基于整合高通量绝对定量法的土壤微生物多样性分析

目前,常用的高通量测序技术只能得到微生物群落结构的物种种类和相对丰度,而整合高通量绝对定量法(iHAAQ)结合了高通量测序技术和qPCR技术,可以进一步计算得到微生物群落结构的绝对含量。相对丰度和绝对含量均是描述微生物群落结构的必备指标,其中相对丰度适合描述和评价微生物群落结构在单个样本内微生物之间的关系,而绝对含量更适于描述和评价微生物群落结构真实的数量变化以及在样本间微生物之间的关系。本研究基于发表的香蕉土传病害、再造沙地农业生态系统和微生物抑制剂作用3篇文献的高通量测序和qPCR数据,通过整合高通量绝对定量法获得3篇文献中古菌域、细菌域和真核生物域的真菌三类微生物群落结构的绝对含量数据,并进一步计算出这三类微生物整体(简称三域微生物)的绝对含量和相对丰度,从而对土壤微生物群落结构不同物种的相对丰度和绝对含量进行分析,旨在更加深入、准确地揭示土壤微生物群落及其生态功能。结果表明:(1)土壤中细菌的物种丰度和绝对含量高于古菌和真菌,在三域微生物中占据主导地位,缺乏绝对含量指标可能造成对微生物群落结构变化理解的偏差;(2)基于相对丰度和绝对含量数据分析,微生物群落结构α多样性指数结果相同,但β多样性指数结果不同;(3)在香蕉土传病害和再造沙地农业生态系统研究中,三域微生物的PCoA结果与细菌的结果较为相似,表明这两项研究中三域微生物群落结构主要受细菌的影响,但在微生物抑制剂的研究中未发现类似结果。整合高通量绝对定量法可以应用于所有同时进行高通量测序和qPCR分析,在未来的土壤微生物群落结构研究中,采用高通量绝对定量法开展三域微生物群落的物种种类、相对丰度和绝对含量的整体评价,具有重要的生态学意义。

^(1)H核磁共振波谱绝对定量法和相对定量法测定氘代新药甲苯磺酸多纳非尼中非氘代杂质的含量

目的:建立1H核磁共振波谱绝对定量法和相对定量法测定氘代新药甲苯磺酸多纳非尼中非氘代杂质的含量。方法:采用氘代二甲基亚砜-重水(10∶1)混合溶剂,以90°脉冲,弛豫延迟时间15 s,扫描次数64次,测试温度25℃为采样条件。加入马来酸作为内标物,以马来酸化学位移δ6.29的内标峰和非氘代杂质δ2.79的特征定量峰计算非氘代杂质的绝对含量;不加入任何内标物,以δ8.63的芳香1H峰和δ2.79的非氘代杂质特征1H峰为定量峰,计算非氘代杂质对甲苯磺酸多纳非尼的相对含量。并将2种定量方法测定结果与液质联用法进行比较。结果:2种测定方法的定量限、线性、精密度、准确度及稳定性经验证均符合要求。对3批商业化样品进行测定,2种定量方法测定结果分别为0.14%、0.14%、0.14%和0.14%、0.13%、0.14%,与液质联用法测定结果基本一致。结论:建立的1H核磁共振波谱绝对定量法和相对定量法准确、灵敏,可用于测定甲苯磺酸多纳非尼中非氘代杂质的含量,且具有操作简单、分析时间短、无需杂质对照品的优势,也为其他氘代药物中非氘代杂质的测定提供了借鉴。

诊断酶学方法的现状及进展

诊断酶学的实际应用始于本世纪初,1900年发现血清脂肪酶活性的升高对于急性胰腺炎有特异的诊断价值,1904年 Wohlge-muth 记述了急性胰腺炎病人的血清与尿中淀粉酶活性升高。由于分光光度法的出现,

实时荧光定量PCR在鼻咽癌中的应用

实时荧光定量PCR技术是美国PE(PerkinElmer)公司1995年研制出来的一种新的核酸定量技术,是目前较为精确的PCR定量方法,由于该技术不仅实现了PCR从定性到定量的飞跃,而且与普通PCR相比,它具有不需对扩增后产物的处理、快速、准确、不容易被污染的优点。本文拟就该技术基本原理、特点、方法和在鼻咽癌中的应用作一介绍。1 原理实时荧光定量PCR的工作原理是根据Taq酶的5’-3’

腺病毒载体介导gag基因在小鼠体内的生物分布

目的研究腺病毒载体介导gag基因在C57BL/6小鼠体内的生物分布。方法经C57BL/6小鼠左后肢股四头肌部位单次注射0.05ml Ad-gag,于给药后不同时间摘取组织脏器,采用Taqman探针实时荧光定量PCR法,以小鼠β-actin基因作为内参,外标绝对定量法分别定量样本中gag和β-actin基因拷贝数。计算每104个小鼠细胞中gag基因的拷贝数,比较各脏器的分布数量。结果外标绝对定量法精密性良好。gag基因主要分布在注射位点、淋巴结、脾脏和肝脏,其他脏器没有分布。给药后3d,gag基因在靶器官分布达峰值,注射位点分布最多,伴随时间延长逐渐减少。结论Ad-gag疫苗在体内不会蓄积并产生全身的特别是生殖系统毒性。本研究可作为重要的安全性试验数据,支持药物在临床应用。

应用iTRAQ对唐氏综合征胎儿脐带血的蛋白质组学研究

目的筛选并鉴定唐氏综合征胎儿与健康对照者差异性表达蛋白质,以寻找唐氏综合征胎儿的生物标记物。方法应用同位素标记相对和绝对蛋白定量法和功能聚类分析法筛查和分析唐氏综合征胎儿脐带血和正常胎儿脐带血的差异表达蛋白。结果共筛选鉴定到506种差异表达蛋白,其中最显著的3种蛋白分别是基质蛋白-3、胸腺肽β10和骨桥蛋白。结论唐氏综合征胎儿和正常胎儿脐带血血清蛋白存在较多差异表达蛋白,其中基质蛋白-3、胸腺肽β10和骨桥蛋白等显著差异蛋白可能作为潜在的临床筛查生物标志物。