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GSS高通量测序在川芎内生细菌群落多样性分析中的应用
1
作者
王海
何冬梅
+2 位作者
吕宏阳
韩桂琪
严铸云
《中国实验方剂学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第20期151-159,共9页
目的:宿主线粒体DNA(mtDNA)及叶绿体DNA(cpDNA)污染严重影响植物内生细菌高通量测序分析,该研究旨在探索和评价药用植物内生细菌高通量测序中宿主基因扩增抑制的新策略。方法:以川芎为研究材料,在其内生细菌的16S rDNA聚合酶联式反应(P...
目的:宿主线粒体DNA(mtDNA)及叶绿体DNA(cpDNA)污染严重影响植物内生细菌高通量测序分析,该研究旨在探索和评价药用植物内生细菌高通量测序中宿主基因扩增抑制的新策略。方法:以川芎为研究材料,在其内生细菌的16S rDNA聚合酶联式反应(PCR)过程中引入绿盾测序(GSS)技术以屏蔽宿主基因的非靶扩增,对比分析GSS-PCR及常规PCR在内生细菌及根际土壤细菌高通量测试分析中的性能差异。结果:与常规扩增相比,GSS-PCR显著降低了川芎高通量测序中mtDNA及cpDNA扩增,非靶基因占比降幅超过60%;且内生细菌群落多样性指数显著提高,物种注释信息成倍增加,但不影响对优势菌群物种组成信息的提取。对川芎16S rDNA V4区的GSS扩增比对V3-V4区的扩增显示出更低的宿主污染率和更丰富的内生细菌多样性。结论:GSS扩增策略可以显著降低川芎内生细菌的高通量分析中宿主基因污染,在同等测度深度下提高内生细菌多样性分析的准确性,有效改善内生细菌的高通量分析质量,这使得内生细菌的16S rDNA V3-V4区、V4区的高通量测序变得可行,结果更加可靠。该研究所采用的GSS技术为其他药用植物内生细菌的分析提供了方法参考。
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关键词
绿
盾
测
序
(
gss
)
扩
增
内生细菌
高通量
测
序
宿主污染
川芎
原文传递
题名
GSS高通量测序在川芎内生细菌群落多样性分析中的应用
1
作者
王海
何冬梅
吕宏阳
韩桂琪
严铸云
机构
成都中医药大学医学技术学院
西南特色中药资源国家重点实验室
出处
《中国实验方剂学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第20期151-159,共9页
基金
国家自然科学基金项目(81673553)
中央本级重大增减支项目(2060302-1702-01)
+1 种基金
四川省科技计划项目(2022NSFSC0586)
成都中医药大学“杏林学者”项目(QJRC2021010)。
文摘
目的:宿主线粒体DNA(mtDNA)及叶绿体DNA(cpDNA)污染严重影响植物内生细菌高通量测序分析,该研究旨在探索和评价药用植物内生细菌高通量测序中宿主基因扩增抑制的新策略。方法:以川芎为研究材料,在其内生细菌的16S rDNA聚合酶联式反应(PCR)过程中引入绿盾测序(GSS)技术以屏蔽宿主基因的非靶扩增,对比分析GSS-PCR及常规PCR在内生细菌及根际土壤细菌高通量测试分析中的性能差异。结果:与常规扩增相比,GSS-PCR显著降低了川芎高通量测序中mtDNA及cpDNA扩增,非靶基因占比降幅超过60%;且内生细菌群落多样性指数显著提高,物种注释信息成倍增加,但不影响对优势菌群物种组成信息的提取。对川芎16S rDNA V4区的GSS扩增比对V3-V4区的扩增显示出更低的宿主污染率和更丰富的内生细菌多样性。结论:GSS扩增策略可以显著降低川芎内生细菌的高通量分析中宿主基因污染,在同等测度深度下提高内生细菌多样性分析的准确性,有效改善内生细菌的高通量分析质量,这使得内生细菌的16S rDNA V3-V4区、V4区的高通量测序变得可行,结果更加可靠。该研究所采用的GSS技术为其他药用植物内生细菌的分析提供了方法参考。
关键词
绿
盾
测
序
(
gss
)
扩
增
内生细菌
高通量
测
序
宿主污染
川芎
Keywords
Green Shield Sequencing(
gss
)
endophytic bacteria
high-throughput sequencing
host gene contamination
Ligusticum chuanxiong
分类号
R284.2 [医药卫生—中药学]
R289 [医药卫生—方剂学]
R287 [医药卫生—中药学]
R22 [医药卫生—中医基础理论]
R2-031 [医药卫生—中西医结合]
R33 [医药卫生—人体生理学]
R24 [医药卫生—中医临床基础]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
GSS高通量测序在川芎内生细菌群落多样性分析中的应用
王海
何冬梅
吕宏阳
韩桂琪
严铸云
《中国实验方剂学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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参考文献
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