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人体高必需氨基酸编码蛋白转基因马铃薯的获得及RT-PCR分析 被引量:8
1
作者 宋东光 于湄 +1 位作者 王惠珍 汪训明 《生物学杂志》 CAS CSCD 2002年第6期16-19,共4页
人口的增长增加了对粮食的需求而提高食物的蛋白质营养将能够缓解这一状况。将人体高必需氨基酸蛋白基因(HEAAE)导入马铃薯以改善马铃薯主食地区的蛋白质营养的研究得到了重视。经过PCR和RT -PCR分析 ,HEAAE与GUS融合基因在马铃薯块茎... 人口的增长增加了对粮食的需求而提高食物的蛋白质营养将能够缓解这一状况。将人体高必需氨基酸蛋白基因(HEAAE)导入马铃薯以改善马铃薯主食地区的蛋白质营养的研究得到了重视。经过PCR和RT -PCR分析 ,HEAAE与GUS融合基因在马铃薯块茎专一性高表达classIpatatin基因启动子驱动下在转基因马铃薯中获得了稳定表达。 展开更多
关键词 人体高必需氨基酸编码蛋白 RT-PCR 转基因马铃薯
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伯克利研究者制造含非天然氨基酸的重组蛋白
2
作者 孙雷心 《生物技术通报》 CAS CSCD 1990年第1期11-11,共1页
在重组蛋白质中20种天然氨基酸之间彼此相互替代的情况每天都会发生。所有这些都需改变在基因中编码氨基酸的三碱基密码子,使之变成所需蛋白的氨基酸密码。这是蛋白质工程的基本技术。现在,伯克利加里弗尼亚大学的Peter G. Schultz, Chr... 在重组蛋白质中20种天然氨基酸之间彼此相互替代的情况每天都会发生。所有这些都需改变在基因中编码氨基酸的三碱基密码子,使之变成所需蛋白的氨基酸密码。这是蛋白质工程的基本技术。现在,伯克利加里弗尼亚大学的Peter G. Schultz, Christopher J. Noren及其同事们发明了一种用天然蛋白中从未发现过的氨基酸替代天然氨基酸的新方法(Science 244:182~188)。这极大地增加了对改变蛋白质分子形状和特性的选择。为使非天然氨基酸替代氨基酸,伯克利的研究者们用“空白”错误密码ATG(胸腺嘧啶-腺嘌呤-鸟嘌呤)替换编码天然氨基酸的寡核苷酸密码子,信使RNA(mRNA) 展开更多
关键词 重组蛋白 密码子 伯克利 天然氨基酸 编码氨基酸 蛋白质工程 分子形状 RNA 天然蛋白 鸟嘌呤
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编码方式对蛋白质二级结构预测精度的影响 被引量:12
3
作者 阮晓钢 孙海军 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期229-235,共7页
为了比较在蛋白质二级结构预测中常用的氨基酸序列编码方式的优缺点,借助前向型BP神经网络对正交编码、5位编码、Codon(2种)编码和Profile编码5种氨基酸编码方式进行了对比分析.实验结果显示,用富含"生物进化信息"的Profile... 为了比较在蛋白质二级结构预测中常用的氨基酸序列编码方式的优缺点,借助前向型BP神经网络对正交编码、5位编码、Codon(2种)编码和Profile编码5种氨基酸编码方式进行了对比分析.实验结果显示,用富含"生物进化信息"的Profile编码方式可以得到较高的预测结果,同时也表明,充分利用生物本身所具有的生物信息对提高蛋白质二级结构预测精度是非常重要的. 展开更多
关键词 氨基酸序列编码 蛋白质二级结构 神经网络
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不同传染性法氏囊病病毒分离株VP2基因部分核酸序列及其编码蛋白的比较 被引量:2
4
作者 王永山 周宗安 +6 位作者 刁振宇 高健 邓小昭 罗函禄 赵新泰 李锦军 刘维全 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第5期429-433,共5页
根据已报告的传染性法氏囊病病毒( I B D V) c D N A 序列,在病毒 V P2 区域,设计 1 对引物,并在 2 引物上分别加 Pst Ⅰ和 Eco R I酶切位点。对 2 个 I B D V 分离株 J S3 和 J S4,用异... 根据已报告的传染性法氏囊病病毒( I B D V) c D N A 序列,在病毒 V P2 区域,设计 1 对引物,并在 2 引物上分别加 Pst Ⅰ和 Eco R I酶切位点。对 2 个 I B D V 分离株 J S3 和 J S4,用异硫氰酸胍酚氯仿抽提一步法提取病毒 R N A,然后进行逆转录和 P C R 扩增,将扩增片段经酶切纯化后克隆于 p U C18 质粒载体中,以双脱氧链末端终止法测定 c D N A 序列。将测定的分离株与标准对照株( S1) I B D V V P2 基因片段的核苷酸序列进行计算机分析比较, J S3 与 S1 的同源性为 97% , J S4 与 S1 的同源性为 97% , J S3 与 J S4 的同源性为 99% 。推导编码蛋白氨基酸序列, J S3 和 S1 的同源性为 97% , J S4 与 S1 的同源性为 96% , J S3 和 J S4 的同源性为 98% 。这表明在我国流行的 I B D V 毒株与标准毒株相比不仅在免疫学反应上有差异,而且在病毒核酸序列上有变异,这种变异是造成疫苗免疫失败或免疫逃避的分子基础。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒 VP2 序列分析 IBDV分离株 核苷酸序列 编码蛋白氨基酸序列
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基于拟氨基酸编码方法的同义密码子的偏好性与结合强度的相关性研究 被引量:12
5
