochelatin synthases,PCS)是催化谷胱甘肽(GSH)聚合生成植物络合素(PCs)的关键酶,在缓解重金属胁迫方面具有重要作用。该研究采用ProtParam、TMHMM、SignalP、Phyre2、Pfam、Clustal X和MEGA等生物信息学在线程序及软件,对苹果、湖北海棠和已在GenBank上登录的杜梨、拟南芥、水稻、烟草和百脉根等植物的络合素合酶(PCS)基因的核酸及氨基酸序列、理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。结果表明:PCS蛋白氨基酸长度在465~506aa,理论等电点在5.67~7.77。PCS蛋白主要定位于细胞核中,除金鱼藻外,其它植物PCS蛋白均为不稳定蛋白。二级结构由α螺旋、无规则卷曲和延伸链等元件构成,空间结构高度相似。均具有一个植物络合素合酶(Phytochelatin)功能域,并具有3个预测的活性位点,属于植物络合素合酶蛋白家族。该研究为今后深入研究苹果中该基因的结构特征和功能提供了依据。 展开更多
关键词 植物络合素合酶 理化性质 系统进化 序列结构分析
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生物信息学中的MicroRNA预测研究 被引量:8
11
作者 赵东宇 王岩 +2 位作者 罗迪 周春光 梁艳春 《吉林大学学报(信息科学版)》 CAS 2008年第3期276-280,共5页
为microRNA预测的研究提供参考,讨论了生物信息学中有关MicroRNA预测研究的若干问题。根据最新的研究成果,由MicroRNA预测的特征信息和数据源,从结构序列分析方法、比较基因组方法和机器学习方法等方面对MicroRNA预测的生物信息学方法... 为microRNA预测的研究提供参考,讨论了生物信息学中有关MicroRNA预测研究的若干问题。根据最新的研究成果,由MicroRNA预测的特征信息和数据源,从结构序列分析方法、比较基因组方法和机器学习方法等方面对MicroRNA预测的生物信息学方法做了回顾和展望,指出了该领域研究的趋势。通过对3类方法的比较结果表明,采用机器学习方法的效果更优越,能较精确地预测出MicroRNA。 展开更多
关键词 MicroRNA预测 结构序列分析 比较基因组 机器学习
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聚对苯二甲酸丁二醇酯-co-聚丁二酸丁二醇酯-b-聚乙二醇嵌段共聚物的合成及表征 被引量:24
12
作者 张勇 冯增国 +1 位作者 刘凤香 张爱英 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第12期2225-2231,共7页
用熔融缩聚法合成了一系列基于聚对苯二甲酸丁二醇酯(PBT)、聚丁二酸丁二醇酯(PBS)及聚乙二醇(PEG)的嵌段共聚物(PBT co PBS/PEG).1HNMR结构分析显示,软段摩尔百分含量恒为 2 0 %.随组成中PBS含量增加,软段质量百分含量略微升高,硬段PB... 用熔融缩聚法合成了一系列基于聚对苯二甲酸丁二醇酯(PBT)、聚丁二酸丁二醇酯(PBS)及聚乙二醇(PEG)的嵌段共聚物(PBT co PBS/PEG).1HNMR结构分析显示,软段摩尔百分含量恒为 2 0 %.随组成中PBS含量增加,软段质量百分含量略微升高,硬段PBT平均序列长度由 2 80逐步减至 1 2 3,PBS平均序列长度由 1 2 7逐步增加到4 76,无规度在 1 1附近,两者呈无规分布.受组成及硬段平均序列长度变化影响,材料内部呈微观相分离状态,DSC热分析曲线上可分别观察到软、硬段熔点(Tm,s,Tm,h)及玻璃化转变温度 (Tg,s,Tg,h).硬段熔点及结晶度随PBS含量升高而降低,在 5 0~ 60mol%处达到最小值,则是PBS与PBT二者间形成共晶所致.力学性能测试及水解降解实验表明,将脂肪族聚酯PBS引入PEGT/PBT共聚体系,可赋予高分子链更好的柔韧性及亲水性。 展开更多
关键词 聚对苯二甲酸丁二醇酯 聚丁二酸丁二醇酯 聚乙二醇 合成 表征 聚醚酯弹性体 序列结构分析 力学性能 缩聚 嵌段共聚物
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Feature extraction and damage alarming using time series analysis 被引量:4
13
作者 刘毅 李爱群 +1 位作者 费庆国 丁幼亮 《Journal of Southeast University(English Edition)》 EI CAS 2007年第1期86-91,共6页
