超敏结核分枝杆菌和利福平耐药基因检测技术在结核病诊断中的应用进展

1结核病现状结核病是严重危害人类健康的传染性疾病之一,是仅次于新型冠状病毒感染的第二大传染病杀手,是全球第13大死因[1]。2022年10月27日,世界卫生组织(World Health Organization,WHO)发布《2022全球结核病报告》[2](以下简称报告)指出,2021年全球新发结核病患者约1060万人,其中儿童约120万人。受新型冠状病毒的影响,全球结核病发病率与2020年相比上升了3.6%,打破了过去20年间每年约2%的下降趋势。2019年至2021年,全球因结核病死亡人数有所增加,2021年全球共有160万人死于结核病,相当于倒退到2017年的水平。2020年至2021年全球耐药结核病负担增加了3%,2021年报告了45万例利福平耐药结核病例,需要治疗的耐药结核患者中仅有36%的人接受了治疗,并且全球耐药结核的成功治疗率只有60%。2021年全球结核病基本医疗服务支出也从2019年的60亿美元下降至54亿美元,而2022年所需的费用为130亿美元[2],资金缺口巨大。

2019—2021年宜春地区患者结核分枝杆菌利福平耐药株基因型分析研究

目的:探究2019—2021年宜春地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型。方法:选择2019年1月—2021年12月于宜春市人民医院接受治疗的肺结核患者100例,采集所有患者痰液样本进行检测。分析结核分枝杆菌分离情况及耐药性,另分析利福平耐药株基因型。结果:100例患者中共分离出结核分枝杆菌47株,分离率为47.00%,2019、2020、2021年结核分枝杆菌分离率分别为33.33%、45.95%、54.76%。2019年分离出结核分枝杆菌7株,利福平、异烟肼、链霉素耐药发生率分别为42.86%、28.57%、28.57%;2020年分离出结核分枝杆菌17株,利福平、异烟肼、链霉素耐药发生率分别为58.82%、29.41%、11.76%;2021年分离出结核分枝杆菌23株,利福平、异烟肼、链霉素耐药发生率分别为60.87%、21.74%、17.39%。结核分枝杆菌对利福平耐药率最高。经rpoB基因测序可见27株利福平耐药株均发生rpoB基因变异,基因突变率为100%(27/27),突变基因位点主要位于509~533位。结论:2019—2021年宜春地区结核分枝杆菌感染率呈逐年上升趋势,结核分枝杆菌感染患者对利福平存在较高的耐药性,且rpoB基因位点突变的发生与利福平耐药间存在密切联系。

54例复治利福平耐药结核病患者菌株遗传特征及耐多药基因分析

目的 分析54例复治利福平耐药结核病(RR-TB)患者的结核分枝杆菌(MTB)菌株遗传特征及耐多药基因突变情况。方法 选择同时留存有初治及复治MTB菌株的复治RR-TB患者54例,取其初治及复治时的MTB共54对(108株),采用RD105基因缺失法检测其基因型,15位点可变数目串联重复序列基因分型实验(MIRU-VNTR)判断其复治发病原因;取复治时的MTB 54株,通过MIRU-VNTR结果构建最小生成树(MST),分析群体遗传特征;采用分子线性探针药敏实验分析复治MTB的耐多药基因(利福平耐药rpo B基因及异烟肼耐药kat G、inh A基因)突变情况。结果 108株复治RR-TB患者的MTB均为北京基因型,内源性复燃占比77.8%(42/54)、外源性再感染占比22.2%(12/54)。MST显示,54株复治MTB分为3个克隆复合群(CC1、CC2、CC3)和13个独特基因型;共48种基因型,成簇率为11.1%。分子线性探针药敏试验结果显示,异烟肼耐药kat G、inh A基因突变40株,耐多药率为74.1%(40/54);利福平耐药rpo B基因以S531L位点突变为主(63.0%,34/54),异烟肼耐药kat G基因以S315T1位点突变为主(75.0%,30/40)。结论 北京地区复治RR-TB患者发病原因主要是内源性复燃,主要流行菌株为北京基因型,呈现出较高的遗传多样性,成簇率较低,MTB耐多药基因突变位点多为rpo B基因S531L及kat G基因S315T1。