作者 朱平 高雷 徐振源 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第6期4295-4300,共6页
计算了基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的相对使用度,分析了78个人类基因(19967个密码子)中基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的偏好使用情况.石秀凡等的研究结果显示了人类基因中基于基因组基因编码方法下,对同义密码子的选择在... 计算了基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的相对使用度,分析了78个人类基因(19967个密码子)中基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的偏好使用情况.石秀凡等的研究结果显示了人类基因中基于基因组基因编码方法下,对同义密码子的选择在所有密码子家族中仍都呈现明显一致的偏好.即偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子,恰好是以c结尾的密码子;且避免使用结合作用中度的密码子.依据结果和数据分析,推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中isochore和基因签名的影响外,还和密码子-反密码子结合强度密切相关.这些因素共同作用于人类基因,从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象.文中则是展示了上述性质在拟氨基酸编码方法下,这些特征不但存在,而且更为明显. 展开更多
关键词 氨基酸编码方法 同义密码子 偏好 人类基因
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猪肌生成抑制素C末端80氨基酸编码基因的合成及其原核表达 被引量:5
6
作者 吕文发 张英霞 +3 位作者 欧阳红生 梁冠生 李树伟 张永亮 《兽医大学学报》 CSCD 北大核心 2003年第3期265-267,共3页
将猪肌生成抑制素编码序列下游 883~ 1 1 2 6 bp按大肠杆菌嗜好密码子进行优化 ,将优化后序列双链分成 1 2个单链片段 (F1 、F2 、F3、R6 、R5、R4 、F4 、F5、F6 、R3、R2 、R1 ) ,采用化学合成方法合成 ,每对相邻互补片段之间有 2 0... 将猪肌生成抑制素编码序列下游 883~ 1 1 2 6 bp按大肠杆菌嗜好密码子进行优化 ,将优化后序列双链分成 1 2个单链片段 (F1 、F2 、F3、R6 、R5、R4 、F4 、F5、F6 、R3、R2 、R1 ) ,采用化学合成方法合成 ,每对相邻互补片段之间有 2 0 bp序列交叉重叠。F1 长 38bp,R1 长 36 bp,其他片段均 4 0 bp长 ,F1 和 R1 片段两端分别加上限制性内切酶 Nco 和 Xho 的识别位点序列。经 PCR扩增出 2 5 4 bp片段 ,该片段与 p MD1 8- T载体连接 ,转化 JM1 0 9感受态细胞 ,所得阳性克隆进行测序分析 ,得到的克隆序列与设计的序列完全一致 ,表明成功地获得了猪肌生成抑制素下游编码序列克隆载体。从阳性细菌中提取质粒 ,经 Nco 和 Xho 酶切 ,回收 2 5 4 bp目的片段 ,定向克隆到 p ET2 8a中 ,转化 DH5α受体菌 ,提取质粒 ,再转化到 BL2 1 (DE3)中 ,成功筛选出阳性克隆。阳性菌经 IPTG诱导 ,通过 SDS- PAGE。 展开更多
关键词 肌生成抑制素 C末端 氨基酸编码基因 合成 原核表达
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氨基酸编码方式对SVM预测蛋白质二级结构的影响 被引量:1
7
作者 邹东升 何中市 何静媛 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1367-1370,共4页
为研究蛋白质二级结构预测时采用哪种氨基酸编码方式具有更好的预测精度,使用正交编码、5位编码、Codon编码(2种)和Profile编码等5种不同的氨基酸编码方式,并用SVM(支持向量机)进行蛋白质二级结构预测.实验结果表明,经过多重序列比对,... 为研究蛋白质二级结构预测时采用哪种氨基酸编码方式具有更好的预测精度,使用正交编码、5位编码、Codon编码(2种)和Profile编码等5种不同的氨基酸编码方式,并用SVM(支持向量机)进行蛋白质二级结构预测.实验结果表明,经过多重序列比对,包含更多生物进化信息的Profile编码方式的预测精度比起其他4种编码方式高出19.4%~23.9%. 展开更多
关键词 蛋白质二级结构预测 氨基酸编码 SVM Profile编码
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亚氨基酸编码方法及其应用 被引量:1
8
作者 吴艳 仇建邺 朱平 《生物数学学报》 2013年第4期725-737,共13页
赋予氨基酸编码方法下除终止子之外的密码子突变为终止子时每一位发生的变化权值,利用矩阵来表示所有的突变方式和难易程度,综合亲水性与疏水性理化性质,提出亚氨基酸编码方法,并给出该编码方法下同义密码子的相对使用度(Subtypes Relat... 赋予氨基酸编码方法下除终止子之外的密码子突变为终止子时每一位发生的变化权值,利用矩阵来表示所有的突变方式和难易程度,综合亲水性与疏水性理化性质,提出亚氨基酸编码方法,并给出该编码方法下同义密码子的相对使用度(Subtypes Relative Synonymous Codon Usage,SRSCU).然后选取15条H5N1序列,使用MEGA4.0分析它们的同源性,并分别在氨基酸编码、拟氨基酸编码、亚氨基酸编码这三种环境下研究所选序列使用密码子的偏好性,对比结果验证,亚氨基酸编码方法具有相应的优越性. 展开更多