Aiming at the problem of on-line damage diagnosis in structural health monitoring (SHM), an algorithm of feature extraction and damage alarming based on auto-regressive moving-average (ARMA) time series analysis i... Aiming at the problem of on-line damage diagnosis in structural health monitoring (SHM), an algorithm of feature extraction and damage alarming based on auto-regressive moving-average (ARMA) time series analysis is presented. The monitoring data were first modeled as ARMA models, while a principalcomponent matrix derived from the AR coefficients of these models was utilized to establish the Mahalanobisdistance criterion functions. Then, a new damage-sensitive feature index DDSF is proposed. A hypothesis test involving the t-test method is further applied to obtain a decision of damage alarming as the mean value of DDSF had significantly changed after damage. The numerical results of a three-span-girder model shows that the defined index is sensitive to subtle structural damage, and the proposed algorithm can be applied to the on-line damage alarming in SHM. 展开更多
关键词 feature extraction damage alarming time series analysis structural health monitoring
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Complete Sequence and Gene Organization of the Mitochondrial Genome of Tokay (Gekko gecko) 被引量:8
14
作者 韩德民 周开亚 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期123-128,共6页
Long-PCR amplification, clone and primer-walking sequencing methods were employed in determine the complete sequence of mitochondrial genome of tokay (Gekko gecko). The genome is 16 435 bp in size, contains 13 protein... Long-PCR amplification, clone and primer-walking sequencing methods were employed in determine the complete sequence of mitochondrial genome of tokay (Gekko gecko). The genome is 16 435 bp in size, contains 13 protein-coding, 2 ribosomal and 22 transfer RNA genes. The mt genome of Gekko is similar to most of the vertebrates in gene components, order, orientation, tRNA structures, low percentage of guanine and high percentage of thymine, and skews of base GC and AT. Base A was preferred at third codon positions for protein genes is similar to amphibians and fishes rather than amnion vertebrates. The standard stop codes (TAA) present only in three protein genes, less than those of most vertebrates. Transfer RNA genes range in length from 63 to 76 nt, their planar structure present characteristic clover leaf, except for tRNA-Cys and tRNA-Ser (AGY) because of lacking the D arm. 展开更多
关键词 Gekko gecko SQUAMATE Complete sequence of mitochondrial genome Gene organization