我国利福平敏感结核杆菌rpoB基因利福平耐药决定区序列循证分析

目的:了解我国利福平敏感结核杆菌rpoB基因利福平耐药决定区(rifampicin resistancedetermining region,RRDR)序列的多态性特征。方法:采用"rpoB AND Mycobacterium tuberculosis AND(China OR Hong Kong OR Macon OR Taiwan)"检索策略在Pubmed数据库中检索文献,循证分析Pubmed数据库中截止至2013年4月30日有关我国结核杆菌rpoB基因突变分子特征的研究文献。结果:36篇文献纳入研究,5 136株利福平敏感结核杆菌rpoB基因RRDR序列信息得以分析,38株(0.74%)rpoB基因RRDR序列呈现基因突变,涉及8个位点,分别为511(11株)、533(7株)、531(6株)、526(5株)、516(4株)、518(2株)、519(2株)、521(2株)等,其中1株涉及511/526双位点。结论:我国结核杆菌rpoB基因RRDR序列存在沉默突变现象,并非所有RRDR序列改变均与结核杆菌利福平药物敏感性有关。

结核杆菌利福平与异烟肼耐药基因快速检测用参考品的制备

目的建立结核杆菌利福平与异烟肼耐药基因快速检测用国家参考品。方法收集分枝杆菌菌株,用经典的药敏试验及培养基鉴别试验进行鉴定;用分子生物学技术对耐药菌株的耐药基因进行核苷酸序列分析,并进行突变位点的筛选;选取完全耐药菌株,用膜过滤法制备单细胞菌液,进行显微计数。结果选出阳性参考品符合率检测用、含不同突变位点的结核分枝杆菌耐药菌株20株;阴性参考品符合率检测用菌株10株,其中敏感菌株5株,致病性非结核分枝杆菌菌株5株;最低检出量检测用结核分枝杆菌耐药菌株5株,制备浓度为1×106个/ml的单细胞菌液。结论该参考品可以用作结核菌利福平与异烟肼耐药基因快速检测试剂质量的标准。

中国结核杆菌利福平耐药株rpoB基因531、526、516位点碱基突变特点

目的深入了解中国结核杆菌利福平耐药株rpoB基因531、526、516三个高突变率发生位点的碱基突变特点,为全面理解结核杆菌利福平耐药机制提供科学依据。方法计算机检索PubMed数据库,对截止2015年3月31日发表的中国结核杆菌利福平耐药株rpoB基因突变研究的文献数据进行整合分析。结果纳入分析文献49篇,获得3 319株利福平耐药结核杆菌rpoB基因各位点碱基突变的详细信息,其中257株(7.74%)未检测到突变、3 062株(92.26%)检测到rpoB基因突变。在3 062株rpoB基因突变株中:531、526、516位点突变的发生率分别为54.44%(1 667/3 062)、27.07%(829/3 062)和8.92%(273/3 062);531位点碱基突变以TCG/TTG突变为主,占93.58%(1 560/1 667);526位点碱基突变主要有CAC/GAC、CAC/TAC、CAC/CGC、CAC/CTC、CAC/AAC等类型,分别占33.53%(278/829)、26.30%(218/829)、13.27%(110/829)、10.13%(84/829)、8.08%(67/829);516位点碱基突变主要有GAC/GGC、GAC/GTC、GAC/TAC等类型,分别占35.53%(97/273)、35.53%(97/273)、16.85%(46/273)。结论中国结核杆菌利福平耐药株rpoB基因531、526、516位点碱基突变以单碱基突变为主,突变率最高的531位点碱基突变主类型较为单一,而526、516位碱基突变主类型则相对分散。

基于基因芯片技术对耐利福平或异烟肼结核分枝杆菌基因突变位点的检测分析

目的:分析基因芯片技术对耐利福平或异烟肼结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因突变位点的检测情况,为耐多药结核的临床诊断提供依据。方法:收集2020年—2023年在苏州市第五人民医院就诊的395例结核患者的痰液标本,采用基因芯片技术对利福平耐药基因ropB(511、513、516、526、531、533)和异烟肼耐药基因KatG(315)、inhA(-15)突变位点进行检测,以罗氏固体培养绝对浓度法作为金标准,分析基因芯片技术对MTB耐利福平或异烟肼的准确性。结果:基因芯片技术对利福平耐药诊断的Kappa值为0.80,符合率为92.15%,灵敏度为87.74%,特异度为93.77%,阳性预测值为83.78%,阴性预测值为95.42%,而对异烟肼耐药诊断的Kappa值为0.87,符合率为93.42%,灵敏度为98.82%,特异度为89.38%,阳性预测值为87.43%,阴性预测值为99.02%。结论:基因芯片技术可以快速、高效地检测MTB耐利福平和耐异烟肼基因突变,与罗氏固体培养绝对浓度法高度一致,可为临床诊疗提供依据。