关键词 氨基酸编码 偏好性 SRSCU RSCU QRSCU
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AGL基因新复合杂合型突变引起的糖原累积病Ⅲ型1例 被引量:1
9
作者 林谦 郑必霞 金玉 《肝脏》 2016年第2期160-161,共2页
糖原累积症-Ⅲ型(GSD-Ⅲ型),又称Cori’s或Forbe’s病和界限糊精病,是一种罕见的常染色体隐性遗传的遗传代谢性疾病,由于人类糖原脱枝酶基因(AGL)突变导致AGL酶活性缺乏所致。AGL活性缺乏使糖原在糖链分枝处分解葡萄糖时出现障碍,... 糖原累积症-Ⅲ型(GSD-Ⅲ型),又称Cori’s或Forbe’s病和界限糊精病,是一种罕见的常染色体隐性遗传的遗传代谢性疾病,由于人类糖原脱枝酶基因(AGL)突变导致AGL酶活性缺乏所致。AGL活性缺乏使糖原在糖链分枝处分解葡萄糖时出现障碍,导致大量形态结构异常的短侧链糖原在肝脏蓄积[3]。 展开更多
关键词 糖原累积病 AGL基因 基因突变 糖原累积症 遗传代谢性 杂合型 移码突变 糖链 编码氨基酸 肝细胞腺瘤
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基于RSCU与QRSCU的F/10和G/11木聚糖酶家族密码子偏好性的比较 被引量:5
10
作者 赵静静 齐斌 +1 位作者 丁利娟 唐旭清 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期755-764,共10页
分别计算了F/10和G/11木聚糖酶家族的同义密码子的相对使用度和拟相对使用度,即RSCU和QRSCU.通过分析和比较得到,基于拟氨基酸基因编码方法能更明显的展示出密码子家族中对同义密码子的一致偏好性.也就是说,基于拟氨基酸基因编码方法下... 分别计算了F/10和G/11木聚糖酶家族的同义密码子的相对使用度和拟相对使用度,即RSCU和QRSCU.通过分析和比较得到,基于拟氨基酸基因编码方法能更明显的展示出密码子家族中对同义密码子的一致偏好性.也就是说,基于拟氨基酸基因编码方法下的F/10与G/11木聚糖酶家族更偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子,恰好是以g/c结尾的密码子,与前人的偏好性研究结果一致,而且进一步验证了拟氨基酸基因编码方法与密码子偏好性的研究结果密切相关. 展开更多
关键词 木聚糖酶 氨基酸基因编码 密码子偏好性 RSCU QRSCU
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激素和活性多肽
11
《生物技术通报》 CAS CSCD 1992年第2期46-47,共2页
关键词 简并密码子 活性多肽 编码氨基酸 细胞蛋白 生物学活性 融合蛋白 人胰岛素 核糖体结合位点 载体转化 表达系统
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自然选择与核酸进化
12
作者 张德华 《天水师范学院学报》 1987年第1期107-118,共12页
(一)引言 自从1868年瑞士学者F·Miescher发现了核酸,至今已经一个多世纪了。然而,人们真正认识核酸,了解它在生物体中的重要作用,才是近四十年的事情。 当初,人们曾经认为:核酸这种物质,只不过是四种核苷酸的单调的重复组合,在生... (一)引言 自从1868年瑞士学者F·Miescher发现了核酸,至今已经一个多世纪了。然而,人们真正认识核酸,了解它在生物体中的重要作用,才是近四十年的事情。 当初,人们曾经认为:核酸这种物质,只不过是四种核苷酸的单调的重复组合,在生理功能方面,它既不象蛋白质那样十分活跃地参与各种代谢活动,也不象糖类和脂类那样大量存在于机体之中,作为细胞的构成成分或作为主要的能源物质。核酸对于生物来说,似乎是可有可无的东西,所以一直未能引起生物学家的注意。 展开更多
关键词 密码子 RNA 碱基对 极性氨基酸 分子进化 生物进化 原核生物 重复组合 DNA 编码氨基酸
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我国天然产物植物肽系统化学研究获重要进展
13
《中国.城乡桥》 2007年第11期61-61,共1页
中科院昆明植物所近日宣布:由周俊院士和谭宁华研究员领导的研究团队,在天然产物植物肽的系统化学研究方面取得重大创新成果,在植物环肽新的检测方法、新化合物发现、结构骨架分类方法、植物环肽的酶环化等方面达到国际领先水平。
关键词 天然产物 环肽 结构骨架 重大创新成果 编码氨基酸 石竹科 次生代谢 药材质量控制 重要研究成果
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几道易错的生物选择题
14
作者 鲁翠萍 《青苹果》 2008年第10期16-17,共2页
无论在单科生物考试还是在理综考试中,选择题都占有极其重要的位置。选择题灵活多变,既注重知识的覆盖面,也注重对生物学科主干知识的考查,赋分较高,但也是同学们容易丢分的题型。
关键词 生物学科 主干知识 赋分 无氧呼吸 选择性表达 题干 细胞分化 编码氨基酸 题眼 烟草花叶病毒
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The Full-length Genome Analysis of a Street Rabies Virus Strain Isolated in Yunnan Province of China 被引量:11
15
作者 JianZhang Hai—linZhang +2 位作者 Xiao-yanTao HaoLi QingTang 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2012年第3期204-213,共10页
