安顺地区结核分枝杆菌基因分型及耐药性分析

目的研究贵州省安顺地区结核分枝杆菌(MTB)主要基因分型及耐药性。方法采用RD105基因缺失法和双重PCR法对安顺地区152株MTB临床分离株进行基因分型、药物敏感试验分析耐药性,采用基因测序技术对北京型MTB利福平耐药基因RNA聚合酶β亚基(rpoB)进行测序。结果152株MTB中,122株(80.26%)为北京型、30株(19.74%)为非北京型;108株MTB对抗结核药物敏感,44株对16种抗结核药物耐药,总耐药率为28.95%;44株MTB耐药菌株中31例对利福平耐药,占70.45%,北京型MTB对利福平耐药率显著高于非北京型(χ^(2)=6.896,P=0.009),非利福平耐药结核菌株共13株、占耐药结核菌株的29.55%;北京型MTB利福平耐药rpoB基因测序结果表明,相关位点突变共15株,其中最显著的突变位点是rpoB450、为Ser450Leu,共7株(7/15,46.67%)。结论贵州省安顺地区MTB主要为北京型,主要对利福平耐药,耐药基因rpoB的突变位点为Ser450Leu。

不同VNTR位点组合用于北京基因型结核分枝杆菌基因分型的研究

目的评价不同串联重复序列(VNTR)位点组合在北京地区北京基因型结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)技术对72株北京地区北京基因型菌株的24个VNTR位点进行分析,基因多态性分析采用BioNumerics软件。结果24个位点的多态性差异较大,位点QUB-11b(HGI 0.651)、Mtub 21(HGI0.556)和QUB-26(HGI 0.518)的多态性较高,有两个位点(MIRU 2和MIRU 24)则不具有多态性;不同VNTR位点组合(12位点,15位点,24位点)在北京基因型菌株中的分辨指数依次升高,分别为0.788,0.990,0.992,后两个组合的差异仅是由位点Mtub 29引起的。结论不同的VNTR位点在北京地区北京基因型菌株中的分辨力存在差异;推荐的基础VNTR 15位点与Mtub 29组合可作为北京地区结核分枝杆菌分子流行病学研究的一线方法。

MLVA技术用于福建105株结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的探讨MLVA技术在福建省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法选取12个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测结核分枝杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果共对105株结核分枝杆菌的12个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(I型I、I型I、II型I、V型),其中Ⅰ型所占比例最大,为66.7%(70/105),Ⅱ型占20%(21/105),Ⅲ型占9.5%(10/105),Ⅳ型占3.8%(4/105)。结论结果提示福建省结核分枝杆菌的传播是以Ⅰ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。

结核分枝杆菌基因分型及其耐药性分析

目的探讨四川地区结核患者结核分枝杆菌基因分型及其与耐药性关系。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对124株结核分枝杆菌的6个可变重复位点进行检测,并应用Gel-Proanalyzer3.0软件和BioNu-merics(Version3.0)软件对检测结果进行基因型分析,同时分析其基因型与耐药之间的关系。结果124株结核分枝杆菌共分为37个不同的VNTR类型,成簇基因型占74.19%(92/124),单一基因型占25.81%(32/124)。耐药菌株在成簇类型和单一类型的分布上存在统计学差异。结论四川地区结核患者的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,成簇类型是主要流行菌株,应加强流行结核菌株的监控。

徐州地区结核分枝杆菌基因分型及其与利福平耐药基因突变的关系

目的探究徐州地区结核分枝杆菌的基因型分布特征及其与利福平耐药基因突变形成的关系。方法选取徐州市传染病医院结核病实验室基因型毒株500株,其中含有经罗氏比例法鉴定的耐利福平临床分离株300株和利福平敏感200株,采用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)分析其基因型结构及其与利福平抗性基因的突变关系。结果徐州地区的结核分枝杆菌的基因分型主要为北京家族基因群(61.2%)和非北京家族基因群(38.8%),利福平耐药和敏感组北京家族基因群的构成比差异无统计学意义(2=0.09,P>0.05);北京家族531位点、516位点以及531和526位点突变率分别为55.49%、10.99%和7.69%与非北京家族33.90%、21.19%和15.25%相比,差异有统计学意义(P<0.05)。结论徐州地区结核分枝杆菌基因型为北京家族基因群和非北京家族基因群,非北京家族基因群具有基因多态性,两者与利福平耐药率无明显相关,两者在单531、单516以及531和526利福平耐药位点突变率存在差异。