结核分枝杆菌rpoB基因突变与多重耐药及利福平耐药程度的相关性

目的 研究结核分枝杆菌rpoB基因突变与多重耐药及利福平耐药程度强弱之间的关系。 方法 应用绝对浓度法测定 5 8株结核分枝杆菌对 4种一线抗结核药物的药敏特性 ,对耐利福平结核分枝杆菌的耐药谱进行分析。同时对含有核心突变区的结核分枝杆菌rpoB基因片段进行PCR扩增和DNA测序 ,分析rpoB基因突变与多重耐药的关系 ,以及突变位点和突变性质与利福平耐药强弱的相关性。结果 5 8株结核分枝杆菌中 ,利福平耐药株 36株 ,敏感株 2 2株。 36株耐药株均存在rpoB基因突变 ,其中 88.9% (32 / 36 )至少对利福平和异烟肼同时耐药。 90 .0 %的利福平高度耐药株 (18/ 2 0 )与rpoB基因 5 31位和 5 2 6位密码子突变相关。密码子 5 31位和 5 2 6位各有 1株双碱基突变 ,且均为多重耐药株。结论 结核分枝杆菌rpoB基因突变所致的利福平耐药株大部分对异烟肼耐药 ,因此单独检测rpoB基因突变即可初步筛选多重耐药的结核分枝杆菌 ;

应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药基因的研究

在全球范围内,结核分枝杆菌耐药率不断上升,高耐药和耐多药菌株不断出现和传播,对化疗疗效及结核病流行产生很大影响。利福平（RFP）作为1种主要的抗结核药物,对其耐药常常导致化疗失败。快速检测RFP耐药菌株对了解细菌耐药性有较大意义。我们收集了76株临床分离RFP耐药菌株，扩增rpoB基因的核心位点，并进行自主设计DNA芯片检测，并进行DNA直接测序，了解本地区耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因的突变特征。

徐州地区结核分枝杆菌基因分型及其与利福平耐药基因突变的关系

目的探究徐州地区结核分枝杆菌的基因型分布特征及其与利福平耐药基因突变形成的关系。方法选取徐州市传染病医院结核病实验室基因型毒株500株,其中含有经罗氏比例法鉴定的耐利福平临床分离株300株和利福平敏感200株,采用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)分析其基因型结构及其与利福平抗性基因的突变关系。结果徐州地区的结核分枝杆菌的基因分型主要为北京家族基因群(61.2%)和非北京家族基因群(38.8%),利福平耐药和敏感组北京家族基因群的构成比差异无统计学意义(2=0.09,P>0.05);北京家族531位点、516位点以及531和526位点突变率分别为55.49%、10.99%和7.69%与非北京家族33.90%、21.19%和15.25%相比,差异有统计学意义(P<0.05)。结论徐州地区结核分枝杆菌基因型为北京家族基因群和非北京家族基因群,非北京家族基因群具有基因多态性,两者与利福平耐药率无明显相关,两者在单531、单516以及531和526利福平耐药位点突变率存在差异。

基因芯片技术检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药性的研究

目的探讨基因芯片技术在检测结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药性的应用。方法收集21例临床诊断结核病患者体液标本经培养得到的分离菌液,进行基因芯片检测,包括利福平的rpoB基因位点和异烟肼的KatG和inhA基因位点,从而判断其耐药性。结果 21例样本中,利福平rpoB基因有10例突变,总突变率为47.6%,其中9例为531位点的(C-T)突变,1例526位点的(C-G)突变。与药敏试验的符合率为81.0%。异烟肼基因突变有6例,总突变率为28.6%,其中4例为KatG 315(G-C)突变,2例为inhA-15(C-T)突变。与药敏试验的符合率为90.5%。利福平的11例耐药株中,基因芯片检测8例为突变型,突变率为72.7%,在利福平的10例敏感株中,基因芯片检测2例为突变型,突变率为20.0%。在异烟肼的6例耐药株中,基因芯片检测5例为突变型,突变率为83.3%,在异烟肼的15例敏感株中,基因芯片检测1例为突变型,突变率为6.7%。结论基因芯片技术检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性具有较高的特异性和敏感性,快速准确,可以应用于结核分枝杆菌耐药性的检测。