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不同软段长度PBT-co-PBS-b-PEG嵌段共聚物的合成与表征 被引量:15
15
作者 张勇 冯增国 +1 位作者 吴彤 张爱英 《高分子学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第6期776-783,共8页
用熔融缩聚法合成了一系列具有不同软段长度的聚对苯二甲酸丁二酯 (PBT) co 聚丁二酸丁二酯(PBS) b 聚乙二醇 (PEG)嵌段共聚物 (PTSG) ,考察了PEG分子量 (Mn(PEG) )及PBS摩尔分数 (MPBS)对材料性能的影响 实验表明 ,随Mn(PEG)增加 ,... 用熔融缩聚法合成了一系列具有不同软段长度的聚对苯二甲酸丁二酯 (PBT) co 聚丁二酸丁二酯(PBS) b 聚乙二醇 (PEG)嵌段共聚物 (PTSG) ,考察了PEG分子量 (Mn(PEG) )及PBS摩尔分数 (MPBS)对材料性能的影响 实验表明 ,随Mn(PEG)增加 ,缩聚反应时间延长 ,所得产物分子量均呈较为对称的单峰分布 ,多分散性指数小于 2 0 硬段序列结构分析显示 ,随MPBS 增加 ,PBT平均序列长度减小 ,而PBS平均序列长度增加 ,二者呈无规分布 .受组成及硬段平均序列长度变化影响 ,材料内部呈微观相分离状态 ,DSC曲线上可分别观察到软、硬段熔点及玻璃化转变温度 ;硬段熔点及结晶度随MPBS升高而降低 ,主要是受其平均序列长度变化及共晶作用所致 .材料断裂延伸率及降解速率均随Mn(PEG)及MPBS增加而增加 ,可见提高软段长度及降低硬段结晶度等均能有效改善共聚物高分子链的柔韧性及亲水性 ,赋予共聚物更好的降解性能 . 展开更多
关键词 软段长度 嵌段共聚物 合成 聚对苯二甲酸丁二酯 聚丁二酸丁二酯 聚乙二醇 柔韧性 亲水性 降解性能 序列结构分析 酯交换法 熔融缩聚法
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聚(对苯二甲酸丁二醇酯-co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯)-b-聚乙二醇嵌段共聚物的合成与表征 被引量:12
16
作者 张勇 吴春红 +3 位作者 冯增国 刘凤香 张爱英 王连才 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第2期376-381,共6页
用熔融缩聚法合成了一系列聚 (对苯二甲酸丁二醇酯 -co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯 ) -b-聚乙二醇嵌段共聚物 ( PBCG) ,用 NMR,GPC,DSC,TGA及力学性能测试等方法表征了材料的结构与性能 .GPC分析显示 ,共聚物分子量均具有较为对称的单峰... 用熔融缩聚法合成了一系列聚 (对苯二甲酸丁二醇酯 -co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯 ) -b-聚乙二醇嵌段共聚物 ( PBCG) ,用 NMR,GPC,DSC,TGA及力学性能测试等方法表征了材料的结构与性能 .GPC分析显示 ,共聚物分子量均具有较为对称的单峰分布 ,多分散性指数低于 1 .70 .1 3C NMR谱结果表明 ,随 PCT摩尔分数 ( x PCT)从 1 0 %增至 60 % ,PBT平均序列长度由 4.0 2降到 1 .41 ;而 PCT平均序列长度则由 1 .1 7升至 2 .5 0 ,二者呈无规分布 .受硬段平均序列长度及结晶能力影响 ,硬段熔点及结晶度在 x PCT为 2 0 %~ 3 0 %处均达到最小值 ,可能是硬段间形成共晶所致 .TGA分析显示 ,引入芳香族聚酯组分 PCT确可提高材料的热稳定性 .力学性能测试说明 ,降低结晶度有利于提高材料的断裂延伸率 ,相反 ,则有助于增强弹性模量 。 展开更多
关键词 聚(对苯二甲酸丁二醇酯-co-对苯二甲酸环己烷二甲醇酯)-b-聚乙二醇 嵌段共聚物 合成 结构表征 熔融缩聚法 力学性能 分析 序列结构分析
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鲍曼不动杆菌UDP-葡萄糖4-差向异构酶Gne1的表征
17
作者 张展 冯雁 +1 位作者 李谦 崔莉 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期742-750,共9页
异源表达鲍曼不动杆菌AB0057的UDP-葡萄糖4-差向异构酶并表征其酶学性质以及分析其结构与功能。将异构酶基因构建到pET-28a表达载体并在大肠埃希菌BL21(DE3)中异源表达,使用高效液相色谱检测酶活力及表征酶学性质。系统发育分析、序列... 异源表达鲍曼不动杆菌AB0057的UDP-葡萄糖4-差向异构酶并表征其酶学性质以及分析其结构与功能。将异构酶基因构建到pET-28a表达载体并在大肠埃希菌BL21(DE3)中异源表达,使用高效液相色谱检测酶活力及表征酶学性质。系统发育分析、序列比对、同源建模与分子对接分析其结构与关键催化位点。结果显示,重组酶Gne1获得可溶性表达,质量约为38.9 kD,催化最适温度为44℃,最适pH为6.0,米氏常数K_(M)与催化常数k_(cat)分别为(1.227±0.0824)mmol/L和(82.64±3.562)×10^(-3)·min^(-1)。该酶属于NADB_Rossmann超家族并分属于UDP_G4E_1_SDR_e亚组,分别具有典型GXGXXG基序与YXXXK基序。N端结构域与NAD结合,而C端结构域用来结合底物,催化关键位点为S125和Y150。本研究验证了Gne1的差向异构酶活性,阐释了其序列特点和结构特征,揭示了其与底物、辅因子的结合模式,分析了关键催化位点。为蛋白质工程改造提高酶活力进而利用生物酶法合成稀有功能糖提供了理论依据。 展开更多