The epidemic of rabies has rapidly increased and expanded in Yunnan province in recent years. In order to further analyze and understand the etiological reasons for the rapid expansion of rabies in Yunnan, a strain of... The epidemic of rabies has rapidly increased and expanded in Yunnan province in recent years. In order to further analyze and understand the etiological reasons for the rapid expansion of rabies in Yunnan, a strain of rabies virus CYN1009D in Yunnan was isolated, and the complete genomic sequencing was carried out, and the bioimfomative analysis on genes/encoded proteins and phylogeny with reference to sequences in GenBank was performed. The complete genome of CYN1009D was 11923 nt in length and belonged to genotype I. The genes encoding different structural proteins were all conserved in their lengths, in comparison to other strains in China. The amino acid sequence was conserved at different antigen sites of NP, but the variation was detected at the secondary phosphorylation site of position 375; variations were also detected in the phosphorylation sites at positions 63-63 and 162 of PP; the sites playing important roles in virus synthesis, budding and viral morphology in MP were conserved; two glycosylation sites were detected at Asn37 and Ash319 in GP, the neutralizing antigen sites in GP were conserved; the initial amino acid of LP (ML) was different from that of most of the strains in China (MM); the variations in G-L region in the intergenic region were significant. The phylogenic tree showed that CYN1009D has a closer genetic relationship to the strains in Southeast Asia, indicating that prevention and control on rabies in borderland areas should be reinforced meanwhile efforts are made to control rabies in China. 展开更多
关键词 Rabies virus Yunnan CYN1009D Complete genome Characterization
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拟密码子适应指数方法的设计及应用 被引量:2
16
作者 马冲 祖颖 朱平 《生命科学研究》 CAS CSCD 2018年第2期122-128,共7页
密码子适应指数(codon adaptation index,CAI)测量的是生物体内某个基因所用密码子与高表达基因所用密码子的相符合程度,是反映密码子偏好性的一个重要指标。文章根据拟氨基酸编码方法首次提出拟密码子适应指数(quasi-codon adaptation ... 密码子适应指数(codon adaptation index,CAI)测量的是生物体内某个基因所用密码子与高表达基因所用密码子的相符合程度,是反映密码子偏好性的一个重要指标。文章根据拟氨基酸编码方法首次提出拟密码子适应指数(quasi-codon adaptation index,Q-CAI)。首先,通过氨基酸编码方法,得到密码子使用具有偏好性,并运用MATLAB分析其碱基组成,发现醋酸菌、大肠杆菌和双歧杆菌的密码子偏好使用c/g结尾,GC整体含量也比较高。随后,利用CAI模型方法进一步证明密码子具有偏好性。最后,利用文中提出的Q-CAI方法,得到醋酸菌、大肠杆菌和酵母菌所有序列的Q-CAI运算结果,发现它们都比CAI运算结果数值更高、更明显,而且双歧杆菌、枯草杆菌和链球菌的Q-CAI运算结果也普遍比CAI运算结果数值高,说明Q-CAI方法能更有效地评价密码子偏好性。文中所使用的6个单细胞物种的90条序列是从NCBI中下载,分析结果说明了Q-CAI方法比CAI方法更具有优越性,是衡量密码子偏好性的有效方法,对研究物种的基因突变有重要参考意义。 展开更多