结核分枝杆菌临床分离株利福平耐药表型及rpoB基因型分析

目的分析结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株利福平(rifampin,RFP)耐药表型及rpoB基因突变关系,阐明MTB RFP耐药株rpoB基因突变特征。方法采用改良罗氏培养基比例法检测387株MTB临床分离株对RFP敏感性,并进行rpoB基因测序。对经测序rpoB基因511位和533位密码子突变株进行RFP最小抑菌浓度(MIC)检测。结果比例法检测387株MTB临床分离株中1,98株RFP耐药株,189株RFP敏感株。rpoB基因测序结果表明1,98株比例法RFP耐药株中1,92株(96.97%)发生rpoB基因突变,涉及16种单位点和24种双位点密码子联合突变类型,单位点和双位点密码子联合突变率分别为84.34%(167/198)和12.63%(25/198),其中发现1种单位点和21种双位点密码子联合突变新类型。最常见的突变位点为531位(51.01%)、526位(21.21%)和516位(7.07%)密码子。6株(3.03%)耐药株在rpoB测序范围内未见突变。189株比例法RFP敏感株中,174株(92.06%)在rpoB基因测序范围内未见突变1,5株(7.94%)发生突变,其中7株CTG511CCG(Leu→Pro)突变和6株CTG533CCG(Leu→Pro)突变。511位和533位密码子突变株MIC检测结果提示其突变与低度耐RFP相关。结论所得数据及一些新的发现为进一步研究MTB RFP耐药机制、研制快速新型分子药敏试验方法提供理论和实际应用依据。

某院结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药基因特征

目的了解某院结核分枝杆菌(MTB)利福平耐药相关基因rpo B及异烟肼耐药相关基因kat G、inh A的突变特征,为耐药结核病的预防和治疗提供科学依据。方法收集83例结核病患者痰标本,分离培养MTB,采用BD960液体法检测利福平、异烟肼耐药性,提取菌株DNA,采用聚合酶链反应扩增rpo B、kat G、inh A全基因,对扩增产物进行测序分析。结果 83株样本中,39株对利福平耐药,51株对异烟肼耐药。耐利福平菌株rpo B基因突变率为97.44%(38/39),531位点突变率60.53%(23/38),526位点突变率23.68%(9/38),32株出现多位点联合突变。耐异烟肼菌株kat G基因突变率为98.04%(50/51),共发现16种突变类型,其中以kat G 315位点突变为主,占70.00%(35/50),1株为kat G与inh A联合突变。结论该院耐多药MTB产生耐药性与rpo B和kat G基因突变相关,检测MTB耐多药相关基因突变可为早期快速诊断耐药结核病提供参考依据。

210株结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究

目的了解结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点。方法对结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)81个碱基在内的286bp的片段进行PCR-SSCP分析,并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌的rpoB基因此扩增区域进行序列测定。结果共对210株结核分枝杆菌临床分离菌株进行了研究,其中利福平耐药株110株,非利福平耐药株40株,敏感株60株。PCR-SSCP检测显示110株利福平耐药株中有75株有突变存在,经测序分析,77.3%(58/75)的菌株发生rpoB基因的单位点突变,主要集中在456位60.3%(35/58)和451位25.9%(15/58);22.7%(25/110)的菌株发生了联合突变。此外,经PCR-SSCP检测,40株非利福平耐药株中有3株发生突变,60株敏感株中有2株发生突变。经直接测序分析突变涉及位点为436位、451位和460位。结论结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因是rpoB基因耐药决定区发生突变,其中456位丝氨酸和451位组氨酸是最常见的突变位点。

