基于COI序列的DNA条形码在中国沿海缀锦蛤亚科贝类中的应用分析

该研究探讨了将COI序列应用于中国沿海缀锦蛤亚科贝类物种鉴定的可行性,获得了该亚科5属11种贝类51个个体的43个单倍型序列。碱基替换饱和性分析表明,颠换未出现饱和现象,而转换在序列分化达到10%至15%时即到达饱和。单倍型Hap33可能是由杂交引起的,排除此单倍型,种内个体间遗传距离在0%到2.02%之间,平均为0.46%,属内不同种个体间遗传距离在17.21%～32.24%之间,平均为24.96%,存在条形码间隙;11种缀锦蛤亚科贝类在邻接树和贝叶斯树上都独立的单系群。该研究表明,基于COI的DNA条形码技术能够将研究所涉及的约98%的缀锦蛤亚科贝类鉴定到种的水平,因此,利用DNA条形码技术可以对缀锦蛤亚科贝类进行有效地分类鉴定。

缀锦蛤亚科(Tapetinae)贝类线粒体DNA序列的系统学分析

采用线粒体16S rRNA和COⅠ序列扩增和测序方法,对隶属于缀锦蛤亚科5属7种动物进行了系统学分析。经Clustal X多重比对和PAUP4.10软件分析,得到种间序列的遗传距离并构建了邻接(NJ)系统树。实验数据显示,缀锦蛤亚科为遗传连续的同源类群,其中的浅蛤属(Gomphina)、缀锦蛤属(Tapes)和蛤仔属(Ruditapes)亲缘关系较近,结果与Fischer-Piette等(1971)的缀锦蛤亚科的分类方案基本一致。另外,菲律宾蛤仔R.philippinarum和杂色蛤仔R.variegata是蛤仔属在印度洋和太平洋海区的一个组群,尽管两种贝类有明显的重叠分布区和相近的贝壳形态,但二者间的16S rRNA和COⅠ序列遗传距离均达到了物种间差别。结果支持庄启谦(2001)有关菲律宾蛤仔与杂色蛤仔的形态分类及分布区划分的观点。