应用Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究

目的使用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型。方法收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics软件。结果共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)或称北京基因型(Beijing genotype),非北京家族(non-Beijing family),分别占89.5%(298/333)和10.5%(35/333),29种基因型。其中22株为独特类型,余311株分为7簇。北京家族菌株中,95.0%(283/298)为典型北京家族,非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为19个基因型,16株为独特的基因型。结论吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。

重庆地区耐多药结核分枝杆菌基因分型特征分析

目的对重庆地区耐多药结核患者结核分枝杆菌进行基因分型,明确该地区基因类型的特征和流行情况。方法连续收集重庆市公共卫生医疗救治中心和重庆市第十二人民医院结核内科2013年7月至2015年3月753例临床诊断为耐多药结核患者的痰液或其他体液,采用液体培养法分离培养分枝杆菌,采用PCR方法对分枝杆菌分离株进行菌种鉴定,并使用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple locus variable number of tandem repeat analysis,MLVA)方法进行基因分型。采用Bionumerics Version 3.0和phyloviz软件进行各基因位点的多态性和成簇分析。结果共分离培养出538例耐多药分枝杆菌菌株,经PCR鉴定确认结核分枝杆菌有503例(95.8%),非结核分枝杆菌有35例(4.2%)。北京家族型470例(93.4%,470/503),非北京家族型33例(6.6%,33/503)。503例分枝杆菌菌株共分为348个基因型,其中267例患者分离株为单一基因型,其余236例菌株可归入81个簇,成簇率为30.8%。北京家族型有76个簇,成簇率为30.8%,成簇比例为35.9%,非北京家族型有5个簇,成簇率为30.3%,成簇比例为33.3%。不同特征的耐多药结核人群对结核分枝杆菌北京基因型菌株易感因素分析:感染北京基因型菌株与性别无显著性关联(χ~2=2.68,P>0.05);与年龄呈显著性关联(χ~2=784.00,P<0.05)。结论重庆地区耐多药结核分枝杆菌的基因型存在明显的多态性,北京基因型占绝对优势;不同特征耐多药结核人群感染北京基因型菌株与性别无关,与年龄相关。

结核分枝杆菌基因分型方法及其应用

结核分枝杆菌基因分型是监测结核病流行和传播的有效手段．用于结核病流行病学研究的分型方法已有很多种，但不同的基因分型方法各有特点，应根据不同的研究目的选择合适的方法，或者多种方法结合使用，并结合传统的流行病学资料综合分析可得出可靠结论。结核分枝杆菌分型鉴定技术在研究结核分枝杆菌菌种鉴定、耐药和耐多药检测，以及结核病的病原演变、跟踪和确定传染源、确定流行病学事件、揭示疾病传播机制等方面发挥着重要的作用。同时，此类研究正与新兴的遗传信息学相结合，相应成果能够为更科学地制定结核病防控策略提供依据。

河南省结核分枝杆菌基因分型与耐药性分析

目的研究河南省结核分枝杆菌基因型别与耐药性和地区分布关系。方法用间隔区寡核苷酸序列(Spoligotyping)基因分型技术对344株结核分枝杆菌进行分型。结果 344株结核分枝杆菌分为4个基因群[Beijing和Beijing近似群(简称北京群)、T群、Manu2群、S和LAM3群],共24个基因型,北京基因型有299株,占87.7%,但北京型与非北京型之间耐多药(MDR)株所占比例差异无统计学意义(χ2=1.46,P>0.05);北京基因型在≤60岁感染者中分离率占83.6%;除个别地区外,不同地区间的分布无显著性差异。结论河南省结核分枝杆菌以北京基因型为主要流行型,与MDR和任意耐药无相关性,以≤60岁感染者居多,嵩县分离率略低。

北疆地区结核分枝杆菌基因分型及耐药性分析

目的对北疆地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型和耐药性检测，研究不同基因型在该地区的流行及耐药性。方法收集北疆地区114株结核分枝杆菌临床分离株，采用间隔区寡核苷酸和多位点可变串联重复序列（VNTR）技术进行基因分型，应用NTsys2．10e软件对结果进行聚类分析，比例法检测临床分离株的耐药性。结果114株临床分离株，间隔区寡核苷酸分型结果和RD105缺失检测法结果共同显示北京基因型占62．28％（71／114）、非北京基因型占37．72％（43／114）。分2大簇（A和B）：A簇有34株，北京基因型占11．77％（4／34），非北京基因型占88．23％（30／34）；B簇有80株，北京基因型占83．75％（67／80），非北京基因型占16．25％（13／80）。耐药显示：总耐药率为40．35％（46／114），耐多药（MDR）率为19．30％（22／114）；北京基因型耐药率为42．25％（30／71），非北京基因型的耐药率为37．21％（16／43），差异无统计学意义（χ^2=0．28，P=0．60）。其中，北京基因型MDR耐药菌株占22．54％（16／71）结论北疆地区北京基因型和非北京基因型的耐药率没有差异，但MDR菌株流行主要是由北京基因型引起的。