DNA芯片快速检测结核分枝杆菌利福平耐药rpoB基因突变

目的建立快速检测结核分枝杆菌利福平(RFP)耐药rpoB基因突变的DNA芯片。方法从34株临床痰样本中提取结核分枝杆菌的基因组DNA,采用聚合酶链反应(PCR)扩增含有rpoB基因突变位点的特异DNA片段,荧光标记后与芯片上含有特异突变位点的寡核苷酸探针进行杂交,同时与DNA测序法比较。结果用DNA芯片检测出19株耐药株和15株敏感株,且结果与DNA测序相同,准确率可达88.2%,敏感性为78.9%,特异性为100.0%。结论DNA芯片快速检测结核分枝杆菌对RFP的耐药rpoB基因突变是一种操作简便、准确性、敏感性和特异性较高,且易于开展的方法。

结核分支杆菌利福平和链霉素耐药基因的快速检测

目的 :评估采用聚合酶链反应 -单链构象多态性 (PCR SSCP)同时检测rpsL基因、rpoB基因突变在结核分支杆菌耐链霉素 (SM )和利福平 (RFP)耐药性测定中的应用价值。方法 :采用PCR SSCP技术对 86株结核分支杆菌临床分离株rpsL基因、rpoB基因突变同时进行检测。即首先用PCR方法同时扩增RFP、SM的rpoB基因和rp sL基因 ,然后进行SSCP分析。结果 :以结核分支杆菌H3 7RV为对照 ,41株药物敏感株的rpsL基因、rpoB基因均未见SSCP图谱异常。特异性为 10 0 %。 45株同时耐链霉素和利福平的耐药株中 ,3 4株 (75 6% )有rpsL基因图谱异常 ;41株 (90 1% )有rpoB基因图谱异常。结论 :rpoB基因突变和rpsL基因突变与结核分支杆菌耐利福平和链霉素密切相关 ,应用PCR SSCP技术可同时快速检测结核分支杆菌对链霉素和利福平耐药性。

广西百色地区结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB的突变特征分析

目的分析百色地区结核分枝杆菌(MTB)利福平耐药相关基因rpoB的突变特征。方法收集128例结核病患者痰液标本,采用改良罗氏培养基分离培养结核分枝杆菌,绝对浓度法检测利福平耐药性,PCR技术检测耐药结核分枝杆菌rpoB基因序列并测序分析利福平耐药相关基因rpoB的突变特征。结果分离培养获得98例MTB,98例MTB出现36株利福平耐药,耐药率为36.73%,36株耐利福平菌株中有27株rpoB基因发生突变,基因突变率为75.00%,其中516位点突变率为3.70%(1/27),531位点突变率为59.26%(16/27),526位点突变率为29.63%(8/27),533位点突变率为7.41%(2/27)。突变热点依次为rpoB531、rpoB526和rpoB533。结论百色地区耐利福平结核分枝杆菌耐药性产生的主要分子机制是因为rpoB的基因发生突变。

对利福平敏感的多耐药结核分枝杆菌rpoB基因突变一例

2011年10月11日,世界卫生组织《2011年全球结核病（TB）控制报告》显示,2010年全球结核病新发患者880万例,死亡145万例。虽较前有所下降,但下降过于缓慢,提醒我们结核病防治的工作仍任重道远。利福平是目前广泛使用的杀菌作用最强的抗结核药物之一,其通过结合依赖DNA的RNA多聚酶β亚单位抑制细菌RNA转录。

杭州地区结核分枝杆菌利福平耐药基因突变特征分析

在全球范围内，结核分枝杆菌耐药率不断上升，高耐药率和耐多药菌株不断出现和传播，对化疗疗效及结核病流行产生很大影响。利福平（RFP）作为一种主要的抗结核药物，若对其耐药常常导致化疗失败，因此快速检测RFP耐药菌株对了解细菌耐药性具有较大意义。现笔者根据临床药敏试验结果，收集了经临床分离的RFP耐药菌株，通过PCR扩增rpoB基因的核心位点，进行DNA直接测序，以期了解杭州地区耐利福平结核分枝杆菌rpoB基因的突变特征。报道如下。

XpertMTB/RIF检测结核杆菌和利福平耐药的研究及应用进展

近年来，全球消除结核病（Tuberculosis，TB）的进程因缺乏精确、快速、简单又能应用于门诊的检测手段而放缓n1。2009年全球结核病患者发现率只有63％；2011年痰涂片阳性患者只占登记患者的56％。缺乏快速精准检测手段仍是实现千年发展目标中2015年结核病控制指标的重要障碍。