关键词 差向异构酶 酶学性质表征 序列结构分析 稀有功能糖合成
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Self-Similar Characteristic for the Ramp Structures of Wind Speed
18
作者 SONG Zong-Peng HU Fei +1 位作者 XU Jing-Jing CHENG Xue-Ling 《Atmospheric and Oceanic Science Letters》 CSCD 2014年第4期320-323,共4页
Time series of wind speed are composed of large and small ramp structures. Data analysis reveals a power law relation between the linear slope of ramp structures and the time scale. This suggests that these ramp struc... Time series of wind speed are composed of large and small ramp structures. Data analysis reveals a power law relation between the linear slope of ramp structures and the time scale. This suggests that these ramp structures of wind speed have a self-similar characteristic. The lower limit of the self-similar scale range was 2 s. The upper limit is unexpectedly large at 27 rain. Data are collected from grassland, city, and lake areas. Although these data have different underlying surfaces, all of them clearly show a power law relation, with slight differences in their power exponents. 展开更多
关键词 ramp structure SELF-SIMILARITY power law time series of wind speed
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毛果杨copine/BONZAI基因家族全基因组鉴定与组织表达特异性分析
19
作者 徐强 戴晓港 +1 位作者 尹佟明 李小平 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第15期4968-4976,共9页
利用copine蛋白保守序列进行blastx同源比对,鉴定毛果杨copine/BONZAI基因家族,构建系统进化树;通过在线网站进一步分析毛果杨copine蛋白的理化性质、结构和功能。利用数据库数据对copine/BONZAI基因在根、茎和叶等组织器官中的表达模... 利用copine蛋白保守序列进行blastx同源比对,鉴定毛果杨copine/BONZAI基因家族,构建系统进化树;通过在线网站进一步分析毛果杨copine蛋白的理化性质、结构和功能。利用数据库数据对copine/BONZAI基因在根、茎和叶等组织器官中的表达模式进行分析。结果显示,毛果杨含有3个copine/BONZAI基因,分别为PtBON1、PtBON2和PtBON3,氨基酸残基数分别为573 aa、576 aa、579 aa;相对分子质量分别为62865.57、63191.81、63980.64 kD;平均理论等电点分别为5.38、5.33、5.99。PtBONs具有明显的疏水区和亲水区,没有Coil区,N端不存在信号肽,不具有跨膜结构域,均为非分泌蛋白。PtBONs二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲。通过STRING和KEGG预测copine蛋白参与了植物与病原体相互作用过程。本研究结果为今后研究杨树copine蛋白的细胞信号转导通路机制及温度介导的抗病调控机制等提供理论依据。 展开更多
关键词 毛果杨 copine蛋白 生物信息学 蛋白序列结构预测分析 蛋白功能预测分析
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