127株结核分枝杆菌基因分型及耐药相关研究

目的研究山西省长治及周边地区结核分枝杆菌的基因多态性及基因型与耐药的相关性。方法收集结核分枝杆菌临床分离株,运用MLVA方法进行基因分型,对8种抗结核药物分别采用比例法进行药敏试验,应用BioNumerics 5.0软件进行聚类分析。结果 15个位点中Mtub21、MIRU26和ETRE多态性较高(HGI>0.6),MIRU40、ETRB、MIRU16、ETRD、MIRU23和ETRC位点多态性较低(HGI<0.3)。127株结核分枝杆菌共分为11个基因群102种基因型,90株为独特型,基因群中Ⅰ群所占比例最大(80.31%)。127株菌株对一线和二线抗结核药物的总耐药率分别为47.24%和23.62%。一线药物中链霉素(40.94%)的耐药率最高,乙胺丁醇(6.30%)最低。二线药物中左氧氟沙星(14.17%)的耐药率最高,丙硫异烟胺(3.15%)最低。链霉素的单耐药率最高(11.81%);耐多药率为21.26%(27/127);广泛耐多药率为3.15%。Ⅰ群菌株的耐药率与其它菌株的差别无统计学意义。结论初步证实山西长治及周边地区的结核分枝杆菌具有明显的多态性,Ⅰ群为主要流行群。结核分枝杆菌对二线药物的敏感性高于一线药物。主要流行菌株Ⅰ群菌株与耐药无明显的相关性。

多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选

目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平。

宜昌地区结核分枝杆菌基因分型与成簇特征分析

目的描述宜昌地区结核分枝杆菌的基因分型及成簇特征,为宜昌地区的结核病防治提供依据。方法搜集宜昌地区2016年12月至2017年5月经基因芯片检测阳性的结核病患者痰标本,接种罗氏培养基进行培养后,得到的367株结核分枝杆菌临床分离株选择国际通用的24位点结核分枝杆菌散在分布重复单位及可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)进行分子分型,用Hunter-Gaston指数(HGI)和遗传差异值(h)对MIRU位点的分辨率和差异性进行评价;运用BioNumerics5.0软件对VNTR-MIRU结果进行成簇性分析,根据近期传播率公式计算其近期传播率;367株菌株分离来自367例患者,细分为初治患者321例、复治患者46例后分别进行成簇率统计,初复治患者的成簇率比较采用χ2检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果367株结核分枝杆菌24位点VNTR-MIRU分型结果显示,其总的分辨率HGI值为0.999,其中遗传多样性最高的位点为QUB11b,其h值为0.79;遗传多样性最低的位点为MIRU24,其h值为0.03。分析时发现基因型呈明显的多态性,总共有324个基因型。成簇性分析发现,其中90株菌株形成39个簇,成簇率为24.52%(90/367),近期传播率为13.90%(51/367);复治患者菌株成簇率为21.74%(10/46),初治患者菌株成簇率为24.92%(80/321),两者成簇率比较,差异无统计学意义(χ2=0.220,P=0.639)。结论宜昌地区的结核分枝杆菌呈现出较高的遗传多样性,近期传播率较低,且成簇率与初复治无关,提示宜昌地区结核分枝杆菌以内燃复发为主,也存在小范围内的流行,在结核防控方面要加以重视。

结核分枝杆菌基因分型技术的应用

结核分枝杆菌在分子生物学检测技术方面的发展使人们对结核流行和传播的理解有了革命性的变化.目前该菌基因分型主要的技术方法有IS6110分型法、分枝杆菌重复单位分型法、Spologotyping分型法,基因分型法的应用在临床、结核病传播预测、结核病控制,以及对相应基因型的结核发病机制的认识等方面都有很重要的意义,尤其在结核病的预防和控制中显示出更美好的应用前景.

