姜黄素调控长链非编码RNA AK125910的表达介导肝癌细胞凋亡

目的 检测姜黄素诱导肝癌细胞凋亡中lncRNA表达谱的改变及关键lncRNA的筛选鉴定。方法 使用不同浓度姜黄素刺激肝癌细胞株HepG2不同时间后,提取总RNA进行lncRNA芯片杂交检测lncRNA表达谱的改变,筛选出差异表达lncRNA;并利用MTT法和TUNEL染色观察HepG2细胞的凋亡,Real-time PCR验证差异表达的lncRNA AK125910在其中的作用。结果 与对照组细胞相比,姜黄素处理后的肝癌细胞中有5 432条lncRNA表达出现改变,而其中变化倍数大于3的lncRNA有8条,表达差异化最显著的是lncRNA AK058003,上调7.62倍。在姜黄素诱导肝癌细胞凋亡中,lncRNA AK125910表达上调7.16倍,与芯片杂交结果基本一致。结论 姜黄素诱导肝癌细胞凋亡过程中lncRNA表达谱出现显著变化,其中差异性表达最显著的lncRNA AK125910可能参与了肝癌细胞的凋亡进程。

ED-NAS:基于神经网络架构搜索的陶瓷晶粒SEM图像分割方法

为了提高深度卷积神经网络(Convolutional Neural Network,CNN)设计的自动化程度并进一步提高陶瓷晶粒扫描电子显微镜(Scanning Electron Microscope,SEM)图像分割的准确性,提出了一种基于神经网络架构搜索的陶瓷晶粒图像分割方法 .该方法设计多分支结构编码空间和链式结构解码空间,并构造多分支结构编码Cell和链式结构解码Cell;同时基于强化学习分别搜索最佳编码Cell和解码Cell;此外,基于编码-解码神经网络架构堆叠最佳Cell构建陶瓷晶粒图像分割CNN,并采用池化索引在解码阶段恢复丢失的细节信息.实验在包含了629张的陶瓷晶粒SEM图像数据集上进行,搜索最佳Cell耗时约148 GPU-时.与U-Net、SegNet等SOTA方法相比,该方法在陶瓷晶粒测试集上获得了更高的分割准确性(mIoU≈68.9%).

长链非编码 RNA 在肾透明细胞癌组织中的表达

目的：分析长链非编码RNA（ long non－coding RNA，lncRNA）在肾透明细胞癌组织中的表达情况，并筛选出与肾透明细胞癌密切相关的lncRNA，探讨lncRNA在肾透明细胞癌诊断中的作用。方法2012年3月至2013年6月收集40例肾透明细胞癌患者的新鲜癌组织及癌旁组织，Trizol试剂提取总RNA，用Nanodrop 1000及变性琼脂糖凝胶电泳进行RNA检测。通过Arraystar Human LncRNA Microarray芯片筛选肾透明细胞癌组织与癌旁组织中的差异表达lncRNA，采用实时定量PCR方法验证所筛选的lncRNA在40对肾透明细胞癌组织与癌旁组织中的表达情况，采用受试者工作特征（ receiver－operating characteristic，ROC）曲线验证所筛选lncRNA的诊断效率。结果与癌旁组织相比，在肾透明细胞癌组织中差异表达2倍以上的lncRNA有1787个，其中941个表达上调、846个表达下调。实时定量PCR测定NR＿034095、NR＿038974、ENST00000571724及ENST00000566575的表达水平与基因芯片分析结果一致。 NR＿034095、NR＿038974、ENST00000571724及ENST00000566575诊断肾透明细胞癌的ROC曲线下面积分别为0．928（95％CI 0．873～0．984）、0．759（95％CI 0．647～0．871）、0．833（95％CI 0．747～0．919）及0．887（95％CI 0．815～0．959）。结论 NR＿034095、NR＿038974、ENST00000571724及ENST00000566575在肾透明细胞癌组织和癌旁组织中差异表达显著，可能与肾透明细胞癌的发生、发展密切相关，有可能成为肾透明细胞癌分子诊断和基因治疗的新靶点。