关键词 密码子适应指数(CAI) 氨基酸编码方法 拟密码子适应指数(Q-CAI) 密码子偏好性 同义密码子相对使用度(RSCU)
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The Arabidopsis AS2 Gene Encoding a Predicted Leucine-zipper Protein Is Required for the Leaf Polarity Formation
17
作者 徐轶 孙越 +1 位作者 梁婉琪 黄海 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2002年第10期1194-1202,共9页
The asymmetric leaves2 ( as2) is a classical Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. mutant that shows leaf lobes and leaflet-like structures from the petioles of leaves. Genetic and molecular analyses have demonstrated that... The asymmetric leaves2 ( as2) is a classical Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. mutant that shows leaf lobes and leaflet-like structures from the petioles of leaves. Genetic and molecular analyses have demonstrated that the AS2 function is required for repression of meristem-related homeobox genes in leaves. In this study, we describe phenotypic characterizations of new as2 alleles that are in the Landsberg erecta (Ler) genetic background. In addition to the as2 phenotypes reported previously, the new as2 mutants have some leaves with petiole growth underneath the leaf blade, showing a lotus-leaf structure. More severe rosettes leaves of the as2 mutants form a filament-like structure, reflecting a loss of the adaxial-abaxial polarity in leaves. Among as2 mutants analyzed in different genetic backgrounds, only those that are in the Ler genetic background resulted in a high frequency of the lotus-leaf structure. We have isolated the AS2 gene by map-based gene cloning. The predicted AS2 protein contains a leucine-zipper motif, and its N-terminus shares high levels of sequence similarity to those of a group of predicted proteins with no known biological functions. AS2 transcripts were detected in leaves, flowers and fruits, but absent in stems, consistent with the mutant phenotypes. 展开更多
关键词 Arabidopsis thaliana ASYMMETRIC LEAVES1 ASYMMETRIC LEAVES2 ERECTA leucine-zipper motif polarity formation
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BUD2,encoding an S-adenosylmethionine decarboxylase,is required for Arabidopsis growth and development 被引量:15
18
作者 Chunmin Ge Xia Cui +5 位作者 Yonghong Wang Yuxin Hu Zhiming Fu Dongfen Zhang Zhukuan Cheng Jiayang Li 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2006年第5期446-456,共11页