VNTR技术用于大理地区结核分枝杆菌基因分型的研究

目的:应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对大理地区60株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨大理地区菌株DNA多态性及基因型特征。方法:采用VNTR分子分型技术对60株结核分枝杆菌3个VNTR位点进行检测,应用Quantity one软件和BioNumerics 6.6软件进行聚类分析。结果:60株结核分枝杆菌可以分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),28个基因型。Ⅰ群占15.0%,含有5个基因型,Ⅱ群占31.7%,含有8个基因型,Ⅲ群占40.0%,含有11个基因型,Ⅳ群占13.3%,含有4个基因型。结论:大理地区的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行群为Ⅲ群。

结核分枝杆菌基因分型技术研究进展

结核分枝杆菌（Mvcobacterial tuberculosis，MTB）足结核病的病原体，可累及全身多种组织器官，以肺组织受累最常见。近几年由于流动人口的增加和HIV病毒感染的流行，结核病再次成为严亘危害世界公共卫生的传染病之一。结核病再度肆虐，其主要原因之一就是结核分支杆菌的变异。

宁夏回族自治区结核分枝杆菌基因分型及与耐药性关系的研究

目的利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对宁夏回族自治区(简称"宁夏")结核分枝杆菌流行株进行分型研究,并分析北京基因型与耐药性的相互关系。方法搜集宁夏结核分枝杆菌临床分离株115株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究,采用BioNumerics软件将分型结果进行基因聚类分析。应用比例法药物敏感性试验对115株结核分枝杆菌进行检测,最后将药敏结果结合基因型及流行病学资料进行分析。采用卡方检验比较不同组间结果的差异。结果在分离培养的115株菌株中,具有特异Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株90株,占78.3%(90/115),25株为非北京基因型,占21.7%(25/115)。90株北京基因型菌株中,41株为古代基因型(45.6%,41/90),任意耐药株为16株(17.8%,16/90);49株为现代基因型(54.4%,49/90),任意耐药株为33株(36.7%,33/90),两者间差异无统计学意义(χ2=1.27,P>0.05)。结论宁夏结核分枝杆菌以北京基因型流行为主,结核分枝杆菌北京基因型与耐药性之间无明显相关性。

上海青浦地区结核分枝杆菌基因分型及其人群分布特点

目的:探讨上海市青浦区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,M.tb)的主要分型及其人群分布特点。方法:收集2011年12月—2013年12月上海中山医院青浦分院分离培养的266株M.tb,分别提取M.tb基因组,应用多重PCR法鉴定北京基因型和非北京基因型,并分析两种分型在本地区不同性别、年龄及户籍患者中的分布差异。结果:266株M.tb中,北京基因型菌株242株(90.98%),非北京基因型24株(9.02%),差异有显著统计学意义(χ2=357.32,P<0.01)。进一步研究发现,北京基因型菌株与非北京基因型菌株在不同性别(χ2=0.071,P>0.05)、不同年龄(χ2=0.152,P>0.05)及不同户籍(χ2=0.053,P>0.05)的人群分布的差异无统计学意义。结论:北京基因型菌株可能是上海市青浦区M.tb的主要流行株,但其分布与性别、年龄及户籍的关系不明显。

VNTR在陕西省耐药结核分枝杆菌基因分型中的研究

目的了解陕西省89例耐药结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(VNTR)的基因多态性及近期传播情况。方法选取陕西省10个地市结核分枝杆菌耐药菌株89株,提取基因组DNA,采用聚合酶反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测分析,基因分型聚类分析采用Bio-Numerics5.0软件。结果经基因聚类分析.可分4个基因群(I群、Ⅱ群、Ⅲ群和Ⅳ群),为4种基因群分别占7.87%(7/89)、3.37%(3/89)、87.64%(78/89)、1.12%(1/89)。成簇率为4.49%(4/89);近期感染率最小估计为2.25%(2/89)。15个VNTR位点中有4个位点的多态性较好(h>0.60),5个位点的多态性尚可(0.3≤h≤0.6),6个位点的多态性较差(h<0.3)。结论初步证实陕西省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为Ⅲ群。

青浦区266株结核分枝杆菌基因分型及其与耐药表型关系研究

目的探讨上海市青浦区流行的结核分枝杆菌(MTB)的主要基因型及其与耐药表型的关系。方法分别提取266株MTB DNA,应用多重聚合酶链反应(PCR)对其进行分型(北京基因型/非北京基因型)鉴定;采用比例法对此266株菌株进行利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的药物敏感性试验;运用SPSS 17.0统计软件分析基因分型与患者性别、年龄的关系,以及基因分型与菌株耐药性之间的关系。结果 266株菌株中北京基因型242株(90.98%),非北京基因型24株(9.02%)。北京基因型菌株的总耐药率为23.96%,耐多药率为9.91%,非北京基因型的总耐药率和耐多药率分别为29.16%和8.33%,两者差异无统计学意义(P均>0.05)。结论北京基因型MTB可能是上海市青浦区的主要流行株,尚未发现北京基因型菌株和非北京基因型菌株在耐药方面有明显差异。