Polyamines are implicated in regulating various developmental processes in plants, but their exact roles and how they govern these processes still remain elusive. We report here an Arabidopsis bushy and dwarf mutant, ... Polyamines are implicated in regulating various developmental processes in plants, but their exact roles and how they govern these processes still remain elusive. We report here an Arabidopsis bushy and dwarf mutant, bud2, which results from the complete deletion of one member of the small gene family that encodes S-adenosylmethionine decarboxylases (SAMDCs) necessary for the formation of the indispensable intermediate in the polyamine biosynthetic pathway. The bud2 plant has enlarged vascular systems in inflorescences, roots, and petioles, and an altered homeostasis ofpolyamines. The double mutant of bud2 and samdcl, a knockdown mutant of another SAMDC member, is embryo lethal, demonstrating that SAMDCs are essential for plant embryogenesis. Our results suggest that polyamines are required for the normal growth and development of higher plants. 展开更多
关键词 BUD2 polyamines EMBRYOGENESIS plant architecture ARABIDOPSIS
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Expression and Analysis of Microtus fortis Against Schistosoma japonicum CD72
19
作者 Yang Xiang Junjian Hu 《Journal of Life Sciences》 2014年第9期740-743,共4页
The total RNA was extracted from Microtus fortis liver tissue which before being infected and after being infected 10 d and 15 d by the Schistosoma japonicum cercariae. Using rattus norvegicus CD72 gene probes were us... The total RNA was extracted from Microtus fortis liver tissue which before being infected and after being infected 10 d and 15 d by the Schistosoma japonicum cercariae. Using rattus norvegicus CD72 gene probes were used to hybridize analysis of CD72 difference expression in the Microtus fortis liver tissues which were infected with Schistosoma japonicum before and after being infected. At the same time, the cDNA sequence and encoded amino acid sequence of the rattus norvegicus CD72 gene and CD72 protein structural domains were analyzed by using bioinformatics. The results showed that the CD72 expression levels in the liver tissue of Microtus fortis after being infected was significantly higher than before being infected. The rattus norvegicus CD72 cDNA sequence of a total length is 1479 bp and encode 364 amino acid residues and rattus norvegicus CD72 protein containing a CD72 superfamily domain. 展开更多
关键词 Microtus fortis Schistosoma japonicum CD72 EXPRESSION analysis.
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戊型肝炎
20
《传染病网络动态》 2001年第5期129-129,共1页
关键词 戊型肝炎 氨基酸编码 DNA序列 抗原表位
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